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Gérer les références bibliographiques de son unité avec Endnote Dominique Fournier 22 janvier 2008.

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1 Gérer les références bibliographiques de son unité avec Endnote Dominique Fournier 22 janvier 2008

2 22/01/2008 Matin 11 généralités sur les logiciels de gestion bibliographique 22 prise en main du logiciel Endnote 33 typologie des références bibliographiques 44 alimentation dune base Endnote 55 importation des références (ProdInra, Web of Science) Après-midi 66 édition de listes de publications 77 mise en forme de listes (styles) 88 fonctions avancées Déroulement de la journée

3 Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques

4 22/01/2008 Conserver les publications des chercheurs de lunité en vue de leur utilisation ultérieure Par import de références / Par saisie manuelle Retrouver facilement linformation par des recherches et tris gain de temps considérable Gérer les documents numériques (pdf ou URL) références bibliographiques + documents numériques (articles pdf, fichier word, …) Gagner du temps lors de la constitution de dossiers liste par chercheur, équipe, UMR, … Communiquer autour des publis de lunité page web (HTML); tableaux (XLS); création de notices dans ProdInra; export XML; …. Editer des listes de publications « à la carte » en respectant les contraintes des dossiers, les normes éditoriales (styles). Pourquoi utiliser un logiciel bibliographique ?

5 22/01/2008 Les grands classiques : End Note Reference Manager Procite Autres logiciels Biblioscape Bookends Plus (uniquement Macintosh) Bookwhere, Library Master, Papyrus ISI BibTex (lien avec LateX) Quelques logiciels libres Bibus, Zotero (groupe de travail Agropolis) : test Panorama de l offre commerciale

6 Caractéristiques dEndNote

7 22/01/2008 Library Bibliothèque, base de données de références biblio Référence bibliographique identifiant unique : record number format denregistrement correspondent à 1 type de documents : Reference type (Journal article, book, book section, …) Informations spécifiques à un type de documents : champs (fields) Champs et styles saisie des informations dans des champs séparés édition « à la carte » selon un ordre et une mise en forme déterminés par le style bibliographique Vocabulaire de base

8 22/01/2008 Gestion de références biblio réf. / Bibliothèques (plus de limites à partir de v.8) Nbre illimité de bibliothèques Grille standard prédéfinie: des types de documents (bibliographiques + multimédia) des champs descriptifs (40-50 / type de document) caractères / document (16 p.) Moteur de recherche: interrogation / champs tri, exportation, Création dune bibliographie (CWYW) lien direct avec Word styles (instructions / revues) 1300 différents (version 9) + possibilité den créer des personnels Récupération de références bibliographiques : bases externesfiltres de conversion (Filters) fichier de connexion (connection) Caractéristiques dEndNote

9 22/01/2008 (.enf) (.ens) (.enz) (.dot) Edit > Preferences… > Folder Locations Les fichiers et répertoires du logiciel EndNote

10 22/01/2008 Version 8 – 9 (et X) gestion du format unicode, taille des bases illimités, nouveaux types de références, nouveaux champs, gestion des préférences Attention ! Pas de « compatibilité descendante » / versions antérieures dEndnote Restriction de compatibilité (OS, traitement de texte) Infos sur les versions plus récentes

11 22/01/2008 site officiel : manuel EndNote7 (français - 55 p.): aide-mémoire (2 pages): Ce que lon peut faire avec Endnote 7 (Cemagref 40 diapos) : FAQ Endnote (IRD) : Supports de cette formation: >> Gérer sa bibliographie ou Adresses utiles Liens utiles

12 22/01/2008 Installation (paramétrage du poste de travail + lien avec word) W:\Biblio\EndNote7\Netsetup.exe Dans certains cas, fichiers.dll et.dot à copier dans le répertoire de démarrage de word (outils > options > répertoire par défaut) Lancement de lapplication W:\Biblio\EndNote7\EndNote7.exe Version 6, 7, 9 et X (PC et Mac) Inscription préalable auprès de lUIC formulaire à remplir en ligne Le logiciel EndNote sur le campus Inra SupAgro

