Calcul distribué pour l'imagerie médicale JRES’11 Sorina Pop Rafael Silva Tristan Glatard

Sommaire La plateforme Amélioration des performances Introduction Résultats Conclusion

Introduction Besoins Applications cibles Partage d’applications et des données Ressources pour le calcul et le stockage Applications cibles Simulations (images et radiothérapie) Etudes paramétriques Ressources distribuées et hétérogènes Grille EGI (VO biomed) : 1,5 PB de stockage et plus de150 clusters Clusters locaux Parallélisation Balayage de paramètres Découpage des entrées Partitionnement du nombre d’événements en plusieurs taches indépendantes (Monte-Carlo)

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Fonctionnalités Gestion des droits d’utilisateurs Accès aux applications Accès aux données Transfert de fichiers Gestion d'espaces privés et partagés. Exécution et suivi de workflows de traitement d’image Accès à des statistiques de performance et utilisation Catalogue et visualisation de modèles 3D

Exécution Web browser

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Equilibrage de charge (I) Worker : Simule P/n particules Parallélisation statique d'une simulation GATE. Les tâches les plus longues (échouées et re-soumises) pénalisent l'ensemble de la simulation.

Equilibrage de charge (II) Figure 2: Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re- soumission. Worker : Tant que “stop” non reçu: Simule 1 particule Fin tant que Master : Tant que p ≠ P p ←# particules simulées Fin tant que Stoppe tous les workers Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission.

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Activité des principales applications Utilisation 70 utilisateurs enregistrés Une quinzaine d’utilisateurs réguliers Une dizaine d’applications en production Activité des principales applications du 01/01/11 au 01/09/11

Exemples de résultats Simulation avec le logiciel GATE. Etude paramétrique de la perfusion hépatique Simulation avec le logiciel GATE. Simulation échocardiographique obtenue avec le logiciel FIELD-II

Conclusion La grille comme outil quotidien A améliorer De plus en plus d’utilisateurs et d’applications A améliorer Ordonnancement des dernières tâches Gestion de données Faciliter le portage de nouvelles applications Accès : https://vip.creatis.insa-lyon.fr Applications existantes Portage de nouvelles applications Accès aux ressources de la VO biomed http://wiki.healthgrid.org/LSVRC:Biomed

Remerciements Projets ANR France-Grilles MOTEUR2 Pilot jobs Radiotherapy simulation: hGATE (2010-2012) Image simulation: VIP (2010-2012) France-Grilles MOTEUR2 Johan Montagnat ; CNRS I3S Pilot jobs Jakub T. Moscicki ; CERN A. Tsaregorodtsev, V. Hammar ; CPPM EGI support https://gus.fzk.de

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