NOMENCLATURE Internationale pour la Cytogénétique humaine Dr H.KARMOUS-BENAILLY UF de cytogénétique. Hôpital de l’Archet. 26 Novembre 2009

Classement des chromosomes INTRODUCTION ISCN (International System for Human Cytogenetic Nomenclature);1995 2005 2009 Basée sur les résultats de plusieurs conférences internationales; Classement des chromosomes 46 chromosomes: 22 paires d’autosomes et une paire de gonosomes Autosomes: 1 à 22 dans l’ordre décroissant de taille Gonosomes : X / Y 7 groupes (A-G): basé sur la taille des chromosomes et la position du centromère

Deux bras inégaux: « sub-métacentrique » INDICE CENTROMERIQUE Deux bras inégaux: « sub-métacentrique » Les 2 bras de la même longueur: « métacentrique » Un bras très court: « acrocentrique »

*7 groupes (A-G): basé sur la taille et la position du centromère A:grands métacentriques B:grands submétacentriques C:moyens subméta D: grands acrocentriques E: petits subméta, F: petits métacentriques G: petits acrocentriques

Formule chromosomique Règles générales: comporte toujours en 1er le nombre total de chromosome suivi d’une virgule puis, sans espace, l’énumération des gonosomes. Ainsi, le caryotype normal est désigné de la façon suivante: 46,XX: caryotype féminin normal 46,XY: caryotype masculin normal

46,XX

46,XY

Formule chromosomique Identification et définition des bornes,régions et bandes: Tel -Chaque ch. est constitué d’une série continue de bandes -1 bande= segment de chromosome différentiable des segments adjacents par sa coloration + pâle ou + sombre -Borne= trait morphologique distinct, d’une grande importance dans l’identification du chromosome centromères, télomères et certaines bandes caractéristiques -si 1 bande est utilisée comme borne, elle appartient à la région la + distale et est la 1ère bande de cette région -région=segment de chromosome situé entre 2 bornes consécutives. borne Région 3 borne Bande 31 Région 2 borne Bande 21 Région 1 borne cen

Formule chromosomique Identification et définition des bornes,régions et bandes: 300 bandes 400 bandes 500 bandes Tel borne Région 3 borne Bande 31 Bande p22 Région 2 borne Bande p21 Bande 21 Bande p11.3 Région 1 Bande p11 Bande p11.2 Bande p11.13 Bande p11.1 Bande p11.12 borne cen Bande p11.11 -Les bandes et les régions sont numérotées du centromère vers le télomère. -les bandes peuvent être subdivisés en sous-bandes qui peuvent être subdivisées en sous-sous-bandes -le numéro de la bande et de la sous-bande sont séparés par un point.

Pour désigner une bande sur un chromosome, il faut écrire le n° du chromosome, le symbole du bras (p ou q), le numéro de la région, le numéro de la bande dans cette région+/- le n° de la sous-bande et de la sous-sous-bande CHROMOSOME 5 400 550 850 q p 15.3 15.2 15.1 14 13 12 11 11.1 11.2 15 21 22 23 31 32 33 34 35 13.3 13.2 13.1 23.1 23.2 23.3 31.1 31.2 31.3 33.1 33.2 33.3 35.1 35.2 35.3 15.33 15.32 15.31 14.3 14.2 14.1 12.1 12.2 12.3 21.1 21.2 21.3 22.1 22.2 22.3 5q31 Ex.: 5q31 : 1ère bande de la 3ème région du bras long 5q31.1 : 1ère sous-bande de la 1ère bande de la 3ème région du bras long 5q31.1: se prononce: 5 q trois un point un ( et non 5q trente et un point 1)

Formule chromosomique Descriptions des remaniements: -anomalies des gonosomes présentées avant celles des autosomes ex.: 48,XXY,+21 -autosomes: répertoriés dans l’ordre croissant des numéros, indépendamment du type de l’aberration ex.: 48,XY,+2,t(10;16)(p14;q12),+21 -la formule chromosomique est écrite d’un seul tenant, sans espace, ponctuée par des virgules -des symboles ou des abréviations sont utilisés pour désigner les anomalies; -le chromosome impliqué est mis entre parenthèses (ex.: inv(2), del(4)…si plusieurs chromosomes sont impliqués, ils sont séparés par un ; (ex.: t(10;16)(p12;q12)

