Initiation à la Bibliothèque et à la recherche dans la base de données Medline/PubMed Sciences biomédicales Marie-Claude Laferrière Conseillère en documentation en sciences de la santé Janvier 2012

Conseillère en documentation Pour chaque discipline, la Bibliothèque désigne un conseiller ou une conseillère à la documentation (bibliothécaire). Conseillère en sciences biomédicales Vous trouverez mes coordonnées sur le portail thématique en médecine dentaire Marie-Claude Laferrière Bibliothèque scientifique Pavillon Alexandre-Vachon Bureau 1018-C (au 1er étage, au fond du petit corridor) Téléphone: 418-656-2131 poste 7948 Courriel: Marie-Claude.Laferriere@bibl.ulaval.ca Voici mes principales activités Formations individuelles et de groupe (étudiants et professeurs); mise au point de guides de recherche; création et mise à jour de pages web disciplinaires; achat et traitement des ressources liées à mes disciplines. Bibliothèque de l'Université Laval

Objectifs d’apprentissage de la formation Objectif de la formation Connaitre les services offerts à la Bibliothèque et savoir chercher et repérer de la documentation scientifique de façon autonome. Au terme de la formation, vous serez en mesure de : Utiliser le catalogue Ariane 2,0 et Ariane 2,0 – Recherche d’articles Comprendre un moteur de recherche complet et complexe (Medline/PubMed) Connaître les différentes fonctionnalités de PubMed, des modes d’interrogation jusqu’à l’obtention du document Exploiter le vocabulaire contrôlé MeSH Bibliothèque de l'Université Laval

Plan de la présentation Visiter et connaître les services offerts à la Bibliothèque Utiliser Ariane 2,0 et Ariane 2,0 –Recherches d’articles Connaître le site web de la Bibliothèque et le portail des sciences biomédicales Utiliser efficacement les opérateurs booléens Interroger une base de données - mots-clés - descripteurs Interroger Medline/Pubmed Bibliothèque de l'Université Laval

La Bibliothèque en quelques chiffres! Budget d'acquisition: plus de 11 millions de dollars et 50% de cette somme est consacrés aux ressources électroniques Plus de 5 millions de documents dans presque tous les domaines du savoir dont 1 200 759 livres électroniques incluant les thèses et mémoires Abonnements à plus de 62 200 journaux et revues, dont 54 000 revues électroniques accessibles hors campus + de 1000 bases de données accessibles par le Web et un accès aux catalogues des bibliothèques universitaires du monde entier Plus de 32 000 films, vidéos et DVD Bibliothèque de l'Université Laval

Accès hors campus avec EZProxy Pour accéder aux ressources électroniques à partir de la maison : Il suffit de cliquer sur la ressource électronique désirée pendant la recherche documentaire. Une page d’authentification apparaîtra. L’usager devra fournir qu’une seule fois son identifiant de l’Université Laval (IDUL) et son mot de passe (NIP) pour toute la durée de la session de recherche. Simple et rapide ! Bibliothèque de l'Université Laval

Site web de la Bibliothèque

Ariane 2.0 Bibliothèque de l'Université Laval

Ariane 2.0 c’est quoi ? Ariane 2.0 contient la liste descriptive de tous les documents que la Bibliothèque possède. Un catalogue de bibliothèque permet de : vérifier la disponibilité des documents; repérer des documents par auteur, titre, sujet, etc.; indiquer leur statut et leur disponibilité. Source : http://upload.wikimedia.org/wikipedia/ commons/7/7e/Schlagwortkatalog.jpg Bibliothèque de l'Université Laval

Contenu d’Ariane 2.0 Ce que l’on trouve avec Ariane 2.0 Livres Titres de périodiques Publications gouvernementales Documents audiovisuels Mémoires et thèses Etc. Ce que l’on NE trouve PAS avec Ariane 2.0 Articles de périodiques Articles de journaux Déroulement : Présenter très rapidement ce que l’on trouve à la bibliothèque avec Ariane 2.0 livres, titres de périodiques, publications gouvernementales, documentation audiovisuelle, mémoires, thèses, rapports, etc. Mettre l’accent sur ce que l’on ne trouve pas dans Ariane 2.0 Bibliothèque de l'Université Laval 10

