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The Station Biologique de Roscoff. A brief introduction Ecole de bioinformatique Aviesan, Roscoff, 14 -18 janvier 2013.

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1 The Station Biologique de Roscoff. A brief introduction Ecole de bioinformatique Aviesan, Roscoff, janvier 2013

2 UMR 7144 Adaptation et diversité en milieu marin F. Lallier (INEE) USR 3151 Molécules et cibles thérapeutiques S. Ruchaud (INSB) EI 937, FR 2424, OSU Roscoff B. Kloareg CNRS (INEE, INSB, INSU) and UPMC UMR 7139 Végétaux marins et biomolécules C. Boyen (INSB, INC) UMR 7150 Mer et Santé P. Cormier (INSB) Station biologique de Roscoff (CNRS and UPMC): structural organization Permanent staff = 159, including 41 researchers (CNRS, Inserm, Ifremer) and 22 lecturers and professors (UPMC)

3 Main missions of SBR è Research in marine biology and ecology è Teaching, training and outreach è Long term monitoring of marine ecosystems è Host scientists and students, including for non-resident users è Contribute to territorial development

4 Science, education and innovation keywords: the evolution of life, marine biodiversity, ecosystems and bio-resources    Meters 1 : Astan Estacade Bloscon Ar Pourvern Barre des Flots Pierre Noire Rivière de Morlaix  Duons     

5 land plants glaucophytes green algae red algae Archaeplastida haptophytes Alveolates Chromalveolates Stramenopiles fungi animals Amoebozoa Ophistokonts Excavata Rhizaria apicomplexans dinoflagellates oomycetes diatoms brown algae Unikonts cryptophytes Many major lineages do not have terrestrial representatives They are a major asset for evolutionary biology. They also feature unique primary or secundary metabolites

6 The omics revolution. Marine biologists and ecologists now have access to all of the componants of life, from genes to metabolites, and bioinformatics are geared to analyse this huge input of new data. c/o P. Potin, SBRoscoff

7 Contribution of genomics to marine sciences c/o Catherine Boyen, SB Roscoff Genomics Environmental Structural Functional Environment and Climate change, Adaptation Management of Marine Resources Gene mining for Health and Biotech Marine genomics allows to draw global conclusions about our surrounding environment and to take a holistic approach to ocean management Evolution of life. Structure and functioning of marine diversity

8 La Station biologique de Roscoff porte trois projets du Programme Investissements d’Avenir : Centre National de Ressources Biologiques marines(EMBRC-France) : Infrastructure Nationale en Biologie-Santé et IR-TGIR - Centre National de Ressources Biologiques marines (EMBRC-France) : Infrastructure Nationale en Biologie-Santé et IR-TGIR - Idéalg : Biotechnologies et Bioressources - Océanomics : Biotechnologies et Bioressources. Elle est aussi associée à GreenStars (IEED) et à l’Institut Français de Bioinformatique (INBS), ainsi qu’aux instruments d’excellence de l’UPMC (SATT LuTech, IdEx Paris Sorbonne Universités).

9 OO Villefranche/merLaboratoire Arago Banyuls/mer Station Biologique de Roscoff Centre National de Ressources Biologiques Marines ( Infrastructure Nationale en Biologie et Santé = EMBRC-France )

10 Access to this resource requires the culturing or raising of a variety of micro- and macro-organisms. EMBRC - France will give access to as many as 250 macro-organisms, almost covering the whole range of the eukarotic tree of life. Torpedo marmorata lijkmooi.net Phallusia mammillata ac.uk/imgs/ o_parliv.jpg Paracentrotus lividus Ciona intestinalis Access to the marine biological resources Sepia officinalis Scyliorhinus canicula Ectocarpus siliculosus Chondrus crispus

11 Tjärno-Kristineberg Roscoff Banyuls Naples Faro Faro Oban Villefranche Plymouth Heraklion St Andrews Bremen EMBL Bergen De plus, implication de la SBR dans Elixir et dans EU-Openscreen EMBRC: Marine biological laboratories are now recognized as strategic research infrastructures in Europe (ESFRI)

12 Une formation de haut niveau pour répondre aux défis de la recherche et de l’innovation en biologie et écologie. Licence Biologie-Mathématiques en partenariat avec Agrocampus Ouest 1600 heures d’enseignement, 1300h SBR heures Agrocampus Ouest Promotions = 24 étudiants (L2, 15 étudiants, L2, 10 étudiants) à terme, promotions de 20 étudiants chacune Coordination : L1 Pascal Riera, L2 Arnaud Tanguy, L3 Patrick Cormier et J.Y. Toullec

13 ADNProtéinesMétabolitesARN Séquencage Génotypage Transcriptomique Protéomique Expression de protéinesCristallographie Microscopie : études fonctionnelles et structurales Profilage métabolique Bioinformatique Environnement logistique à la SBR pour la biologie systémique et l’exploration fonctionnelle

14 EMBRC: Member State Commitment France, UK, Italy, Belgium, Portugal (and EMBL) have formally committed to the drafting of EMBRC MoU. Sweden, Norway and Israel are likely to join soon.


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