PubMed/MeSH - Medical Subject Headings (Cours avancé : Module 1) Ce document est sous licence Creative Commons Attribution 4.0 International License Novembre 2017

Table des matières Introduction sur les Medical Subject Headings/ le MeSH – le vocabulaire contrôlé pour les recherches PubMed La base de données MeSH Major Topic Headings et explosion Utiliser les termes MeSH Les régions géographiques Novembre 2017

Avant de se connecter à PubMed, nous allons nous connecter à Hinari en utilisant le lien http://www.who.int/hinari/ Novembre 2017

Saisissez votre nom d’utilisateur Hinari et votre mot de passe dans les champs correspondants. Changez la langue du portail si nécessaire. Puis, cliquez sur le bouton “Se connecter”. Note: Pour avoir accès aux articles en texte intégral, vous devez être connecté. 26 octobre 2017

Cliquez sur le logo Hinari pour ouvrir le programme. Tous les programmes auxquels votre institution a souscrit sont listés. Connectez vous à n’importe lequel des programmes listés en retournant à la page d’accueil (Utilisez l’onglet R4L Portal – Applications situées en haut de votre navigateur web). Pour ouvrir un autre programme, cliquez sur le logo correspondant. Votre nom d’utilisateur Hinari et votre mot de passe vous donnent accès aux autres programmes. Il en va de même pour vos identifiants institutionnels AGORA, ARDI ou OARE. 26 octobre 2017

Une fois que vous êtes connecté à Hinari et que vous êtes sur l’index des ressources, accédez à PubMed en cliquant sur Chercher dans Hinari texte intégral avec PubMed. In the Logged in from: message, you will see your country’s name (for example, ‘Logged in from Kenya’.) 26 octobre 2017

Bienvenue sur la page d’accueil de PubMed, nous allons nous intéresser aux MeSH ou Medical Subject Headings. Pour accéder à la base de données MeSH, cliquez sur le lien depuis la colonne de droite de la page d’accueil de PubMed. Un autre moyen d’accès au MeSH est d’ouvrir le menu déroulant des Bases de données et de cliquer sur MeSH. Novembre 2017

Le MeSH (Medical Subject Headings) est le vocabulaire contrôlé utilisé pour indexer les articles dans Medline, la base de données bibliographiques en information scientifique et biomédicale du National Institute of Health aux Etats-Unis d’Amérique. Les termes MeSH sont assignés comme Mots-clefs à chaque notice qui est marquée comme “Indexed for MEDLINE”. Dans la base de données MeSH, nous allons lancer une recherche avec le terme malaria. Some articles in PubMed are not in MEDLINE and have no MeSH Terms assigned to their records. Novembre 2017

Dans les résultats de la recherche, nous remarquons que la base de données MeSH liste 9 termes pour Malaria. Click on the linked term for the detailed information. Novembre 2017

La notice d’un terme MeSH (Malaria) contient une définition, les sous-termes associés, une liste de termes d’entrée et une affiche hiérarchique du MeSH. La définition encadrée est celle de Malaria. Remarquez les sous-termes affichés sur la page. Novembre 2017

Si vous cliquez sur Subheadings depuis la page du terme MeSH malaria, les qualificatifs (Qualifiers) et leurs définitions seront affichés. Novembre 2017

Pour effectuer une recherche PubMed avec le terme MeSH Malaria, il faut cliquer sur Add to search builder and puis sur Search PubMed. Veuillez noter la syntaxe utilisée dans la boîte du : PubMed search builder “Malaria[Mesh]”. Novembre 2017

Nous avons affiché les résultats de la recherche PubMed pour le terme Malaria[Mesh]. Il y a 14741 articles en texte intégral gratuit (Free Full Text articles) et 15869 textes intégraux Hinari parmi les 49780 référencess. Note: L’avantage principal de la recherche avec le vocabulaire contrôlé MeSH est la précision des résultats. Novembre 2017

Nous avons maintenant affiché le terme MeSH de Malaria, Falciparum, un des termes de notre recherche initiale pour le terme MeSH de Malaria. Cette notice contient également une liste de qualificatifs (Subheadings) qui peuvent être reliés au terme Malaria, Falciparum. Novembre 2017

