Initiation à la Bioinformatique L3 Module Libre Année universitaire 2005-2006 Initiation à la Bioinformatique Jean-Michel RICHER

Systèmes d’exploitation Réseau, le modèle Client / Serveur Premier Cours Systèmes d’exploitation Réseau, le modèle Client / Serveur Compréhension des principes

Système d’exploitation Première partie Système d’exploitation

La micro-informatique Le premier micro-ordinateur serait français ! développé pour l’INRA par André Truong et François Gernelle 1973 Le Micral N 8500 F Intel 8008 + Ecran + Clavier + Disque dur

La micro-informatique Tout commença dans un garage… 1976 Steve Jobs et Steve Wozniak mettent au point le premier Apple MOS 6502 à 1 Mhz 8 ko RAM $666.66 Macintosh 1984 Motorola 68000, 8 Mhz 128 ko RAM $2500

La micro-informatique Diversité des micro-ordinateurs / systèmes Commodore Amstrad Atari Apple Thomson 1977 PET 400 II 1978 1979 1980 1981 Vic20 1982 C64 TO7 1983 600XL IIe/Lisa 1984 CPC464 Macintosh MO5 1985 Amiga 500 CPC6128

La micro-informatique MOS 6502, 8 ko RAM, 8600 F MOS 6502, 5 ko RAM, 2500 F Lecteur disquette 4000 F MOS 6510, 64 ko RAM, 4000 F

La micro-informatique 5150 Personal Computer Intel 8088 à 4.77 MHz 64 Ko de Ram, 40 Ko de Rom, lecteur de disquettes 5"25 système d'exploitation PC-DOS 1.0 3000 $ 1981 IBM PC Uniformisation des matériels et logiciels

Qu’est qu’un OS Un système d’exploitation (Operating System) est un ensemble de programmes responsables de la liaison entre les ressources matérielles d'un ordinateur et les applications de l'utilisateur (traitement de texte, jeu vidéo...). Il assure le démarrage de l'ordinateur, et fournit aux programmes applicatifs des interfaces standardisées pour les périphériques. (Définition Wikipédia) Les OS Multi-tâches : il permettent d’exécuter plusieurs programmes en parallèle Les OS Multi-utilisateurs : il permettent une utilisation par plusieurs personnes différentes (environnement de travail personnalisé) Exemples d’OS

Les 4 OS Principaux Mac OS X (Apple) Windows XP de Microsoft (MS-DOS, Windows 95/98/Me/NT) pour les PC (Personal Computer) Unix (IBM, Sun, HP) pour les gros systèmes et machines propriétaires (1969) Linux (mis au point par Linus Thorvald, 1991) est un Unix pour PC

Linux : un Unix pour PC Unix / Linux utilise le terminal (console) pour réaliser la majorité des traitements (suppression de fichiers et répertoires, création de répertoire, lancement d’un programme) Il existe une couche graphique Xwindows qui permet d’utiliser Unix / Linux comme Windows XP Ainsi que des interfaces graphiques : kde, Gnome

Arborescence Linux L’arborescence des fichiers commence avec / /bin (les programmes) /dev ( /etc (fichiers du système d’exploitation) /usr (autres programmes et librairies) … /home/richer/ /home/richer/public_html

Commandes Linux Les commandes sous terminal Linux Liste des fichiers dans le répertoire courant : ls * Supprimer un fichier rm fichier Afficher un fichier cat fichier.txt

Linux Créer un répertoire : mkdir rep Supprimer un répertoire : rmdir rep Changer de répertoire : cd rep Connaître le répertoire courant : pwd

Le modèle Client / Serveur Deuxième partie Réseau Le modèle Client / Serveur Compréhension des principes

Ordinateur (généralement puissant) qui offre des services Notion de Serveur Qu’est ce qu’un serveur ? Ordinateur (généralement puissant) qui offre des services serveur web (apache) serveur de bases de données (mysql) serveur de courrier électronique (pop, smtp) serveur ftp serveur d’applications … Par extension : un programme chargé de tâches spécifiques

Notion de service Il existe différents types de services (réseau) identifiés par un numéro de port : serveur web (apache) : 80 serveur de bases de données (mysql) serveur de courrier électronique (pop 110, smtp 25) serveur ftp : 21 … Sous Unix/Linux, les services sont identifiés dans le fichier : /etc/services

Ordinateur qui fait appel aux services offerts par Notion de Client Qu’est ce qu’un client ? Ordinateur qui fait appel aux services offerts par un serveur Internet ou Réseau local

Identification des machines sur un réseau Adresse IP Dans un réseau, les machines sont identifiées par une adresse IP (Internet Protocol) Internet Réseau local 172.20.42.38 172.20.41.2 172.20.41.12

Identification des machines sur un réseau Sous Linux Connaître le numéro IP d’une machine > cat /etc/hosts > nslookup sirius Nom : sirius.info-ua Address : 172.20.41.7 Connaître le numéro IP de sa machine > ifconfig (ou ipconfig sous Windows XP)

Réseau d’ordinateurs Réseau : Interconnexion d’ordinateurs Il existe plusieurs niveaux de réseaux : PAN (Personal Area Network) LAN (Local) WAN (Wide) La connexion est réalisée par : Câble coaxial Câble RJ 45 Câble téléphonique Fibre optique Ondes (Wifi)

Topologies d’un réseau d’ordinateurs En anneau (ring) Linéaire (bus) En étoile

Protocole de communication Tentative de connexion 1 Envoi d’un message au serveur : « Je désire utiliser ton service web » 2 Le serveur accepte la connexion La tentative peut échouer : serveur en panne, service non autorisé ou non lancé surcharge (trop de connexions)

Traitement d’une requête 1 Envoi d’une requête 4 2 3 Le serveur envoie le résultat De la requête au client Le serveur traite la requête Réception des données et affichage

Avantages et inconvénients Centralisation (les données de sont pas dispersées) Inconvénients Le serveur doit être puissant Le débit de la connexion entre client et serveur doit être important Afin d’éviter l’engorgement de la connexion et l’encombrement du serveur On peut créer des sites miroirs (mirrors) : décentralisation

Autre modèle Peer to peer (point à point) Utilisé pour le téléchargement de fichier Un ordinateur fait office de serveur Les autres ordinateurs font office de client et de serveur Avantages convient si serveur peu puissant et connexion réseau à faible débit disponibilité de l’information Inconvénient le faible débit de la connexion entre les ordinateurs impose un temps de téléchargement plus long

Point à point

Services offerts par un réseau Services distants Connexion sur une autre machine (telnet, rlogin, ssh) Transfert de fichiers (FTP)

File Transfer Protocol Le FTP consiste à transférer des fichiers entre deux machines

telnet, rlogin, ssh Protocoles et programmes qui permettent de se connecter sur une machine distante et d’exécuter des programmes sur la machine distante.