Bactériologie des : - Infections ORL - Infections respiratoires Dr N. DEGAND Laboratoire de Bactériologie 09/01/2012

I- Infections ORL Angines bactériennes Rappels: Streptocoques angine à S. pyogenes angine à C. diphtheriae (diphthérie) angine à association fuso-spirillaire (Angine de Vincent) Otites et sinusites bactériennes Otites Sinusites principales bactéries en cause: S. pneumoniae H. influenzae M. catarrhalis

II- Infections respiratoires généralités / prélèvements Pneumonies bactériennes Pneumonie à Streptococcus pneumoniae Legionellose (Legionella pneumophila) Pneumonie à Mycoplasma pneumoniae Pneumonie à Chlamydophila pneumoniae Coqueluche (Bordetella pertussis)

Infections O.R.L

Rappel: Streptocoques Genre: Streptococcus cocci Gram positif en chaînettes Catalase: NEGATIVE

Rappel: Streptocoques β-hémolyse = hémolyse complète (translucide) Groupe A, B, C, G, F, etc… α –hémolyse = hémolyse verdâtre = Streptocoques « viridans » = Streptocoques « oraux »

Rappel: Streptocoques Streptocoques α–hémolytiques = hémolyse verdâtre = Streptocoques « viridans » = Streptocoques « oraux » = appartiennent à flore commensale de l’oropharynx Habituellement peu ou pas pathogènes Nb: Exception+++: S. pneumoniae (Pneumocoque)

Rappel: Streptocoques Streptocoques β–hémolytiques = hémolyse complète (translucide) = Streptocoques « pathogènes » Différenciés en fonction de leur antigène de surface (antigène de Lancefield) Detécté par groupage (agglutination de particules de latex) Groupe « A » = S. pyogenes Groupe « B »= S. agalactiae

Angine à S. pyogenes Diagnostic clinique: (surtout 5-15 ans) Douleur pharyngée +/- fièvre Angine érythémateuse (amygdale rouge) Ou érythémato-pultacée (rouge + points blanchâtres) Nb: Étiologie virale (= 60 à 90%) Étiologie bactérienne: S. pyogenes +++ (surtout 5-15 ans)

Angine à S. pyogenes Forme « érythémato-pultacée »

Angine à S. pyogenes Diagnostic biologique direct: TDR (Test de Diagnostic Rapide): Lors de l’examen clinique Par écouvillon pharyngé Détection en qq minutes d’antigènes spécifiques de S. pyogenes (Se= 95% Sp=95%) http://www.ameli.fr/fileadmin/user_upload/documents/tdr-depliant.pdf Culture bactério sur écouvillon pharyngé

Angine à S. pyogenes Culture: milieux enrichis (gélose au sang) mise en évidence β-hémolyse

Angine à S. pyogenes Groupage Lancefield « A »: =détection de l’antigène A (agglutination de billes de latex) A= S. pyogenes Tests complémentaires Bacitracine: Sensible (1) Optochine: Résistant (2) 1 2

Angine à S. pyogenes Diagnostic biologique indirect =Sérologie: recherche d’anticorps anti- Streptococcus pyogenes Anticorps anti-streptolysine (ASLO) Anticorps anti-Streptodornase Anticorps anti-Streptokinase Nb: rétrospectif (délai de positivité=3 semaines)

Angine à S. pyogenes ttt: Sensible aux β-lactamines Ttt par amoxicilline p.o En cas d’allergie: utilisation des macrolides ou pristinamycine

C. diphtheriae Genre corynebacterium Bacilles Gram positif « corynéformes » Immobile Non sporulé Non capsulé Virulence = toxine (anatoxine diphtérique)

Angine à C. diphtheriae = la diphthérie(adolescent et adulte jeune) Angine pseudomembraneuse (Fausses membranes) Adénopathies cervicales Altération de l’état général Diagnostic: écouvillon pharyngé (examen direct et culture) Diagnostic différentiel+++= Mononucléose infectieuse (due au virus EBV)

Angine à C. diphtheriae Diagnostic: culture bactério écouvillon pharyngé Examen direct: très nombreux BGP corynéformes (=aspect en massue, lettres de l’alphabet, hyéroglyphes)

Angine à C. diphtheriae Culture: gélose au sang Culture monomorphe à Corynebacterium Catalase + Aéro-anaérobie Identification = C. diphtheriae Confirmation caractère toxinogène: recherche de la toxine sur colonie par PCR

