Version 2.1 21 janvier 2008 ESCI

Accès au modèle système terre et Analyse des résultats IPSL - Pôle de modélisation du climat Le modèle système terre : de IPSLCM4_v1 vers le ESM Principes retenus Fonctionnement simplifié de MODIPSL (SVN) Les nouveaux scripts basés sur libIGCM Les fichiers de résultats Le parallélisme Les simulations déjà réalisées NetCDF et les utilitaires nco

Les laboratoires et les tutelles

IPSL Fédération de 5 laboratoires - Observatoire des Sciences de l’Univers : le Centre d’étude des Environnements Terrestre et Planétaires (CETP), le Laboratoire de Météorologie Dynamique (LMD) le Laboratoire d’Océanographie et du Climat : Expérimentation et Approches Numériques (LOCEAN) le Laboratoire des Sciences du Climat et de l’Environnement (LSCE) le Service d’Aéronomie (SA) 8 tutelles Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 Université Versailles Saint-Quentin en Yvelines Commissariat à l’Energie Atomique (CEA) l’Institut de Recherche et Développement (IRD) Ecole Normale Supérieure Ecole Polytechnique Centre National d’Etudes Spatiales (CNES). 800 personnes Projets fédératifs : Pôle de modélisation du climat - 80 personnes - Pascale Braconnot

Pôle de modélisation Missions : Modèle climat : IPSLCM4_v2 Fédérer les études multidisciplinaires (scientifiques ou techniques) faisant intervenir les composantes du modèle de l'IPSL Identifier et coordonner les simulations de références Fédérer et rationaliser les moyens, les développements techniques Animation scientifique Modèle climat : Atmosphère Océan et glace de mer Surfaces continentales Cycle du carbone Chimie IPSLCM4_v2 NEMO/OPA INCA NEMO/TOP/PISCES

du pôle de modélisation Conseil scientifique du pôle de modélisation LMDZ F. Hourdin INCA M. Schulz ORCHIDEE N. De Noblet NEMO-OPA S. Masson, G. Madec NEMO-TOP L. Bopp Bureau du CSPOLE Responsable : P. Braconnot J.-L. Dufresne,L. Fairhead, M.-A. Foujols P. Friedlingstein F. Hourdin, C. Lévy, O. Marti 20e-21eme J.L Dufresne, Tropiques J.P. Duvel, S. Janicot Expertise complémentaire F. Lott, L. Li, S. Bekki, G. Krinner,Th. Fichefet G. Ramstein

Contraintes liées aux différentes activités scientifiques : Tests sensibilité KE/Ti Flux eau Paleo ??? IPSL_CM4(IPCC) IPSLCM4_v1 IPSL_CM4+(IPCC) Utilisation des sols Paléo végétation Cycle du carbone (Pisces, flux de carbone, transport carbone) IPSL_CM4(loop) Passage LMDZ4 Passage Verrions // des modèles IPSL_CM4(//) Haute résolution IPSLCM4_v2 IPSL_CM4(chimie-aérosols) INCA IPSL_ESM_V1 Nouvel exercice GIEC 2009 Evolution des composantes IPSLCM5 Nouveau modèle

Historique des versions du modèle couplé IPSLCM4_v1 : figé en juillet 2004 pour réalisations IPCC IPSLCM4_v1_OASIS3 - version recommandée jusqu’en juillet 2007 : Intègre LMDZ4 tag IPCC Résolutions 144x96x19 et 144X142x19 ajoutées pour essais Utilisation de OASIS3 (fichiers en NetCDF, compilation type PRISM) Utilisation de IOIPSL 2, version Fortran 90 Peut tourner avec nouveaux scripts communs (libIGCM) IPSLCM4_LOOP - référence LOOP : Ajout cycle du carbone : stomate (ORCHIDEE), PISCES (OPA) Intègre LMDZ4 IPSLCM4_v2 - version recommandée depuis juillet 2007 - Nouveaux scripts (libIGCM) Modipsl, IOIPSL et CONFIG gérés sous svn/forge Trac pour wiki et suivi tickets Dernières versions LMDZ et Orchidee (inclus parallélisme) IPSL_ESM_V1 : en cours Principes similaires, utilisables pour toute configuration NEW

Land surface, vegetation ORCHIDEE Atmosphere LMDZ Ocean, sea-ice ORCA-LIM Energy, water cycle Evaporation, rivers... Circulation, precip... SST, ice extent.. Human activities CO2 emissions Polluant emissions Déforestation, land use Vegetation, soil carbon Carbon cycle CO2 Biogeochemistry NOx, O3 DMS Iron CH4, COVs, Aérosols Chemistry, aerosols Chemistry Sea salt Aérosols

Deux centres de calcul privilégiés: IDRIS/CNRS et CCRT/CEA Calculateur brodie.idris.fr NEC SX-8, été 2006 10 noeuds 80 processeurs mercure.ccc.cea.fr NEC SX-8R, nov 2006 8 noeuds 64 processeurs Connexion brodie.idris.fr (filtrage par adresse) idefix1.saclay.cea.fr puis mercure.ccc.cea.fr Compilation brodie (tx7) mercure (tx7) Exécution brodie[01-10] mercure[10-17] Fichiers gaya fer Post-traitement rhodes Serveur DODS dods.idris.fr dods.extra.cea.fr/data/ Assistance-Support assist@idris.fr hotline.ccrt@cea.fr 01 69 35 85 55 01 69 26 66 66 www.idris.fr www-ccrt.ccc.cea.fr:8000

Et sur mon poste de travail? Calculateurs Serveur local, PC/Linux,Mac OSX, ... CVS : accès aux sources Tout système Unix-like SVN : accès aux sources A installer en plus du système de base. Voir http://subversion.tigris.org/ et packages Compilateur Fortran 90 avec jeu d’options testées Produit commercial sur tout système orienté calcul. Compilateur gnu : g95 PGI : pgf90 NAG : f95 IBM : x90 Bibliothèque d’échanges de messages pour coupleur Tout système orienté calcul parallèle : MPI Bibliothèque NetCDF 3.6 Tout système orienté calcul ou soi-même Interface Fortran 90 NetCDF À compiler avec le même compilateur Espace fichiers de stockage n Gigaoctets Utilitaires nco Tout système orienté calcul climat Python Tout système orienté calcul Assistance-Support IPSL et modèles Retour d’expérience apprécié

Historique des versions de référence du modèle couplé IPSL depuis IPSLCM4_v1 IPSLCM4_v1 : LMDZ-ORCHIDEE-OASIS-ORCA-LIM-IOIPSL Cette version n’évolue plus. Base des réalisations pour IPCC IPSLCM4_LOOP : LMDZ-ORCHIDEE (stomate)- OASIS-ORCA-LIM-PISCES-IOIPSL2 IPSLCM4_v1_OASIS3 : LMDZ4-ORCHIDEE-OASIS3-ORCA-LIM-IOIPSL2 Cette version a évolué pour inclure LMDZ4, OASIS3, une troisième résolution pour LMDZ et a été portée sur brodie (SX-8 de l’IDRIS) et mercure (SX-8R du CCRT) IPSLCM4_v2 : version en cours de validation finale, inclut toutes les évolutions récentes. Premier couplé avec LMDZ/ORCHIDEE parallèle IPSL_ESM_V1 : première version du Earth System Model incluant Chimie: LMDZ-ORCHIDEE-OASIS-ORCA-LIM-IOIPSL-INCA NEW