13 Prise en main dEndnote

14 22/01/2008 Création ouverture / fermeture description les références - description (champs) - création / suppression - visualisation (notion de style) Les Bibliothèques de références EndNote Library *.enl

15 22/01/ Créer une bibliothèque ( = une librairie) Dans : Mes Documents\Endnote Nom : prénom Type: EndNote Library (*.enl) Enregistrer Create a new Endnote library OK Les fois suivantes : Open an existing EndNote library Browse... Astuce + rapide : Cancel File Open

16 22/01/ Travail sur une librairie découverte dEndnote W:\Biblio\Endnote7\Examples\Paleo.enl Ouverture - Fermeture - Personnalisation Fermeture (sauvegarde)

17 22/01/ Description dune bibliothèque W:\Biblio\Endnote7\Examples\Paleo.enl

18 22/01/2008 Tri rapide des références double-clic ou References > Sort References Affichage des champs (Auteur, Date, Titre par défaut) Edit >Preferences>Display Fields

19 22/01/ Description dune référence bibliographique Nom de la référence (auteur, année, n°) Type de document Champs Navigation entre références

20 22/01/2008 Les différents types de documents Il existe 25 types de documents prédéfinis (34 dans version 9) possibilité den créer des nouveaux (3 Unused) Chaque type de documents peut être décrit par 40 champs (51 dans version 9) Les champs dinformations disponibles varient en fonction du type de document choisi, mais on retrouve une certaine logique sur une même ligne (auteur, date, lieu = de colloque, de soutenance, dédition, …) Edit > Preferences … > Reference Type > Modify Reference Types … Ces modifications concernent la configuration dEndnote sur votre ordinateur (ne sont pas attachées à la librairie !) Possibilité de tout modifier sauf le type Generic qui sert de référence pour la dénomination des champs (dans les menus de recherche, …)

21 22/01/ – Prévisualisation dune référence bibliographique et notion de style Écran de prévisualisation dune référence, mise en forme avec un style par défaut (ou préalablement sélectionné) Style Style: fichier spécifique à Endnote, contenant la nature des champs et leurs caractéristiques de mise en forme dans Word, pour obtenir une certaine présentation des citations et des références bibliographiques

22 22/01/2008 STYLES - compléments Pour sélectionner dautres styles Edit > Output Styles Open Style manager … Sélectionner les styles en fonction du titre de la revue Ils sont localisés dans le répertoire W:/Biblio/Endnote7/Styles styles dans la version styles dans la version 9 Ils utilisent des modèles qui déterminent pour chaque type de document quels champs sont utilisés, dans quel ordre et sous quelle forme Pour sélectionner un style par défaut Edit > Output Styles Auteur (nom prénom), Année. Titre. Revue, volume, page.

23 22/01/2008 Exercice : Prévisualiser une référence bibliographique avec différents styles Écran de prévisualisation dune référence, mise en forme avec un style par défaut (ou préalablement sélectionné) Author-Date Cell Nature Science Sélectionner dans le Style Manager les styles correspondant aux revues Cell, Science et Nature Prévisualiser une référence avec ces 3 styles différents

24 22/01/ Personnalisation de son environnement de travail Possibilité de choisir les colonnes qui sont affichées à lécran Edit > Preferences … > Display Fields

25 22/01/ Personnalisation de la grille de saisie Edit > Preferences … > Reference Type > Modify Reference Types … Possibilité de : - modifier lintitulé dun champ ou dun type de document, - supprimer un champ - masquer un type de document.. Manuscript Ces modifications concernent la configuration dEndnote sur votre ordinateur (ne sont pas attachées à la librairie !)