Nous avons affiché les résultats PubMed pour le terme Mesh de Malaria, Falciparum . Remarquez qu’il y a significativement moins de références (14035) pour la recherche du terme Mesh de Malaria. Novembre 2017

Nous avons effectué ici une recheche pour le terme MeSH de Dengue Nous avons effectué ici une recheche pour le terme MeSH de Dengue. Il y a 19 termes MeSH qui contiennent le mot Dengue. Nous allons cocher la case pour ce terme le plus large. Novembre 2017

Nous allons chercher le terme MeSH Dengue associés à des qualificatifs (subheadings), ici: epidemiology, parasitology et transmission. Nous avons coché les cases pour ces termes et cliqué sur Add to Search Builder et Search PubMed. Remarquez comment la recherche est construite dans la boîte PubMed search builder. Novembre 2017

Dans Pubmed, les résultats de la recherche donnent 3566 références. Novembre 2017

Depuis le menu d’option d’affichage “display setting“, nous avons sélectionné l’option “Abstract”. Vous pouvez voir que les liens vers le texte intégral des articles Free Full Text et Hinari se trouvent en dessous de l’abstract/résumé. Novembre 2017

Si vous cliquez sur l’affichage Abstract puis sur l’onglet MeSH Terms (en dessous de l’abstract/résumé), vous pouvez voir les termes MeSH attribués à cet article. Novembre 2017

En dessous de la liste des qualificatifs (subheadings), il y a deux cases à cocher– pour restreindre la recherche aux Major Topic Headings ou pour désactiver l’explosion d’un terme. Lorsque l’on restreint la recherche aux Major Topic Headings seulement, nous sélectionnons les articles dont le sujet principal est la Dengue. Nous allons cocher la case afin de sélectionner cette option, puis cliquer sur Add to search builder et sur Search PubMed. Novembre 2017

Nous avons restreint la recherche Pubmed à Dengue [Majr] et obtenu 5248 références. Novembre 2017

Si vous cliquez sur l’affichage Abstract puis sur l’onglet MeSH Terms (en dessous de l’abstract/résumé), vous pouvez voir les termes MeSH Dengue/prevention & control et dengue/epidemiology. Dans l’affichage Abstract , les Major MeSH terms (MAJR) sont reconnaissables grâce au signe *. Novembre 2017

Depuis l’écran de recherche PubMed, nous avons cliqué sur Advanced Search et avons encadré l’historique de recherche (History). Vous pouvez voir les recherches sur la Dengue que vous venez d’effectuer. Novembre 2017

Nous allons maintenant effectuer une recherche dans la base de données des termes MeSH pour la région géographique Asie (Asia). Après avoir saisi le terme dans la barre de recheche, nous allons cliquer sur le terme Asia, Southeastern. Novembre 2017

Nous avons maintenant affiché la notice du terme MeSH Asia Southeastern. Vous pouvez voir les sous-termes qui spécifient les pays faisant partie de Asia Southeastern. Nous allons cliquez sur Add to search builder puis sur Search Pubmed. Novembre 2017

Nous avons lancé la recherche Asia, Southeastern [Mesh] dans PubMed et obtenu 64877 références dont 12933 textes intégraux gratuits et 18482 articles Hinari. Novembre 2017

Nous avons à nouveau ouvert la page de recherche avancée PubMed (Advanced Search) pour retrouver l’historique des recherches effectuées (History). En cliquant sur ADD à côté de la recherche #15 et de la recherche #7, nous les avons ajoutées dans le Search Builder. Cela permet de combiner les termes MeSH Asia, Southeastern et Dengue avec ses qualificatifs. Nous allons cliquer sur Search pour lancer une nouvelle recherche. Novembre 2017

Les résultats de notre recherche combinée Asia, Southeastern [Mesh] AND Dengue[Mesh]… sont 712 articles. Novembre 2017

C’est la fin du cours avancé Hinari module 1 Il existe un manuel qui accompagne cette partie du module pour réaliser une session pratique sur les sujets traités dans ce module. Mis à jour en novembre 2017 Novembre 2017