d’un article scientifique Lecture critique d’un article scientifique Nicolas Delpierre – MC UPS nicolas.delpierre@u-psud.fr ECOF, Octobre 2013

Plan Recherche d’articles scientifiques Bases de données Classement des revues Différents types d’articles scientifiques Processus de publication d’un article scientifique Révision par les pairs (peer-review) Un nouveau type de revues: public peer-review Lecture d’un article scientifique Structure d’un article scientifique Recherche de l’information Approche critique

Recherche d’articles scientifiques 136 revues 15624 articles (43 articles / jour) Ecologie (2012)

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Recherche d’articles scientifiques 136 revues 15624 articles (43 articles / jour) Ecologie (2012) Deux moteurs de recherche majeurs http://scholar.google.com Portail CNRS http://bibliovie.inist.fr/ Login : 13SDVUMR8079 Password : 9NJJKX

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Classement des revues Indices basés sur le nombre de citations Total cites Nombre total de citations d’articles de la revue pour l’année passée Impact factor Nombre moyen de citations pour un article publié dans la revue au cours des 2 années passées Immediacy index Nombre moyen de citations pour un article publié dans la revue au cours de l’année passée Cited half-life Âge médian des articles de la revue cités durant l’année passée

Classement des revues

Classement des revues Nature : IF 36 Science: IF 32 Ecology letters : IF 17

Différents types d’articles Communications rapides (rapid communications, 1-10 pages) Mini-article présentant des résultats suffisamment marquants pour être présentés sans délai Articles de recherche (article, « papier », 5-25 pages) Synthèse des analyses et discussions portant sur un jeu de données particulier, destiné à la présentation aux membres de la communauté scientifique. Les articles peuvent être publiés dans des revues de recherche, des rapports techniques, des comptes-rendus de conférence Attention aux articles courts ! Revues (review, 15-50 pages) Analyse critique des développements récents dans un champ de recherche donné. Synthèse d’articles anciens et publiés récemment. Méta-analyses (meta-analysis, 5-25 pages) Article scientifique présentant une ré-analyse conjointe des résultats de plusieurs études / jeux de données indépendants, relatives à une question donnée.

Processus de publication Évaluation par les pairs « Peer-review » Question scientifique Données, Analyses Article soumis Article accepté 1 éditeur, 2 reviewers Un processus long… 1 à 2 ans

Processus de publication Public « Peer-review » Question scientifique Données, Analyses Article soumis Article accepté Idem …mais tout scientifique peut commenter l’article … plus transparent et plus rapide … revues gratuites en ligne 1 éditeur, n reviewers

Structure d’un article scientifique 1) Titre Court et marquant 2) Auteurs Premier, second, nème, dernier 3) Résumé (Abstract) Un paragraphe de synthèse de l’article, présente la question étudiée et rappelle un résultat marquant 4) Introduction Mise en contexte de l’étude Rappel de l’état de l’art Formulation des objectifs 5) Matériel et Méthodes Instrumentation (modèles etc.) Protocole expérimental Méthodologie statistique 6) Résultats Présentation brute des analyses, sans interprétation Figures et Tables 7) Discussion Interprétation critique des résultats Confrontation aux résultats de la littérature 8) Conclusion Résumé bref de la question, des avancées Perspectives 9) Bibliographie

Recherche de l’information 1) Titre Court et marquant 2) Auteurs Premier, second, nème, dernier 3) Résumé (Abstract) Un paragraphe de synthèse de l’article, présente la question étudiée et rappelle un résultat marquant 4) Introduction Mise en contexte de l’étude Rappel de l’état de l’art Formulation des objectifs 5) Matériel et Méthodes Instrumentation (modèles etc.) Protocole expérimental Méthodologie statistique 6) Résultats Présentation brute des analyses, sans interprétation Figures et Tables 7) Discussion Interprétation critique des résultats Confrontation aux résultats de la littérature 8) Conclusion Résumé bref de la question, des avancées Perspectives 9) Bibliographie

Recherche de l’information Faire son propre résumé en 3-4 phrases-clé 1) Titre Court et marquant 2) Auteurs Premier, second, nème, dernier 3) Résumé (Abstract) Un paragraphe de synthèse de l’article, présente la question étudiée et rappelle un résultat marquant 4) Introduction Mise en contexte de l’étude Rappel de l’état de l’art Formulation des objectifs 5) Matériel et Méthodes Instrumentation (modèles etc.) Protocole expérimental Méthodologie statistique 6) Résultats Présentation brute des analyses, sans interprétation Figures et Tables 7) Discussion Interprétation critique des résultats Confrontation aux résultats de la littérature 8) Conclusion Résumé bref de la question, des avancées Perspectives 9) Bibliographie Annoter l’article ! Faire son propre résumé en 3-4 phrases-clé

Comment bien lire un article ? La lecture d’un article scientifique est un exercice critique Confiance a priori dans les résultats et conclusions … doit être passée au filtre de la critique: Pertinence des méthodes utilisées Pertinence des interprétations Pertinence des citations Confrontation aux autres résultats de la littérature

Discussion et Conclusions A quoi reconnaître un « bon » article ? Introduction Mise en contexte et référence pertinentes aux autres études du domaine Matériel et Méthodes Présentation adéquate du jeu de données / du modèle Résultats Absence de facteurs confondants dans l’analyse statistique, Utilisation pertinente des statistiques (tests appropriés), Modèle validé Discussion et Conclusions Interprétations, conclusions et déductions raisonnées Abord critique des résultats en regard des autres résultats de la littérature

Modification marginale de l’aire de répartition

Modification globale de l’aire de répartition