Medline via l’interface PubMed Patricia Volland-Nail Ingénieur de Recherche Service Information - Communication UMR Physiologie de la Reproduction et des Comportements INRA, CNRS, Université de Tours – 37380 Nouzilly Patricia.Volland@tours.inra.fr Mise à jour Juin 2007 PVN – INRS – Juin 2007

Qu’est-ce que nous allons faire ? Introduction à la base de données Medline Le vocabulaire contrôlé de Medline : le MeSH Les règles de la recherche de base Visualisation des résultats Liens possibles 1er TD pour une prise en main de PubMed Recherche à l’aide du MeSH Différentes fonctions : « Limits » « Preview/Index » « History » « Details » 2ème TD : utilisation du MeSH et des Limits PVN – INRS – Juin 2007

Qu’est-ce que nous allons faire ? (suite) La sauvegarde des références et le Clipboard Import des références dans les logiciels de gestion bibliographique (ex. avec EndNote) Impression des références Recherche sur Auteurs Sauvegarde d’une équation de recherche Systèmes d’alerte (DSI) : My NCBI 3ème TD : mise en place de profils personnalisés PVN – INRS – Juin 2007

Medline/PubMed Quelques « modes d’emploi » en français : http://www.unice.fr/BU/medecine/formations/pubmed/index.php http://www.ext.upmc.fr/urfist/biolo/bioguide2/medline/medline.htm http://www.u-psud.fr/Biblikb.nsf/Formations.htm#pubmed Traduction du Tutorial de PubMed (fait en 2004) : http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_co/pubmed/ Les « tutoriaux » et aides diverses sur le site de PubMed PVN – INRS – Juin 2007

Medline/PubMed Page d’accueil de PubMed http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi PVN – INRS – Juin 2007

Introduction à Medline (1) Medline : « première » base de données biomédicale internationale Couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie, biologie, biologie moléculaire, médecine clinique, économie, éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé publique, médecine vétérinaire, toxicologie … PVN – INRS – Juin 2007

Introduction à Medline (2) Produite par la National Library of Medicine (NLM) aux USA, depuis 1966 Pubmed = Medline via le Web depuis 1997 : un service du NCBI : National Center for Biotechnology Information En 1996, la NLM a créé OldMedline : environ 1.7 million de références depuis 1950 Depuis le 30 septembre 2003 : intégration de la base OldMedline dans PubMed/Medline PVN – INRS – Juin 2007

Introduction à Medline (3) Actuellement environ 4800 périodiques sont indexés dans Medline Monographies et résumés de congrès ne sont pas indexés dans Medline 76% des références sont « accompagnées » de l’abstract de l’auteur Attention : Medline ne couvre pas la littérature médicale du monde entier : aucune base de données n’est exhaustive ! PVN – INRS – Juin 2007

Sites complémentaires Medline Plus, destiné à l’information du grand public http://medlineplus.gov/ PVN – INRS – Juin 2007

Sites complémentaires (2) Accessibles via « SIS » sur les thèmes suivants : toxicologie, santé et environnement, chimie, HIV/AIDS etc… http://sis.nlm.nih.gov/ PVN – INRS – Juin 2007

Autres bases du NCBI Recherche possible dans d’autres bases Accès à l’ensemble des bases All Databases : système de recherche croisée dans les différentes bases du NCBI : système Entrez Nucleotide : recherche de nucleotides dans GenBank Protein : séquences protéiques de Swiss-Prot, PIR, PRF, PDB Genome : références et données sur le génome Structure : Molecular Modeling Database structure 3D PMC : PubMed Central : accès aux articles accessibles en texte intégral via PubMedCentral Journals : base de données des journaux de toutes les bases du NCBI Books : un certain nombre de livres biomédicaux mis en ligne PVN – INRS – Juin 2007

Système « Entrez » du NCBI « Entrez » : moteur de recherche spécialisé pour interroger les bases de données biomédicales dont PubMed, PubMed Central et GenBank PVN – INRS – Juin 2007

Exemple de recherche dans « Entrez » Saisie de la requête Indication du nombre d’occurrences trouvées dans chaque base PVN – INRS – Juin 2007

Sites complémentaires (3) PVN – INRS – Juin 2007

Les références de Medline L’indexation dans Medline : le MESH PVN – INRS – Juin 2007