26 22/01/2008 Ouverture de votre base prénom.enl Ne conserver que 6 types de documents Article Ouvrage Chapitre Communication à des colloques Thèse Brevet Simplifier la grille de saisie pour les articles (suppression de champs inutiles, termes en français) Auteur, Année, Titre Revue, Volume, Issue, Pages Mots-clés, Résumé Créer 1 champ équipe (custom1) type de document (custom2) EXERCICE : Modification de la grille saisie

27 Enregistrement de références bibliographiques dans une bibliothèque EndNote Type de références Saisie manuelle Aide à la saisie

28 22/01/2008 References Types Computer program Electronic source Audiovisual material Film or Braodcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Figure Chart or table Equation Unused Unused2 Generic Journal Article Book Book section Manuscript Edited book Magazine article Newspaper article Conference proceeding Thesis Report Personnal communication Generic Journal Article Book Book section Manuscript Edited book Magazine article Newspaper article Conference proceeding Thesis Report Personnal communication Computer program Electronic source Audiovisual material Film or Braodcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Figure Chart or table Equation Unused Unused2 Edit Preferences > Reference Type

29 22/01/ Création dune nouvelle référence References > New Reference Principales règles de saisie : saisie Sélection du type de document

30 22/01/2008 Exercice : Saisie manuelle Ouvrir votre librairie prénom.enl Saisir les différents types de documents proposés dans le fichier FP-endnote-liste-publis.doc Associer une référence avec un document word

31 22/01/ Aide à la saisie - Correction orthographe Endnote peut effectuer la vérification automatique dorthographe d une notice ouverte Tools > Spell Check selon le dictionnaire choisi et la langue Edit >Preferences >Spell Check > Options

32 22/01/ Les listes de termes (term lists) Endnote complète automatiquement lentrée des termes à l aide d index (Term Lists) Par défaut: Authors, Journals, Keywords Tools > Open Term Lists Un terme « nouveau » apparaît en rouge Saisie assistée (termes proposés) C Vérification a posteriori du contenu des listes

33 22/01/ – Utilisation de nouvelles listes de termes Création d autres listes de contrôle à la saisie (UMR, équipe, etc…) Tools > Define Term Lists Create List… lui donner un nom (par exemple CSS) Update List… choisir les champs qui vont alimenter cette liste (Custom3 = classification CSS) Import List… importer une liste en format texte (. Txt) CSS.txt revues scientifiques 3 listes proposées (W:/) répertoire Term Lists: Medical.txt, chemical.txt, humanities.txt Link List … relier les champs à cette liste de termes (custom 3)

34 22/01/2008 EXERCICE - Importation de listes de termes - Créer une liste (CSS) et importer le fichier CSS.txt (typologie des publications écrites pour lévaluation des chercheurs INRA) > Tools > Define Term List > Create List > Import List > Link Lists (custom1 CSS) - Caractériser les publications que vous avez saisi manuellement

35 Gestion des PDF avec EndNote

36 22/01/2008 Lien vers un document numérique (URL, DOI) Information à renseigner dans le champ URL Si DOI: Dans le champ URL : De + en + de revues demandent le DOI des articles cités dans la bibliographie. mettre linformation dans un champ (exemple : Label) DOI : /pp

37 22/01/2008 Lien avec un document (fichier pdf) References Link To …. Select a file to link to the reference (URL, doc, pdf, xls, …) Lien relatif ! Pour accéder au document attaché : References Open Link Ou clic-droit Rque : Meilleure gestion des fichiers à partir de la version X

38 Importer des références dans sa base EndNote

39 22/01/2008 Sources de références bibliographiques Méthodes : Connexion directe sur BDD Exportation directe depuis des BDD Importation de fichiers (filtres) Importer des références

40 22/01/2008 Fichier texte structuré File Import : Tab delimited (Import option) faire précéder le type biblio par * (ex: *generic) et séparer les champs par Base Endnote File Import : endnote Library (Filter) Sources externes périodiques électroniques, bases de données bibliographiques Import du fichier sauvegardé pour export vers un logiciel bibliographique > File Import : sélection du Filtre correspond à la source interrogée Téléchargement direct (Filtre & transfert automatique) Connection à la base de donnée à partir dEndnote (Connexion) A partir de quelles sources ? Par quelle méthode ?