Angine à C. diphtheriae Ttt= urgence médicale sérothérapie (sérum anti-diphtérique) antibiothérapie (pénicillines, macrolides) vaccination (patient et entourage)

Angine de Vincent Haleine fétide Ulcération nécrotique de l’amygdale Mauvaise hygiène bucco-dentaire Diagnostic: examen direct+++: association fuso-spirillaire (F. necrophorum + B. vincentii) Nb: diagnostic différentiel: syphilis (Treponema pallidum) peut aussi donner angine ulcéro-nécrotique (chancre)

Angine de Vincent Examen direct: F. necrophorum B. vincentii Examen direct: Bacille Gram négatif anaérobie strict « fusiformes » = F. necrophorum Spirochètes (bactéries spiralées)= B. vincentii

Angine de Vincent Ttt antibiotique: Pénicilline ou métronidazole (si allergie) B. vincentii F. necrophorum

Sinusite bactérienne Diagnostic clinique: Agents bactériens: Douleur sinusienne (maxillaire ou frontale) Unilatérale Pulsatile Rhinorrhée purulente Obstruction nasale Fièvre Agents bactériens: H. influenzae, S. pneumoniae, M. catarrhalis

Sinusite bactérienne Diagnostic bactério: Rarement effectué Prélèvements bactério: Aspiration directe pus au niveau méat moyen Pour examen direct et culture

Otite bactérienne Forme la plus fréquente: otite moyenne aigue Diagnostic clinique: Otalgie Fièvre Examen otoscopique+++ (opacité tympanique) Agents bactériens: H. influenzae, S. pneumoniae, M. catarrhalis (S. pyogenes et S. aureus: <5%)

Otite bactérienne Diagnostic bactério (examen direct et culture): Par paracentèse Si forme hyperalgique nourrisson <3 mois Si échec de ttt antibiotique

S. pneumoniae Gram: diplocoque Gram + Immobile Capsulé Aéro-anaérobie (ana préférentiel) Caractères biochimiques: Catalase négative (Streptocoque) Sensibilité à l’optochine

S. pneumoniae S. pneumoniae = diplocoques à Gram positif polynucléaires neutrophiles

S. pneumoniae Culture: milieux enrichis (gélose au sang) α-hémolytique Aspect mucoide possible (production d’une capsule polysaccharidique = sucre)

S. pneumoniae Tests complémentaires: Sensibilité à l’Optochine +++

S. pneumoniae antibiogramme β-lactamines: sensible Sensibiltié diminuée possible (=« PSDP ») Pneumocoque de Sensibiltié Diminuée à la Pénicilline G aminosides: bas niveau résistance naturelle (comme tous les strepto) mais synergie bactéricide conservée avec β-lactamines

Haemophilus influenzae Petit bacille Gram – polymorphe ou coccobacille Gram - Immobile Catalase + oxydase + Souches capsulées (plus virulentes) ou non capsulées Respiration: exigence en CO2

Haemophilus influenzae Petit bacille Gram – polymorphe ou coccobacille Gram -

Haemophilus influenzae Culture: bactérie exigeante Milieux très enrichis (gélose « chocolat ») = gélose au sang cuit Car dépendance en facteurs X et V X= hémine V= NAD

Haemophilus influenzae Dépendance en facteurs Hémine (X) NAD (V) Besoin des 2 (X+V) nb: hémine présente dans gélose au sang Mais NAD uniquement présent dans gélose « chocolat » X+V V X

Haemophilus influenzae Antibiogramme: Sensibilité aux β-lactamines (amoxicilline, Amox+ac. Clavulanique, C3G) Résistance possible Amox si pénicillinase Concerne 20% des souches sensibiltié Amox+ac. Clav conservée

M. catarrhalis Cocci Gram négatif en diplocoques grains de café ou tétrades (idem Neisseria) Catalase + Oxydase + Aérobie strict

M. catarrhalis Culture: Tests complémentaires: Gélose au sang Présence d’une pénicillinase détectée par le test de céfinase Hydrolyse de la tributyrine (tributyrine +)

M. catarrhalis Antibiogramme: Résistance naturelle à pénicilline G et amoxicilline (production de pénicillinase) cf test « céfinase » Ttt par amoxicilline + acide clavulanique (restauration de la sensibilité par l’acide clavulanique) PG AMX AMX+ Ac. clav PG=R AMX=R AMX+ac. Clav=S

