Concepts de calcul des ÉPD et principes de fonctionnement Par : Roger Bergeron, agr., M.Sc. 2001.11.06 Direction des services technologiques - MAPAQ

Éléments couverts 1. Définition 2. Interrelation entre les données DST - MAPAQ Éléments couverts 1. Définition 2. Interrelation entre les données 3. Validation des données 4. Divergence avec les indices 5. Dimension du groupe contemporain 6. Concept de calcul 7. Structure et fonctionnement (PATBQ)

Éléments couverts ( suite ) 8. Priorité d’impression au PAR12 9. Variation dans les ÉPD 10.Liens génétiques 11.Interrelations sujets / troupeaux 12.Évolution des évaluations 13.Orientations futures 14.Conclusion DST - MAPAQ

1. Définitions d’un ÉPD P = G + E Phénotype = Génotype + Environnement EBV = Estimating breeding value (EVG) = (estimation de la valeur génétique) ÉPD = Écarts prévus chez les descendants DST - MAPAQ

1. Définitions d’un ÉPD (suite) ÉPD = EBV 2 EBV = P ou G de l ’animal ? DST - MAPAQ

1. Définitions d’un ÉPD ( suite) EBV = G de l’animal en théorie si le travail est bien fait le G = P car les EBV sont toujours par comparaison entre individus et on vise une uniformité du E ( annulation de l’effet du E entre individus ) en pratique presque jamais on obtiendra en terme de performances la valeur de l’EBV DST - MAPAQ

1. Définitions d’un ÉPD ( suite) Pour vulgarisation un ÉPD : est l’estimation de la valeur génétique qu’un animal transmet à ses descendants, soit la moitié de sa propre valeur génétique est exprimé dans l’unité où le caractère est mesuré DST - MAPAQ

1. Définitions d’un ÉPD ( suite) Pour vulgarisation un ÉPD : indique de combien on peut s’attendre à ce que les descendants d’un sujet déterminé soient différents à ceux d’un autre sujet quand ces descendants sont placés dans les même condition de milieu DST - MAPAQ

1. Définitions d’un ÉPD ( suite) Ex pour l ’ÉPD du poids naissance : Si taureau A est à +1 kg et taureau B à -0,5 kg les descendants du A seront en moyenne plus lourds de 1,5 kg que ceux du B lorsque utilisé sur des vaches de niveau génétique comparable Ça n’indique pas le poids naissance des veaux issus de ces 2 taureaux DST - MAPAQ

1. Définitions d’un ÉPD ( suite) Ex pour l ’ÉPD du poids naissance : Ça indique seulement que les descendants du A seront plus lourds que ceux du B s’ils sont élevés dans les mêmes conditions et sont issus de mères de niveau génétique comparable Référence : Jacques Chesnais Centre canadien du porc DST - MAPAQ

Calcul d’ÉPD sur ascendance Père Mère + 2,5 kg + 0,5 kg EBV = + 3,0 kg ÉPD = + 1,5 kg Sujet

Corrélation entre les caractères PN FV FV Gain Apt. Gain Dir. Mat. N-S lait. N-1a PN \ - - + + + - + + FVDir. \ - FVMat. \ G N-S \ - - +++ Apt. lait \ - G N-1a \

3. Validation des données - Tatouage du sujet et de ses parents - Date de naissance et date d’entrée - Données de naissance : - sexe et facilité de vêlage - origine et type de naissance - mère allaitante et type d ’allaitement - poids réel à la naissance DST - MAPAQ

3. Validation des données (suite) - Composition génétique du sujet - Unité de mesure ( kg vs lb ) - Données des contrôles de croissance: - sexe - mère allaitante et type d ’allaitement - lot - date et le poids au contrôle DST - MAPAQ

3. Validation des données (suite) Ex. d’une erreur d’unité de mesure du poids à la naissance sur les ÉPD du sujet, le 4 ième d’une vache dont le père a une évaluation partielle (*) et dans un groupe de 20 sujets au sevrage (unité kg saisie en lb) FVd PN Gn-s Gn-1an AL FVm - 5 3,1 7,1 11,0 -0,0 - 2 - 1 -2,2 e 9,6 12,5 -1,5 - 4 DST - MAPAQ

4. Divergence avec les indices ... Indices ÉPD calcul individuel calcul familial gain nais-sevrage naissance-sevrage gain sevrage- 1 an ------------------------ ------------------------ naissance-1an DST - MAPAQ

4. Divergence avec les indices ... Nais Sev 1 an !_________________!____________! 200 j 165 j !___ I gain présev __! I gain postsev ! !______ 120 ______!______ 80 ___! DST - MAPAQ