Caractéristiques d’Ariane 2.0 Quelques caractéristiques : interface développée par la Bibliothèque; interface de recherche à facettes qui permet de raffiner la recherche; suggestions automatiques d’auteurs, de titres, de titres de périodiques et de sujets. Déroulement : Présenter quelques caractéristiques d’Ariane 2.0. sans aller dans les détails. Bibliothèque de l'Université Laval 11

Utilisez: la suggestion Exercices: Ariane 2.0 Utilisez la facette: livres électroniques Trouver un livre électronique sur la « microbiologie médicale» Cochez: Recherche exacte Trouver le journal « Science » Zone auteur: Nom de famille en premier Trouver un livre publié par l’auteur « Charles Darwin » Trouver un livre sur les « diagnostics microbiologiques» Utilisez: la suggestion ou l’onglet « Sujets » Bibliothèque de l'Université Laval

Ariane 2.0 – Recherche d’articles Bibliothèque de l'Université Laval

L’autre Ariane Bibliothèque de l'Université Laval

Ariane 2.0 - Recherche d’articles Nouvelle interface de recherche (version bêta) totalement indépendante d’Ariane 2.0 classique Ce que l’on trouve avec Ariane – Recherche d’articles: Des articles scientifiques de format électroniques uniquement. Ce que l’on NE trouve PAS avec Ariane – Recherche d’articles: Le contenu d’Ariane 2.0. Les articles de journaux (Soleil, Le Journal de Québec, La Presse, etc.) La totalité des articles que possède la bibliothèque. Bibliothèque de l'Université Laval

Ariane 2.0 - Recherche d’articles Objectif: trouver rapidement quelques articles sur un sujet. Contrairement à , Ariane 2.0 - Recherche d’articles garantie l’accès au plein texte de votre article. Comme nous recherchons des articles; l’interrogation se fait en anglais. L’accès se fait via : Bibliothèque de l'Université Laval

Ariane 2.0 - Recherche d’articles Seule la recherche simple est disponible. Trois champs seulement sont disponibles pour la recherche: Titre, auteur: quand nous connaissons les auteurs ou le titre de l’article. Toutes les zones: recherche dans le plein texte de l’article. Bibliothèque de l'Université Laval

Exercices: Ariane 2.0 – Recherche d’articles Question 1 Trouver cet article que votre professeur vous suggère de lire: Virgin, H. W., & Todd, J. A. (2011). Metagenomics and personalized medicine. Cell, 147(1), 44. Question 2 Votre professeur vous demande de trouver un article au sujet de la « métagénomique » qui a été publié dans la revue « Science ». Bibliothèque de l'Université Laval

Portail thématique en Médecine Bibliothèque de l'Université Laval

Les portails thématiques en santé Il existe 6 portails thématiques en sciences de la santé Médecine Médecine dentaire Médecine sociale et préventive Réadaptation Sciences biomédicales Sciences infirmières Ce que contient chaque portail ? Une tonne de ressources propres à la discipline telle que les bases de données, périodiques électroniques, dictionnaires et encyclopédies, des associations et beaucoup plus ! Bibliothèque de l'Université Laval

Pause-café De retour dans 15-20 minutes Bibliothèque de l'Université Laval

ET OU SAUF Opérateurs Booléens Bibliothèque de l'Université Laval

Opérateurs booléens ET OU SAUF Les opérateurs booléens définissent les relations entre des mots ou des groupes de mots. L’utilisation des opérateurs booléens en recherche documentaire est très utile afin de raffiner une requête. On peut ainsi inclure ou exclure des éléments précis de la recherche. Les opérateurs le plus couramment utilisés sont : ET (AND), OU (OR), SAUF (NOT). Bibliothèque de l'Université Laval 23

Les opérateurs booléens Cancer Holistique Douleur ET (AND) Utilisé pour relier différents concepts entre eux. Diminue le nombre de références en précisant la recherche. Recherche les termes équivalents (synonymes) d’un même concept. Utilisé pour élargir la recherche et augmenter le nombre de références. OU (OR) AIDS VIH SIDA SAUF (NOT) Utilisé pour exclure un ensemble de références qui « noient » la bonne information. Adulte Cancer Bibliothèque de l'Université Laval

