infections respiratoires communautaires ED n° 3

Pré-requis 1-Définitions Bronchite aigüe: inflammation de la muqueuse bronchique sans atteinte parenchymateuse BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive): inflammation chronique des bronches. Les exacerbations peuvent être d’origine bactérienne et aggraver la BPCO Bronchiolite: infection des bronchioles Pneumonie: infection du parenchyme pulmonaire d’évolution aiguë Rhinite Pharyngite/laryngite Trachéite Bronchite Pneumonie Bronchiolite

Pré-requis 2 – rappels anatomo-cliniques Voies aériennes supérieures: flore abondante variable selon l’âge et le terrain. Bactéries commensales (potentiellement pathogènes) : strepto a, Neisseria spp., Corynebacterium spp., Haemophilus spp. , Staphylococcus spp.… parfois Streptococcus pneumoniae (commensale des voies aériennes supérieures (5-10% de portage chez l’adulte, 20-40% chez l’enfant), Haemophilus influenzae Voies aériennes inférieures: Bronches et alvéoles pulmonaires normalement stériles Défenses mécaniques: toux, cils Défense humorale : IgA, lysozyme Défense cellulaire: macrophages, polynucléaires… Rhinite Pharyngite/laryngite Trachéite Bronchite Pneumonie Bronchiolite

Pré-requis 3 – épidémiologie/classification Bronchite aigüe: 10 millions de cas/ an le plus souvent virale et contexte épidémique Diagnostic uniquement clinique Guérison spontanée Pas d’antibiotique Exacerbations de BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive): 2 millions de cas par an Diagnostic difficile Etiologie non infectieuse dans 1 cas sur 2 Infection bactérienne probable si crachats purulents Bronchiolite: nourrisson, virale

Pré-requis 3 – Epidémiologie/classification Pneumonie aigüe: 400 000 et 600 000 cas par an Le diagnostic repose sur des critères: cliniques: toux, dyspnée, douleur thoracique, expectorations, fièvre, râles crépitants radiologiques: image lobaire, infiltrat interstitiel… Microbiologiques Critères de gravité à évaluer: âge, comorbidités, signes vitaux…

Diagnostic microbiologique d’une pneumonie Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire

1 - Quelles sont les principales étiologies des pneumonies communautaires ? pathogènes donnant souvent une pneumopathie franche lobaire aigüe souvent limitées à un seul lobe : Streptococcus pneumoniae +++ (= pneumocoque) (50%) Haemophilus influenzae S. aureus pathogènes donnant souvent une pneumopathie interstitielle constituée d’opacités diffuses : Dans ce cas, les étiologies virales prédominent. bactéries de culture difficile dont: Mycoplasma pneumoniae Tableau mixte: Legionella pneumophila (10%)

Aucun bilan microbiologique si faibles critères de gravité 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Aucun bilan microbiologique si faibles critères de gravité But de la culture bactérienne: Identifier la ou les bactéries en cause parmi la flore Étude de la sensibilité de la bactérie isolée aux antibiotiques Type de prélèvement: Variable selon l’importance clinique, le contexte (ambulatoire, intubation, immunodépression) Transport rapide au laboratoire (germes fragiles et prolifération des bactéries commensales) Avant toute antibiothérapie

contaminé par la flore oropharyngée 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? A- Prélèvements respiratoires: Examen Cytobactériologique des expectorations (ECBC): Matin au réveil, rinçage bucco-dentaire, après effort de toux si besoin aide d’un kiné Aspiration endo-trachéale (AT) (chez patient souvent intubé): Aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par sonde d’intubation Prélèvement des sécrétions respiratoires basses Prélèvement Distal Protégé (PDP) et Brossage (BDP) Brosse de nylon placée à l’intérieur d’un double cathéter (sous fibroscopie) Lavage Broncho-Alvéolaire (LBA) Injection et ré-aspiration de sérum physiologique (100 à 200 ml) sous fibroscopie contaminé par la flore oropharyngée

Examen microscopique: 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? dilutions appropriées dénombrement des bactéries Examen microscopique: prélèvement Mise en culture : Gélose au sang Incubation à 37°C Gélose au sang hémolysé (« gélose chocolat ») + vitamines Gram: présence de germes (description) Cytologie: bonne qualité du prélèvement (ECBC, AT) si : <10 Cellules épithéliales/ champ >25 Polynucléairesneutrophiles/champ nombre de cellules, formule, % de cellules infectées (LBA)

Résultat des cultures (J1), significatif si pathogène: 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Résultat des cultures (J1), significatif si pathogène: ≥107 UFC/ml (ECBC) ≥ 105 CFU/ml (Aspiration endo-trachéale) ≥ 103 CFU/ml (Prélèvement Distal Protégé) ≥ 104 CFU/ml (Lavage Broncho-Alvéolaire) Antibiogramme J2 techniques invasives non systématiques