4. Divergence avec les indices … ÉPD Nais Sev 1 an !_________________!____________! 200 j 165 j !__ ÉPD naiss-sev __! !______ ÉPD naissance-1 an _______! DST - MAPAQ

4. Divergence avec les indices ... Nais Sev 1 an !_________________!____________! 200 j 165 j !___ I gain présev __! I gain postsev ! !______ 120 ______!______ 80 ___! !_______________102 ___________! DST - MAPAQ

5. Dimension du groupe contemporain Calcul par comparaison par rapport à la moyenne du groupe Dimension minimal de 2 sujets par sexe Écart de 90 jours maximum DST - MAPAQ

5. Dimension du groupe cont Ex. : Sevrage Écart Vs Sev Écart 1,40 kg + 0,20 1,40 +0,10 1,35 + 0,15 1,35 +0,05 1,30 + 0,10 1,25 + 0,05 1,25 - 0,05 1,20 0,00 1,20 0,00 1,20 - 0,10 1,15 - 0,05 1,10 - 0,10 1,05 - 0,15 1,00 - 0,20 DST - MAPAQ

6. Concept de calcul d ’ÉPD Père Mère Frère-Soeur Frère-Sœur Demi F - S Demi F - S Descen- Descen- Descen- dants dants dants Sujet

Formule de calcul et précision max pour 1 caractère selon l’évaluation Type Formule Précision (rép) évaluation EBV théorique max Individuelle h²P h ( 1 mesure ) si h²=0,1 h=0,32 Ascendance h²Ppère+h²Pmère h . 2 2 V2 Descen- 2h²nb progénitu x moy P prog dance 4+(nb prog-1)h² 1

Héritabilité (h2) et précision (rép) des carac-tères basés sur une évaluation individuelle (avec mesures sevrage - postsevrage) Carac- h² rép rép en tères max pratique FV d 0,05 à 0,15 32 22 PN d 0,25 à 0,40 57 53 GN-S 0,25 à 0,30 52 41 G Post 0,45 à 0,50 69 n d GN-1an 42

Précision équivalente à l’ÉPD basé sur la performance ( 1 mesure ) pour un caractère ayant divers h² h² répª Nb pro- Frère Demi-F % génitures Soeur Demi-S 0,1 32 5 5 26 0,3 55 6 9 impossible 0,6 77 9 impossible impossible ª précision maximum théorique Source : Principes d ’améliorations… F. Minvielle

Impact de ne pas avoir les performan-ces du sujet dans ses ÉPD pour un reproducteur - pour un taureau si 10 à 15 descendants c’est supérieur à ses performances individuelles seules - pour une vache 5 à 6 veaux et plus correspond à autant de vêlages donc difficile à récupérer dans la vie de l ’animal DST - MAPAQ

Exemple d’évolution de la Rép (en %) au PATBQ selon le nombre de descendants ( sans postsevrage ) Nbre PN FVd Gn-sev AL FVm desc 1 13 5 8 1 1 3 31 14 22 1 1 5 43 21 32 2 1 8 55 29 42 3 1 Perfor 53 22 36 9 5

Structure et fonctionnement au PATBQ DST - MAPAQ

Structure évaluation base de la descendance - BIO Données de station Données brutes ÉPD D. B. ÉPD Télécom. Papier BIO Autres pro- grammes PATBQ central Sites PATBQ

Structure évaluation base de la descendance - PATBQ Intermédiaire ÉPD-BIO (***,*) ou -Performances P. -Performances M. -Descendants -Descendants de 1990 à 2001 1990 à 2001 Performances Père Mère Veaux 01

Génération Ordre de grandeur Ascendants ( 2 parents ) 15 -20 % Ex. de contribution des générations pour un caractère direct tel ÉPD nais-sev Génération Ordre de grandeur Ascendants ( 2 parents ) 15 -20 % Sujet ( performance ) 30 -40 % Descendants 40 -55 % DST - MAPAQ

Résumé évaluation PATBQ Fonctionnement uniforme entre races Base mobile ( moyenne = 0 ) pour tous les caractères Même méthodologie de calcul Mêmes caractères publiés Nombre minimum de sujets dans un groupe de contemporains DST - MAPAQ

Priorité d ’impression sur PAR12 Naissances naturelles : ÉPD du troupeau sinon ÉPD de BIO Raison de non calcul À noter que les taureaux avec *** et * que leurs ÉPD de troupeau = BIO = référence