Version de référence Chaque composante est validée en forcé par les personnes ad hoc tag fixé atlas sur le WWW Une expérience type est disponible IPSLCM4_v1 : 2L24 (préindustrielle - base simulation IPCC) IPSLCM4_v2 : 2L20 (actuel) Poursuite de la démarche itérative Nouvelle étude Suivi des nouveautés Orchidee 1_9_1 LMDZ4 avec parallélisme LMDZ4_V3_1 Nouveaux scripts (libIGCM) Configurations cohérentes en plus grand nombre LMDZINCA_v2, ORCA2LIM_v2, LMDZOR_v2 IPSL_ESM_V1

Différentes composantes du modèle couplé IPSLCM4_v2 Responsables ESCI Composante Information Tag 72x45x19, 96x 71x19, 144x96x19 LMDZ4 LMDZ4_V3_1 L. Fairhead ORCHIDEE orchidee_1_9_1 M. Mancip key_orca_r2 key_ice_lln … ipsl_cm4_v1_11 ORCA_LIM Équipe système OPA IOIPSL SVN v2_1_1 J. Bellier A. Caubel et CERFACS CPL OASIS 3 Head Compilation et fichiers d’entrée A. Caubel, MA Foujols et groupe CPLIPSL IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2_1 Nouveaux scripts exécution et post-traitements S Denvil, P Brockmann, M Mancip libIGCM NEW Sans (HEAD)

Documentations Wiki Pôle : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg Accès sources SVN Accès aux tickets d’incident Accès aux pages wiki Contrainte : avoir un compte sur forge.ipsl.jussieu.fr pour pouvoir modifier wiki, tickets et sources. Compte commun : climato/climato Machine commune de gestion des projets - Olivier Thauvin (SA) Wiki IPSLCM4_v2 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/IPSLCM4_v2_PAR Documentation libIGCM (inclut exemple IPSLCM4_v2) : http://wiki.ipsl.jussieu.fr/wiki_ipsl/IGCMG/libIGCM/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2

Documentation forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg WIKI Sources SVN Tickets

Principes (1/7) ATMOSPHERE LMDZ

Principes (2/7) « DRIVER OFFLINE » PROCESSUS de SURFACE ORCHIDEE_OL LMDZ

Principes (3/7) ORCHIDEE_OL ORCHIDEE LMDZ ORCHIDEE_OL Expérience type : 1 an sur le site Cabauw LMDZOR Expérience type : 1 an

Principes (4/7) OCEAN GLACE TRACEUR ORCHIDEE LMDZ OPA LIM TRC

Principes (5/7) ORCHIDEE LMDZ OPA LIM TRC ORCA2_LIM ORCA2_LIM_TRC Expérience type : 1 an ORCA2_LIM_TRC Expérience type : 1 an

Principes (6/7) COUPLEUR CERFACS ORCHIDEE LMDZ OASIS OPA LIM IPSLCM4_v2 Expérience type : 10 ans Etats initiaux

Principes (7/7) IOIPSL/ NETCDF ORCHIDEE_OL ORCHIDEE LMDZ OASIS OPA LIM fichiers ORCHIDEE_OL ORCHIDEE LMDZ OASIS OPA LIM TRC

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (1/10) Accès à modipsl (SVN) brodie ou mercure : ksh alias svn_ano=‘svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl’ brodie ou mercure : mkdir IPSLCM4_v2 brodie ou mercure : cd IPSLCM4_v2 brodie ou mercure : svn_ano IPSLCM4_v2 modipsl .svn bin doc lib config modeles tmp util

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (2/10) Accès aux fichiers sur les serveurs SVN et CVS MODIPSL brodie ou mercure : svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl’ IOIPSL brodie ou mercure : svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/IOIPSL/trunk/src src Création du répertoire ./.svn CPL brodie ou mercure : cvs –d:pserver:anonymous@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ioipsl/CVSROOT login                                                                                                                 (passwd=anonymous) OPA brodie ou mercure : cvs –d :pserver:opa@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/opalod/CVSROOT login (passwd=opa2000) LMDZ brodie ou mercure : cvs –d :pserver:lmdzbrowse@piaf.lmd.jussieu.fr:/users/lmdz/cvsroot login (passwd=lmdzb2000) brodie ou mercure : cvs –d :pserver:sechiba@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ssipsl/CVSREP login (passwd=ipsl2000) ORCHIDEE Création du fichier $HOME/.cvspass

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (3/10) Accès à modipsl (SVN) brodie ou mercure : cd modipsl/util modipsl .svn bin doc lib config modeles tmp util mod.def model ins_make ins_job Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags Extraction des modèles validés disponibles Installation et configuration des Makefiles Installation et configuration des scripts de lancement

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (4/10) - fichier mod.def - 1 #- $Id$ 2 #--------------------------------------------------------------------- 3 #-This file is the definition file of the script "model". 4 #--------------------------------------------------------------------- 5 #- Each model is defined by 6 #- (prefix #-H-) model informations, 7 #- (prefix #-M-) the email address of the model manager, 8 #- (prefix #-C-) elements to extract for the model, in the order : 9 #- name of the component in the repository 10 #- tag/revision of the component 11 #- index of the repository in the server table 12 #- installation path in the local working directory 13 #- local working directory in modipsl 14 #- (prefix #-S-) containing the control system and server address. 15 #- 16 #- The tag "?" correspond to the default model version. 17 #- Invoking "model" with -H overrides any tag with "?". 18 #--------------------------------------------------------------------- 19 #- Repository informations 20 #- 21 #-S- 1 cvs anonymous@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ioipsl/CVSROOT 22 #-S- 2 cvs sechiba@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ssipsl/CVSREP 23 #-S- 3 cvs lmdzbrowse@cvs.lmd.jussieu.fr:/home/cvsroot 24 #-S- 4 cvs opa@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/opalod/CVSROOT 25 #-S- 5 cvs nemo@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/opalod/NEMOCVSROOT 26 #-S- 6 cvs inca@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/incaipsl/CVSROOT 27 #-S- 7 svn --username nemo_user http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/svn 28 #-S- 8 svn http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn 29 #------------------------------------------------------------------

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (4/10 - suite) - fichier mod.def - #- 87 #-H- IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2 configuration with parallel LMDZ4 and ORCHIDEE 88 #-H- IPSLCM4_v2 official release : october 2007 89 #-H- IPSLCM4_v2 ORCA tag ipsl_cm4_v1_11 90 #-H- IPSLCM4_v2 IOIPSL/src svn tags/v2_1_1 91 #-H- IPSLCM4_v2 LMDZ4 tag LMDZ4_V3_1 92 #-H- IPSLCM4_v2 ORCHIDEE tag orchidee_1_9_1 93 #-H- IPSLCM4_v2 OASIS3 tag HEAD 94 #-H- IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2 svn new scripts 95 #-M- IPSLCM4_v2 arnaud.caubel@lsce.ipsl.fr 96 #-C- IPSLCM4_v2 IOIPSL/tags/v2_1_1/src HEAD 8 IOIPSL/src modeles 97 #-C- IPSLCM4_v2 ORCHIDEE orchidee_1_9_1 2 . modeles 98 #-C- IPSLCM4_v2 OASIS3 ? 1 prism . 99 #-C- IPSLCM4_v2 LMDZ4 LMDZ4_V3_1 3 . modeles 100 #-C- IPSLCM4_v2 CONFIG/tags/IPSLCM4_v2_1/IPSLCM4_v2 HEAD 8 IPSLCM4_v2 config 101 #-C- IPSLCM4_v2 libIGCM ? 1 . . 102 #-C- IPSLCM4_v2 OPA/SRC_ORCA ipsl_cm4_v1_11 4 . modeles 103 #-C- IPSLCM4_v2 OPA/SRC_UCL ipsl_cm4_v1_11 4 . modeles 104 #-C- IPSLCM4_v2 UTIL/fait_AA_make ipsl_cm4_v1_8 4 . modeles