B- Autres prélèvements 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? B- Autres prélèvements Hémocultures si signes de gravité rarement positives (Positives dans 30% des pneumopathies à pneumocoques) Recherche d’Antigène solubles (urines): Méthode immuno-chomatographique, Facile à réaliser et rapide Pneumocoque Détecte les Ag polyosidiques du Pneumocoque. Très spécifique Sensibilité variable (Ag +: portage des < 3 ans, BPCO, excrétion prolongée après infection) Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas spécificité ++ PCR multiplex (dans certains laboratoires): virus + Legionella pneumophila,  Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia. pneumoniae

4- Quelles sont les spécificités du pneumocoque ? producteur de pneumolysine: colonies α-hémolytiques (halot vert) Diplocoque à gram positif Genre Streptococcus, capsule polyosidique (autres streptocoques commensaux: optochine résistants) Résistance aux antibiotiques -Sensibilité naturelle à la pénicilline et aux céphalosporines. Depuis quelques années  mutation des PLP : pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP), variable en fonction de l’âge (60% chez l’enfant)  Détection par disque d’oxacilline et/ou CMI à la penicillineG, amoxicilline et cefotaxime.  Traitement par Amoxicilline 3 g/j Très nombreux sérotypes différents (vaccination)

Diagnostic bactériologique d’une pneumopathie à Mycoplasme pneumoniae Mycoplasme pneumoniae (bactéries sans paroi) Adhésion aux cellules respiratoires Culture longue et difficile Diagnostic microbiologique: Sérologie : IgG, IgM (séroconversion) PCR à partir de prélèvement nasopharyngé ou respiratoire Résistance naturelles aux bétalactamines Antibiotiques actifs sont ceux avec bonne pénétration cellulaire : cyclines, macrolides, fluoroquinolones

Diagnostic microbiologique d’une legionellose (Legionella pneumophila) Aspect en verre fritté bacilles à Gram négatif, origine hydrotellurique Contamination par aérosols d’eau contaminée Diagnostic: Recherche d’antigène urinaire Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas Culture de prélèvement respiratoire sur milieu spécialisé Croissance lente (3 à 10 jours) Déclaration obligatoire (Enquête épidémiologique) Résistance naturelle aux bétalactamines Traitement: macrolides ou fluoroquinolones (bonne pénetration intracellulaire) Préciser sur la feuille de demande la recherche de Legionella +++

Démarche de prise en charge globale d’une pneumonie Le diagnostic repose d’abord sur la clinique et l’imagerie! Place du diagnostic microbiologique variable: PAC sans hospitalisation: pas de prélèvement Pneumonie avec hospitalisation: hémocultures + plts respiratoires +/- Ag urinaires Legionella +/-Ag pneumo Traitement : Fonction de la sévérité, du terrain, de la bactérie… Principes de base: Antibiothérapie probabiliste instaurée rapidement Réévaluation à 48h Adaptation de l’antibiothérapie à la bactérie retrouvée et antibiogramme

La coqueluche Bactérie responsable : Bordetella pertussis ou accessoirement parapertussis Très contagieuse Infection bactérienne localisée à l’arbre bronchique Incubation 2-3 semaines toux persistante de plus de 7 jours par quinte (« champ du coq ») peut être sévère chez nourrisson, femmes enceintes, sujets agés (surinfections pulmonaires)

La coqueluche: physiopathologie Colonisation du tractus bronchique par des adhésines Production de toxines éliminations des cellules ciliées accumulation de mucus et réaction inflammatoire

La coqueluche Diagnostic clinique +++ Confirmation diagnostique: partir d’une aspiration ou écouvillonage nasopharyngé 1ère semaine de toux: culture (difficile, milieux spécifiques): cocco-BGN dans les trois premières semaines de toux PCR Sérologie : 3 semaines après la toux Traitement: macrolides Prévention: Vaccination des enfants et adultes non vaccinés Rappel tous les 10 ans 

Evaluez-vous Comment prouver cette hypothèse ? Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire Quel diagnostic doit-on évoquer ? Pneumopathie à Pneumocoque Comment prouver cette hypothèse  ? ECBC , Antigénurie pneumocoque Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? Legionella pneumophila , Haemophilus influenzae Quel traitement mettez-vous en place si votre hypothèse diagnostique se confirme  Amoxicilline 3g/j

Diagnostic microbiologique d’une pneumopathie Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée

1) Quel diagnostic évoquez-vous ? Votre suspicion de tuberculose est forte devant : Terrain : homme jeune, étranger (pays à forte endémie) conditions socio-économiques difficiles Clinique : la fièvre prolongée sueurs nocturnes amaigrissement symptomatologie pulmonaire toux +++ résistance aux antibiotiques classiques Radiologie : opacité dans apex gauche