Référence bibliographique Une référence bibliographique décrit un document avec un certain nombre d’éléments Dans une base de données bibliographiques, la référence se compose de plusieurs « champs » Chaque « champ » a un contenu bien identifié : auteurs de la référence, titre, nom du journal, abstract, etc… Dans une recherche faite sur un « champ » spécifique, le système recherchera le ou les mots saisis dans ce « champ » PVN – INRS – Juin 2007

Une référence dans Medline Référence « bibliographique » Titre Auteurs Affiliation Type de document Abstract Indexation : « MeSH Terms » ou mots clés du MeSH PVN – INRS – Juin 2007

Qu’est-ce que le « MeSH » pour Medical Subject Headings ? MeSH = thesaurus de Medline : un vocabulaire contrôlé et hiérarchisé qui permet de décrire précisément le contenu d’un article Les descripteurs MeSH sont choisis parmi un ensemble de synonymes pour décrire un concept de façon univoque PVN – INRS – Juin 2007

MeSH Terms Epididymis/*metabolism Glycoproteins/immunology/*metabolism Spermatozoa/*metabolism Animal Blotting, Western Chromatography, High Pressure Liquid Electrophoresis, Polyacrylamide Gel Immunohistochemistry Male Peptide Fragments/analysis Polyethylene Glycols Sheep Solubility Sperm Maturation/drug effects Support, Non-U.S. Gov't Testosterone/metabolism Les « MeSH terms » Une recherche effectuée à l’aide des mots-clés du MeSH donne un résultat plus ciblé qu’en langage « libre » « Sheep » est le terme choisi pour tout ce qui a trait aux moutons : mouton, bélier, brebis, agneau, espèce ovine, etc… PVN – INRS – Juin 2007

L’arborescence du thesaurus MeSH : … des notions générales … à des notions très spécifiques ... PVN – INRS – Juin 2007

Exemples d’arborescences PVN – INRS – Juin 2007

Arborescence du terme « accident » PVN – INRS – Juin 2007

Définition et arborescence des « risques » 2 arborescences proposées pour « Risk Management » PVN – INRS – Juin 2007

Lors de l’indexation les termes MeSH sont classés en 2 catégories : termes MeSH majeurs : reflètent le sujet principal de l ’article (suivi d’un *) termes MeSH non-majeurs : peuvent refléter une petite partie de ce dont on parle dans l’article PVN – INRS – Juin 2007

MeSH majeurs précédés d’une * MeSH non-majeurs MeSH Subject Headings Epididymis/*metabolism Glycoproteins/immunology/*metabolism Spermatozoa/*metabolism Animal Blotting, Western Chromatography, High Pressure Liquid Electrophoresis, Polyacrylamide Gel Immunohistochemistry Male Peptide Fragments/analysis Polyethylene Glycols Sheep Solubility Sperm Maturation/drug effects Support, Non-U.S. Gov't Testosterone/metabolism MeSH majeurs précédés d’une * MeSH non-majeurs PVN – INRS – Juin 2007

Le vocabulaire MeSH Notion d’explosion : si on demande « l’explosion » d’un terme MeSH, la recherche faite avec ce terme ne retrouvera pas seulement les documents indexés avec ce terme, mais aussi tous ceux indexés avec les termes spécifiques, situés « en dessous » de lui dans l’arborescence L’explosion est automatique dans PubMed PVN – INRS – Juin 2007

Si on « explose » le terme Reproduction, … etc Si on « explose » le terme Reproduction, on recherchera aussi tous les termes « sous » Reproduction PVN – INRS – Juin 2007

Notion de mapping : quand c’est possible, remplacement automatique d’un terme non-MeSH par un terme MeSH Dans PubMed, le mapping se fait par défaut : facilite la recherche de base, transparent pour l’utilisateur Notion de pondération : utilisation des descripteurs MeSH majeurs : intéressant quand on veut limiter sa recherche aux documents où le terme MeSH recherché est le sujet principal de l’article PVN – INRS – Juin 2007