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (5/10) Accès à MODIPSL (SVN) svn_ano ; cd modipsl/util Accès à IPSLCM4_v2 brodie ou mercure : ./model IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2 modipsl bin .svn doc lib libIGCM prism config modeles tmp util IPSLCM4_v2 CVS IOIPSL CPL UTIL ORCHIDEE OPA LMDZ4

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (6/10) Accès à MODIPSL (SVN) svn_ano ; cd modipsl/util Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2 Installation des Makefiles brodie ou mercure : ./ins_make IPSLCM4_v2 modipsl .svn bin doc lib libIGCM config modeles prism tmp util AA_make.gdef IPSLCM4_v2 Makefile AA_make.ldef AA_make.gdef AA_make

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (7/10) Accès à MODIPSL (SVN) svn_ano ; cd modipsl/util Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2 Installation des Makefiles ./ins_make Installation de l’expérience type brodie ou mercure : vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card # Modifier JobName= LO1 par défaut ./ins_job IPSLCM4_v2 modipsl .svn bin doc lib libIGCM config modeles tmp util IPSLCM4_v2 AA_job NEW EXP00 Job_JobName config.card

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (8/10) Accès à MODIPSL svn_ano ; cd modipsl/util Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2 Installation des Makefiles ./ins_make vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card Installation de l’expérience type (partie post-traitement) brodie ou mercure : ./ins_job IPSLCM4_v2 modipsl NEW config modeles libIGCM atlas_LMDZ.job atlas_ORCHIDEE.job atlas_ORCA_LIM.job create_ts.job mo2se.job AA_atlas_LMDZ AA_atlas_ORCHIDEE AA_atlas_ORCA_LIM AA_create_ts AA_mo2se

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (9/10) Accès à MODIPSL (SVN) svn_ano ; cd modipsl/util Acces à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2 Installation des Makefiles ./ins_make Installation de l’expérience type vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card ./ins_job Compilation brodie ou mercure : cd ../config/IPSLCM4_v2 brodie ou mercure : gmake IPSLCM4_v2 modipsl NEW .svn bin doc lib config tmp util create_etat0_limit.e gcm.e oasis opa IPSLCM4_v2 Makefile

Accès au modèle IPSLCM4_v2 (10/10) Accès à MODIPSL (SVN) svn_ano ; cd modipsl/util Acces à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2 Installation des Makefiles ./ins_make Installation de l’expérience type vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card ./ins_job Compilation cd ../config/IPSLCM4_v2 gmake # attention brodie Soumission du Job de lancement brodie ou mercure : cd EXP00 brodie ou mercure : qsub Job_JobName modipsl config IPSLCM4_v2 EXP00 Job_JobName COMP PARAM dynami.param gcm.def geogram.param inice.param namcouple namelist offline.def orchidee.def output.param physiq.def run.def run.param.li thermo.param lim.card lim.driver lmdz.card lmdz.driver oasis.card oasis.driver opa.card opa.driver orchidee.card orchidee.driver

Récupérer, compiler et lancer le modèle couplé IPSLCM4_v2 Accès à MODIPSL (SVN) svn_ano Acces à IPSLCM4_v2 cd modipsl/util ; ./model IPSLCM4_v2 Installation des Makefiles ./ins_make Installation de l’expérience type (et post-traitements) vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card # JobName=LO1 ./ins_job Compilation cd ../config/IPSLCM4_v2 ; gmake Soumission du Job de lancement cd EXP00 qsub Job_JobName

Nouveaux scripts : libIGCM NEW Infrastructure commune cohérente de script : libIGCM : libIGCM/AA_job : un script commun à tous libIGCM/libIGCM_card, liBIGCM_comp, libIGCM_config, libIGCM_date, libIGCM_debug, libIGCM_post, libIGCM_sys.ksh : des fonctions en ksh communes à tous libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_brodie.ksh, libIGCM_sys_mercure.ksh, … : des fonctions particulières par machine utilisée CARD : Des fichiers driver et card décrivant les fichiers des composantes d’une configuration et programmant leur fonctionnement PARAM : Des fichiers texte d’entrée des différentes composantes config.card : une fiche descriptive d’une configuration pour une simulation type run.card (run.card.init): Une fiche bilan de la simulation en cours d’exécution

Nouveaux scripts : libIGCM Mise en œuvre prototype pour : IPSLCM4_v1_OASIS3 (CHILI) Mise en œuvre validée pour un ensemble de configurations cohérentes : IPSLCM4_v2, LMDZINCA_v2, IPSL_ESM_V1, … A été testé et tourne régulièrement sur : CEA (mercure : NEC SX-8R) IDRIS (brodie : NEC SX-8) Documentation : http://wiki.ipsl.jussieu.fr/wiki_ipsl/IGCMG/libIGCM/DocUtilisateur NEW

Script de référence : libIGCM/AA_job

Schéma synoptique de la libIGCM

config.card : UserChoices 1 # 2 # This is config.card file for restart with an NEW libIGCM simulation tree. 3 # 4 #======================================================================== 5 #D-- Compatibility - 6 [Compatibility] 7 libIGCM=1.0 8 #D-- UserChoices - 9 [UserChoices] 10 #============================ 11 #-- (<8 chars MAX for JobName) 12 JobName=LO1 13 LongName="SCRIPT_V1" 14 TagName=IPSLCM4_v2 15 #============================ 16 #-- leap, noleap, 360d 17 CalendarType=360d 18 #-- Début et fin de Job 19 #-- "YYYY-MM-DD" 20 DateBegin=1860-01-01 21 DateEnd=1869-12-30 22 #============================ 23 #-- 1Y, 1M, 5D, 1D 24 PeriodLength=1M 25 #============================

config.card : Batch 25 #============================ 25 #============================ 26 #-- PBS Class (required on brodie mono/multi) 27 #JobClass=mono 28 JobClass=multi 29 #============================ 30 #-- Total Number of Processors (minimum is 2 for a coupled configuration) 31 #JobNumProcTot=2 32 JobNumProcTot=4

