<? Le PHP appliqué à la BioInformatique ?> Thomas Mouilleseaux Cours IFT6291 : Projet de Recherche

<? Sommaire ?> Introduction Le projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Sommaire ?> Introduction Le projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

<? Introduction ?> Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Introduction ?> Pourquoi ce sujet ?

<? Le Projet BioPHP ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Le Projet BioPHP ?> BioJava, BioPython, BioPerl, BioXml… Vise à étendre le langage de script PHP pour l'utilisation en biologie Une collection d'outils pour aider les programmeurs PHP à réaliser des applications bioinformatiques Lie ensemble des applications et des bases de données bioinformatiques locales et distantes

<? PHP pour calcul biologique ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? PHP pour calcul biologique ?> Lire les données de Genbank, Swissprot, Fasta, et Clustal Effectuer des analyses simples (calculs poids moléculaires, calcul de charge, chaînes de consensus…) Rechercher des motifs dans des séquences (codons, miroirs, palindromes) Digérer une séquence nucléique en utilisant une ou plusieurs enzymes ou ribonucléases de restriction Communiquer avec des programmes externes tels que Clustal, pour aligner plusieurs séquences

<? Travaux avec BioPHP ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Travaux avec BioPHP ?> Trouvaille Mirror / Palindrome dans un ordre Fragments de trouvaille de sommaire d’enzymes de restriction Mes applications

<? Trouvaille Mirror/Palindrome dans un ordre ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Trouvaille Mirror/Palindrome dans un ordre ?> Recherches des miroirs génétiques et palindromes dans un ordre nucléique donné Choix Miroir/Palindrome Long Palindrome Long Subseq Ordre nucléique

Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Fragments de trouvaille de sommaire d’enzymes de restriction ?> Digère complètement (des coupes) un ordre donné de nucléotide en utilisant une enzyme donnée de restriction

<? Mes applications ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Mes applications ?> Exemples de scripts utilisants les classes Protéine Resten Seq SeqAlign SeqDB SeqMatch SubMatrix

<? Mes travaux en PHP ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Mes travaux en PHP ?> Algorithme des 4 Russes Arbre des suffixes Algorithme de Boyer-Moore

<? Algorithme des 4 Russes ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Algorithme des 4 Russes ?>

<? Arbre des suffixes ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Arbre des suffixes ?>

<? Algorithme de Boyer-Moore ?> Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Algorithme de Boyer-Moore ?> A Venir… En cours de développement…

<? Conclusion ?> Que m’a apporté ce projet ? Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion <? Conclusion ?> Que m’a apporté ce projet ?