Package R Markdown: Un outil pour générer des pages html avec R Studio Réunion du Groupe Statistiques – CATI Bios4Biol Juin 2015 Sophie LAMARRE Equipe Biopuces Bionanotechnologies et Plateforme GeT-Biopuces (LISBP) à Toulouse sophie.lamarre@insa-toulouse.fr
Plan Qu’est-ce que R Markdown? Cas d’utilisations Comment ca marche? Plus de détails Vers une mise en page personnalisée Les autres formats Conclusion Annexes
1. Qu’est ce que R Markdown? C’est un package de R qui combiné à R Studio, permet de créer de manière simplifiée des documents dynamiques. Le document peut avoir plusieurs formats: Pages web (à l’origine le package a été créé pour ca) Document pdf Document Word ou équivalent sous Linux
1. Qu’est ce que R Markdown? Sur le document dynamique, on peut mettre: du code R le résultat de l‘exécution des graphiques des images des formules …
2. Cas d’utilisations Pour créer un cours que l’on veut publier en ligne (avec Rpubs) Pour réaliser un compte rendu avec affichage des résultats (issu des commandes tapées dans R), que l’on souhaite communiquer à d’autres personnes (sans avoir à s’initier au Latex pour écrire des rapports avec Sweave) …
3. Comment ca marche? Le package « markdown » fonctionne avec le package « knitr » (à télécharger sur le CRAN lors de la première utilisation) Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le code R qui génère des tableaux et/ou des graphiques (au lieu d’insérer les tableaux et/ou les graphiques exécutés préalablement) -> reproductibilité des documents
Démo pour transformer en format HTML 3. Comment ca marche? Démo pour transformer en format HTML
3. Comment ca marche? On ouvre R Studio On change le paramétrage
3. Comment ca marche? On créé un premier document
3. Comment ca marche? On enregistre le fichier que l’on vient de créer On appuie sur « Knit HTML »
3. Comment ca marche? On obtient notre page html générée Note: Dans la nouvelle version de markdown on n’est plus obligé d’enregistrer notre fichier .rmd pour qu’il génère la page.
3. Comment ca marche? Fichier contenant le contenu du document dynamique en format .rmd Fichier transformé dans le format souhaité: HTML PDF WORD
3. Comment ca marche? Si on souhaite publier en ligne notre page: On clique sur « Publish » Attention, la page sera publique
4. Plus de détails Ajouter du code et voir le résultat: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html
4. Plus de détails Affichage d’un graphique généré avec R: Le résultat de la page Html Le code sur le fichier .Rmd
4. Plus de détails Insérer un tableau: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html
4. Plus de détails Insérer une équation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html
4. Plus de détails Insérer une image: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html
4. Plus de détails Insérer un lien vers une page Internet: Insérer une citation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html
5. Vers une mise en page personnalisée Par défaut, la mise en page est un peu sommaire: Pas de couleurs Tableaux sans bordures Texte non souligné …
5. Vers une mise en page personnalisée On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page. La procédure à suivre est la suivante: copier la feuille de style CSS nommée “markdown.css” qui se trouve dans le répertoire du package “Markdown” (endroit où tous les packages sont stockés) la renommer Modifier la feuille de style avec la mise en page que l’on souhaite (exemple: couleurs aux titres, bordures aux tableaux …) la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd . Ensuite, dans notre fichier .Rmd, on écrit en haut: la ligne suivante entourée de “<” et “>”: link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet”
5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme
Démo pour transformer en format PDF 6. Les autres formats Démo pour transformer en format PDF
6. Les autres formats … On peut transformer notre document à la base prévu pour être édité en format HTML pour qu’il soit transformé en PDF Pour que les images rentrent dans la page
6. Les autres formats … On peut transformer notre document à la base prévu pour être édité en format HTML pour qu’il soit transformé en PDF
Démo pour transformer en format WORD 6. Les autres formats Démo pour transformer en format WORD
6. Les autres formats … On peut transformer notre document à la base prévu pour être édité en format HTML pour qu’il soit transformé en WORD
6. Les autres formats … On peut transformer notre document à la base prévu pour être édité en format HTML pour qu’il soit transformé en WORD
7. Conclusion Package intéressant qui permet de créer des rapports reproductibles sous forme de pages Web, pdf ou Word, facilement sans avoir à connaître le langage Latex ni Html.
8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation (pour format HTML avec CSS modifié)
8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation
8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation
8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation
8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation
8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation
8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation
8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation
8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation
Package genefilter: Un outil pour filtrer les données (à l’origine des issues de puces à ADN, mais fonctionne aussi avec des tableaux de type matrices) Réunion du Groupe Statistiques – CATI Bios4Biol Juin 2015 Sophie LAMARRE Equipe Biopuces Bionanotechnologies et Plateforme GeT-Biopuces (LISBP) à Toulouse sophie.lamarre@insa-toulouse.fr
Courte introduction du filtrage 1. Installer le package 2. Charger le package 3. Générer une matrice de 1 000 gènes et 2 conditions avec chacune 5 réplicats
Courte introduction du filtrage Filtrage n°1: On ne retient pour la condition A que les gènes qui ont au moins 1 pour tous les réplicats de la condition A (c’est-à-dire pour les 5 réplicats)
Courte introduction du filtrage Filtrage n°2: On ne retient pour la condition A que les gènes qui ont au moins 1 pour 75% des réplicats de la condition A (c’est-à-dire pour les 4 réplicats)