 Les qualificatifs ou « subheadings » : concepts généraux qui, apposés aux descripteurs MeSH, en précisent le sens MeSH Subject Headings Epididymis/*metabolism Glycoproteins/immunology/*metabolism Spermatozoa/*metabolism Animal Blotting, Western Chromatography, High Pressure Liquid Electrophoresis, Polyacrylamide Gel Immunohistochemistry Male Peptide Fragments/analysis Polyethylene Glycols Sheep Solubility Sperm Maturation/drug effects Qualificatifs : metabolism analysis drug effects secretion PVN – INRS – Juin 2007

Les « Subheadings » Les « subheadings » possibles sont proposés lors de l’affichage détaillé d’un mot-clé MeSH Par défaut, lors de la recherche via le système PubMed, le système inclura tous les « subheadings » possibles si aucun n’est sélectionné spécifiquement PVN – INRS – Juin 2007

Vocabulaire MeSH Accessible via la MeSH Database PVN – INRS – Juin 2007

PubMed : Page d’accueil Donne accès à la recherche en mode basique Fenêtre de recherche Fonctionnalités Autres services divers PVN – INRS – Juin 2007

Statut des références différent selon état de mise à jour : PubMed Statut des références différent selon état de mise à jour : Mise à jour quotidienne : PreMedline : références pas encore « indexées » : pas de termes Mesh : mention [PubMed In Process] Soumission directe des sommaires des périodiques dès leur parution par l’éditeur : pas de termes Mesh [PubMed - as supplied by publisher] Références indexées avec les termes du MESH [PubMed - indexed for MEDLINE] Références d’avant 1966 [PubMed - OLDMEDLINE for Pre1966] http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi PVN – INRS – Juin 2007

PubMed : Recherche de base Entrer un terme ou une expression (entre « ») et cliquer sur Go Utilisation possible de la troncature : * Utilisation des opérateurs booléens AND, OR, NOT libellés en majuscule PVN – INRS – Juin 2007

L’écran Résultat Display : affichage des références selon différents formats Send to : Ajout des réf. dans une liste provisoire Nbre de réf. visualisées par page Details : permet de voir le « mapping » réalisé Nbre total de réf. PVN – INRS – Juin 2007

Interrogation par défaut Se fait dans tous les champs des références, dont le champ mots-clés (MeSH), les mots du texte (titre, abstract), etc… Quand on entre plusieurs termes à la suite les uns des autres, PubMed les combine avec l’opérateur AND Pour rechercher une « expression » spécifique : la mettre entre « » « Mapping » automatique : traduction automatique des mots en termes « MeSH » grâce à une table de transcodage PVN – INRS – Juin 2007

Exemple : recherche sur vitamin h Transcription Cliquer sur « Details » pour connaître le détail du « mapping » Si [MeSHTerms] apparaît : choix du terme dans le MeSH PVN – INRS – Juin 2007

Certaines expressions sont d’emblée reconnues (Exemple : programmed cell death) et retraduites directement Si on la considère comme une expression : « programmed cell death » : Résultat : 8960 références Résultat : 99151 références PVN – INRS – Juin 2007

Utilisation des troncatures Attention : la troncature arrête le « mapping » automatique, donc l’utilisation des termes MeSH et leur « explosion » Exemple avec le terme reproduction : reproduction : 878 804 réponses reproduct* : 154 143 réponses PVN – INRS – Juin 2007

« Spell Check Feature » : « suggestion » Si on fait une faute d’orthographe, le système peut « suggérer » le bon terme … Exemple avec « hemorhage » : suggestion de « hemorrhage » : 213 310 réponses au lieu de 9 ! PVN – INRS – Juin 2007

Signification des icônes PVN – INRS – Juin 2007

Visualisation d’une référence Affichage par défaut au format Abstract Plus Lien vers texte intégral Cliquer sur la référence choisie Related Links PVN – INRS – Juin 2007

Lien vers le texte intégral de l’article : conditionné la plupart du temps à un abonnement payant au périodique ou parfois « Full Text libre » … PVN – INRS – Juin 2007

Les Related articles Permet, par un algorithme, de retrouver les références similaires en comparant mot-clés, mots du titre et du résumé. Références retrouvées classées par ordre de pertinence PVN – INRS – Juin 2007

Links : liens divers LinkOut : propose des liens externes à PubMed : Web d’éditeurs pour les articles en texte intégral, bases de données, bibliothèques et autres ressources Web diverses comme MedlinePlus PVN – INRS – Juin 2007