La recherche Mots clés vs thésaurus Bibliothèque de l'Université Laval

Interroger une base de données La recherche peut s’effectuer de deux différentes façons: par mots-clés par descripteurs Bibliothèque de l'Université Laval

Recherche… Par mots-clés : La recherche s’effectue dans tous les mots ou expressions de la notice (titre, résumé, etc.) Bibliothèque de l'Université Laval

Recherche … Par descripteurs : La recherche s’effectue uniquement dans les mots ou les expressions inscrits dans le champ Sujet de la notice. Les mots ou les expressions inscrits dans le champ Sujet sont habituellement choisis dans une liste préétablie de termes. On parle alors de vocabulaire contrôlé. Bibliothèque de l'Université Laval

Recherche par descripteurs Vocabulaire contrôlé Liste de mots appelés descripteurs, Subject Headings ou Thésaurus. Les descripteurs permettent l’indexation des documents: À chaque référence sont assignés plusieurs descripteurs. L’indexation est uniforme, peu importe les mots de l’auteur. Bibliothèque de l'Université Laval

Différents thésaurus La plupart des bases de données publient un thésaurus. Celui-ci est souvent intégré au logiciel de la base. Exemples CINAHL = Descripteurs CINAHL Medline = MeSH (Medical Subject Headings) Embase = EMTREE Cochrane = MeSH (même que Medline) PsycINFO = Thésaurus (sous l’onglet « Term finder ») Bibliothèque de l'Université Laval 30

Medline via PubMed Bibliothèque de l'Université Laval

Présentation générale de Medline Descriptions: Medline est une base de données bibliographiques gratuite. Elle dépouille et indexe plus de 5 500 revues biomédicales provenant d’environ 70 pays. Période couverte : 1946 à aujourd’hui Organisme responsable : Langues des documents: Principalement en anglais. Certains articles sont en français. Les titres, les résumés et les descripteurs sont toujours en anglais. L’interrogation doit se faire uniquement en ANGLAIS. Bibliothèque de l'Université Laval

Traduction des termes de recherche Medline ne traduit pas automatiquement les mots-clés. Les termes, ou de préférence les descripteurs du MeSH (Medical Subject Headings), doivent donc être écrits en anglais. Pour traduire un terme, il est possible d’utiliser un des dictionnaires en ligne sous la rubrique « Les indispensables » du site de la Bibliothèque (ex.: Grand Dictionnaire terminologique) Les sites suivants sont aussi recommandés : Le Portail terminologique de Santé du répertoire CiSMeF (http://www.chu-rouen.fr/cismef/) Le MeSH bilingue français-anglais de l’Inserm (http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html) Bibliothèque de l'Université Laval

Domaines couverts Anatomie Médecine dentaire Pharmacologie Biochimie Médecine expérimentale Physiologie Bio ingénierie Psychiatrie et psychologie Médecine fondamentale Ergothérapie Santé publique Génétique Médecine vétérinaire Gériatrie Soins infirmiers Système de santé Immunologie Microbiologie Toxicologie Médecine clinique Nutrition Bibliothèque de l'Université Laval

Accès à la base de données Medline Medline est disponible sur plusieurs interfaces de recherche: PubMed (interface gratuite) EBSCO Host Web of Knowledge Embase Bibliothèque de l'Université Laval

Différence entre Medline et PubMed Articles provenant de revues indexées sans toutefois couvrir un sujet en santé (ex. : astrophysique) Articles en prépublication qui ne sont pas encore indexés ou publiés (PubMed in-process) Articles datant d’avant l’acceptation du périodique dans Medline (As supplied by publisher) Articles provenant de revues faisant partie de PubMedCentral, mais sans être inclus dans Medline Bibliothèque de l'Université Laval

Modes d’interrogation de PubMed Recherche simple « PubMed » Recherche par mots ou expressions dans toute la notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats). Recherche avancée « Advanced Seach » Recherche par auteur, journal, date de publication, etc. Recherche avec le « MeSH Database » Recherche à partir des descripteurs du MeSH assignés à chaque article. Bibliothèque de l'Université Laval

