Formation correspondants 2010 Dr C. Simac Microbiologie Formation correspondants 2010 Dr C. Simac

Écologie

Cellule animale bactérie myces virus noyau eucaryote procaryote Acides nucléiques ADN ARN ADN OU ARN reproduction mitose Bourgeonnement - sexuée Cellule hôte

Origine des microorganismes Flore endogène : flore propre à l’individu (flore cutanée, muqueuse, digestive…) Flore exogène : Autre individu : soignant, patient Environnement : eau, air, surfaces…

Classification « fonctionnelle » des µ-org Pathogène stricte commensales saprophytes réservoir Homme malade Homme sain (flore) environnement pathogénicité +++ intrinsèque - à + potentielle limitée Type d’infection : Communautaire ++ + Nosocomiale Professionnelle exemples M tuberculosis virus E coli, SA Candida Paeruginosa, Legionelles Aspergillus

Réservoir : Patient Personnel environnement µ-org : Bactérie, virus, champignons.. Receveur : patient transmission

Classification des virus Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale Diagnostic : culture difficile (cellules), PCR, sérologie

VIRUS Transmission interhumaine TTT lourds (anti-viraux), vaccins Transmission par le sang et liq biologique : Hépatites B et C, HIV, CMV…… Transmission respiratoire : VRS, RhinoV, VZV, grippe… Transmission par contact cutanéo-muqueux Herpesv, VZV, AdénoV (kératoconjonctivite)…. transmission par voie digestive : RotaV…. Transmission interhumaine TTT lourds (anti-viraux), vaccins

Parasites et champignons Ectoparasites : poux, gale, puces… Transmission inter-humaine (poux – gale…) Environnement : poux de poules…. Transmission – épidémie – traitement contraignant en cas d’épidémie

Champignons : Levures : Candida albicans…. Ch. filamenteux : Aspergillus

Champignons Environnement : Aspergillus, Flore endogène : Candida Pneumopathies Infections systémiques graves ISO Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés

BACTERIES Staph aureus : 19 % Ecoli : 25 % Pyo = P aeruginosa : 11 %

Classification des bactéries Forme : Cocci Bacilles Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram – Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies

Cocci à Gram + Staphylocoques Streptocoques Enterocoque Aureus Epidermidis Autre Staph blanc Streptocoques Strepto A Strepto B Pneumocoque Autre Strepto Enterocoque

Bacilles à Gram + Corynébactéries Anaérobie : Clostridium difficile

Bacilles gram - Enterobactéries : Autres BGN : Ecoli Klebsiella Enterobacter Proteus Salmonelles, …. Autres BGN : P aeruginosa A baumannii Haemophilus… Legionella

Gram + Gram - cocci Staph Strepto Neisseria bacilles Listeria Clostridium Pseudomonas Entérobactéries Acinetobacter Légionelles

Autres bactéries : Peu concernés par les IAS Mycobactéries Chlamydiae Mycoplasmes

BACTERIES BG+ CG+ BG-

Corps humain : 1013 cellules – 1014 bactéries Flore endogène Corps humain : 1013 cellules – 1014 bactéries Peau : Staphylocoques Coryne… VAS : Strepto, Neisseria, ana… Flore digestive : Enterobactéries, Ana (CD) Enterocoque… Flore génitale : Lactob, strepto, enteroB…

Principales espèces S aureus : S epidermidis Clostridium difficile : Habitat : flore cutanée (nez) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée…. S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)…. Clostridium difficile : Habitat : Flore digestive colite enterocoque IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

E coli : Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…) Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-muq…)

Pseudomonas aeruginosa Habitat : Environnement Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… Acinetobacter baumannii : Habitat : Environnement / peau

Les bactéries multirésistantes (BMR)

définition Les bactéries sont dites multirésistantes aux antibiotiques (BMR) lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.