41 22/01/2008 En général, lexport se fait de façon quasi-automatique à partir des sites des éditeurs Importer des références à partir de périodiques électroniques

42 22/01/2008 Rechercher les publications 2007 des chercheurs INRA Montpellier en se connectant à PubMed à partir dEndnote Tools Connect … en utilisant fichier de connexion PubMed(NLM) Importer des références en se connectant directement à la BDD à partir dEndnote

43 22/01/2008 Faire la recherche dans la base de données bibliographiques Sauvegarder les références dans un format lisible par Endnote (txt) Importer les références dans la base Endnote en utilisant un Filtre dimport File Import Importer des références par transfert de fichier

44 22/01/2008 Exemple : PubMed Display Medline Send to File pubmed-result.txt Importation sous EndNote avec le filtre PubMed(NLM) Recherche avancée

45 22/01/2008 Comme les sites de périodiques, de nombreuses bases de données proposent lexport « automatique » des références vers Endnote (et/ou autres logiciels de gestion biblio) Exemple : ProdInra portail Inra : toutes les bases du WOK à lexception de CAB (import indirect + filtre Cab_Wok) Importer des références automatiquement

46 22/01/2008 Récupération des références à partir des BDD de la plateforme InraInra

47 22/01/2008 Récupération des références à partir des BDD de la plateforme Inra (2)Inra

48 22/01/2008 Récupération dans ProdInra les articles de votre unité Faire une recherche dans ProdInra Numéro unité Sélection des notices : - toutes les notices cochées (dans cette page) - toutes les notices de cette page - toutes les notices (dans ces résultats) Transférer les notices dans le panier : Imprimer : Exporter : Excel, Endnote 7

49 22/01/2008 Récupération dans le Web of Science des 20 publications les plus récentes de votre unité Dispositif revelec > WOS > GENERAL SEARCH

50 22/01/2008 Autres sources … Tableau récapitulatif - Documentation / Inra Montpellier Biomed Central Agricola Google scholar

51 Gestion des références bibliographiques dans une base EndNote recherche tri copie impression

52 22/01/ – opérations sur les références Suppression dune référence References Delete references Visualisation de toutes les références References Show All Recherche de doublons et suppression References Find Duplicates References > Delete References

53 22/01/ Recherche dans une librairie References > Search References Recherche multi-champs Opérateurs logiques entre champs (And, Or, Not) Pas dopérateurs logiques à lintérieur dune case de recherche plusieurs mots = expression Ajout possible de cases dénoncés Respect de la casse Sauvegarde du profil de recherche (Save) Rappel dun profil précédemment sauvegardé (Load) Recherche sur lensemble / sous-ensemble des références (recherche précédente) Ctrl+1 Recherche dans une liste de termes

54 22/01/2008 Exercice : recherche dans une librairie Rechercher dans Paleo.enl tous les articles écrits par Billoski entre 1990 et 1998

55 22/01/ tri des références References > Sort References 3 - sélection manuelle de références choix multiple des notices Ctrl + click souris

56 22/01/ – opérations sur les références (+ exercices) Ajout de termes pour un ensemble de références References Change and Move Fields Ajouter dans le champ « call number » la date de lexport de ProdInra (22/01)

57 22/01/ – opérations sur les références (+ exercices) Copier le contenu dun champ autre champs References Change and Move Fields Changement de champs Call Number Notes

58 22/01/ – opérations sur les références (exercices) Changement global : pour un ensemble de références Edit Change text Dans le champs « Auteur », remplacer Notteghem par Nottéghem

59 22/01/2008 Renseigner dans le champ custom1 le nom de léquipe correspondante (1) Faire un recherche par nom des auteurs (équipe 1) Ajouter le nom de léquipe à ce 1er lot de publications Idem pour équipe 2 et équipe 3

60 22/01/2008 Renseigner dans le champ custom1 le nom de léquipe correspondante (2) Que faire pour les publications qui concernent plusieurs équipes ? 2 modalités : séparateur /

61 Editer des listes de publications

62 22/01/2008 Edition de liste de références bibliographiques (1) Remarque : liste simple, non évolutive (sortie papier, …) Exportation dans un fichier texte: - Sélection des références Show selected ou Search References - Sélection du style qui détermine lapparence de la liste - Exporter au format choisir le format TXT, RTF, HTML, XML, File Export

