Recherche dans PubMed Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011

SURVOL Quest ce que PubMed AccèsAccès Stratégie de recherche Opérateurs logiques Recherche intuitive Les termes MeSH – quoi, pourquoi (Medical Subject Headings)Les termes MeSH – quoi, pourquoi Le processus de recherche –Identifier les MeSH – concept 1Identifier les MeSH – concept 1 –RenvoiRenvoi –Personnaliser la recherchePersonnaliser la recherche –Résultats, concept 1Résultats, concept 1 –Réitérer le processus. Concepts 2, 3Réitérer le processus. Concepts 2, 3

SURVOL – suite et fin Résultats concept 3 et consultation de lhistorique de la rechercheRésultats concept 3 et consultation de lhistorique de la recherche Combinez vos résultats Limitez votre recherche Repérez les références non-indexées Visionnez vos résultats Gérez vos références Sauvegarde des références dans RefWorksSauvegarde des références dans RefWorks My NCBI : Sauvegarde des recherches Aide exhaustive Des questions?

Quest-ce que PubMed? Plus de 20 millions de références bibliographiques à des articles de périodiques Produite par la National Library of Medicine (NLM), U.S. Plus de 5500 périodiques indexés dans Medline Contenu international (75% anglais) 1950-présent + références non indexées dans Medline Détails du contenu:

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Stratégie de recherche Énoncé de recherche: Mme Smith, une patiente âgée de 50 ans, se demande si le cancer du sein peut être prévenu grâce aux vitamines ou aux suppléments nutritionnels. Concepts clés: 1. Cancer du sein Prévention 2.Vitamines 3. Suppléments nutritionnels

Stratégie de recherche: relations entre les concepts Concept 1: cancer du sein ET prévention (un aspect du concept 1) ET (Concept 2: vitamines OU Concept 3: suppléments nutritionnels)

Opérateurs logiques ET (AND) – Relie 2 ou plusieurs idées différentes. Permet de réduire votre repérage. OU (OR) –Relie 2 ou plusieurs synonymes ou termes connexes. Permet délargir votre repérage. NON, parfois appelé SAUF (NOT) –élimine les idées ou concepts non désirés. Réduit le repérage. Utiliser avec prudence.

Recherche intuitive Facile, rapide Exige une connaissance minimale des opérateurs logiques Le système fait tout le travail (renvois aux termes appropriés) Repérage maximum Précision laisse à désirer

Exemples de recherche intuitive Syntaxe et termes différents amènent des résultats différents

Les termes MeSH: quoi, pourquoi ? MeSH=Medical Subject Headings -descripteurs sujets uniformisés provenant dun thésaurus de termes médicaux Couvrent généralement plusieurs synonymes (« Entry terms ») ou termes plus spécifiques Permettent de réduire ou détendre la recherche du sujet selon lemploi – ou non de la la fonction sujet principal (major topic)

Les termes MeSH – quoi, pourquoi (suite) Permettent de réduire létendue du sujet en les combinant avec les qualificatifs (subheadings) désignant des aspects spécifiques - ex. : Breast Neoplasms – prevention & control

Identifier les MeSH – concept 1. cancer du sein Choisir la base de données MeSH Cliquer sur Search Cliquer sur Saisir le terme recherché

Renvoi au MeSH (mapping) Cliquer sur le MeSH

Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder » Cliquer sur Search PubMed

Résultats de la recherche – 1 er concept

Recherche du 2 ème concept: vitamines 1.Cochez tous les termes pertinents. 2.Ajoutez au Search builder 3.Combinez avec le OR (OU) 4.Cliquez sur Search

Résultats, 2 ème concept

Recherche du 3 ème concept, suppléments nutritionnels 1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH 2. Add to search builder 3. Search PubMed On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

Résultats, 3 ème concept Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir lhistorique de la recherche

Historique de la recherche et combinaisons logiques Faites un clic gauche sur un numéro densemble, puis sur lopérateur (OR ou AND) puis sur le 2 ème ensemble, et encore sur le même opérateur. Dans cette recherche, commencez par combiner « vitamines » OR « suppléments nutritionnels ».

Combinaison / OR (concepts 2 et 3) Votre combinaison apparaît maintenant à la case de recherche. Cliquez sur Search pour effectuer la recherche.

Résultat du OR et retour à lhistorique de recherche Cliquez Historique de recherche enrichie dun ensemble

Identifier les MeSH – concept 1. cancer du sein Choisir la base de données MeSH Cliquer sur Search Cliquer sur Saisir le terme recherché

Renvoi au MeSH (mapping) Cliquer sur le MeSH

Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder » Cliquer sur Search PubMed

Résultats de la recherche – 1 er concept

Recherche du 2 ème concept: vitamines 1.Cochez tous les termes pertinents. 2.Ajoutez au Search builder 3.Combinez avec le OR (OU) 4.Cliquez sur Search

Résultats, 2 ème concept

Recherche du 3 ème concept, suppléments nutritionnels 1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH 2. Add to search builder 3. Search PubMed On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

Résultats, 3 ème concept Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir lhistorique de la recherche

Résultat du OR et retour à lhistorique de recherche Cliquez Historique de recherche enrichie dun ensemble

Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND) Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1 er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2 ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – cest la même opération.

Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND) Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1 er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2 ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – cest la même opération.

Renvoi au MeSH (mapping) Cliquer sur le MeSH

Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder » Cliquer sur Search PubMed

Résultats de la recherche – 1 er concept

Recherche du 2 ème concept: vitamines 1.Cochez tous les termes pertinents. 2.Ajoutez au Search builder 3.Combinez avec le OR (OU) 4.Cliquez sur Search

Résultats, 2 ème concept

Recherche du 3 ème concept, suppléments nutritionnels 1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH 2. Add to search builder 3. Search PubMed On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

Résultats, 3 ème concept Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir lhistorique de la recherche

Résultat du OR et retour à lhistorique de recherche Cliquez Historique de recherche enrichie dun ensemble

Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND) Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1 er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2 ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – cest la même opération.

Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND) Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1 er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2 ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – cest la même opération.

Vos résultats: concept 1 ET (c2 OU c3) Cliquez pour limiter vos résultats

Critères de limite Choisissez une ou plusieurs valeurs pour chaque critère désiré, puis cliquez sur Search

Votre résultat limité Noubliez pas que les limites demeurent actives pour toute la session, à moins que vous les enleviez (clic sur Remove).

Repérez les références les plus récentes - non- indexées Utilisez tous les synonymes possibles (pas de MeSH) Utilisez les parenthèses pour regrouper les concepts unis pr un OU, et les opérateurs logiques pertinents. Breast AND (cancer* OR carcinoma* OR neoplasm* OR tumor*) AND prevent* AND (Vitamin* OR ((nutrition* OR dietary) AND supplement*))

Stratégie « mots texte » pour chacun des concepts

Combinaisons des ensembles

Limites Temps N.B.: On recommande de limiter aux 180 derniers jours puisque le temps moyen dindexation des références est de 3 à 6 mois. Nutilisez pas dautres limites puisque celles-ci utilisent des MeSH et les références non-indexées nen contiennent pas encore.

Repérez les références non- indexées (suite) In process=en traitement. La référence na pas encore de MeSH.

Votre stratégie de recherche élargie Vous pouvez maintenant combiner #7 OR #22 de manière à inclure les références indexées (22) et les références non indexées (7) dans vos résultats.

Visionnez vos résultats – configuration de laffichage Choisissez le format Abstract pour voir le bouton, les MeSH et les résumés Choisissez le format MEDLINE si vous exportez à un gestionnaire bibliographique Choisissez le nombre de références affichées par page – suffisamment pour voir votre ensemble au complet – ex.: 50 si vous avez 33 références. Choisissez Abstract pour voir le bouton GetIt et les MeSH – Choisissez le format MEDLINE pour envoyer les références dans RefWorks.

Résultat final Le résultat final comprend des références indexées et des références en cours de traitement (« In process »)

Gérez vos références Configuration de laffichage Actions : courriel, sauvegarde Sélectionner les références. Si aucune référence nest sélectionnée, lensemble complet sera inclus dans la prochaine action

Configurez laffichage (display) MEDLINE pour sauvegarde dans RefWorks. Abstract pour voir le bouton et les MeSH. Affichez suffisamment de références pour voir vos résultats au complet – par ex., 50 si vous avez 33 références.

Références en format MEDLINE Cliquez sur Firefox, Save page as, sauvegardez votre fichier en format.txt N.B.: avec IE, il faut dabord cliquer sur Page, puis Save as

Sauvegarde dans RefWorks: ouvrir RefWorks à partir de la page daccueil de la Bibliothèque Ouvrir RefWorks

Connexion à RefWorks Saisissez vos coordonnées si vous êtes déjà inscrit(e) ou inscrivez- vous - cest gratuit!

Importation dans RefWorks: La procédure est affichée sur notre page Web Cliquer sur Références, puis Importer

Importation dans RefWorks Utilisez les menus déroulants pour choisir la source des données et la base de données

Résultat de limportation Cliquez ici pour obtenir … …votre liste de références importées

Aide sur RefWorks Consultez le Tutoriel de RefWorks

Sauvegardez des recherches Cliquez

Sauvegardez la recherche Connectez-vous à MyNCBI ou inscrivez-vous

Sauvegardez la recherche Cliquez

Rappelez la recherche Cliquez sur MyNCBI: Aide dans MyNCBI Cliquez sur votre recherche pour la ré-exécuter

Aide exhaustive (en anglais seulement) Le fichier daide de PubMed : PubMed FAQ : Tutoriel interactif sur PubMed :

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