Links Clic LinkOut Liens vers infos complémentaires PVN – INRS – Juin 2007

Display : différentes options de visualisation des résultats PVN – INRS – Juin 2007

« Display » : les différents formats Summary : format par défaut Abstract et Citation Medline : avec les noms des champs : pour les transferts de fichiers PVN – INRS – Juin 2007

TD Ouvrir PubMed Faire une recherche sur le SARS ou avec Severe acute respiratory syndrome Regarder dans « details » pour chaque terme Regarder les différents formats d’affichage Regarder les différents Links : ceux de [PubMed In Process] et [PubMed - indexed for MEDLINE] Lien vers Related articles PVN – INRS – Juin 2007

Un exemple pour comprendre l’intérêt de l’utilisation du MeSH Recherche sur le chant des oiseaux : song AND bird Problème : un auteur s’appelle Song … La recherche avec « song » amène les articles de Mr Song !!! D’où l’utilité de l’utilisation du MeSH pour cibler sa recherche Utilisation du MeSH PVN – INRS – Juin 2007

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Le MeSH Consultable en ligne à partir de « MeSH Database » PVN – INRS – Juin 2007

Le MeSH (1) Permet : de rechercher les mots-clés du thesaurus MeSH en ayant connaissance de l’environnement hiérarchique de chaque terme d’utiliser entre autres des qualificatifs pour en limiter le sens de les combiner entre eux d’envoyer sa requête vers PubMed PVN – INRS – Juin 2007

Le MeSH (2) Attention : en utilisant le MeSH, on trouve uniquement les références indexées : cela exclut le PreMedline [PubMed in Process] et le [PubMed - as supplied by publisher] des éditeurs PVN – INRS – Juin 2007

Détail d’une entrée dans la MeSH Database PVN – INRS – Juin 2007

Un exemple de recherche à partir de la MeSH Database Question : Quelles sont les études réalisées sur la leptine et l’obèsité chez les jeunes enfants ? Méthode : décomposer sa requête en termes ou expressions choisir les termes appropriés dans le MeSH les associer entre eux Concepts : leptine obèsité jeunes enfants PVN – INRS – Juin 2007

Exemple : recherche de « leptin » Clic sur le terme : visualisation du détail dont l’arborescence du MeSH et les subheadings PVN – INRS – Juin 2007

Sélection du terme et envoi dans la « boîte de recherche » Sélection éventuelle de « subheadings » Nouvel écran PVN – INRS – Juin 2007

Plusieurs propositions sont faites Recherche du 2ème terme Plusieurs propositions sont faites PVN – INRS – Juin 2007

L’équation de recherche s’affiche Envoi de l’équation de recherche dans PubMed PVN – INRS – Juin 2007

Utilisation des « Limits » 3ème terme : « infants » Difficultés pour utiliser le terme approprié à la requête de départ (cf les définitions) Utilisation des « Limits » PVN – INRS – Juin 2007

Fonction « Limits » Cette fonction permet : de rechercher dans un « champ » bien spécifique : auteur, adresse, etc … de restreindre une recherche à certains critères d’affiner une requête en limitant la recherche à un groupe de population spécifique (en fonction de l’âge), à une période donnée, à un type de publication, etc... PVN – INRS – Juin 2007

Champs interrogeables (auteur, mots du titre, etc…) Choix de l’espèce Genre : mâle ou femelle Langue Type de publication Champs interrogeables (auteur, mots du titre, etc…) Choix de « tranches d’âges » PVN – INRS – Juin 2007

Choix de la tranche d’âge Application de la limite PVN – INRS – Juin 2007

Attention : une sélection dans les « Limits » sera mémorisée pour le reste de la session Pour l’annuler pour une nouvelle étape de recherche, aller « décocher » l’option PVN – INRS – Juin 2007

Fonction Preview/Index Saisir le mot à visualiser et valider avec Index Permet de visualiser les index des différents champs PVN – INRS – Juin 2007

Fonction « History » Permet de visualiser les étapes de recherche de la session en cours Permet d’associer 2 ou plusieurs termes, ou des étapes entre elles en utilisant les opérateurs booléens : AND, OR, NOT Ces opérateurs doivent être saisis en MAJUSCULES PVN – INRS – Juin 2007

Ecran « History » Pour associer 2 requêtes, on utilise la syntaxe : #1 AND #2 (par exemple) Combiner les 2 étapes entre elles Pour effacer PVN – INRS – Juin 2007