Infections respiratoires

Infections respiratoires Pneumonie bactérienne « typique » début brutal, opacité systématisée =Pneumonie Franche lobaire aigue (PFLA) S. pneumoniae Pneumonie bactérienne « atypique » début progressif, opacités mal systématisées =Pneumonie interstitielle diffuse Ex: Mycoplasma pneumoniæ Chlamydophila pneumoniae Legionella pneumophila

Infections respiratoires Exacerbations de BPCO: Surinfections chez des patients ayant une BPCO (Broncho Pneumopathie Chronique Obstructive) Étiologie bactérienne: H. influenzae S. pneumoniae M. catarrhalis

Infections respiratoires Diagnostic bactério direct: Examen direct et culture (ECBC, aspiration trachéale, LBA, PDP, etc…) Pour bactéries cultivables: S. pneumoniae M. catarrhalis H. influenzae Pour recherches spécifiques (à préciser+++): L. pneumophila Nb: ECBC + facile à réaliser mais + souvent contaminé par flore oro-pharyngée LBA plus ciblé mais nécessite fibroscopie

Infections respiratoires ECBC modalités Faire pratiquer un lavage des dents et un rinçage abondant de la bouche • Prélever les expectorations obtenues après des efforts de toux ou si besoin après kinésithérapie. Recueillir des expectorations dans un poudrier stérile.

Infections respiratoires ECBC: Examen direct: Gram et classe de Bartlett Cellules épithéliales = contamination salivaire Leucocytes = infection Prélèvement interprétable si nombre de leucocytes > ou égal à cellules épithéliales

Infections respiratoires LBA modalités Sous fibroscopie bronchique Sédation par hypnovel Bloquer l’extrêmité du fibroscope dans une bronche segmentaire ou sous-segmentaire (lingula ou lobe moyen). Injection de 20-60 ml de sérum physiologique aspiration douce (éviter de collaber la bronche) rendement 30 - 70 %.

Infections respiratoires Diagnostic bactério direct (suite): PCR sur prélèvements respiratoires (ECBC, aspiration trachéale, sécrétions nasales, LBA) Pour bactéries non ou difficilement cultivables: M. pneumoniae C. pneumoniae L. pneumophila B. pertussis / B. parapertussis Technique très sensible et très spécifique ECBC/LBA pour M. pneumoniae, C. pneumoniae, L. Pneumophila Idem ou sur sécrétions nasales seules pour B. pertussis / B. parapertussis

Infections respiratoires Diagnostic bactério direct (suite): Antigénurie Recherche d’antigènes bactériens spécifiques dans les urines Traduisant une infection invasive Disponible pour: S. pneumoniae L. pneumophila Diagnostic bactério indirect (sérologies): M. pneumoniae C. pneumophila Nb: Intérêt limité, retrospectif

Pneumonie à S. pneumoniae Diagnostic clinique: Pneumonie « typique » Début brutal +++ Fièvre 40°C Opacités systématisées à la radio de thorax 1/3 des pneumonies bactériennes de l’enfant

Pneumonie à S. pneumoniae Diagnostic bactério: Examen direct et culture sur ECBC (cf S. pneumoniae culture) Antigénurie Pneumocoque Sensibiltié 80%, mais peu spécifique faux positif si bactériurie associée (réaction croisée) Faux positif chez l’enfant dû à portage oro-pharyngé de S. pneumoniae Positivité persistante si Atcd de Pneumonie à Pneumo <3 mois, de vaccination pneumococcique dans les 5j A prescrire uniquement en cas de contexte clinique évocateur +++ Ex: Ag Pneumo +

Pneumonie à S. pneumoniae Ttt: β-lactamines: pénicilline A= amoxicilline Même en cas de PSDP (Pneumocoque de Sensibiltié Diminuée à la Pénicilline G)

Legionella pneumophila Agent de la Legionellose Bactérie intracellulaire aérobie strict Habitat: bactérie hydrique +++ Vit en eau chaude < 55°C Détruite si t° > 60°C petit bacille à Gram négatif (coloration difficile au Gram)

Legionella pneumophila Culture: milieux très enrichis (BCYE) (Charbon, extraits de levure, cystéine)