63 22/01/2008 Edition de liste de références bibliographiques (2) Remarque : liste simple, non évolutive (sortie papier, …) Copie des références / Coller dans Word ou envoi vers imprimante - Sélection des références - Sélection du style (qui détermine lapparence de la liste) Copy Formatted puis coller dans Word ou File Print > selected references

64 22/01/2008 EXERCICE : Editer une liste de publications, la sauvegarder dans Word pour limprimer Rechercher les références depuis 2002 Les trier par année, et auteurs Les copier dans Word en vue dune impression References Search References Year >= 2002 References Sort References Year Author Edit > Copy formatted puis dans Word Edition > Coller

65 22/01/2008 Création de listes thématiques (1) Une bibliographie par sujets est faite de petites listes de références apparaissant sous une entête distincte : sujets : keywords auteurs = Authors type de documents = Reference type équipe dune unité = custom1

66 22/01/2008 Création de listes thématiques (2) Sélectionner les références à inclure dans une biblio / sujet Menu Références … Search references ou sélection manuelle Identifier les sujets de la biblio / sujet Menu Tools … Subject Bibliography Subject Fields : choisir 1 ou plusieurs champs List each author separately : le nom de chaque auteur deviendra un sujet In other fields, list each entry … : si on souhaite séparer un champ en plusieurs sujets (par défaut, les keywords sont toujours listés en entrées individuelles) OK

67 22/01/2008 Création de listes thématiques (3) Une fenêtre Subject terms affiche les termes trouvés et le nombre de références (records) Sélectionner les termes que vous souhaitez inclure comme sujets (Select all, …) Une fenêtre Subject Bibliography – nom de la base de donnée s ouvre Output Style Layout : options pour le formatage (Tri, Titre, Terms : accès à la liste de termes pour ajouter ou retirer Print preview, Print, …

68 22/01/2008 EXERCICE - édition dune liste par équipe Tools … Subject Bibliography

69 22/01/2008 EXERCICE - édition dune bibliographie classée par type de documents (cas dun dossier dévaluation : Type of Work) Qualifier chaque publication par le type de document proposé par la classification demandée : exemple dossier dUMR, CSS custom 2 Tools … Subject Bibliography

70 Personnalisation des styles Mise en forme des listes de publications

71 22/01/2008 les STYLES Les styles sont classés par grandes catégories: Name Category Find : accès à la liste des catégories (exple Science) More info : style info - style preview (journal, book, book section) x pour activer un style: cliquer le nom du style 1 ) Pour sélectionner un style éditorial parmi les existants Edit > Output Styles Open Style manager fichier spécifique à Endnote, contenant la nature des champs et leurs caractéristiques de mise en forme dans Word, pour obtenir une certaine présentation des citations et des références bibliographiques Rappel : Aperçu du style disponible dans le panneau de prévisualisation dans le répertoire W:/Biblio/Endnote7/Styles pour pouvoir le personnaliser : C:/Endnote/Style (dans ce cas, modifier dans Preferences/Folder Location …)

72 22/01/2008 Les STYLES - caractéristiques Les 4 premières options (about this style, anonymous works, page numbers, journal names) s appliquent à la fois aux citations, bibliographies et notes de bas de pages Une option Template permet de définir les champs et la ponctuation à inclure dans le formatage Citations Bibliography 2 - Comprendre la grille dun style (Nature) Edit > Output Styles Open Style manager Nature Edit

73 22/01/2008 Les STYLES - Bibliography L option Templates définit pour chaque type de documents - les intitulés des champs présents dans les références dont les contenus apparaîtront dans la bibliographie - la ponctuation - des signes conventionnels propres à Endnote et réservés au formatage Style [Nature] Journal Article Author. Title. Revue.°Volume|:°Pages|°(Year)|. Caractères spécifiques 4 règles de base: la dépendance : Volume (Issue) la prépondérance du champs précédent : Volume:Issue Pages L espace et le champ : Author. Title Le texte indépendant : Year, Publisher ed.

