Diagnostic bactériologique des infections urinaires ECBU ED N°2a Diagnostic bactériologique des infections urinaires ECBU

Objectif et prérequis Objectif Prérequis Savoir interpréter les résultats d'un examen cytobactériologique des urines Prérequis Cours 4 et 5, le monde bactérien Cours 28, antibiotiques: mécanisme d’action, mécanisme de résistance Polycopié des TP page 28: les principales familles d’antibiotiques

Mme D., 32 ans, consulte pour des brûlures mictionnelles Pas d’antécédent médico-chirurgical Pas de traitement en cours Apparition brutale de brûlures mictionnelles la veille Pas de fièvre Pas de douleur lombaire Quel diagnostic évoquez-vous?

Quelles sont les bactéries habituellement responsables? Cystite aiguë Infection uniquement vésicale ≠ Pyélonéphrite aiguë Atteinte du parenchyme rénal Clinique: fièvre ± frissons, douleur de la fosse lombaire irradiant vers le pubis Quel est le mécanisme physiopathologique habituel des infections urinaires communautaires? Quelles sont les bactéries habituellement responsables?

Physiopathologie des IU Colonisation ascendante des voies urinaires par des bactéries possédant des facteurs de virulence spécifiques: (adhésines, sidérophores ) Femme : la longueur réduite de l’urètre favorise l’infection Femme enceinte : facteurs favorisants supplémentaires (diminution des défenses immunitaires, compression de l’urètre par l’utérus, imprégnation progestative)

Espèces bactériennes responsables d’infections urinaires Examen direct (coloration de Gram) Famille Espèce % Bacilles Gram négatif Entérobactéries Escherichia coli 68 Proteus mirabilis 8 Klebsiella sp 5 Autres entérobactéries 3 Pseudomonadaceae Pseudomonas aeruginosa 1 Cocci Gram positif en chainettes Streptococcaceae Enterococcus (E. faecium, E. faecalis) Streptocoques B (Streptococcus agalactiae) Cocci Gram positif en amas Micrococcaceae Staphylococcus aureus S. saprophyticus Autres bactéries 84%

Quel examen pour confirmer le diagnostic? Examen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU) Il permet de mettre en évidence: Une réaction inflammatoire (cytologie : leucocytes) Des bactéries dans l’urine vésicale (physiologiquement stérile) Pyélonéphrites aiguës: hémocultures + ECBU Comment bien réaliser un ECBU?

ECBU – Conditions de recueil Conditions standardisées pour : Eviter une contamination de l’échantillon (bactéries commensales de l’urètre et du périnée) Eviter une multiplication ou une destruction des bactéries Permettre une conservation des leucocytes 1ères urines du matin de préférence (concentrées) Toilette soigneuse du méat urinaire (femme +++) Urine de milieu de jet Avant tout traitement antibiotique Transport rapide au labo (conservation 2h à T° ambiante, <24h à +4°C)

ECBU – Conditions de recueil Situations modifiant les critères d’interprétation (conditions de recueil différentes) : Poche stérile adhésive chez le jeune enfant Doit être laissée en place moins de 30 min Fort risque de contamination Seule une urine négative est facilement interprétable, tout urine positive prélevée ainsi, devrait être contrôlée++ Recueil sur sonde urinaire (réanimation, incontinence, …) Leucocyturie ininterprétable Possible contamination de la sonde sans infection

Analyse d’un ECBU – J0 1. Cytologie quantitative - Leucocytes - Hématies Par mm3 ou ml attention aux unités!!!! 2. Frottis →Coloration de Gram →Examen au microscope - Présence de germes - Morphologie et coloration 3. Ensemencement quantitatif++ sur milieu chromogène - 10 µL (öse calibrée) - Incubation 24h à 37°C - Permet la culture des Gram+ et des Gram-

Les normes : leuco <104/ml et abs de germe Analyse d’un ECBU – J0 Interprétation à J0 Les normes : leuco <104/ml et abs de germe exemples 105 leucocytes/ml ET nombreux bacilles Gram négatif → Infection probable Traitement antibiotique probabiliste 104 leucocytes/ml et plusieurs types de germes au Gram Souillure probable → Refaire ECBU

Analyse d’un ECBU – J1 Numération des bactéries sur les cultures 1 colonie = 102 bactéries/mL Identification bactérienne Orientation si identification par les caractères biochimiques (galerie API) grâce aux milieux chromogènes Identification définitive si identification par spectrométrie de masse (Maldi-Tof) Réalisation d’un antibiogramme

