Plateforme Métabolisme-Metabolome Conseil de la Recherche, 28 octobre 2010

La plante et son environnement ISV INRA Moulon ESE IBP Tutelle : IFR87 La plante et son environnement Age : Officiellement inaugurée en 2006 Localisation : IBP Prestations : isotopiques et métabol(om)iques Personnel (5) : 2 IE, 1 IR, 1 AI, 1 T (CNRS ou UPS)

Constitution de la Plateforme Prestations isotopiques (IBP) Prestations métabolome 1995 1999 fin 2004 2005 2006 2007 2008 2009 1er spectromètre de masse isotopique (E. Deléens) 2nd spectromètre de masse isotopique (J. Ghashghaie) LCs et TOF-MS (JL Prioul G. Noctor) TOF-MS (G Tcherkez JL Prioul G Noctor) IE UPS IE UPS IE CNRS T CNRS AI CNRS départ IR CNRS (Mvt Int.)

Axées surtout sur la spectrométrie de masse Types d’analyses réalisées Isotopes (13C/12C, 15N/14N): Gaz ou matière organique (EA-IRMS) ou composés purifiés (HPLC-EA-IRMS) Extraits dérivés, dans un solvant: GC-C-IRMS. Analyses à façon uniquement. Metabol(om)ique: Analyse TOF d’extraits dérivés, dans un solvant : GC-TOF Quantification absolue des amino-acides et pyridine nucléotides: HPLC and UPLC Analyse TOF d’extraits aqueux: LC-TOF. Axées surtout sur la spectrométrie de masse TOF ou magnétique

Financement de l’équipement Santé financière de la Plateforme Chiffre d’affaire Financement de l’équipement (cumulé sur les 6 dernières années soit 815 000 €) A rajouter en 2008-2009: PRES UniverSud « Réseau métabolome » Techniquement, l’entité financière de la Plateforme est une convention du SAIC et donc souffre du non-report des crédits d’une année sur l’autre  Utilisation du chiffre d’affaire: fonctionnement, petits renouvellements, réparations

Diffusion  Site internet www.pmm.u-psud.fr  Plaquette publicitaire d’information  Séminaires et affiches de présentation Journée IFR87, Journées Inter-IFR, INRA Versailles, Réseau Français de Fluxomique,…  Affiliation des articles scientifiques

Plateforme sous démarche-qualité Manuel-qualité et maîtrise documentaire Procédures obligatoires ISO 9001 en place CDD-qualiticien 2me semestre 2009 (contrat IFR) Amélioration hygiène et sécurité (en cours) Couverture PC&E Evaluateurs de qualité positifs Questionnaire de satisfaction client (chaque mois de Juin) Suivi de fidélité des clients Qualité scientifique : publications (2005-2009, 30 pub. indiquant la Plateforme explicitement ou dans les acknowledgements) Qualité technique : comparaison d’analyses (INRA Versailles, LSCE, fournisseur)

Thématiques de recherche impliquant de près la Plateforme - Membres du comité exécutif: opération et régulation du métabolisme primaire Bilans isotopiques et respiration (J. Ghashghaie) Fluxomique du métabolisme carboné primaire et respiration (G. Tcherkez) Interactions entre métabolismes du C et N (G. Tcherkez & M. Hodges) Mécanismes réactionnels d’enzymes-clef (G. Tcherkez) Metabolomique, signalisation oxydative et régulation (G. Noctor) Autres équipes: caractérisations métaboliques et physiologiques, bilans de carbone des écosystèmes Caractérisation métabolique de mutants développementaux ou respiratoires (A. thaliana, Maïs, Tabac, etc.): INRA de Versailles et du Moulon, ENS-Lyon, IBP,… Bilans carbonés isotopiques à l’échelle de l’écosystème et de l’arbre: ESE, LSCE-CEA Saclay Radioprotection et diagnostic des sites nucléaires: ISRN Qualité et résistance à la sécheresse chez le blé : Arvalis Dynamique de la sédimentation lacustre: Sc. de la Terre UPS

Développements envisagés 1- Optimisation informatique Support et facilitation du traitement de données internes Consultation des plateformes partenaires Réseau Métabolome PRES 2009 (50 000 €) Données d’acquisition métabolomique Base de données Consultable/interrogeable Archivage Extraction des données Compilation Vérifications, intégration Statistique Résultats client

2- Spectrométrie RMN à vocation métabolique (et non structurale) IRMS : abondances naturelles, engagements métaboliques inférés, contributions de plusieurs sources de C ou N, etc. Aspect fluxome et compositions isotopiques positionnelles: font défaut Traçage métabolique, interactions 13C/15N ou 13C/D, fluxome avec le marquage 13C, phosphorylome avec la 31P-RMN, métabolisme in vivo  Projet Sésame en cours d’évaluation (45% du montant) 55% restants à trouver !

Principaux plateaux techniques isotopiques métabolomiques fluxomiques/RMN métabolique Caen Univ. Lille CEA Grenoble CEF Montpellier INRA Nancy INA-PG ULP Strasbourg Univ. Rennes INRA Versailles PMM Univ. Nantes INRA/UBP Clermont Univ. Bordeaux II INRA Bordeaux Association des différentes techniques sur une même plateforme La fluxomique en ferait un pôle unique francilien Univ. Marseille

Conclusion et perspectives  Plateforme qui s’est bien développée ces dernières années, notamment grâce à l’IFR87 et aux collectivités locales (équipement)  Autonome pour financer son fonctionnement (sur marge du chiffre d’affaire) mais pas pour l’équipement.  Budget pour équipements supplémentaires ou renouvellement : IFR 87 renouvelé : on verra sur projets (Astre, Sésame, PRES, etc.) devient urgent pour un spectro isotopique (qui a 20 ans)  Potentialités du label IBISA ? extrêmes difficultés d’appréhender le comité GIS-IBISA et leurs attentes