Taux d’incidence de la tuberculose dans le monde WHO2011

Incidence, morbidité et mortalité liées à la tuberculose, France métropolitaine, 1972-2010

2) Quel est la bactérie responsable de la tuberculose ? Ordre : Actinomycétales Mycobacterium complexe tuberculosis (Bacille de Koch) : Genre Mycobacterium M. tuberculosis M. africanum (patient africain) M. bovis (bovidés)  homme (aliments, lait cru ou contact) M. bovis BCG (Bacille de Calmette et Guérin)= souche vaccinale atténuée  non virulente Mycobacterium Leprae Bacille de Hansen Mycobactéries atypiques (environnement): – Mycobacterium avium (SIDA, hémopathies..) – Mycobacterium xenopi – Mycobacterium marinum (aquariophilie..) ... Le genre Mycobacterium appartient à l’ordre des Actinomycétales. Dans ce genre Mycobacterium on distingue le complexe M.tuberculosis, M.leprae, Les Mycobacteries non tuberculeuses Ces MNT sont classées selon leur vitesse de croissance et la pigmentation des colonies avante et apres photo-induction d’après la classification de Runyon. On distingue les Mycobactéries à croissance lente qui poussent en moins de 7j et Les mycobactéries à croissance rapide. M.Abscessus appartient aux MCR comme M.fortuitum ou M.chelonae 25

Transmission de la tuberculose est inter-humaine. 3) Comment le patient s’est infecté ? Vous décidez de l’hospitaliser quelles mesures prenez-vous ? Transmission de la tuberculose est inter-humaine. goutelettes . tuberculose pulmonaire = seule forme contagieuse Lésion de tuberculose pulmonaire tuberculeux contact - Isolement respiratoire du patient Chambre seule, porte fermée, pression négative - Port de masque FFP2 obligatoire pour toute personne entrant dans la chambre

4) Quel est la physiopathologie de la maladie et le pouvoir pathogène de la bactérie? Virulence = Capacité de résister à la phagocytose et se multiplier dans les macrophages Inhalation du bacille tuberculeux puis implantation dans l'alvéole pulmonaire  phagocytose par macrophage  transformation en cellule épithélioïde  formation d’un granulome à cellules épithélioïdes centré par de la nécrose caséeuse = lésion primaire à partir de la lésion primaire : soit guérit spontanément soit s’étend avec nécrose tissulaire et formation d’une caverne = riche en bacille+++ Très contagieux Parfois, dissémination par les vaisseaux lymphatiques ou sanguins vers d’autres organes : rein, méninge, os (mal de pott) ganglion…

95% Tuberculose infection et tuberculose-maladie Contamination Sujet Contact d’un tuberculeux Contamination aérienne Infection (virage IDR) 95% 5% (dans les 2 ans) Infection latente Maladie = 10% 5% (réactivation) Décès en l’absence de traitement 6

5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique? 1/ Diagnostic d ’une tuberculose pulmonaire ( 73% des formes cliniques en France) : JO Prélèvement classique : 3 crachats sensibilité +++ expectorations ! pas de salive le matin à jeun, après rinçage de la bouche après effort de toux +++ au moins 5 ml Attention si mal prélevé = faux négatif Autres : à faire si classique est négatif 3 tubages le matin, à jeun, dès le réveil si négatifs prélèvements invasifs : prélèvement respiratoire sous fibroscopie (LBA et/ou AB) Et 3 crachats post fibroscopie

5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique? Pour les tuberculoses Extra-pulmonaires (26% des cas de tuberculose en France): Recherche peut être effectuée selon localisation dans : Liquides de ponction (LCR, liquide pleural, articulaire) Biopsies : ganglion, osseuses, cutanés, Moelle osseuse, Sang (immunodéprimé) - Urines (3 BK urines)

5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J0? Travail sous poste de sécurité microbiologique de niveau 3 pour la manipulation du bacille de la Tuberculose 1/ Examen microscopique - après coloration de Ziehl-Neelsen ou coloration à l’auramine (fluorescence) Les prélèvements non stériles sont décontaminés pour éliminer la flore commensale. non spécifique de la tuberculose et + si: - complexe M. tuberculosis, Mycobactéries non tuberculeuses - Nocardia, Rhodococcus, Actinomycetes Recherche de BAAR Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants peu sensible : positif seulement chez 50% des tuberculoses pulmonaires

5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J0? Paroi riche en acides mycoliques : non colorée par le GRAM Résiste aux agents chimiques

Présence de Bacilles Acido-Alcoolo Résistants (BAAR) dans une expectoration Coloration à l’auramine Microscope à fluorescence x 100 Coloration de Ziehl-Neelsen Microscope optique X 100