Modes d’interrogation de PubMed Recherche simple « PubMed » Recherche par mots ou expressions dans toute la notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats). Recherche avancée « Advanced Seach » Recherche par auteur, journal, date de publication, etc. Recherche avec le « MeSH Database » Recherche à partir des descripteurs du MeSH assignés à chaque article. Bibliothèque de l'Université Laval

Recherche simple « PubMed » Règles d’écriture de PubMed Par défaut, l’outil de recherche retire les accentuations. Si vous utilisez plus d’un mot, il utilise entre chacun de ceux-ci l’opérateur « AND ». Vous pouvez aussi utiliser les opérateurs booléens « OR » pour rechercher des alternatives ou « NOT » pour exclure des termes (les inscrire en majuscules). On peut donc rechercher une expression en l’encadrant de guillemets «  ». Utilisez le symbole « * » pour tronquer les mots et ainsi repêcher l’ensemble des variantes d’un mot. Exemple : arter* permettra de rechercher l’ensemble des mots ayant une racine commune : artery, arteries, arterial, arteritis, arteriole, etc. Bibliothèque de l'Université Laval

Raffiner votre recherche Vous pouvez utiliser « limits » pour raffiner les résultats de votre recherche. Date de publication Type d’articles (Clinical Trial, Editiorial, Meta-Analysis, Practical Guidlines, Review, etc. ) Langage (French, English, Spanish, etc.) Subsets : Journal Group (Dental journals, Core clinical journals ou nursing journals) Groupes d’âge (Child, Adolescent, Adult, Aged, etc. ) Etc. Bibliothèque de l'Université Laval

Exemple #1 Recherchons des articles sur l’effet des changements climatiques sur les maladies infectieuses? Mode de recherche utilisé: Recherche simple (mot-clé) PubMed Réponse: Dans la recherche simple, écrire climate change infectious diseases et cliquer sur la limite « French ». Attention ! Regardez en bas à droite la boîte « Search Details » Bibliothèque de l'Université Laval

Exercices: recherche simple + limites Question A Combien trouvez-vous de revues de littérature (Review) sur Obésité morbide? Bibliothèque de l'Université Laval

Modes d’interrogation de PubMed Recherche simple « PubMed » Recherche par mots ou expressions dans toute la notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats). Recherche avancée « Advanced Seach » Recherche par auteur, journal, date de publication, etc. Recherche avec le « MeSH Database » Recherche à partir des descripteurs du MeSH assignés à chaque article. Bibliothèque de l'Université Laval

Exemple #2 Recherchons des articles écris par Y. Nomura publiés dans The Journal of biological chemistry. Mode de recherche utilisé: Search Builder dans Advanced Search Réponse: Dans la recherche avancée, sélectionnez le champ « Author » et écrivez « Nomura Y » puis sélectionnez le champ « Journal » et écrivez « Journal of biological chemistry ». Ensuite, cliquez sur « Search ». Bibliothèque de l'Université Laval

Exercices: Recherche avancée Question A Combien trouvez-vous d’articles sur le Syndrome de Down dans la revue Jama? Bibliothèque de l'Université Laval

Modes d’interrogation de PubMed Recherche simple « PubMed » Recherche par mots ou expressions dans toute la notice (ceci donne souvent beaucoup trop de résultats). Recherche avancée « Advanced Seach » Recherche par auteur, journal, date de publication, etc. Recherche avec le « MeSH Database » Recherche à partir des descripteurs du MeSH assignés à chaque article. Bibliothèque de l'Université Laval

La recherche MeSH MeSH (Medical Subject Headings) est le vocabulaire contrôlé utilisé par la National Library of Medicine (NLM) pour indexer les articles dans Medline. La recherche MeSH est recommandée, car: elle utilise les termes acceptés par la base de données. elle offre des suggestions de termes, une brève description et une structure arborescente. elle permet d’utiliser un ou plusieurs aspects particuliers ou qualificatifs (subheadings) pour préciser le terme choisi. elle permet de restreindre la recherche au sujet le plus important : Major Topic Headings (descripteurs avec un *). Bibliothèque de l'Université Laval

Descripteur recherché La recherche MeSH Descripteur recherché Définition Permets de préciser la recherche en choisissant une ou plusieurs subdivisions du descripteur recherché. Recherche uniquement le descripteur sélectionné, plutôt que tous les termes spécifiques qui apparaissent sous l’arborescence du descripteur recherché (mode de recherche par défaut). Recherche uniquement les références dont le descripteur est considéré comme sujet principal du document. Bibliothèque de l'Université Laval

