On s‘intéressera à 3 gènes paralogues humains : HTR2A, HTR2B et HTR2C du récepteur de la sérotonine humaine (Swissprot : 5HT2A_HUMAN, 5HT2B_HUMAN, 5HT2C_HUMAN).

Présentation au sujet: "On s‘intéressera à 3 gènes paralogues humains : HTR2A, HTR2B et HTR2C du récepteur de la sérotonine humaine (Swissprot : 5HT2A_HUMAN, 5HT2B_HUMAN, 5HT2C_HUMAN)."— Transcription de la présentation:

1 On s‘intéressera à 3 gènes paralogues humains : HTR2A, HTR2B et HTR2C du récepteur de la sérotonine humaine (Swissprot : 5HT2A_HUMAN, 5HT2B_HUMAN, 5HT2C_HUMAN). Ces gènes font partie d’une famille plus large des 5HT1,2,3,4,5. appartenant à la famille des récepteurs couplés aux protéine sG à 7tm. 1. Sélection des séquences On cherchera à mettre en évidence les similitudes des 3 gènes par alignement multiple (utilisation du logiciel seaview (développé au PBIL de Lyon). 1a. Récupérer les séquences de la sous famille 5HT2. Possibilité de visualiser dans Uniprot : www.uniprot.org (query : 5HT2)www.uniprot.org Avec WWW-Query http://doua.prabi.fr/http://doua.prabi.fr/ Possibilité de récupérer l’ensemble des séquences protéiques au format fasta Manage lists http://doua.prabi.fr/templates/services

2 Définir une liste de id : 5HT2A_CRIGR 5HT2A_HUMAN 5HT2A_MACMU 5HT2A_MOUSE 5HT2A_PIG 5HT2A_RAT 5HT2B_MOUSE 5HT2B_RAT 5HT2C_MOUSE 5HT2C_RAT 5HT2B_HUMAN 5HT2C_HUMAN choisir SwissProt Avec Retrieve : Choix : Fasta Protein Direct sending Sauver dans un fichier local 5HT2.fa 1b. Faire de même avec une interrogation directe dans WWW-Query par les indentifieurs : SequenceName 5ht2* (dans Uniprot/SwissProt) Avec Retrieve : faire de même et sauver (21 sequences) en format fasta.

3 2. Alignements multiples Avec seaview installé (java) http://doua.prabi.fr/templates/software (seaview linux) 2a. Input des séquences Faire glisser le fichier fasta (1ere sélection) Alignement avec clustalomega (ou muscle) Visualiser les alignements : Que peut on dire sur les domaines conservés ou non ? conservation globale ou conservation par sous groupe ? Conservation dans les domaines extra cellulaires, membranaires ou intracellulaires ? (ici 7 domaines transmembranaires) Voir sur le site de Uniprot les liens vers InterProScan et les différentes entrées par sous groupe.

4 2b. Avec le menu Tree, contruire un arbre global avec la méthode des distances Visualiser l’arbre (possibilité de swap et d’affichage des distances ou d’évaluer la robustesse par un bootstrap. 2c. Refaire les alignements avec la série plus conséquente (22 séquences) Eventuellement ajouter une séquence externe (outgroup pour ancrer l’arbre phylogénétique. (prendre une sequence des groupes 5HT3 4 ou 5).

5 3. Mise en évidence de la localisation de ces paralogues sur les génomes Sur le viewer de l’UCSC (http://genome.ucsc.edu/)http://genome.ucsc.edu/ Utilisez le browser : Choix : Mammals human hg38 Sélectionner un symbol (HTR2A, HTR2B, HTR2C) Identifier la localisation : chromosome + coordonnées (eventuellemnt la bande chromosomique) Observer la structure du gènes (exons introns, conservation avec d’autres espèces) Sens de transcription Nombre d exons Zoom sur la partie 5’ UTR : Pourquoi une conservation en amont du gène ? (activer les tracks de régulation ENCODE) Visualisation de la bande chromosomique (activation dans le track mapping) Idem pour les 3 gènes humains Idem pour les 3 gènes de souris Synthèse

6 4. Pour valider ces synténies on cherchera sur le net (Google) des cartes de synténies homme-souris. Est ce que les localisations des 3 paires peut expliquer par cette synténie homme souris ? 5. Vérifier sur la base de données Homologene (NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Vérifier les localisations de HRT2A (humain) cliquer sur ortholog Mouse Htr2a : bande ?

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12 Family relationships G protein-coupled receptor, rhodopsin-likeG protein-coupled receptor, rhodopsin-like (IPR000276) 5-hydroxytryptamine receptor family (IPR002231) 5-Hydroxytryptamine 1A receptor5-Hydroxytryptamine 1A receptor (IPR000610) 5-Hydroxytryptamine 1B receptor5-Hydroxytryptamine 1B receptor (IPR002147) 5-Hydroxytryptamine 1D receptor5-Hydroxytryptamine 1D receptor (IPR000505) 5-Hydroxytryptamine 1E receptor5-Hydroxytryptamine 1E receptor (IPR027425) 5-Hydroxytryptamine 1F receptor5-Hydroxytryptamine 1F receptor (IPR000450) 5-Hydroxytryptamine 2A receptor5-Hydroxytryptamine 2A receptor (IPR000455) 5-Hydroxytryptamine 2B receptor5-Hydroxytryptamine 2B receptor (IPR000482) 5-Hydroxytryptamine 2C receptor5-Hydroxytryptamine 2C receptor (IPR000377) 5-Hydroxytryptamine 5A receptor5-Hydroxytryptamine 5A receptor (IPR001397) 5-Hydroxytryptamine 5B receptor5-Hydroxytryptamine 5B receptor (IPR000431)

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