Les principales BMR SA résistant à la méticilline (SARM) S aureus résistant aux glycopeptides Entérobactéries résistant aux C3G (BLSE) P aeruginosa résistant à la ceftazidime Entérocoque résistant à la vancomycine A baumannii résistant aux βlactamines

Risques liés aux BMR Virulence proche souches sauvages Mais erreur TTT +++ Impasses TTT Diffusion +++ Coût +++ Transfert de résistances

SARM en Europe 2002 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

P aeruginosa CAZ R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

E coli C3G R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

E faecium VancoR en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl

Maitrise des BMR Limiter l’apparition des BMR : Bon usage des antibiotiques : le bon Atb à la bonne dose, au bon moment Limiter l’utilisation des ATB, à l’hôpital et en ville

Maitrise des BMR Limiter la diffusion des BMR Précautions standard +/- précautions complémentaires Dépistage Signalement Utilisation des SHA

Exemple de BMR : E coli sauvage BLSE : Diminution du Ø d’inhibition « bouchon de champagne »

Exemple de BMR : P aeruginosa sauvage Multi R

Surveillance des IAS

Coût des IAS Coût humain : Coût économique 5 à 10 % des patients hospitalisés ≈ 4000 DC par an en France Coût économique Direct : 300 à 700 M € / an 75 % : ↑ hospitalisation 20 % : antibiotique 5 % : biologie Indirect ?

Surveillance épidémiologique Définition : Système d ’information consistant à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre de programmes de prévention. BUTS : Il est utilisé comme outil d’évaluation et de réduction du risque infectieux. Il permet de définir des objectifs quantifiés de prévention

Programme de prévention Étape diagnostic = identification du problème (surveillance) Étape « Thérapeutique » : mise en place de mesures correctives, protocoles, formations… Étape de suivi : Audit : évaluation des pratiques surveillance des IN : évaluation des résultats

Pourquoi surveiller détecter et quantifier un risque Détecter les événements inhabituels = outil d’alerte Détecter les dérives = outil de vigilance Évaluer les mesures mises en place = outil d’évaluation définir des priorités, des objectifs améliorer la qualité des soins Sensibiliser l’ensemble du personnel

Comment surveiller les IAS Indicateurs simples et pertinents Méthode rigoureuse : Définir la période : continue, discontinue Avoir un (des) référentiel(s) Définir : les IN surveillées Les actes à risque Les patients La population de l’étude (numérateur)…

Les enquêtes Prévalence : Incidence : Photographie à un instant (réservoir) Enquête « un jour donné » = transversale Incidence : Film (durée) Évolution = longitudinale

Les enquêtes Taux de prévalence = nbre de cas / nbre patients présents X 100 Taux d’incidence = nbre de Nx cas / nbre JH X 1000 (ou nbre de patients présents X 100) Patient 1 Patient 2 Patient 3 Patient 4 Patient 5 Patient 6 Patient 7 t1 t0 P P = 2/4 I = 3/7

prévalence Enquête un jour donné, transversale Inclus tous les cas « actifs » Peu précise, estimat° des IN Ne permet pas de voir les bouffées épidémiques Facile à mettre en œuvre sensibilise

incidence Surveillance longitudinale : au moins 3 mois ou 100 patients inclus Détermination plus précise des IN Bouffées épidémiques Identification des facteurs de risque Très lourde, temps +++

prévalence incidence définition Type d’étude Enregistrement un jour donné des IN actives chez tous les patients présents (ancien + nouveaux cas) Enregistrement continue de tous les nx cas d’IN survenant dans une population donnée, pendant une période donnée Type d’étude Évalue un réservoir Mesure la vitesse d’apparition de l’infection transversale Longitudinale et prospective Période courte (1j) Période longue (3 mois ou 100 patients) Non exhaustive (échantillon) exhaustive

réseaux Surveillance globale Surveillance ciblée sur une population à risque ou un facteur de risque : Ex : taux d’incidence des IU rapporté à 100 jours de sondage Ex : prévalence des ISO / 100 patients opérés Participation à un réseau de surveillance (CCLIN SE) : BMR, réa, bactériémies, mater, dialyse, ISO, AES… Méthodologie Comparaison Transparence

BMR CCSE : évolution de l’incidence (‰JH) des infections à BMR de 2000 à 2005