Suggestions de termes à rechercher La recherche MeSH Termes équivalents recherchés (synonymes) Suggestions de termes à rechercher Termes + spécifiques Termes + généraux Bibliothèque de l'Université Laval

Exemple # 3 Recherche d’un sujet Recherchons des articles en français sur le diagnostic du cancer du sein à l’adolescence? Concepts: Cancer du sein Diagnostic Limites: Adolescence Article en français Mode de recherche utilisé: MeSH Database Réponse: "Breast Neoplasms/diagnosis"[Mesh] Limits: French, Adolescent: 13-18 years Bibliothèque de l'Université Laval

Exemple # 4 Recherche d’un sujet Recherchons des articles dont le sujet principal est l’utilisation de l’hormonothérapie lors de la ménopause précoce? Concepts: Hormonothérapie Ménopause précoce Mode de recherche utilisé: MeSH Database Restrict Search to Major Topic headings only. Réponse: "Menopause, Premature"[Majr] AND "Hormone Replacement Therapy"[Majr] Bibliothèque de l'Université Laval

Exercices: Recherche MeSH Questions C Combien trouvez-vous d’articles en français sur le métabolisme du cancer du cerveau ? Questions D Combien trouvez-vous d’articles dont le sujet majeur est les complications de l’asthme chez les enfants préscolaires? Questions E Combien trouvez-vous d’articles sur l’utilisation d’antipsychotiques pour les personnes âgées atteintes d’Alzheimer? Bibliothèque de l'Université Laval

Obtenir le texte de l’article Le bouton permet de vérifier si un document est disponible à l’Université Laval. Ce dernier est visible avec le « Display Settings: Abstract » ou si vous cliquez sur le titre de la notice. Si la Bibliothèque n’est pas abonnée à la revue recherchée, on peut alors faire une recherche avec Google Scholar pour voir si l’article est disponible gratuitement sur le web. Sinon, il faudra le commander au service de Prêt entre bibliothèques (PEB) au coût de 5$. Bibliothèque de l'Université Laval

Sauvegarde vos stratégies de recherche Avec Détails : possibilité d’enregistrer vos requêtes ou stratégies de recherche sous forme d’URL (adresse internet) et les mettre en bookmark (signets) Avec My NCBI : service de veille de Pubmed Permets de sauvegarder nos stratégies de recherche Permets d’obtenir des alertes par courriel Permets de les gérer (enlever, ajouter…) Service simple et gratuit, mais nécessité de s’inscrire et de définir des codes d’accès Bibliothèque de l'Université Laval

Pour plus d’information! Guide développé par la Bibliothèque Capsule en format flash : http://www.bibl.ulaval.ca/capsule/Medline/player.htm Guide d’utilisation - Medline http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/ref-rc/chercher/bd/bd_guides_utilisation/guide_medline Guide d’utilisation - Medline MeSH http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/ref-rc/chercher/bd/bd_guides_utilisation/guide_mesh Guide développé par PubMed Pubmed help – Guide exhaustif de la NLM http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html Tutorial Pubmed - Excellent tutoriel de la NLM Anglais http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html Français: http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_co/pubmed/ The Basics of Medical Subject Headings (MeSH®) in MEDLINE®/PubMed® http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/mesh/ Bibliothèque de l'Université Laval

Nous sommes là pour vous aider ! Aide à la recherche Bibliothèque scientifique, Pavillon Alexandre-Vachon Tél.: 418 656-3967 Lundi au vendredi : 8h30 à 18h30 / Samedi: 10h00 à 17h00 Conseillère à la documentation Marie-Claude Laferrière Tél. : 418-656-2131 #7948 Courriel : marie-claude.laferriere@bibl.ulaval.ca Lundi au vendredi : 8h30 à 16h30 Il est préférable de prendre un rendez-vous pour vérifier ma disponibilité. Bibliothèque de l'Université Laval

2e formation Formation au logiciel de gestion de références EndNote Web Date : Demain le 10 janvier à 13h30 Où : ici au local 0022 de la Bibliothèque scientifique Bibliothèque de l'Université Laval