2-D DIGE: Decyder v6.5 software analysis
Architecture de Decyder v6.5
Co-détection des spots Un gel, 3 images Extrait 1 Extrait 2 Standard co-analyse des données issus des 3 images détection des spots sur l’image fusion Transfert des découpes de spot sur les 3 images indépendantes Cy2 Cy3 Cy5 Quantification précise: soustraction du bruit de fond et quantification des spots
Standard interne et quantification des spots Standard (Cy2) avec standard interne: mesure de l’abondance par paire de gel pour une même aire Gel 1 extrait 1 (Cy3) extrait 2 (Cy5) sans standard interne: mesure de l’abondance dans chacune des images Standard (Cy2) avec standard interne Gel 2 extrait 3 (Cy3) extrait 4 (Cy5)
: Differential In-gel Analysis DIA : Differential In-gel Analysis Co-détection Intra-gel + Quantification Intra-gel Cy3 DIA gel1 Cy5 Cy2 Gel 1 extrait 1 extrait 2 Standard Cy3 Cy5 Cy2 Internal standard and 2 samples per gel Gel 2 DIA gel2 Standard extrait 3 extrait 4 Cy3 Cy5 Cy2 Gel 3 DIA gel 3 Standard extrait 5 extrait 6
- Normalisation de l’abondance par rapport à chaque spot du standard Standard interne: matching inter-gel et normalisation de l’abondance des spots sans standard interne Gel 1 extrait 1 (Cy3) extrait 2 (Cy5) Matching des spots - Normalisation de l’abondance par rapport à chaque spot du standard Standard (Cy2) avec standard interne Gel 2 extrait 3 (Cy3) extrait 4 (Cy5) Standard (Cy2)
BVA Internal standard and 2 samples per gel Protein difference ratios : Biological Variation Analysis Cy3 Cy5 Cy2 Master Inter-gel matching Gel 1 extrait 1 extrait 2 Standard Cy3 Cy5 Cy2 Internal standard and 2 samples per gel Gel 2 Protein difference ratios Standard extrait 3 extrait 4 Cy3 Cy5 Cy2 Gel 3 Standard extrait 5 extrait 6