Priorité d ’impression sur PAR12 Embryons : ÉPD du troupeau ( sur descendance ) sinon ÉPD de BIO la moitié des ÉPD du troupeau des parents la moitié des ÉPD de BIO des parents Raison de non calcul

Distribution normale 99 50 % 1 Moyenne TOP

Distribution au PATBQ des caractères ÉPD des veaux CH des 3 dernières années (unité en kg) % PN FV FV Gain Apt. Gain sup. Dir Mat. N-S lait. N-1a 1 -2,6 3 3 7,5 5,4 14,4 10 -1,1 1 1 4,4 2,3 8,7 50 0,1 0 0 0,9 0,2 2,5 90 1,4 -1 -1 -1,9 -1,3 -3,1 99 2,8 -4 -2 -5,2 -3,1 -9,2

Variation possible des ÉPD selon la répétabilité (+ ou -) (unité en kg) % PN FV FV Gain Apt. Gain Rép. Dir Mat. N-S lait. N-1a 40 1,0 2,3 1,8 5,6 5,1 6,9 60 0,8 1,9 1,5 4,6 4,2 5,7 70 0,7 1,6 1,3 3,9 3,6 4,9 80 0,6 1,3 1,1 3,2 2,9 4,0 90 0,4 0,7 0,8 2,3 2,1 2,8 99 0,1 0,3 0,2 0,7 0,7 0,9

Exemple de variation d’un sujet (unité en kg) PN FV FV Gain Apt. Gain Dir Mat. N-S lait. N-1a ÉPD -0,9 3,0 2,0 4,1 6,4 8,2 Rép. 92 60 44 68 37 58 Var. 0,4 1,9 1,8 4,0 5,1 5,7 Max. -1,3 4,9 3,8 8,1 11,5 13,9 Min. -0,5 1,1 0,2 0,1 1,3 2,5

Résumé pour sélectionner Rang centile par race Variation possible selon niveau de répétabilité Corrélation entre les caractères DST - MAPAQ

9.Liens génétiques entre troupeaux Avec liens - comparaison des animaux entre troupeau ayant des liens - à la fin du test en station on fournit les ÉPD du taureau Sans liens - comparaison des animaux à l’intérieur du troupeau seulement - à la fin du test en station les ÉPD du taureau ne sont pas fournis

9.Liens génétiques entre troupeaux Pour avoir des liens - un minimum de 15 veaux ou 25 % des veaux issus de taureau avec évaluation partielle (*) ou complète (***) sur l’ensemble des cycles de production Exigences pour évaluation Partielle Complète - rép du gain naiss-sev 40 % 60 % - nbre de troupeaux min 1 3 - nbre de descendants min 1 5

Ex de l’évolution vers des liens An Nb veaux % Rap- Liens total issus * cumul port 1 8 2 25 non --- 2 8 1 19 oui non 3 12 4 25 oui oui 4 12 2 23 oui non 5 16 7 29 oui oui

Exemple d’évolution des ÉPD de sujets avec anomalie = évolution non prévisible Éva- ÉPD Rép. Nb Nb Étoile luation (kg) (%) desc troup# 1998 +2,5 35 0 1 1999 -3,8 45 2 2 * 2000 +1,5 58 4 3 * 2001 +1,4 67 6 4 *** # nombre de troupeaux impliqués

12. Évolution des ÉPD dans le temps pour un sujet Vêlage des descendants ÉPD Naissance des descendants Pur-sang Performance domestique Parents Fullblood Intra Inter (sans lien) (avec lien) Troupeaux

Exemple d’évolution des ÉPD pour un nouveau participant Nouv. An- Nb Éval Rép ÉPD évalua- née de * ou veaux du tion père *** % père 1 1 ~ idem ~ 0 2 1 ~ var. ~ 0 oui 2 1 * ~ var. Vari- tion

13. Orientations futures Dans le cadre de la refonte du PATBQ : remplacement du module de calcul intérimaire par 3 ou 4 évaluations par année

13. Orientations futures Avantages de 3 ou 4 évaluation / année - simplicité de la façon de faire - facilité de vêlage en % - 1 seul ÉPD / sujet peu importe le troupeau - évolution des ÉPD plus graduelle - possibilité d’avoir de nouveaux caractères Inconvénients de 3 ou 4 évaluation / année - délai plus long pour que les données soient incluses dans les valeurs d’ÉPD

14. Conclusion La précision des ÉPD est fonction de : - la précision des données brutes - la dimension du groupe contemporain - le suivi au contrôle sur plusieurs années - l’intégrité des données de tous les troupeaux contrôlés

Bon travail