Analyse de séquences nucléotidiques séance n°2 Bio-Informatique
Problématique Suite à la publication de l’article de Legrand et al. en 2007 concernant la création d’une banque EST (Expressed Sequence Tag) de chicorée industrielle, nous voudrions analyser cette banque afin de mettre en évidence certaines séquences liés au stress. Ces séquences devront ensuite être amplifiées sur une population afin de visualiser le polymorphisme potentiel des SSR (Simple Sequence Repeat).
SSR ou microsatellites Séquence répétée de 2 à 6 nucléotides dont le nombre de répétitions peut varier entre individus
Stratégie Définissez les différentes étapes à réaliser pour cet exercice
Stratégie 1. Trouver la banque EST 2. Construire une banque d’unigènes 3. Trouver les séquences avec des motifs SSR 4. Annoter les séquences 6. Sélectionner des motifs di- et trinucleotidiques 7. Définir des amorces sur la séquence EST 5. Sélectionner les séquences en relation avec la fonction recherchée
BLAST2GO 3 étapes: -BLAST: recherche des séquences homologues Code couleur: Orange: ok Rouge: pas de résultat de BLAST Blanc: erreur - Mapping: association des séquences homologues avec des ontologies (descriptions) de gènes (GO) afin de structurer la description (Vert: ok) 3 catégories: F: Fonction moléculaire P: Processus biologique C: Compartiment Cellulaire Exemple: Histone: F: DNA Binding, P: Nucleosome assembly, C: Nucleus -Annotation: Regroupement des GO les plus représentatives du groupe de séquences homologues (bleu: ok)