EXEMPLES

69,XXX

47,XY,+21

47,XX,+21

46,XX,-7,+21 Aneuploïdies autososomiques Les pertes ou les gains de chromosomes sont énumérés dans l’ordre croissant de numéro des chromosomes, précédés d’un signe moins(-) ou d’un signe plus (+)

45,X

46,X,+21

47,XXX

47,XXY

Aneuploïdies gonosomiques: Les changements de nombre des chromosomes sexuels ne sont pas précédés par un signe, SAUF pour les anomalies acquises 45,X: monosomie X (syndrome de Turner) 45,X,-Y: perte du chromosome Y, anomalie acquise chez un homme constitutionnellement 46,XY 47,XXY syndrome de Klinefelter 47,XXX: trisomie X 47,XX,+X: trisomie X acquise chez une femme constitutionnellement 46,XX

Anomalies de structure Remaniements intéressant un seul chromosome Nombre de ch.,gonosomes,nature de l’anomalie(chr.concerné)(points cassure) -Délétion : del ex.:délétion du bras court du chromosome 1 avec le point de cassure dans la bande p36.3 46,XY,del(1)(p36.3) -Anneaux: r ex. 46,XY,r(2)(p21q31) -Duplications: dup ex.: 46,XX,dup(2)(p14p23)

Anomalies de structure Remaniements intéressant un seul chromosome -Isochromosomes : i ex.: 46,XX,i(17)(q10) -Inversions : inv ex.: 46,XY,inv(2)(p12q31) -Insertions intrachromosomiques : ins ex.: 46,XX,ins(2)(p13q21q31) -Recombinants: rec ex.: 46,XX,rec(2)dup(2p)inv(2)(p21q31) -Sites fragiles : fra ex.: 46,X,fra(X)(q27.3)

-robertsoniennes : der ou rob (uniquement constitutionnelles.) Remaniements intéressant deux chromosomes ou plus Nombre de ch.,gonosomes,nature de l’anomalie(chr;chr)(points cassure chr;points cassure chr) -Translocations -robertsoniennes : der ou rob (uniquement constitutionnelles.) ex.: 45,XX,rob(14;21)(q10;q10) ex.: 45,XX,der(14;21)(q10;q10) -réciproques : t ex.:46,XY,t(10;16)(p13;p13.3) ou 46,XY,t(10;16)(10qter10p13::16p13.316pter;16qter16p13.3::10p1310pter)

46,XY,t(2;5)(2pter2q21::5q315qter;5pter5q31::2q212qter) Exemple: 2 5 2q21 5q31 46,XY,t(2;5)(q21;q31) ou 46,XY,t(2;5)(2pter2q21::5q315qter;5pter5q31::2q212qter)

exemples 1- 46,XY,t(2;7)(q24.3;p21)dn ou 46,XY,t(2;7)(2pter->2q24.3::7p21->7pter;7qter->7p21::2q24.3->2qter)dn 2- 46,XY,t(4;5)(q34;q34)dn ou 46,XY,t(4;5)(4pter->4q34::5q34->5qter; 5pter->5q34::4q34->4qter)dn

Anomalies de structure Remaniements intéressant deux chromosomes ou plus -Dérivés d’une translocation : der ex.:46,XX,der(1)t(1;3)(p22;q13) -Translocations complexes : ex.:46,XX,t(2;7;5)(p21;q22;q23) -Insertions interchromosomiques ex.:46,XY,ins(5;2)(p14;q22q32) -Chromosomes marqueurs : ex.: 47,XY,+mar

Dérivé d’une translocation paternelle Clinique: Femme 30 ans Echo 12SA: malformations cérébrales Cytogénétique: Caryotype fœtus:XX, délétion 13q Caryotype père : t(13;15)(q13;q26.2) formule pour fœtus: 46,XX,der(13)t(13;15)(q13;q26.2)pat