Legionella pneumophila 1976: congrès de l’American Legion (Philadelphie), 40 participants décédés de pneumonie foudroyante ="maladie des légionnaires" isolement par McDade à partir d’autopsies d'une bactérie "nouvelle" = Legionella pneumophila transmission par voie respiratoire par inhalation d'aérosols d’eau contaminée (climatisations, tours aéro-réfrigérantes…). Nb: surveillance réseau eaux chaudes (établissements de santé et thermaux) Pas de transmission inter-humaine

Legionella pneumophila Diagnostic biologique direct: Antigénurie: détecte L. pneumophila sérotype 1 Sensibiltié 80% spécificité 90% PCR sur prélèvements respiratoires Culture (ECBC, LBA) sur milieu BCYE Diagnostic biologique indirect: Sérologie (mise en évidence d’anticorps=rétrospectif) augmentation du titre d’anticorps (x4) en 15 jours d’intervalle à un 2ème titre minimum de 128 titre d’anticorps élevé (≥ 256) Ex: Ag Legio +

Legionella pneumophila Ttt ATB: Actif sur bactéries intracellulaires Fluroquinolones Macrolides Déclaration obligatoire à l’ARS

Mycoplasma pneumoniae Bactérie intracellulaire Dépourvue de paroi (=peptidoglycane) culture sur milieux spécifiques (milieux au jaune d’œuf): culture non effectuée en routine

Mycoplasma pneumoniae Diagnostic clinique: Pneumonie « atypique » Début progressif Toux Céphalées Rash cutané Anémie hémolytique Fréquent grand enfant Adulte jeune

Mycoplasma pneumoniae Diagnostic biologique: PCR sur prélèvements respiratoires +++ Sérologie: peu d’intérêt (mise en évidence d’anticorps=rétrospectif) Ttt ATB: Résistance naturelle aux β-lactamines (absence de peptidoglycane) antibiotiques à diffusion intracellulaire Ttt par: 1er choix Macrolides ou cyclines 2ème choix fluroquinolones

Chlamydophila pneumoniae Pneumonie « atypique » début progressif syndrome grippal opacité non systématisée (hétérogène) C. pneumoniae= Bactérie intracellulaire Dépourvue de paroi = peptidoglycane (donc resistante aux β-lactamines) ( idem M. pneumoniae)

Chlamydophila pneumoniae corps élémentaire (CE): forme infectieuse extracellulaire non réplicante corps réticulé (CR): forme intracellulaire non infectieuse mais réplicante cycle de développement: Attachement et entrée du CE dans la cellule hôte Différenciation du CE en CR Multiplication du CR dans le cytoplasme Différenciation des CR en CE Sortie des CE (éclatement de la cellule)

Chlamydophila pneumoniae Diagnostic biologique: PCR sur prélèvements respiratoires +++ Sérologie: peu d’intérêt (mise en évidence d’anticorps=rétrospectif) Ttt ATB: Résistance naturelle aux β-lactamines (absence de peptidoglycane) antibiotiques à diffusion intracellulaire Ttt par: 1er choix Macrolides ou cyclines 2ème choix fluroquinolones

Bordetella pertussis Agent de la coqueluche coccobacille à Gram négatif aérobie strict Catalase + oxydase + Virulence: la toxine pertussique Plusieurs effets biologiques: Facteur promoteur de lymphocytose Facteur histamino-sensibilisant Facteur activant les îlots de Langerhans Nb: immunité acquise par anticorps anti-toxine (post-vaccination ou post-infection)

Bordetella pertussis B. pertussis: aspect de coccobacille à Gram négatif

Coqueluche Diagnostic clinique: = chant du coq Incubation: 7-10j Phase catarrhale initiale Puis quintes de toux Reprise inspiratoire bruyante = chant du coq Pas de fièvre Grave chez nourrisson non vacciné (<1 mois+++) Bactéries en cause: B. pertussis (95%) et B. parapertussis (5%)

Coqueluche Diagnostic biologique d’orientation: Diagnostic bactério: NFS: hyperlymphocytose Diagnostic bactério: Diagnostic direct: PCR spécifique de B. pertussis / B. parapertussis sur sécrétions nasales (aspiration ou écouvillon) Culture: abandonné (peu sensible) Diagnostic indirect: Sérologie: recherche d’anticorps spécifiques anti-B. pertussis nb: sérologie sans intérêt < 3 semaines Ou si vaccination < 3 ans

Coqueluche Hospitalisation (si forme grave) Ttt antibiotique: Macrolides Antibioprophylaxie de l’entourage Vaccination +++