TD Utilisation du MeSH et des limites sur une recherche spécifique Choix de termes dans l’Index Utilisation des « Subheadings » Croisement de différentes étapes grâce à l’Historique : fonction History PVN – INRS – Juin 2007

Exemples de recherches à partir du MeSH Rechercher les principaux articles sur le cancer de la prostate Puis limiter aux 2 dernières années Rechercher les articles sur le traitement chirurgical du cancer des os chez l’adolescent PVN – INRS – Juin 2007

Autres recherches spécifiques Special Queries PVN – INRS – Juin 2007

« Cancer Topic Searches » Les équations de recherche sont toutes faites … PVN – INRS – Juin 2007

3ème partie : Sauvegardes, impressions Recherches auteurs et sur les journaux PVN – INRS – Juin 2007

Sauvegarde des références (1) Fonction Send to … qui permet la sauvegarde des références dans un texte, un fichier informatique, l’envoi dans un mail et l’envoi dans le « Clipboard », sorte de panier temporaire PVN – INRS – Juin 2007

Sauvegarde des références (2) Par défaut, si aucune sélection n’est faite, l’option Send to … sauvegarde l’ensemble des références trouvées jusqu’à un maximum de 10 000 On passera par le Clipboard pour sauvegarder une sélection de références PVN – INRS – Juin 2007

Le Clipboard Outil qui permet de sauvegarder temporairement une sélection de références dans le but de les imprimer ou de les sauvegarder de manière informatique ensuite On coche les références sélectionnées, puis l’option « Send to Clipboard » Pour afficher les références sélectionnées faire un clic sur « Clipboard », puis choix du format d’impression et impression ou sauvegarde des références Pour effacer des références dans le Clipboard : les sélectionner et faire Send to Clip remove Attention : le Clipboard ne peut pas contenir plus de 500 références PVN – INRS – Juin 2007

Sélection des références puis ajout dans le « panier » ou clipboard : Send to : choisir Clipboard PVN – INRS – Juin 2007

Sauvegarde de références pour « import » dans Endnote Faire un « Display » des références au format MEDLINE puis « Send to » : file (fichier .txt) PVN – INRS – Juin 2007

Importer les références dans Endnote Menu : File > Import Import Option : filtre PubMed PVN – INRS – Juin 2007

Impression des références Choisir le mode de visualisation souhaité avec la commande « Display », puis Send to : Text et imprimer avec l’option Imprimer du navigateur PVN – INRS – Juin 2007

Permet d’imprimer correctement les références sans les « fioritures » de PubMed et surtout avec le texte en entier sans coupure des mots sur le côté… PVN – INRS – Juin 2007

Sauvegarde d’une équation de recherche Utilisation de My NCBI Inscription préalable nécessaire (gratuite) A la suite d’une recherche faire « Save search » Nommer sa recherche Choix de l’envoi des résultats par e-mail Ne sont pas prises en compte les stratégies de type #3 AND #4 PVN – INRS – Juin 2007

Cliquer sur Save Search Exemple de sauvegarde Cliquer sur Save Search Nouvel écran PVN – INRS – Juin 2007

Détail si alerte e-mail PVN – INRS – Juin 2007

My NCBI Collections : sauvegarde de résultats de recherche PVN – INRS – Juin 2007

Recherche sur un auteur Saisie directe du nom de l’auteur comme indiqué dans l’aide ou utilisation du « champ » d’indexation AU : Exemple : dambrine g [AU] ou voir dans les « Limits » PVN – INRS – Juin 2007

Recherche à partir de l’adresse d’un auteur Recherche sur l’adresse possible à partir du champ « Affiliation » (cf. Limits : choix du champ à interroger [AD] ) Mais, attention : dans une référence Medline on n’a que l’adresse du premier auteur de l’article La recherche sera donc partielle !!! PVN – INRS – Juin 2007

Recherche sur un Journal Utilisation de la Journals Database ou Utilisation des « Limits » Entrer un nom de journal ou un terme Exemple : journaux ayant dans leur titre le terme « security » PVN – INRS – Juin 2007

TP Enregistrement de profils personnalisés dans My NCBI PVN – INRS – Juin 2007

Merci de votre attention … PVN – INRS – Juin 2007