Stratégies de recherche de littérature sur PubMed

Présentation au sujet: "Stratégies de recherche de littérature sur PubMed"— Transcription de la présentation:

1 Stratégies de recherche de littérature sur PubMed

2 Stratégies de recherche sur PubMed
Comment optimiser sa recherche avec PubMed, le moteur de recherche de données biomédicales, en utilisant les diverses fonctions offertes par le site, notamment la banque de terminologie biomédicale MeSH, My NCBI

3 MeSH

4 MeSH Vocabulaire standardisé Sert à indexer les articles dans PubMed
À quoi vous servira la base de données MeSH ? Parmi plusieurs synonymes, déterminer quel terme a été choisi pour l’indexage dans PubMed, et donc quel terme utiliser pour vos recherches

5 MeSH Sous forme de hiérarchie. Si on fait une recherche avec un terme MeSH, tous les termes situés plus bas dans la hiérarchie sont inclus. Les sous-catégories ne sont pas exclusives. Ex.: « HIV-1 » apparaît dans « vertebrate viruses » et « RNA viruses »

6 PubMed fournit des tutoriels pour apprendre à utiliser la base de données MeSH

7 Stratégie de recherche, exemple
On veut faire une recherche de littérature dans PubMed limitée aux virus enveloppés Problème: le terme « enveloped virus » n’apparaît pas nécessairement dans les articles, mais plutôt le nom des espèces, genres, etc.

8 Exemple Liste des virus enveloppés (obtenue dans un manuel)

9 Stratégie de recherche, exemple
Utiliser MeSH pour déterminer s’il faut chercher « retrovirus » ou « retroviridae », « flavivirus » ou « flaviviridae », etc. On obtient la liste suivante: flaviviridae, togaviridae, coronaviridae, retroviridae, bunyaviridae, orthomyxoviridae, arenaviridae, mononegavirales, hepadnaviridae, herpesviridae, poxviridae.

10 Stratégie de recherche, exemple
Envoyer un à un les termes retenus pour notre recherche dans la « Search Box » Opérateurs logiques

11 Stratégie de recherche, exemple
Search Box Quand tous les termes y sont, lancer la recherche dans PubMed

12 Sauvegarde d’une combinaison de mots clés
On peut sauvegarder sa stratégie de recherche dans « My NCBI » (Il faut s’inscrire)

13 My NCBI Sert, entre autres, à sauvegarder des combinaisons de mots clés pour effectuer des recherches dans les bases de données de NCBI

14 My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
Nommer sa combinaison de mots-clé

15 My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
On peut se faire envoyer automatiquement par courriel les nouveaux articles correspondant à cette combinaison de mots-clé

16 My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
Cliquer sur la stratégie sauvegardée permet de refaire la même recherche dans PubMed Cliquer sur « What’s new » pour voir les articles publiés depuis la dernière recherche

17 My NCBI Comment combiner une stratégie sauvegardée dans My NCBI avec d’autres mots clés dans PubMed? Exemple: combiner « virus_enveloppés » et le terme « adhesion molecules » Lancer d’abord la recherche dans PubMed avec la combinaison de mots-clés sauvegardée, ici virus_enveloppés

18 My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
"adhesion molecule" AND ("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH] OR "Coronaviridae"[MeSH] OR "Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH] OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR "Arenaviridae"[MeSH] OR "Mononegavirales"[MeSH] OR "Hepadnaviridae"[MeSH] OR "Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH]) Modifier ensuite la stratégie en utilisant les opérateurs logiques appropriés

19 My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
"adhesion molecule" AND ("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH] OR "Coronaviridae"[MeSH] OR "Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH] OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR "Arenaviridae"[MeSH] OR "Mononegavirales"[MeSH] OR "Hepadnaviridae"[MeSH] OR "Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH]) On peut ensuite sauvegarder cette nouvelle recherche dans My NCBI

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