config.card : Restarts 53 #======================================================================== 54 #D-- Restarts - 55 [Restarts] 56 #D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y' 57 OverRule=n 58 #D- Last day of the experience used as restart 59 RestartDate=1869-12-30 60 #D- Define restart simulation name (=> JOB_OS) 61 RestartJobName=CD1 62 #D- Path Server Group Login (=> PSGL) 63 RestartPath=/u/rech/ces/rces452/IGCM_OUT/IPSLCM4_v1_OASIS3 64 # Attention login depend de la machine 66 #======================================================================== 67 #D-- Post - 68 [Post] 69 #D- Do we rebuild parallel output, this flag determines 70 #D- frequency of rebuild submission 71 RebuildFrequency=NONE 72 #D- If you want to monitor variables, this flag determines 73 #D- frequency of post-processing submission 74 MonitoringFrequency=NONE 75 #D- If you want to produce time series, this flag determines 76 #D- frequency of post-processing submission 77 TimeSeriesFrequency=10Y 78 #D- If you want to produce seasonal average, this flag determines 79 #D- the period of this average 80 SeasonalFrequency=10Y y pour un redémarrage depuis une autre simulation Donner la date, le nom de la simulation et le chemin d’accès aux fichiers

config.card : Post 53 #======================================================================== 54 #D-- Restarts - 55 [Restarts] 56 #D- If you want a GENERAL RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y' 57 OverRule=n 58 #D- Last day of the experience used as restart 59 RestartDate=1869-12-30 60 #D- Define restart simulation name (=> JOB_OS) 61 RestartJobName=CD1 62 #D- Path Server Group Login (=> PSGL) 63 RestartPath=/u/rech/ces/rces452/IGCM_OUT/IPSLCM4_v1_OASIS3 64 # Attention login depend de la machine 66 #======================================================================== 67 #D-- Post - 68 [Post] 69 #D- Do we rebuild parallel output, this flag determines 70 #D- frequency of rebuild submission 71 RebuildFrequency=NONE 72 #D- If you want to monitor variables, this flag determines 73 #D- frequency of post-processing submission 74 MonitoringFrequency=NONE 75 #D- If you want to produce time series, this flag determines 76 #D- frequency of post-processing submission 77 TimeSeriesFrequency=10Y 78 #D- If you want to produce seasonal average, this flag determines 79 #D- the period of this average 80 SeasonalFrequency=10Y

config.card : ATM 82 #======================================================================== 83 #D-- ATM - 84 [ATM] 85 # 86 WriteFrequency="1M 1D HF" 87 # If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read 88 Restart= n 89 # Last day of the experience used as restart 90 RestartDate=1999-12-30 91 # Define restart simulation name 92 RestartJobName=2L18 93 RestartPath=${ARCHIVE}/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL 94 # Old component name for restart (if empty, use new name) 95 OldName= 96 97 #======================================================================== 98 #D-- OCE - 99 [OCE] 100 WriteFrequency="1M 1D" 101 Restart= n 102 ##-- Last day of the experience used as restart 103 RestartDate=1999-12-30 104 # Define restart simulation name 105 RestartJobName=2L18 106 RestartPath=${ARCHIVE}/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL 107 # Old component name for restart (if empty, use new name) 108 OldName= y pour un redémarrage ATM depuis une autre simulation Donner la date, le nom de la simulation et le chemin d’accès aux fichiers

config.card : OCE 82 #======================================================================== 83 #D-- ATM - 84 [ATM] 85 # 86 WriteFrequency="1M 1D HF" 87 # If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read 88 Restart= n 89 # Last day of the experience used as restart 90 RestartDate=1999-12-30 91 # Define restart simulation name 92 RestartJobName=2L18 93 RestartPath=${ARCHIVE}/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL 94 # Old component name for restart (if empty, use new name) 95 OldName= 96 97 #======================================================================== 98 #D-- OCE - 99 [OCE] 100 WriteFrequency="1M 1D" 101 Restart= n 102 ##-- Last day of the experience used as restart 103 RestartDate=1999-12-30 104 # Define restart simulation name 105 RestartJobName=2L18 106 RestartPath=${ARCHIVE}/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL 107 # Old component name for restart (if empty, use new name) 108 OldName= y pour un redémarrage OCE depuis une autre simulation Donner la date, le nom de la simulation et le chemin d’accès aux fichiers

config.card : ICE et SRF 110 #======================================================================== 111 #D-- ICE - 112 [ICE] 113 WriteFrequency="1M" 114 Restart= n 115 ##-- Last day of the experience used as restart 116 RestartDate=1999-12-30 117 # Define restart simulation name 118 RestartJobName=2L18 119 RestartPath=${ARCHIVE}/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL 120 # Old component name for restart (if empty, use new name) 121 OldName= 122 123 #======================================================================== 124 #D-- SRF - 125 [SRF] 126 WriteFrequency="1M" 127 Restart=n 128 ##-- Last day of the experience used as restart 129 RestartDate=1999-12-30 130 # Define restart simulation name 131 RestartJobName=2L18 132 RestartPath=${ARCHIVE}/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL 133 #-- Old component name for restart (if empty, use new name) 134 OldName= y pour un redémarrage ICE depuis une autre simulation Donner la date, le nom de la simulation et le chemin d’accès aux fichiers y pour un redémarrage SRF depuis une autre simulation Donner la date, le nom de la simulation et le chemin d’accès aux fichiers

config.card : CPL 136 #======================================================================== 137 #D-- CPL - 138 [CPL] 139 WriteFrequency="1D" 140 Restart= n 141 ##-- Last day of the experience used as restart 142 RestartDate=1999-12-30 143 # Define restart simulation name 144 RestartJobName=2L18 145 RestartPath=${ARCHIVE}/p86denv/SORTIES_CPL_IPSL 146 # Old component name for restart (if empty, use new name) 147 OldName= 148 149 #======================================================================== y pour un redémarrage CPL depuis une autre simulation Donner la date, le nom de la simulation et le chemin d’accès aux fichiers

Job_JobName : PBS Initialisation des paramètres de batch (PBS) Définition de la mémoire limite #PBS -l memsz_job=4.0gb limite mémoire Définition du nombre de processeurs #PBS -v PBS_NUM_PROC_TOT=::JobNumProcTot:: provient de config.card Définition des limites temps CPU Sur Brodie : #PBS -l cputim_job=1:00:00 limite en temps CPU pour l’ensemble du job Sur Mercure : #PBS -l elapstim_req=1:00:00 limite en temps réel ‘elapsed’ pour l’ensemble du job NEW NEW

tableau des classes* IDRIS Job_JobName : PBS tableau des classes* IDRIS brodie : news class            ^ -l cputim_job (limite en temps CPU par job) | 10:00:00 +----------------+----------------+----------------+ (10H) | | | | | t2 | t2L | | | | | | | TMPDIR <= 30Gb | TMPDIR <= 90Gb | t2XL | 2:00:00 +----------------+----------------+ | (2H) | | | | | t1 | t1L | TMPDIR <= 90Gb | | TMPDIR <= 30Gb | TMPDIR <= 30Gb | | 0:30:00 +----------------+----------------+----------------+ (1/2H) | | | | t0 | t0XL | | | | | TMPDIR <= 30Gb | TMPDIR <= 90Gb | +----------------+----------------+----------------+-> 6Gb 10Gb 20Gb -l memsz_job (limite memoire par job) * Susceptible de changement permanent

