PRO-CHEMIST 6,5 MODELISATION MOLECULAIRE (MECANIQUE,SEMI-EMPIRIQUE) RECHERCHE DE CONFORMATION-S INTERACTIONS LIGAND-RECEPTEUR ADMET ( LOGP,LOGD,ABSORPTION,,,,,,,)

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Transcription de la présentation:

PRO-CHEMIST 6,5 MODELISATION MOLECULAIRE (MECANIQUE,SEMI-EMPIRIQUE) RECHERCHE DE CONFORMATION-S INTERACTIONS LIGAND-RECEPTEUR ADMET ( LOGP,LOGD,ABSORPTION,,,,,,,) QSAR/SAR ANALYSE DE DONNEES ET DE FORMES

MECANIQUE MOLECULAIRE Champs de force MMX Calcul Pi, Liaisons Hydrogène Coordination métallique Solvatation (implicite explicite) Super structures Graphes moléculaires Indices Topologiques

EXEMPLES ADAMANTANE Fulleréne ponté

CONFORMATIONS MULTOR DYNAMIQUE RANDOMISATION (rotation aléatoire des angles dièdres) (déplacement aléatoire des atomes) (Cinétique) AG (Algorithmes génétiques) DOCKING (interactions Ligand Récepteur)

SEMI-EMPIRIQUE Miindo,Pm3,Am1,Mindo Densité électronique Spectroscopie Orbitales(Homo,lumo---) Solvatation ( énergie d'hydratation,densité de charges,,,) Densité électronique Biphényl

EXEMPLES Formaldehyde Orbitale Homo Animation des modes de vibration

ADMET Lipophilie Potentiel de lipophilie moléculaire Logp,Logd Solubilité (eau,solvant) Absorption cutanée Absorption intestinale Absorption Blood Brain Pka

EXEMPLES Lipophilie dans l'espace de la porphyrin2

SAR / QSAR Calcul des descripteurs Création de la base de molécules Analyse de données - Qualitative(classification), Analyse factorielle ', Réseaux de neurones (Kohonen,BP),Quantitative, Mrg,Réseaux de neurones - AG Algorithmes immunitaires et de fourmis

BASE DE DONNEES Convertisseur automatique Sdf (0D,2D ----> 3D) Classification automatique Visualisation Hyperbolique Navigation et interrogation Applet Java(molécules et arbre) Pages Html /Xml Base de 200 molécules arbre 2D

BANQUE DE FORMES Limites du modèle de Hansch Stérique,Lipophile,électrostatique Valeurs moyennées Descripteurs non localisés spatiallement Génération d'une surface VDW d'un ligand ----> 1500 à plus de triangles Impossible à stocker et à analyser!! Méthode des ondelettes

ANALYSE MULTIRESOLUTION

EXEMPLES CubanePcb

Fulleréne ponté EXEMPLES Crow K6

Classification des formes et fonctions Génération des spectres de coefficients d'ondelettes Comparaison des spectres Recherche des blocs communs Recherche des formes les plus proches d'une forme cible Classification non supervisée Relations spectres d'ondelette - Fonction Exemples Détermination des classes thérapeutiques Génération des profils thérapeutiques