NGS des gènes connus dans le diagnostic 8èmes assises de génétique humaine et médicale, 2 février 2016 NGS des gènes connus dans le diagnostic de la déficience intellectuelle Boris Keren, Cyril Mignot, Caroline Nava, Corinne Mach, Elodie Lejeune, Aurélia Jacquette, Perrine Charles, Claude Estrade, Valérie Olin, Aurélie Lafitte, Sabina Karagic, Sandra Whalen, Isabelle Marey, Alexandra Afenjar, Solveig Heide, Fanny Mochel, Diane Doummar, Thierry Billette de Villemeur, Agnès Guet, Diana Rodriguez, Marie-Laure Moutard, Yannick Marie, Sandra Chantot-Bastaraud, Renaud Touraine, Fabien Lesne, Anne Faudet, Florent Soubrier, Delphine Heron, Christel Depienne

Orientation diagnostique Déficience intellectuelle Orientation diagnostique non oui ACPA - Analyses ciblées (FISH Sanger…) Xfra + - + Diagnostic Diagnostic Pas de diagnostic

Orientation diagnostique Déficience intellectuelle Orientation diagnostique non oui ACPA - Analyses ciblées (FISH Sanger…) Xfra + - + Diagnostic Diagnostic NGS

NGS Panel « à façon » Exome coût réduit mise en place complexe gènes validés dans la pathologie tous les gènes connus Gene 1 Gene 2 Gene 3 Gene 4 Gene 5 Gene 6 ………... coût réduit mise en place complexe liste rapidement obsolète mise au point technique simple toujours « à jour » analyse complexe coût élevé

Option intermédiaire : TruSight One > 4800 gènes associés aux maladies héritées référencés OMIM HGMD Clinvar ≈2X moins cher que l’exome Produit « clé en main »

TruSight One Indication : Forte demande de conseil génétique

Discussion avec cliniciens Analyse des variants Filtre : qualité + fréquence + conséquence Filtre familial Filtre patho ClinVar + HGMD Filtre LoF - - RX DN AR + + + Bam : vrai + ? Discussion avec cliniciens + Sanger

151 cas index analysés (165 patients) Résultats 151 cas index analysés (165 patients) Diag certains : 37 26 mut. Htz 22 de novo 1 parent atteint 3 mosaïq. parentale 6 bialléliques 5 liés à l’X Diag probables : 5 4 de novo 1 lié à l’X VOUS : 10 Diag partiels : 4 rendement diagnostique 42/151 = 28%

Diagnostics de pathologies dominantes Résultats Diagnostics de pathologies dominantes parent atteint ANKRD11 parent en mosaïque HNRNPU SCN8A ARID1B dominant lié à l’X ARHGEF9 (père mosaïque) KDM6A ADNP (x2) POGZ ANKRD11 RAI1 ATP1A3 SATB2 DYRK1A SCN1A FOXP1 SCN2A GRIN2B SLC6A1 KIF1A SYNGAP1 (x2) NAA10 TCF4 (x2) NFIX ZEB2 mutation htz de novo

Diagnostics de pathologies récessives Résultats Diagnostics de pathologies récessives Liées à l’X Récessives GRIA3 (parent mosaïq.) CLMP ATRX COG5 HPRT LARS2 KDM5C MFSD8 PANK2 UNC80

Mosaïques chez les parents GRIA3, ChrX NM_007325.4:c.1964T>C, p.Phe655Ser HNRNPU, Chr1 NM_031844.2: c.16delinsATT, p.Val6Ilefs*4 ARHGEF9, ChrX NM_015185.2:c.865C>T, p.Arg289* Enfant (fille) père 40% Enfant (fille) père 45% 100% Enfant (garçon) 1% 10% 20% mère

Mosaïques chez les parents 5/30 mutations pathogènes hétérozygotes sont en mosaïque chez un des parents. ARHGEF9 (20%) GRIA3 (10%) ARID1B (7%) SCN8A (1%)

Indications / résultats CLINIQUE RENDEMENT autisme et TSA : 56 patients 1 gène (SOX5) 1,7% DI (hors autisme) : 95 patients 40 diag. 42% épilepsie + DI : 40 patients 13 diag. 35% 1 probable

Patient 1 DI sévère Mammelon surnuméraire Scoliose Trouble du comportement Mutation de KDM5C p.Arg258Trp, transmise par mère Prédite délétère, pas dans ExAC Avis de R. Touraine : probablement pathogène

Patient 1 DI sévère Mammelon surnuméraire Scoliose Trouble du comportement Mutation de KDM5C p.Arg258Trp, transmise par mère Prédite délétère, pas dans ExAC Avis de R. Touraine : probablement pathogène Ségrégation familiale (faite à St Etienne) : frère sain porteur

Patient 2 3 ans hypotonie neonatale DI sévère Mouvements involontaires MS Dystonie NGS en septembre 2015

Patient 2 2 variants tronquants htz composites dans un gène non connu en pathologie VOUS

Patient 2 Importance d’une base de données

Conclusion TruSight 1: bon outil pour diagnostic de la DI discussion clinico-biologique nécessaire pour diagnostic rendement dépend de l’indication ++ : DI vs autisme améliorations : analyse bioinformatique exome/génome BDD variants et phénotypes

Remerciements ICM Yannick Marie Avis « d’experts » Renaud Touraine Julien Thévenon Amélie Piton Bénédicte Gérard Pascale Saugier Laurent Pasquier Sylvie Odent Christelle Dubourg Stéphanie Baert Nicole Philip-Sarles Florence Riccardi Dominique Campion Hélène Cavé Arnaud Bruneel Sandrine Vuillaumier Annick Toutain Irina Giurgea Sarah Weckhuysen Vincent Gatinois David Geneviève Département de génétique (Florent Soubrier) Pitié-Salpêtrière Genosplice Olivier Ariste Pierre De La Grange Biologistes Christel Depienne Caroline Nava Cliniciens Delphine Héron Cyril Mignot Aurélia Jacquette Perrine Charles Isabelle Marey Fanny Mochel Solveig Heide Alexandra Afenjar Sandra Whalen Cliniciens Trousseau Lydie Burglen Marie-Laure Moutard Thierry Billette Diane Doumar Diana Rodriguez Agnès Guet Techniciennes Corinne Mach Elodie Lejeune Claude Estrade Aurélie Lafitte Sabina Karagic Valérie Olin Cytogénétique Trousseau Sandra Chantot-Bastaraud Jean-Pierre Siffroi ARC Anne Faudet Fabien Lesne Bioinformaticien Julien Buratti