tableau des classes* IDRIS Job_JobName : PBS tableau des classes* IDRIS brodie : news class (suite)    ======================================================================= Classes multiprocesseurs (<=8) au sein d'un noeud (MPI ou OpenMP) ======================================================================== Parametres NQSII a specifier : #PBS -q multi #PBS -l cpunum_job=<Nproc> # Nombre de processeurs (1 <= Nproc <= 8) ^ -l cputim_job (limite en temps CPU par job) | 12:00:00 +-----------------+ (12H) | | | p2t2 | | | | 1 <= Nproc <= 2 | | TMPDIR <= 45Gb | 1:00:00 +-----------------+ (1H) | | | p2t1 | +-----------------+--> -l memsz_job (limite memoire par job) 15Gb NEW * Susceptible de changement permanent

tableau des classes* IDRIS Job_JobName : PBS tableau des classes* IDRIS brodie : news class (suite)     ^ -l cputim_job (limite en temps CPU par job) | 24:00:00 +---------------------------+ (24H) | | | p4t2 | | | | 3 <= Nproc <= 4     | | TMPDIR <= 90Gb | 1:00:00 +-----------------+ | (1H) | | | | p4t1 | | | | | | 3 <= Nproc <= 4    |   | TMPDIR <= 45Gb | | +-----------------+---------+-> -l memsz_job 15Gb 30Gb ^ -l cputim_job | p6t2 | | 5 <= Nproc <= 6      |     | TMPDIR <= 90Gb | 1:00:00 +---------------------------| (1H) | | | p6t1 | | 5 <= Nproc <= 6      | +---------------------------+--> -l memsz_job 30Gb NEW  ^ -l cputim_job   | 48:00:00 +----------------------------- (48H) | | p8t2 | | 7 <= Nproc <= 8 | TMPDIR <= 300Gb 2:00:00 +----------------------------- (2H) | | p8t1 | TMPDIR <= 100Gb +----------------------------> -l memsz_job 60Gb * Susceptible de changement permanent

tableau des classes* CCRT Job_JobName : PBS tableau des classes* CCRT mercure : class QUEUE ACT TYPE CPU NODE TIME MEM LIM/USER HOSTS test Oui Urgent 1 1 1h00 32G 8 2 mercure10,mercure11,…,mercure17 prod Oui Normal 1 1 24h00 20G - -(20) mercure10,mercure11,…,mercure17 bigmem Oui Normal 1 1 24h00 64G - - mercure10,mercure11 bigtime Oui Normal 1 1 100h00 32G 3 -(1) mercure16,mercure17 testpara Oui Urgent 8 8 30m00 52G 3 1 mercure10,mercure11,…,mercure17 parallel Oui Normal 8 1 24h00 32G - - mercure10,mercure11,…,mercure17 para8 Oui Normal 8 4 24h00 52G - - mercure10,mercure11,…,mercure17 scalaire Oui - 1 1 24h00 8G 8 3 mercure NEW * Susceptible de changement permanent

Caractéristiques pour une expérience de 1 mois Job_JobName : PBS Caractéristiques pour une expérience de 1 mois ORCA2xLMD9671 NEW Plateforme Temps CPU Temps écoulé Mémoire Brodie : 2 procs 1200 à 1600 s 1200 à 1800 s 2.5 Gb (3.2 Gb 1er mois) Brodie : 4 procs 1600 à 1700 s 520 à 700 s 3.7 Gb (4.1 Gb 1er mois) Mercure : 2 procs 1000 à 1700 s 1100 à 1300 s 2.5 Gb (3.2 Gb 1er mois) Mercure : 4 procs 1000 à 1700 s 450 à 700 s 3.7 Gb (4.1 Gb 1er mois) Classe du job: brodie t1, p2t2, p4t2 mercure prod, parallel

Job_JobName : PBS_NUM_PROC_TOT Lancement de LMDZ/ORCHIDEE sur plusieurs processeurs Pour gagner en temps de restitution, il est possible de lancer LMDZ/ORCHIDEE sur plusieurs processeurs en parallèle. Cela est efficace sur les NEC tant que l’on garde des domaines de taille suffisante pour garder la vectorisation efficace. A la résolution standard (96x71), il est recommandé d’utiliser 4 processeurs en tout : 3 processeurs pour LMDZ/ORCHIDEE et 1 processeur qu’oasis et OPA se partagent. A préciser par le paramètre JobNumProcTot de config.card avant le lancement de la commande ins_job A changer dans les entêtes batch de Job_JobName Attention! Modifier aussi le paramètre PBS de la mémoire en conséquence. #PBS -l memsz_job=5.0gb

Job_JobName : PeriodNb Lancement de plusieurs périodes par job Pour éviter de lancer une foule de petits jobs qui reprennent la file d’attente à chaque fois, il est possible de lancer en boucle n périodes par job. Le paramètre à modifier est dans Job_JobName (1 par défaut) : PeriodNb=1 Attention! Modifier le paramètre PBS du temps en conséquence. Définition des limites temps CPU Sur Brodie : #PBS -l cputim_job=10:00:00 limite en temps CPU pour l’ensemble du job Sur Mercure : #PBS -l elapstim_req=10:00:00 limite en temps réel ‘elapsed’ pour l’ensemble du job

Job_JobName : DRYRUN Tests de l’expérience Pour tester une nouvelle expérience et ne lancer que certaines étapes de la simulation, il est possible par la variable DRYRUN de diminuer les actions lancées. Elle est positionnée à 0 par défaut.

Les utilitaires de post-traitement au CCRT IPSLCM4_v2 create_ts.job : mo2se.job : Retour des jobs là : Mercure : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/JobName atlas_ORCA_LIM : pour océan et glace de mer atlas_LMDZ : pour atmosphère atlas_ORCHIDEE : pour surfaces continentales Les atlas sont basés sur ferret et sur fast : http://dods.ipsl.jussieu.fr/fast/ modipsl libIGCM create_ts mo2se atlas_...

Les utilitaires de post-traitement à l’IDRIS IPSLCM4_v2 Recopiés sur rhodes: $HOME/JobName/modipsl/libIGCM create_ts.job : mo2se.job : Retour des jobs là : rhodes : $WORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/JobName atlas_ORCA_LIM : pour océan et glace de mer atlas_LMDZ : pour atmosphère atlas_ORCHIDEE : pour surfaces continentales modipsl libIGCM create_ts mo2se atlas_...

mc2.ipsl.jussieu.fr/testing.php?exp=VV20 Time Series Utilitaire Répertoire gaya Lancement Dods IDRIS : dods.ipsl.jussieu.fr Dods IPSL : dods.ipsl.jussieu.fr/mc2ipsl/calculo/ Nouveaux scripts 1xYearly 1 fichier par variable create_ts_ye Atm/Analyse/TS_YE À la main OK_DODS_MO2ST=n Atm/TS_YE Synchro IPSL (SD) Pas encore 1xMonthly idem create_ts Atm/Analyse/TS OK_POST_MO2ST=n Atm/TS Oui Atm/TS_MO 1xDaily idem Atm/Analyse/DA2TS A la main Atm/DA Oui Atm/TS_DA 4xDaily idem Atm/Analyse/HF2TS Atm/HF Oui Atm/TS_HF

