Cours 4 Boucles, Programmation de base

Boucles et Tests for( in ) { } while( ) { } Exemple: x=rep(5,0) for (i in 1:5) x[i]=2*i+1 Les fonctions du type apply(),replicate() évitent d’écrire des boucles.

Boucles et exécutions conditionnelles if(expr1) expr2 else expr3 avec pour expr1 une expression de type logique, Remarques: Plusieurs commandes entre accolades: {expr;… ;expr n} Les exécutions conditionnelles (if .. else) peuvent quelquefois être remplacées efficacement par des indexations logiques.

Exemple: y=numeric(length(x)); for(i in 1:length(x)) {if(x[i]==b)y[i]=0 else y[i]=1} Remarque: L'exemple précédent peut être remplacé par: y[x==b]=0; y[x!=b]=1;

Des Expressions de type logique utilisant des opérateurs relationnels: x<y;x>y;x<=y;x>=y;x==y; x!=y ou bien (et) les opérateurs NOT ! AND & OR I

if(expr1) expr2 else expr3 Le résultat de cette commande est expr2 si expr1 vaut TRUE et expr3 si expr1 vaut FALSE Il existe une version vectorisée de cette commande: ifelse(condition, a,b)

exemples x=1; if(x<5) y=1 else y=2 y; [1] 1 x=1:10

Suite: ifelse(condition, a,b) ifelse(x<5,1,2) [1] 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 y=ifelse(x<5,1,2);y;

repeat expr while(condition) La commande break peut être utilisée pour terminer une boucle quelconque, et c’est le seul moyen pour interrompre une boucle avec repeat La commande next peut être utilisée pour pour interrompre une boucle particulière et passer aux instructions suivant next

Programmer avec R Point fort:la programmation d'une suite d'analyses qui seront exécutées successivement Un programme en R sera écrit dans un fichier ascii et sauvegardé avec l'extension .R Exemple: tracer le même graphe pour 3 espèces d'oiseaux

Programme 1 layout(matrix(1:3,3,1)) data=read.table(« swal.dat ») plot(data$v1,data$v2, type= »l ») Title(« swallow ») data=read.table(« wren.dat ») Title(« wren ») data=read.table(« dunn.dat ») Title(« dunn »)...

Programme 2:les noms de fichier et d'especes sont utilises comme des variables layout(matrix(1:3,3,1)) species=c(«swallow »,»wren »,»dunnock») file=c(« swal.dat »,»wren.dat »,»dunn.d at ») for(i in 1:length(species)) {data=read.table(file[i]) plot(data$v1,data$v2,type= »l ») title(species[i]) }

Les fonctions On peut écrire ses propres fonctions: Pour pouvoir être exécutée une fonction doit être chargée en mémoire, cela peut se faire de plusieurs façons: Entrer les lignes au clavier, ou les copier /coller à partir d’un éditeur Enregistrer la fonction dans un fichier ascii et la charger par la commande source() Si on souhaite que la fonction soit chargée au démarrage, il peut les enregistrer dans un workspace avec l’extension .Rdata qui sera chargé en mémoire s’il est localisé dans le répertoire de travail de démarrage getwd(): indique le repertoire de travail

Exemple de fonction carre=function(x){print(x*x)} carre(3);9 Il y a deux manières de spécifier les arguments à une fonction: par leur position par leur nom Exemple: fonc=function(arg1,arg2,arg3) fonc(x,y,z); fonc(arg2=y,arg1=x,arg3=z);

print() pour afficher le contenu d ’un objet dans une fonction Arguments par défaut Exemple: Moy.et.etype=function(x=1:10) {moyenne=mean(x); etype=sd(x); print(c(moyenne,etype)); } moy.et.etype() [1] 5.500000 3.027650 moy.et.etype(1:100) [1] 50.50000 29.01149

Programme 3 myfun=function(S,F) { data=read.table(F) plot(data$v1,data$v2,type= »l ») title(S) }; layout(matrix(1:3,3,1) myfun(« swallow », »sawl.dat »)...

Les fonctions On peut écrire ses propres fonctions: Pour pouvoir être exécutée une fonction doit être chargée en mémoire, cela peut se faire de plusieurs façons: Entrer les lignes au clavier, ou les copier /coller à partir d’un éditeur Enregistrer la fonction dans un fichier ascii et la charger par la commande source() Si on souhaite que la fonction soit chargée au démarrage, on peut les enregistrer dans un workspace avec l’extension .Rdata qui sera chargé en mémoire s’il est localisé dans le répertoire de travail de démarrage getwd(): indique le repertoire de travail

nom=function(arg1,arg2,…)expression Où expression peut être un groupe d’expressions rassemblées entre accolades: nom=function(arg1,arg2,…) {expression1, expression2, expression3,… }

Fonctions (suite) print() pour afficher le contenu d ’un objet dans une fonction Le résultat de la fonction sera en général la dernière valeur calculée. Un appel de fonction est fait de la façon suivante: nom(arg1,arg2,…)

Exemples carre=function(x){print(x*x)} carre(3);9 Il y a deux manières de spécifier les arguments à une fonction: par leur position par leur nom fonc=function(arg1,arg2,arg3) fonc(x,y,z); fonc(arg2=y,arg1=x,arg3=z);

Arguments par défaut Exemple: moy.et.etype=function(x=1:10) {moyenne=mean(x); etype=sd(x); print(c(moyenne,etype)); } moy.et.etype() [1] 5.500000 3.027650 moy.et.etype(1:100) [1] 50.50000 29.01149

Tableaux récapitulatifs

Distributions de probabilités classiques suite Arguments additionnels Noms sous R distributions M,n wilcox Wilcoxon shape,scale weibull Weibull min,max unif Uniforme df,ncp t T de student lambda pois Poisson mean,sd norm Normale meanlog,sdlog lnorm Log-normale n,m,k hyper Hypergéométrique prob geom Géométrique

Fonctions mathématiques de base Ecart-type des éléments de x sd(x) Matrice de corrélation si x est une matrice ou un data frame cor(x) Variance des éléments de x(calculée sur n-1) matrice des var et cov si x est une matrice var(x) ou cov(x) Médiane des éléments de x median(x) Moyenne des éléments de x mean(x) Idem que c(min,max) range(x) Retourne l’indice du minimum des éléments de x which.min(x) Retourne l’indice du maximum des éléments de x which.max(x) Maximum, minimum des éléments de x max(x), min(x) Produit des éléments de x prod(x) Somme des éléments de x sum(x)

Autres fonctions Retourne un vecteur de meme longueur que x contenant les éléments de x qui sont dans y match(x,y) Idem pour produit, minimum, maximum cumprod(), cummin(),cummax() Un vecteur dont le ieme élément est la somme de x[1]à x[i] cumsum(x) Un vecteur dont le iéme élément est le minimum entre x[i] et y[i] pmin(x,y,…) Centre et réduit les données scale(x) Range les éléments de x rank(x) Trie les éléments de x dans l’ordre ascendant sort(x) Inverse l’ordre des éléments de x rev(x) Arrondit les éléments de x à n chiffres après la virgule round(x,n)

encore… Ré-échantillonnage aléatoire et sans remise de size éléments dans x sample(x,size) Retourne une selection de x en fonction de critères subset() Retourne un tableau des effectifs des différentes valeurs de x table() Si x est un vecteur ou un data frame, retourne un objet similaire mais avec les éléments duppliqués supprimés unique() Retourne un message d’erreur si x contient au moins un NA na.fail() Supprime les observations avec données manquantes na.omit() Coefficient binomial Cnk choose(n,k)