Analyse d’un ECBU – J1 Interprétation à J1 Interpretation Leucocyturie/mL Bactéries/mL Interpretation < 104 Pas d'infection ≥ 104 ≥ 105 Infection urinaire 104 – 105 Bactériurie sans leucocyte ∙ Contamination du prélèvement surtout si plusieurs espèces ∙ Infection débutante ∙ Infection sur terrain particulier : femme enceinte, nourrisson, diabétique ou aplasique, immunodéprimé Un nouveau prélèvement est nécessaire Leucocyturie sans germe ∙ Infection décapitée par traitement antibiotique ∙ Sécrétions génitales ∙ Tuberculose urinaire : bactéries ne cultivent pas sur les milieux usuels (Cf. cours sur les mycobactéries). ∙ Urétrite (Chlamydiae, mycoplasme), donnant signes de cystite chez la femme ∙ Réaction inflammatoire d'origine non infectieuse (traumatisme ou tumeur)

Analyse d’un ECBU – J2 Identification bactérienne complète Antibiogramme E. coli 50 % des E. coli : producteurs de pénicillinase résistance à l ’ampicilline Vérifier la sensibilité du germe à l’antibiotique initialement prescrit +++

ECBU – Indications L’ECBU est indiqué pour le diagnostic initial Des cystites aigues compliquées Des cystites récidivantes Des pyélonéphrites aigues simples et compliquées Des prostatites Diagnostic initial des cystites aigues simples L’ECBU n’est PAS indiqué pour le diagnostic Le seul examen complémentaire recommandé est le test par la bandelette urinaire (BU)

Place des bandelettes urinaires Détection Leucocyte estérase produite par les PNN Négatifs: infection débutante, neutropénie Faux négatifs: urine diluée, Vitamine C Faux positifs: urétrites, inflammation non infectieuses (sonde urinaire +++) Nitrites produits par les bactéries (nitrate réductase) Négatifs: germes en faible nombre ou non producteur de nitrate reductase (Enterococcus, S. saprophyticus, Pseudomonas, Acinetobacter, Candida) Faux négatifs: Régime végétarien, Vitamine C, pH urinaire < 6 Faux positifs: mauvaise conservation de l’échantillon Si les 2 tests sont négatifs: pas d’ECBU (VPN = 95% ) Si 1 des 2 tests est positif : faire un ECBU Exception : ECBU d’emblée, sans BU préalable : - Chez les patients à risque de complications (femmes enceintes, diabétiques, neutropéniques) - En cas de sondage urinaire

Traitement Entérobactéries (BGN) β-lactamines (pénicillines et céphalosporines) Résistance naturelle aux Pénicillines G et M (imperméabilité) E. coli : 50% de résistance acquise à l’ampicilline/amoxicilline Autres antibiotiques fluoroquinolones, fosfomycine, bactrim, aminosides Entérocoques (Cocci à Gram + en chainette) Résistance naturelle aux céphalosporines+++, bactrim et quinolones Traitement par amoxicilline Traitement de la cystite aiguë 1re intention : Fosfomycine 2ième intention: Fluoroquinolone ou Nitrofurantoïne Traitement minute possible pour la fosfomycine et les fluoroquinolones si femme jeune non-enceinte sans facteurs de risques Traitement de la pyélonéphrite aiguë Céphalosporine de 3e génération injectable ou fluoroquinolone per os + aminoside si sepsis grave

Traitement Règles hygiéno-diététiques Contrôle de l’ECBU Mictions fréquentes Diurèse abondante Traitement d’une constipation Contrôle de l’ECBU Non recommandé dans les cystites aiguës et les pyélonéphrites aiguës simples Sauf en cas de persistance des symptômes 72h après le début du traitement Recommandé dans les pyélonéphrites aiguës compliquées (48h à 72h après le début du traitement et 4 à 6 semaines après la fin du traitement)

A retenir L’ECBU est un examen simple et peu coûteux Il peut donner une première indication dès le 1er jour Les bactéries les plus fréquemment rencontrées sont des Entérobactéries (E. coli +++) L’infection urinaire est très fréquente, généralement peu grave... sauf chez certains patients à risque.

L’ECBU dans ses différentes étapes Urines de milieu de jet Examen cytologique Examen bactériologique Ensemencement (Öse calibrée 10 µL) J0 Quantitatif Leucocyturie Qualitatif Germes Dénombrement, différenciation et identification des colonies J1 à 2 Antibiogramme(s) éventuel(s) J2 à 3