Translocation complexe Homme 40 ans, Caryotype pour stérilité

46,XY,t(10;11;16)(10qter10p12. 3::11p1211pter;11qter11p12::16q12 46,XY,t(10;11;16)(10qter10p12.3::11p1211pter;11qter11p12::16q12.216qter;16pter16q12.2::10p12.310pter) 10p12.3 11p12 16q12.2 46,XY,t(10;11;16)(10p12.3;11p12;16q12.2) La formule chromosomique est la suivante: 46,XX,ins(8;10)(q12;p12.3p14),t(10;11;16)(10qter10p12.3::11p1211pter; 11qter11p11.2::16q12.216qter;16pter16q12.2::11p11.211p12::10p1410pter) La formule chromosomique est la suivante: 46,XX,ins(8;10)(q12;p12.3p14),t(10;11;16)(10qter10p12.3::11p1211pter; 11qter11p11.2::16q12.216qter;16pter16q12.2::11p11.211p12::10p1410pter)

Insertion Femme, 25 ans FCS à répétition Caryotype: insertion du segment 10p12.3 à 10p14 dans le chromosome 8 au niveau de la bande q12  formule: 46,XX,ins(8;10)(q12;p12.3p14) La formule chromosomique est la suivante: 46,XX,ins(8;10)(q12;p12.3p14),t(10;11;16)(10qter10p12.3::11p1211pter; 11qter11p11.2::16q12.216qter;16pter16q12.2::11p11.211p12::10p1410pter) La formule chromosomique est la suivante: 46,XX,ins(8;10)(q12;p12.3p14),t(10;11;16)(10qter10p12.3::11p1211pter; 11qter11p11.2::16q12.216qter;16pter16q12.2::11p11.211p12::10p1410pter)

Le polymorphisme chromosomique Le nombre et la morphologie générale des chromosomes sont les mêmes pour tous les individus. Les régions d'hétérochromatine peuvent être le site de variations inter-individuelles, sans conséquences phénotypiques et transmises selon le mode dominant. Ces polymorphismes chromosomiques portent souvent sur la longueur de l'hétérochromatine des bras longs de l'Y, des chromosomes 1, 9 et 16 et sur les bras courts des acrocentriques

15p+

21p+

46,XY,inv(9)(p12q13)

Mosaïques Les différents clones sont séparés par une barre inclinée (/) et le nombre de cellules de chaque clone indiqué entre crochets [ ]. Les caryotypes sont présentés dans l’ordre décroissant du nombre de cellules de chacun des clones mais le clone normal est toujours écrit en dernier: Ex.: mos 45,X[15]/47,XXX[10]/46,XX[23] Dans les néoplasies, la présentation des clones peut être différent quand il existe une évolution clonale.

Commentaire de ce caryotype? mos 45,X [17]/47,XXX [5]/46,XX [178] Commentaire de ce caryotype? Aneuploïdie gonosomique en mosaïque: - 89 % des cellules observées ont deux chromosomes, - 8,5 % des cellules ont une monosomie X, - 2,5 % des cellules ont une trisomie X.

Klinefelter en mosaïque Clinique: suspicion de syndrome de Klinefelter Cytogénétique: -5 mitoses 46,XY -8 mitoses 47,XXY -3 mitoses 48,XXXY mos 47,XXY[8]/48,XXXY[3]/46,XY[5]

Exemple : Indication : stérilité

46,X,r(Y)(p11.3q11.2) 26

45,X 4

Formule chromosomique? 46,X,r(Y)(p11.3q11.2)[26]/45,X[4] Conclusion? mosaïque une population cellulaire (86%) comportant un chromosome Y en anneau une population cellulaire(14%) comportant une monosomie X

