Cours 4 Boucles, Programmation de base

Boucles et Tests for( in ) { } while( ) { } Exemple: x=rep(5,0) for (i in 1:5) x[i]=2*i+1 Les fonctions du type apply(),replicate() évitent d’écrire des boucles.

Boucles et exécutions conditionnelles if(expr1) expr2 else expr3 avec pour expr1 une expression de type logique, Remarques: Plusieurs commandes entre accolades: {expr;… ;expr n} Les exécutions conditionnelles (if.. else) peuvent quelquefois être remplacées efficacement par des indexations logiques.

Exemple: y=numeric(length(x)); for(i in 1:length(x)) {if(x[i]==b)y[i]=0 else y[i]=1} Remarque: L'exemple précédent peut être remplacé par: y[x==b]=0; y[x!=b]=1;

Des Expressions de type logique utilisant des opérateurs relationnels: x y;x =y;x==y; x!=y ou bien (et) les opérateurs NOT ! AND & OR I

if(expr1) expr2 else expr3 Le résultat de cette commande est expr2 si expr1 vaut TRUE et expr3 si expr1 vaut FALSE Il existe une version vectorisée de cette commande: ifelse(condition, a,b)

exemples x=1; if(x<5) y=1 else y=2 y; [1] 1 x=1:10 if(x<5) y=1 else y=2

Suite: ifelse(condition, a,b) ifelse(x<5,1,2) [1] y=ifelse(x<5,1,2);y; [1]

repeat expr while(condition) La commande break peut être utilisée pour terminer une boucle quelconque, et c’est le seul moyen pour interrompre une boucle avec repeat La commande next peut être utilisée pour pour interrompre une boucle particulière et passer aux instructions suivant next

Programmer avec R Point fort:la programmation d'une suite d'analyses qui seront exécutées successivement Un programme en R sera écrit dans un fichier ascii et sauvegardé avec l'extension.R Exemple: tracer le même graphe pour 3 espèces d'oiseaux

Programme 1 layout(matrix(1:3,3,1)) data=read.table(« swal.dat ») plot(data$v1,data$v2, type= »l ») Title(« swallow ») data=read.table(« wren.dat ») plot(data$v1,data$v2, type= »l ») Title(« wren ») data=read.table(« dunn.dat ») plot(data$v1,data$v2, type= »l ») Title(« dunn »)...

Programme 2:les noms de fichier et d'especes sont utilises comme des variables layout(matrix(1:3,3,1)) species=c(«swallow »,»wren »,»dunnock») file=c(« swal.dat »,»wren.dat »,»dunn.d at ») for(i in 1:length(species)) {data=read.table(file[i]) plot(data$v1,data$v2,type= »l ») title(species[i]) }

Les fonctions On peut écrire ses propres fonctions: Pour pouvoir être exécutée une fonction doit être chargée en mémoire, cela peut se faire de plusieurs façons: Entrer les lignes au clavier, ou les copier /coller à partir d’un éditeur Enregistrer la fonction dans un fichier ascii et la charger par la commande source() Si on souhaite que la fonction soit chargée au démarrage, il peut les enregistrer dans un workspace avec l’extension.Rdata qui sera chargé en mémoire s’il est localisé dans le répertoire de travail de démarrage getwd(): indique le repertoire de travail

Exemple de fonction carre=function(x){print(x*x)} carre(3);9 Il y a deux manières de spécifier les arguments à une fonction: par leur position par leur nom Exemple: fonc=function(arg1,arg2,arg3) fonc(x,y,z); fonc(arg2=y,arg1=x,arg3=z);

print() pour afficher le contenu d ’un objet dans une fonction Arguments par défaut Exemple: Moy.et.etype=function(x=1:10) {moyenne=mean(x); etype=sd(x); print(c(moyenne,etype)); } moy.et.etype() [1] moy.et.etype(1:100) [1]

Programme 3 myfun=function(S,F) { data=read.table(F) plot(data$v1,data$v2,type= »l ») title(S) }; layout(matrix(1:3,3,1) myfun(« swallow », »sawl.dat »)...

Les fonctions On peut écrire ses propres fonctions: Pour pouvoir être exécutée une fonction doit être chargée en mémoire, cela peut se faire de plusieurs façons: Entrer les lignes au clavier, ou les copier /coller à partir d’un éditeur Enregistrer la fonction dans un fichier ascii et la charger par la commande source() Si on souhaite que la fonction soit chargée au démarrage, on peut les enregistrer dans un workspace avec l’extension.Rdata qui sera chargé en mémoire s’il est localisé dans le répertoire de travail de démarrage getwd(): indique le repertoire de travail

nom=function(arg1,arg2,…)expression Où expression peut être un groupe d’expressions rassemblées entre accolades: nom=function(arg1,arg2,…) {expression1, expression2, expression3,… }

Fonctions (suite) print() pour afficher le contenu d ’un objet dans une fonction Le résultat de la fonction sera en général la dernière valeur calculée. Un appel de fonction est fait de la façon suivante: nom(arg1,arg2,…)

Exemples carre=function(x){print(x*x)} carre(3);9 Il y a deux manières de spécifier les arguments à une fonction: par leur position par leur nom fonc=function(arg1,arg2,arg3) fonc(x,y,z); fonc(arg2=y,arg1=x,arg3=z);

Arguments par défaut Exemple: moy.et.etype=function(x=1:10) {moyenne=mean(x); etype=sd(x); print(c(moyenne,etype)); } moy.et.etype() [1] moy.et.etype(1:100) [1]

Tableaux récapitulatifs

Distributions de probabilités classiques suite Arguments additionnelsNoms sous Rdistributions M,nwilcox Wilcoxon shape,scaleweibull Weibull min,maxunif Uniforme df,ncpt T de student lambdapois Poisson mean,sdnorm Normale meanlog,sdloglnorm Log-normale n,m,khyper Hypergéométrique probgeom Géométrique

Fonctions mathématiques de base Ecart-type des éléments de xsd(x) Matrice de corrélation si x est une matrice ou un data framecor(x) Variance des éléments de x(calculée sur n-1) matrice des var et cov si x est une matricevar(x) ou cov(x) Médiane des éléments de xmedian(x) Moyenne des éléments de xmean(x) Idem que c(min,max)range(x) Retourne l’indice du minimum des éléments de xwhich.min(x) Retourne l’indice du maximum des éléments de xwhich.max(x) Maximum, minimum des éléments de xmax(x), min(x) Produit des éléments de xprod(x) Somme des éléments de xsum(x)

Autres fonctions Retourne un vecteur de meme longueur que x contenant les éléments de x qui sont dans ymatch(x,y) Idem pour produit, minimum, maximumcumprod(), cummin(),cummax() Un vecteur dont le ieme élément est la somme de x[1]à x[i]cumsum(x) Un vecteur dont le iéme élément est le minimum entre x[i] et y[i]pmin(x,y,…) Centre et réduit les donnéesscale(x) Range les éléments de xrank(x) Trie les éléments de x dans l’ordre ascendantsort(x) Inverse l’ordre des éléments de xrev(x) Arrondit les éléments de x à n chiffres après la virguleround(x,n)

encore… Ré-échantillonnage aléatoire et sans remise de size éléments dans xsample(x,size) Retourne une selection de x en fonction de critèressubset() Retourne un tableau des effectifs des différentes valeurs de xtable() Si x est un vecteur ou un data frame, retourne un objet similaire mais avec les éléments duppliqués supprimésunique() Retourne un message d’erreur si x contient au moins un NAna.fail() Supprime les observations avec données manquantesna.omit() Coefficient binomial Cnkchoose(n,k)