Caractérisation génétique des souches de MSM :Clusters de transmission

Sous-étude du projet ANRS 1297 étude des co- et super-infections VIH

Objectifs du projet ANRS.. Détection de co-infections avec sous-type/CRF différent Détection des doubles infections avec différents variants du VIH-1 chez des patients d’Afrique de l’Ouest et du Centre-Ouest Développer une méthodologie simple et sensible pour détecter des doubles infections sur un grand nombre d’échantillons

MHA A B C D F G H J K CRF01-AE U CRF02-AG CRF06-cpx Hoelscher *

MHA A B C D F G H J K CRF01-AE U CRF02-AG CRF06-cpx Hoelscher *

Nos objectifs MHA * * * Hoelscher A B C D F G H J K CRF01-AE U CRF02-AG CRF06-cpx Hoelscher * * *

Zones étudiées en MHA Zone vpu Zone gag Zone nef 1 2 3 Hoelsher : 5 zones avec 3 sous-types A, C et D Zone vpu Zone gag Zone nef 1 2 3 Notre étude : Discriminer 11 variants VIH-1 A, BD, C, F, G, H, A3, A-Cameroun, CRF02, CRF06

Résultats du Sénégal

Population générale (panel) N = 91 échantillons en gag et vpu, typés avec de bonnes sensibilité et spécificité 5 doubles infectés probables ==> 5,5% 2 pour gag 3 pour vpu 2 A-A3, 1 A-CRF02, 1 A-CFR06, 1 CRF02-C 15 discordants gag/vpu ==> 16,5% recombinants 2 A/CRF02, 1 A3/CRF02, 4 CRF02/A3, 1 CRF09/CRF02 1 A3/A, 1 A3/CRF06 3 A/U, 1 U/A, 1 C/CRF06

Performance de la MHA vpu N = 99 échantillons (20 PCD + 79 MSM) PCD : 90% identifiés 12 CRF02 (60%) 2 A3, 3 CRF02, 1 G MSM : 79% identifiés 28 C (35%) 18 CRF02 (23%) 1 H, 1 D, 3 B, 3 B/D, 4 G, 5 CRF06 1 cas de double-infection probable (B-CRF06)

Caractérisation génétique des souches de MSM

Problématique Sénégal Prédominance de CRF02_AG Population générale (~80%) FSW (~ ) Pas de données chez les MSM au Sénégal Epidémiologie moléculaire est souvent différente Clusters de transmission

Objectifs Caractérisation génétique des souches de MSM sur le gène Protéase-RT Étudier l’épidemiologie moléculaire Rechercher eventuellement des clusters de transmission Rechercher les mutations de résistance aux ARV

Méthodologie 70 MSM VIH-1 ou dual RT-PCR d’un fragment de 1850pb gene protease et 440 AA du gène RT Séquençage direct des produits de PCR purifiés sur ABI 3130 XL

Méthodologie Analyse phylogénétique Identification des sous-types et CRF Alignement avec Clustal X et NJplot Simplot et bootscan pour rechercher les recombinants

Méthodologie Analyse phylogénétique Analyse des clusters (Guindon S at al. 2003) Analyse phylogénétique en Maximum Likelihood (ML) avec PHYML v2.4.4 1000 replicates Valeur de bootstrap >98% Distance génétique < ou = 0.015 (longueur de branche)

Méthodologie Tests de résistance Determination des mutations majeures et/ou mineures associées à la résistance aux ARV Soumission des séquences à la base de données de Stanford HIV-1 v6.4. Comparaison avec ANRS V2007.7 et Rega v4.1.7

Résultats Caractéristiques socio-démographique Cohorte MSM décrite par Wade AS et al. 2005 (projet ANRS) 95 % de sénégalais 75% = 18-30 ans Célibataire = 90% École = 80% Partenaires = Sénégalais, Européens, Africains

Résultats IST majeures Sérologie VIH HIV-1 HIV-1/HIV-2 62 8 Syphilis Positive Negative 7 (10%) 63 HSV-2 IgG 37 (53%) 33 AgHBs 20 (28,6%) 50 PCR N Gonorrhoea 4 (5,7%) 66 PCR C trahomatis

Analyse phylogénétique 3 sous-types B (18.6%) C (40%) and G (8.6%) 3 CRF CRF02_AG (25.7%), CRF06_cpx (2.8%) and CRF09_cpx (4.3%).

1 2 4 8 9 10 11 5 6 7 12 13 14 15 3 Position des clusters Sous-type cluster 1 cluster 2 cluster 3 B cluster 4 G cluster 5 cluster 6 cluster 7 cluster 8 CRF02 cluster 9 CRF09 cluster 10 cluster 11 cluster 12 cluster 13 cluster 14 cluster 15 C

Analyse des mutations Au niveau du gène protease aucune mutation majeure Mutations de polymorphisme ++++ L10V K20IR M36IL 71V 82I 8 30 55 3 7

Analyse des mutations aux INRT pour les 3 algorithmes Au niveau du gène RT, pas de mutation majeure - 210W+215D (n=1), résistance intermédiaire aux INRT pour les 3 algorithmes - 115FY (n=1) résistance intermediaire à ABC avec HIVdb Mutations ANRS HIVDB Rega 115FY - ABC 210W+215D d4T AZT DDI TDF

Commentaires MSM = groupe vulnérable avec forte prévalence des IST 53% HSV-2 vs 86% chez TS et 13% Femmes enceintes (enquête nationale 2006) 28% AgHBs vs 17% PvVIH et population générale (JMV, 2008) 5,7% CT/NG (urines) vs 7,1% NG et 4% CT chez les TS vs 0,6% chez leurs partenaires

Commentaires Grande diversité et apparition d’un nouveau profile Sous-type C est prédominant Transmission +++ (TME) Grace C et coll, 2005; Charge virale au niveau des muqueuses +++ Progression vers SIDA (???) Taylor BS et coll, 2008 Population générale CRF02_AG (Toure Kane et al 2000) Travailleuses du sexe CRF02_AG et A3 (Hamel et al 2007)

Commentaires 15 différents clusters de transmission Décrit en UK en 2005 (Pao et coll, 2005) Identification des chaînes de transmission phylogénétique Limites: établir les liens phylogénétique entre les individus

Commentaires Quasi absence de mutation majeure chez MSM non traités Faible circulation de souches résistantes au Sénégal ANRS 1257 (2003-2005) et 12134(2007)

Conclusion Vulnérabilité des MSM Grande diversité génétique et prédominance du sous-type C et risque elevée de transmission Infection par 15 clusters distincts de transmission) souches (Facteurs associées à clusters de transmission ??? Absence de mutations majeures de résistance aux ARV Besoin de renforcer les interventions auprès des MSM

Equipes participantes Laboratoire Bactériologie-Virologie, CHU A le Dantec, Dakar, Sénégal Coumba Toure-Kane, Halimatou Diop-Ndiaye, Oumy Diop Diongue, Sada Diallo, Ndeye Aminata Diaw, Papa Moussa Guindo, Souleymane Mboup, Papa Salif Sow (groupe clinique) UMR 145 IRD, Montpellier, France Martine Peeters, Nicole Vidal, Celine Montavon, Eric Delaporte PRESICA, Yaounde, Cameroon Eitel Mpoudi-Ngole Burkina Faso Serge Diabouga, Muraz, Bobo Burundi Theodore Nyanboga , CHU , Bujumbura