mc2.ipsl.jussieu.fr/testing.php?exp=VV20 Seasonnal cycle Util Répertoire gaya Lancement Dods IDRIS : dods.ipsl.jussieu.fr Dods IPSL : dods.ipsl.jussieu.fr/mc2ipsl/calculo/ Nouveaux scripts MO2SE base atlas, 1 fichier, 12 mois, moyenne 10 ans mo2se Atm/Analyse/MO2SE OK_POST_SE=y Toujours Atm/MO2SE Synchro IPSL (SD) Oui Atm/MO2SE MO2YE 1 fichier 1 moyenne annuelle mo2ye Atm/Analyse/MO2YE OK_POST_MO2YE=y OK_DODS_MO2YE=y Atm/MO2YE Non Pas encore MO2SN mo2sn Atm/Analyse/MO2SN OK_POST_MO2SN=y OK_DODS_MO2SN=y Atm/MO2SN

mc2.ipsl.jussieu.fr/testing.php?exp=VV20 Utilitaire Répertoire gaya Lancement Dods IDRIS : dods.ipsl.jussieu.fr Dods IPSL : dods.ipsl.jussieu.fr/mc2ipsl/calculo/ Nouveaux scripts Monitoring create_ts More/Monit/WWW/Monitoring OK_POST_monitoring=y toujours Synchro IPSL (SD) Pas encore Atlas mo2ye More/Atlas/WWW/VV20/SE_1860_1869 OK_POST_ATAS_SE=y SE_1860_1869 Oui Atm/MO2SE Ocean additionals mo2sn More/Atlas/WWW/VV20/Images A la main TKE2.job Toujours (si dispo) Images

Flux des données (1/4) Fichiers d’entrée texte (IGCM_comp_GetInputParametersFiles) Fichiers d’entrée binaires (netCDF) : conditions initiales (IGCM_comp_GetInputInitialStateFiles) conditions limites (IGCM_comp_GetInputBoundaryFiles) Exécutable Fichiers de sorties binaires (netCDF) Fichiers de sorties texte Fichiers de redémarrage (IGCM_comp_GetInputRestartFiles)

Flux des données (2/4) OPA + LIM OPA + LIM namelist_ORCA2 geogra.param output.param run.param.li thermo.param dynami.param_ORCA2 inice.param coordinates.nc bathymetry… ahmcoef LEVITUS_1m_… runoff_1m_... restart.nc rest_ice.om orcaini.nc rest.om OPA + LIM …_grid_ … …_diaznl_… …icemod… meshmask.nc ocean.output solver.stat time.step ice_evolu ice_mouchard À analyser avec les outils de post-traitements

Flux des données (3/4) OASIS OASIS3 grids.nc masks.nc areas.nc wa2o.flx wa2o.run wa2o.cal wo2a.tsg cf_name_table.txt namcouple _ORCA2xLMD9671 _ORCA2xLMD7245 … flxat.nc sstoc.nc OASIS3 cpl_oce_tau.nc cpl_oce_flx.nc cpl_oce_sst.nc cpl_atm_tauflx.nc cpl_atm_sst.nc Oasis.prt opa.xx.prt0 lmdz.x.prt0 cplout À analyser avec les outils de post-traitements

Flux des données (4/4) LMDZ + ORCHIDEE LMDZ + ORCHIDEE invtab.formated limit.nc carteveg5km.nc soils_param.nc routing.nc flux_iceberg amipbc_sic....nc Albedo.nc Rugos.nc tautab.format so4.run.nat.cdf ECDYN.nc ECPHY.nc Relief.nc landiceref.nc o2a.nc lai2D.nc create_etat0_limit.e physiq.def gcm.def run.def orchidee.def restart.nc restartphy.nc sechiba_rest.nc start.nc startphy.nc start_sech.nc LMDZ + ORCHIDEE etat0_visu.nc dyn_hist[ v_ave].nc dynzon.nc histhf.nc histmth.nc listing nistNMC.nc histREGDYN.nc sechiba_out.nc stomate_history.nc À analyser avec les outils de post-traitements

Nomenclature des noms des fichiers de sortie Output, Analyse, Debug, … ${JobName}_${PERIODE_DATE_BEGIN}_${PERIODE_DATE_END}_XX_NomFichier Output/DA et Analyse/TS_DA: XX 1D Output/MO et Analyse/TS_MO XX 1M Analyse/SE : ${JobName}_SE_${PERIODE_DATE_BEGIN}_${PERIODE_DATE_END}_NomFichier Restart ${JobName}_${PERIODE_DATE_END}_NomFichier

Arborescence sur serveur fichiers IPSLCM4_v2 rhodes : cd $HOMEGAYA/IGCM_OUT mercure : cd $DMFDIR/IGCM_OUT JobName ATM OCE ICE SRF CPL Exe Out ATLAS Output Analyse Restart Debug SE_1860_1969 TS_DA TS_MO SE ATM OCE_[TUVW] ICE SRF DA [HF] MO [INS]

Arborescence sur serveur fichiers |-- ICE | |-- Analyse | | |-- SE | | `-- TS_MO | |-- Debug | |-- Output | | `-- MO | `-- Restart |-- MONITORING |-- OCE | | |-- DA |-- Out `-- SRF |-- Analyse | |-- SE | `-- TS_MO |-- Debug |-- Output | `-- MO `-- Restart rhodes : cd $HOMEGAYA mercure : cd $DMFDIR IGCM_OUT/ `-- IPSLCM4_v2 `-- JobName |-- ATLAS |-- ATM | |-- Analyse | | |-- SE | | |-- TS_DA | | |-- TS_HF | | `-- TS_MO | |-- Debug | |-- Output | | |-- DA | | `-- HF | | `-- MO | `-- Restart |-- CPL | | `-- SE |-- Exe

mc2.ipsl.jussieu.fr

mc2.ipsl.jussieu.fr/simules.html

Caractéristiques d’un fichier netCDF Auto descriptif Portable à Accès direct Modifiable Partageable Le fichier contient l’information sur les variables contenues Fichiers accessibles par des machines ayant des modes différents de stockage des entiers, des caractères et des nombres à virgules flottantes Possibilité d’accéder à une donnée sans avoir à parcourir l’ensemble des données qui la précède Possibilité d’ajouter des données dans un fichier Possibilité d’avoir simultanément un accès en écriture et plusieurs accès en lecture

Structure du fichier netCDF – En-tête Informations sur les dimensions Informations sur les attributs (voir conventions CF) Informations sur les attributs des variables ( sans leurs valeurs) dimensions: lon = 72 ; lat = 46 ; presnivs = 19 ; time_counter = UNLIMITED ; // (1 currently) // global attributes: :Conventions = "GDT 1.3" ; :file_name = "histmth.nc" ; :production = "An IPSL model" ; :TimeStamp = "2003-MAR-05 10:37:38 GMT+0100" ; :associate_file = "dyn_hist_ave.nc dynzon.nc histhf.nc histmth.nc sechiba_out.nc cpl_atm_tauflx.nc cpl_atm_sst.nc" ; variables: float lon(lon) ; lon:units = "degrees_east" ; lon:valid_min = -180.f ; lon:valid_max = 175.f ; lon:long_name = "Longitude" ; lon:nav_model = "Default grid" ; float lat(lat) ; lat:units = "degrees_north" ; lat:valid_min = -90.f ; lat:valid_max = 90.f ; lat:long_name = "Latitude" ; lat:nav_model = "Default grid" ; float presnivs(presnivs) ; presnivs:units = "mb" ; presnivs:positive = "unknown" ; presnivs:valid_min = 388.2433f ; presnivs:valid_max = 100426.5f ; presnivs:title = "presnivs" ; presnivs:long_name = "Vertical levels" ; float time_counter(time_counter) ; time_counter:units = "seconds since 1979-01-01 00:00:00" ; time_counter:calendar = "360d" ; time_counter:title = "Time" ; time_counter:long_name = "Time axis" ; time_counter:time_origin = " 1979-JAN-01 00:00:00" ; float tsol(time_counter, lat, lon) ; tsol:units = "K" ; tsol:missing_value = 1.e+20f ; tsol:valid_min = 1.e+20f ; tsol:valid_max = -1.e+20f ; tsol:long_name = "Surface Temperature" ; tsol:short_name = "tsol" ; tsol:online_operation = "ave(X)" ; tsol:axis = "TYX" ; tsol:interval_operation = 1800.f ; tsol:interval_write = 2592000.f ; tsol:associate = "time_counter nav_lat nav_lon" ; ncdump -h COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc

Structure du fichier netCDF - Données données de taille fixe données de taille variable data: tsol = 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 248.3489, 248.3532, 248.3445, 248.003, 247.5628, 247.1862, 246.7824, …

Utilitaires netCDF - ncgen - ncgen : génère un fichier netCDF ou un programme C ou FORTRAN permettant de créer un fichier netCDF. Si aucune option n’est spécifiée lors de l’invocation de ncgen, le programme se limite à vérifier la syntaxe de l’entrée CDL produisant des erreurs lors de la violation de la syntaxe

Utilitaires netCDF - ncgen - Syntaxe UNIX : ncgen [ -b ] [ -o netcdf-file] [-c] [-f] [-n] [input-file] -b : Créée un fichier (binaire) netCDF. Si l’option « -o » est absente un nom par défaut sera construit à partir du nom netCDF (spécifié après le mot clef netcdf) en y ajoutant l’extension « .nc » ATTENTION : si un fichier portant ce nom existe, il sera écrasé. -o netcdf-file : spécifie le nom du fichier créé. Si cette option est présente, elle implique la présence de l’option « -b ». -c : Génère un code source en C qui va créer un ficier netCDF correspondant à la spécification netCDF. Le code source est écrit sur la sortie standard. Ce n’est utile que pour des fichiers CDL relativement petits, du fait que toutes les données sont incuses dans les variables d’initialisation du programme généré.

Utilitaires netCDF - ncgen - -f : Génère un code source en FORTRAN qui va créer un fichier netCDF correspondant à la spécification netCDF. Le code source est écrit sur la sortie standard. Ce n’est utile que pour des fichiers CDL relativement petits, du fait que toutes les données sont incuses dans les variables d’initialisation du programme généré. -n : Cette option est dépréciée. Fonctionne selon le même principe que l’option « -b » sauf que l’extension est « .cdf ». Cette option n’est supportée que pour assurer la compatibilité ascendante.

Utilitaires netCDF - ncdump - ncdump : génère sur la sortie standard une représentation textuelle CDL d’un ensemble de meta-données netCDF avec la possibilité d’exclure tout ou partie de données variables. La sortie de ncdump doit pouvoir servir d’entrée à ncgen ncdump et ncgen peuvent donc être utilisées comme fonctions inverses pour passer d’une représentation textuelle à une représentation binaire et inversement. ncdump peut être aussi simplement utilisée pour explorer les fichiers netCDF dans le but d’afficher : les noms et longueurs des dimensions les noms, types et formes des variables les noms et valeurs des attributs et optionnellement les valeurs des données pour les variables d’un fichier netCDF

Utilitaires netCDF - ncdump - Syntaxe UNIX : ncdump [ -c | -h ] [ -v var1, …] [-b lang] [-f lang] [-l len] [-p fdig[, ddig]] [-n name] [input-file] -c : affiche les valeurs des variables coordonnées ainsi que les déclarations de toutes les dimensions, variables, et attributs des valeurs. La valeur des données des variables non coordonnées ne sont pas affichées. Cette option et la plus adaptée pour une rapide visualisation de la structure et du contenu d’un ensemble de données netCDF -h : affiche seulement l’information d’en-tête. C’est à dire seulement les déclarations des dimensions, variables et attributs d’un fichier mais pas les valeurs des variables. Le résultat de l’utilisation de cette option est identique à celui de l’option « -c » à l’exception du fait que les valeurs de variables coordonnées ne sont pas incluses.

Utilitaires netCDF - ncdump - -v var1, … : le résultat va inclure la valeur des données des variables spécifiées, en plus des déclarations des dimensions, variables et des attributs. Une liste d’une ou plusieurs variables, séparées par des virgules, doit être spécifiée à la suite de l’option. La liste doit représenter un seul argument pour l’option. Elle ne doit donc pas contenir de blanc ou autre caractère espace. Les noms des variables indiquées doivent effectivement exister dans le fichier d’entrée netCDF. Par défaut, en l’absence de cette option et en l’absence des options « -c » ou « -h » les valeurs des données de toutes les variables sont affichées.

Utilitaires netCDF - ncdump - -b lang : une brève annotation, au format CDL (texte commencant par les caractères’//’) sera incluse dans la section des données à l’affichage pour chaque ‘ligne’ de données afin d’identifier les valeurs des données des variables multi-dimensionnelles. Si lang débute avec la lettre ‘C’ ou ‘c’ les conventions du langage C seront utilisées (indices basés sur zéro et dernière dimension variant la plus vite) Si lang débute avec la lettre ‘F’ ou ‘f’, les convention du langage FORTRAN seront utilisées (indices basés sur un et première dimension variant la plus vite) - f lang : Même principe que précédemment à l’exception que l’annotation sera complète. - l len : Change la valeur par défaut de la longueur d’une ligne à l’affichage (80 caractères)

Utilitaires netCDF - ncdump - -p float_digits[,double_digits] spécifié la précision par défaut (nombre de chiffre significatifs) à utiliser lors de l’affichage des valeurs des données, double précision ou flottant, des attributs et des variables. Si spécifiée, cette valeur surchage la valeur de l’attribut C_format, s’il existe, d’une variable. Les flottants seront affichés avec float_digits pour les nombres significatifs. Si le champ double_digits est aussi spécifié, les valeurs en double précision seront affichées avec le nombre de chiffres significatifs correspondant. En l’absence de l’option « -p » les valeurs par défaut de la précision sont respectivement 7 et 15 pour les flottant et la double-précision. La précision requise influe sur la taille du fichier CDL. Si les deux champs sont spécifiés, ils doivent être séparés par une virgule et apparaître comme un seul argument pour l’option (pas de blancs).

Utilitaires netCDF - ncdump - - n name : CDL requière un nom pour un ensemble de données netCDF afin d’être utilisé par « ncgen –b » pour la génération du nom par défaut d’un ensemble de données netCDF. Par défaut ncdump construit ce nom à partir du dernier champ du nom de l’ensemble des données netCDF d’entrée, en y enlevant toute extension. L’option « -n » sert à spécifier un autre nom. Même si le nom du fichier de sortie utilisé par « ncgen –b » peut être spécifié, il est préférable : - d’utiliser ncdump pour changer le nom par défaut afin d’éviter d’écraser un ensemble de données netCDF lors de l’utilisation de ncdump. - d’éditer le fichier CDL résultant - et d’utiliser « ncgen –b » pour générer un ensemble de données netCDF à partir du fichier CDL édité.