Désignations et symboles particuliers Segment chromosomique d’origine inconnue: le terme add est utilisé pour indiquer qu’un chromosome a reçu un segment chromosomique non identifié. Ce chromosome est délété pour le segment distal au point de cassure. En fonction du point de cassure et de la longueur du segment inconnu ajouté, le bras court du chromosome sera plus long ou plus court. Ex.: 46,XY,add(12)(q13) : présence d’un segment chromosomique d’origine inconnue sur le bras long d’un chromosome 12 à partir de la bande 12q13. Multiples copies: le signe multiplié (x) est utilisé pour indiquer qu’un chromosome anormal existe en plusieurs exemplaires. Ex.: 46,XX,del(6)(q13q23)x2 : la même délétion intercalaire est observée sur les 2 chromosomes 6

Désignations et symboles particuliers Incertitude *Un ? est utilisé pour indiquer que l’identification du chromosome ou du remaniement n’est pas sûre. Il peut remplacer le numéro du chromosome, la région ou la bande. Ex.: 47,XX,+?8 :le chromosome surnuméraire est probablement un chromosome 8 46,XY,del(1)(q2?) :le point de cassure est dans la région 1q2 mais il n’est pas possible de déterminer quelle bande 46,XY,?del(1)(q43) :la délétion du chromosome 1 avec un point de cassure en 1q43 est incertaine

Incertitude *Un signe approximatif (~) est utilisé pour indiquer l’intervalle d’incertitude. Ex.: 46,XY,del(1)(q21~q24) :le point de cassure de la délétion terminale est dans le segment 1q211q24 mais on ne peut préciser dans quelle bande. *Le terme or indique une interprétation alternative. Ex.:46,XY,add(19)(p13 or q13) : le ch.19 porte un segment surajouté soit sur son bras court soit sur son bras long

Hybridation in situ La formule cytogénétique est suivie d’un point (.), suivi lui même par le terme ish et par les résultats de l’hybridation in situ. Pour les chromosomes normaux, le nom du locus est suivi par le signe (x) suivi du nombre de signaux observés Ex.: 46,XX.ish 17p11.2(D17S29x2) : caryotype normal et FISH normale avec la sonde du locus du syndrome de Smith-Magenis

Hybridation in situ Pour les anomalies de structure, le symbole ish est suivi de la description de l’anomalie avec le(s) point(s) de cassure. Le locus de la sonde est écrit en dernier, en majuscule suivi par un signe (+) ou (-) selon la présence ou l’absence du signal correspondant. Si plusieurs sondes sont utilisées, leur désignation est séparée par une virgule.

Ex.: 46,XX.ish del(15)(q11.2q11.2)(SNRPN-,D15S10-): caryotype normal, mais il existe une microdélétion du ch. 15 correspondant au syndrome de Prader-Willi 46,XX.del(15)(q11q13).ish del(15)(q11.2q11.2)(SNRPN-): délétion cytogénétique confirmée par FISH avec la sonde du locus SNRPN situé dans la région critique pour le syndrome de Prader-Willi 46,XX.ish dup(17)(p11.2p11.2)(CMT1A++): la région contenant le locus de la maladie de Charcot-Marie-Tooth sur le chromosome 17 est dupliquée 47,XY,+mar.ish der(8)(D8Z1+): la sonde spécifique de l’alpha satellite du 8 s’hybride avec le marqueur surnuméraire qui est donc un der(8)

Fille, 8ans, suspicion sd de DiGeorge FISH: sonde D22S75 46,XX.ish 22q11.2(D22S75x2)

Syndrome de DiGeorge Microdélétion 22q11.2

46,XX.ish del(22)(q11.2q11.2)(D22S75-)

46,XY.ish del(2)(qter-)

Exemples 46,XY,t(11;12)(p15;q15).ish t(11;12)(WCP11+,WCP12+;WCP12+,WCP11+) WCP11 + WCP12 Der(11) Der(12)

46,XX,del(4)(q32q35.1).ish del(4)(q32q35.1) (WCP4+, D4S2930+) Télomères 4p (D4S3359) (v)+ 4q (D4S2930) (r) WCP4

1q21 8p11.2

WCP1; WCP8

Formule? 46,XX,t(1;8)(q21;p11.2).ish t(1;8)(WCP1+,WCP8+; WCP8+,WCP1+)