Utilisation du logiciel chemsketch 1

Présentation générale Le logiciel chemsketch est un logiciel de chimie libre de droits (téléchargeable légalement et gratuitement par tous) qui permet de réaliser des formules topologiques de molécules. 2

Utilisation basique 3 Présentation type windows avec toutes les fonctionnalités allant avec (enregistrer le fichier, annuler une action, etc) Pour dessiner une molécule, il faut que « structure » soit surligné et non « draw » Dans un premier temps, il vaut mieux utiliser « draw normal », plus simple. Liste des atomes utilisables par le logiciel. Si l’atome n’est pas présent dans la liste, on peut utiliser le tableau de mendeleiev en haut de la colonne.

Construction de molécule 1 4 Les réglages par défaut sont : -« structure » surligné - l’atome de carbone (C) sélectionné - l’option « draw normal » surlignée Avec ces réglages, si on clique sur la feuille chemsketch, on obtient ce qu’il y a à droite NB : Le logiciel ajoute par défaut le bon nombre d’atomes d’hydrogène. Ce nombre varie suivant le nombre de liaisons qu’on impose.

Construction de molécule 2 5 On renouvelle l’opération de manière à obtenir deux atomes de carbones séparés. Pour relier ces deux atomes, il suffit de cliquer sur le premier, puis en maintenant le bouton enfoncé, glisser jusqu’au deuxième. Lorsqu’on relâche le bouton de la souris, le logiciel va adapter le nombre d’atomes d’hydrogène à la nouvelle molécule.

Doubles liaisons 6 Pour réaliser une double liaison, placer la souris sur la liaison existante (la liaison apparaît alors encadrée comme la première image), puis cliquez sur cette liaison.

Hétéro atomes 7 Pour insérer d’autres atomes que l’atome de carbone, il faut cliquer sur les atomes de la barre de gauche. Exemple avec l’atome d’oxygène.

Hétéro atome 8 Comme pour l’atome de Carbone, on ajoute un oxygène sur la feuille, puis on crée une liaison entre l’atome de carbone et l’atome d’oxygène. NB : on voit bien dans cet exemple que le logiciel utilise la notation topologique : le carbone qui n’est pas en bout de chaine n’est pas noté explicitement.

variante 9 On peut également se servir de la barre de gauche pour modifier la nature d’un atome existant : si on clique sur un atome de carbone alors que l’oxygène est sélectionné, l’atome de carbone se change en atome d’oxygène.

Sélection dans la molécule 10 Le plus difficile à appréhender dans ce logiciel est la sélection de parties existantes de la molécule. Pour ce faire, il faut surligner l’icône de sélection. On a alors le choix entre une sélection rectangulaire (image 1) ou une sélection « lasso » (image 2) plus pratique dans certains cas mais plus dure à utiliser. NB : lorsqu’on supprime une liaison, on supprime également les deux atomes reliés.

Outils chemsketch 11 Dans le menu « tools » (outils), on trouve des fonctionnalités intéressantes : -3D structure optimization : donne la structure 3D de la molécule -Add / Remove explicite hydrogens : passe de la notation topologique à une notation développée -Generate-> name for structure : donne le nom de la molécule

Les plus 12 Une fois obtenue la structure 3D de la molécule, on peut la faire tourner dans l’espace afin de bien visualiser sa forme grâce à ce bouton :