Utilitaires netCDF ncdump - ncgen - rhodes : cd ${HOMEGAYA}/SORTIES_CPL_IPSL/COURS/Atm/Output/MO mercure : cd ${DMFDIR}/SORTIES_CPL_IPSL/COURS/Atm/Output/MO rhodes ou mercure : ncdump -h COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc rhodes ou mercure : ncdump -h COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc > toto rhodes ou mercure : ncdump -c COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc > tata rhodes ou mercure: diff toto tata rhodes ou mercure : \rm –f toto tata Affiche sur la sortie standard les valeurs des variables coordonnées

Utilitaires netCDF ncdump - ncgen - rhodes ou mercure : ncdump –b f COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc > COURS_1m_19790101_19790130.cdl rhodes ou mercure : emacs COURS_1m_19790101_19790130.cdl & rhodes ou mercure : ncgen –o COURS_1m_19790101_19790130.nc COURS_1m_19790101_19790130.cdl Permet de faire des modifs « à la main » dans les fichiers netCDF

Utilitaires nco ncrcat - ncrcat [-A] [-C] [-c] [-D dbg] [-d dim,[min][,[max]][,[stride]]] [-F] [-h] [-l path] [-n loop] [-O] [-p path] [-R] |-r] [-v var[,…]] [-x] input-files output-files ncrcat concatène des variables enregistrées parmi un nombre arbitraire de fichiers d'entrée. La dimension du fichier netCDF de sortie est par défaut la somme des dimensions des fichiers netCDF d’entrée. Les fichiers d'entrée peuvent avoir des tailles différentes mais tous doivent avoir des dimensions spécifiées. L’enregistrement des coordonnées doit avoir la même syntaxe.

Utilitaires nco ncrcat - ncrcat –v tsol COURS_1m_19790[1-9]01_19790[1-9]30_histmth.nc COURS_1m_19791[0-2]01_19791[0-2]30_histmth.nc COURS_1m_19880[1-9]01_19880[1-9]30_histmth.nc COURS_1m_19881[0-2]01_19881[0-2]30_histmth.nc COURS_1m_19790101_19880130_TSOL.nc Série temporelle de la variable TSOL sur 10 ans

Utilitaires nco ncra - ncra [-A] [-C] [-c] [-D dbg] [-d dim,[min][,[max]][,[stride]]] [-F] [-h] [-l path] [-n loop] [-O] [-p path] [-R] |-r] [-v var[,…]] [-x] [-y op_typ] input-files output-files ncra calcule la moyenne sur un nombre variable de fichiers d’entrée. C’est une moyenne temporelle sur la grille spatiale. Ce qui donne 1 seule valeur dans les fichiers de sorties. ncra ne calcule pas de moyenne pondérée.

Utilitaires nco ncra - Permet de faire une moyenne sur tous les mois 01 de 1979 à 1988 ncra COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc COURS_1m_198[0-8]0101_*_histmth.nc COURS_SE01_1979_1988_histmth.nc Permet de faire une moyenne sur tous les mois 01 présents dans le répertoire ncra COURS_1m_19??0101_19??0130_histmth.nc COURS_SE01_1979_1988_histmth.nc ncrcat COURS_SE*_1979_1988_histmth.nc COURS_SE_1979_1988_histmth.nc Moyenne saisonnière sur 10 ans

Utilitaires nco ncea - ncea [-A] [-C] [-c] [-D dbg] [-d dim,[min][,[max]][,[stride]]] [-F] [-h] [-l path] [-n loop] [-O] [-p path] [-R] |-r] [-v var[,…]] [-x] [-y op_typ] input-files output-files ncea calcule la moyenne sur un nombre variable de fichiers d’entrée. C’est une moyenne spatiale sur une grille temporelle. Ce qui donne autant de valeurs de moyenne que de pas de temps.

Utilitaires nco ncea - Moyenne saisonnière sur 10 ans Car 1 sortie mensuelle par fichier ncea COURS_1m_1979??01_1979??30_histmth.nc 1979.nc ncea COURS_1m_1988??01_1988??30_histmth.nc 1988.nc ncea –n 10,4,1 COURS_1m_ 1979_1988 _histmth.nc ATTENTION : ncea fait la moyenne « fichier à fichier » sur chaque point de l’axe des temps Nombre de valeurs de moyenne égale au nombre de sorties par fichiers t ATTENTION : ncra fait la moyenne « fichier à fichier » sur l’ensemble des points de l’axe des temps 1 unique valeur de moyenne t

Utilitaires nco ncks - ncks [-A] [-a] [-B] [-b binary-files] [-C] [-c] [-D dbg] [-d dim,[min][,[max]][,[stride]]] [-F] [-H] [-h] [-l path] [-M] [-m] [-O] [-p path] [-q] [-R] |-r] [-s format] [-u] [-v var[,…]] [-x] input-files output-files ncks permet d’extraire une série de données qu’il écrit sur la sortie standard sous forme ASCII (comme ncdump) et qu’il écrit également sous forme d’un fichier binaire netCDF.

Utilitaires nco ncks - ncks -v sosstsst COURS_1m_19790101_19790130_grid_T.nc COURS_1m_19790101_19790130_SOSSTSST.nc … ncks -v sosstsst COURS_1m_19881201_19881230_grid_T.nc COURS_1m_19881201_19881230_SOSSTSST.nc ncrcat –v sosstsst COURS_1m_19790[1-9]01_19790[1-9]30_grid_T.nc COURS_1m_19791[0-2]01_19791[0-2]30_grid_T.nc COURS_1m_19880[1 9]01_19880[1-9]30_grid_T.nc COURS_1m_19881[0-2]01_19881[0 2]30_grid_T.nc COURS_1m_19790101_19880130_grid_T.nc Série temporelle de la variable SOSSTSST sur 10 ans

Utilitaires nco ncdiff - ncdiff [-A] [-C] [-c] [-D dbg] [-d dim,[min][,[max]][,[stride]]] [-F] [-h] [-l path] [-n loop] [-O] [-p path] [-R] |-r] [-v var[,…]] [-x] file_1 file_2 file_3 ncdiff soustrait des variables dans file_2 des variables correspondantes dans file_1 et stockent les résultats dans file_3.

Différence sur la grille spatiale de la variable TSOL Utilitaires nco ncdiff - ncdiff –v tsol COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc COURS_1m_19790201_19790230_histmth.nc COURS_1m_19790101_19790230_TSOL_D.nc Différence sur la grille spatiale de la variable TSOL

netCDF, nco Convention CF http://www.unidata.ucar.edu/packages/netcdf/ http://www.cgd.ucar.edu/cms/eaton/cf-metadata/ http://nco.sourceforge.net/

et l’ensemble du groupe ESCI : équipe système climat IPSL Contributions Patrick Brockmann, Patricia Cadule, Arnaud Caubel, Sébastien Denvil, Marie-Alice Foujols, Martial Mancip, Yann Meurdesoif et l’ensemble du groupe ESCI : équipe système climat IPSL esci@ipsl.jussieu.fr