74 22/01/2008 Les STYLES - Bibliography Style [Nature] Journal Article Author. Title. Revue. °Volume|:°Pages|° (Year)|. Les caractères spéciaux pour le formatage: texte dépendant de la présence d un champ : ° Alt+Ctrl+Space (Link adjacent text) vol. ° Volume si pas de volume ---> Caractères spécifiques séparation forcée : (séparer des infos dépendantes) | Alt Gr +6 (Forced Separation) ^ : séparer les versions singulier / pluriel des étiquettes qui sont liées à certains champs Editor, Ed. ^ Eds. Volume.Issue (Year) si pas d issue -----> 62. (2000) Volume|. Issue| (Year) si pas d issue -----> 62 (2000) Pages|. (. Final indépendant de la présence de l information Pages)

75 22/01/2008 Les STYLES - Bibliography - autres options Bibliography Layout : permet d insérer du texte avant et après chaque référence Insert Field Sort Order: instructions paramétrant l ordre des références dans la bibliographie Les STYLES - Footnotes (bas de pages) Templates : idem Bibliography Repeated citations : Paramétrage des citations répétées dans le bas de page

76 22/01/2008 Modification dun style ou création dun style personnel Il vaut mieux modifier un style existant (copie cell+ nouveau nom = perso) Edit > Output Styles Edit perso Bibliography Templates Reference Type : pour ajouter un type de document Insert Field : pour ajouter un champ

77 22/01/2008 Sur le site de léditeur d Endnote ou de la revuerevue Mise à jour des styles sur le style de l éditeur Ne pas oublier dans quel répertoire EndNote va chercher les Styles Edit > Preference > Folder Location Importation de nouveaux STYLES

78 22/01/2008 Exercices : modification de styles création dun style personnel pour une bibliothèque (exemple : fiche ouvrage) Bibliothèque de lUMR XXX - Abricot: les variétés mode d'emploi, guide pratique Lichou, J., et al. (1998), Ctifl, 256 p. insertion de lURL dans les références « journal article » Fournier D. and Roure C. Documentation INRA AGRO Montpellier (page mise à jour le 22/07/03)

79 Fonctions avancées La création de notices dans ProdInra Open URL Endnote pour les chercheurs

80 22/01/2008 La création de notices dans ProdInra (1) Utiliser le style Endnote : Export_Endnote_ProdINRA.ens (à télécharger sur Intranet-IST ou dans W:/Biblio/Endnote7/Styles) Exportation depuis EndNote dans ProdInra création

81 22/01/2008 La création de notices dans ProdInra (2) création Importer les références dans ProdINRA (par petits lots) Modifier / visualiser chaque référence afin de vérifier le circuit de validation (choix de lunité pour laquelle vous êtes constructeur) et de cocher lenvoi du document papier. Les informations complémentaires sont complétées à partir des informations présentes dans votre base Endnote (type de document, nom des auteurs, revues, résumé, …WOS).

82 22/01/2008 Activation de lOpen URL (resolveur de liens) Edit > Preferences > OpenURL X Enable OpenURL vider ou laisser vide la fenêtre "Arguments" (facultatif) valider en cliquant sur Appliquer ou OK Ouvrir une référence References > OpenURL Link Open URL Cette fonctionnalité vous permet de vérifier la disponibilité du texte intégral d'une référence bibliographique contenue dans votre base EndNote, dans les ressources documentaires conformes à la norme OpenURL (ressources électroniques Inra, catalogues de ressources papier, …)

83 22/01/2008 Exercice - Accéder au texte intégral de larticle de Fourcroy et al.,2004

84 22/01/2008 Enregistrement & gestion des références Gestion des documents en texte intégral Sources de données Périodiques électroniques Bases de données bibliographiques (portail Inra) Autres sources Bases bibliographiques personnelles Aide à la publication scientifique Edition de documents scientifiques avec liste bibliographique Stockage pdf, URL La gestion bibliographique dans le processus de recherche et de publication

85 22/01/2008 Depuis décembre 2006, développement dune version gratuite pour les utilisateurs du Web of Knowledge (INRA, IRD, CIRAD, CEMAGREF…) Version complètement intégrée à la plateforme ISI Web of Knowledge - possibilité de sauvegarder jusquà réf. - plusieurs styles pour éditions - compatible avec Endnote et Endnote web EndNote Web Express


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