Mise en culture des prélèvements croissance très très lente, aérobie, milieux spécifiques, 37° C Milieux solides en tube : Milieu de Löwenstein-Jensen et Milieu de Coletsos culture + dès 3 semaines à 1 mois négatif en 3 mois Surveillance de la culture est non automatisée Milieux liquides : MGIT (Mycobacterial Growth Indicator Tube) par exemple Surveillance de la culture est continue et automatisée - Les cultures sont rendues négatives au bout de 6 semaines -Les cultures peuvent être positives en 12 Jours en moyenne (cas des prélèvements positifs à l’examen direct)

7) Quels résultats attendez-vous pour confirmer votre diagnostic ? Culture positive - Milieu solide + en 3s à 1 mois : aspect rugueux des colonies : sèches, eugoniques - Milieu liquide + en 10 à 12 jours en moyenne Coloration de Ziehl Présence de BAAR Identification du M. tuberculosis complex par recherche d’antigène MPT64 spécifique ou par PCR

8) Quels vont être les antibiotiques testés ? Antibiotiques différents des antibactériens classiques Une caverne contient environ 108 bacilles et environ 102 à 103 germes sont d’emblée résistants à un antibiotique il existe des mutants R naturels au sein de la population l’antibiotique ne tuera pas toute la population, il faut donc au moins 2, 3 voire 4 ATB  pour tuer tous les bacilles et éviter l’apparition de résistance secondaire  Un antibiotique sera considéré comme efficace lorsqu'il laisse le plus faibles taux de mutants préexistants d’emblée. 5 antituberculeux majeurs testés (*= utilisés en pratique clinique): isoniazide* Rifampicine* Ethambutol* Pyrazinamide* streptomycine Inh Sm Rif Emb Control

D. Hilleman et al., J Clin Microbiol, 2005. Détection moléculaire de la résistance aux anti- tuberculeux chez les mycobactéries du complexe tuberculosis PCR hybridation Détection de la résistance à 2 anti-tuberculeux majeurs: – Rifampicine (mutation dans le gène rpoB) – Isoniazide (mutation gènes katG et inhA) D. Hilleman et al., J Clin Microbiol, 2005.

9) Quel sera le traitement et le suivi ? Déclaration obligatoire Isolement : malade contagieux Précautions : Masque FFP2 ( pour les soignants, visiteurs) Masque chirurgical anti-projection ( pour le patient lors de visites ou déplacements) - Traitement classique de la tuberculose maladie : isoniazide + rifampicine + éthambutol + pyrazinamide Quadrithérapie antituberculeuse 2 mois relais 4 mois bithérapie - Suivi : contrôle 3 BK crachats 3 semaines après la mise sous traitement antituberculeux si - levée de isolement.

Evaluez vous (1) Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée Quel diagnostic évoquez vous en priorité ? Tuberculose pumonaire : origine africaine, conditions socio-économiques modestes, AEG Comment le confirmer ? mise en évidence de BAAR à l’examen direct des expectorations en coloration de Ziehl-Nielsen ou Auramine , identifié comme étant Mycobacterium tuberculosis en culture Ou uniquement culture positive à M. tuberculosis ( avec un examen direct négatif) : fréquent

Evaluez vous (2) Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée Vous décidez d’hospitaliser votre patient, quelles mesures prénez vous ? Quand pouvez-vous lever ces mesures? Isolement en chambre seule, masque de type FFP2 pour toute personne entrant dans la pièce Durée mal codifiée, classiquement 2/3 semaines de traitement efficace si patient bacillifère initialement (expectorations de contrôle). Déclaration obligatoire Quel traitement débutez-vous? INH+RIF+ ETH+ PZA 2 mois puis INH + RIF 4 mois suivants

Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre d’apparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. L’état du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie. Quel diagnostic doit-on évoquer ? Comment prouver cette hypothèse  ? Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? 

Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie. Quelle est l’étiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ? Comment prouver cette hypothèse  ? Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? 

Infections virales respiratoires Virus influenza Virus respiratoire syncytial (VRS) Virus parainfluenza (PIV) Metapneumovirus (hMPV) Rhinovirus/Entérovirus/Paréchovirus Coronavirus Adénovirus Bocavirus humain Polyomavirus KI WU Mais aussi virus Herpesviridae (HSV1, CMV, HHV-6, VZV) - Rougeole Rhinite ARN Pharyngite/laryngite Trachéite Bronchite ADN Pneumonie

Associations Virus-symptômes Diagnostic étiologique “clinique” difficile Rhinite Rhino, Corona Influenza, VRS, PIV, Adv, Entéro, hMPV Pharyngite Rhino, Adv, VRS, Influenza A et B Epstein-Barr virus Laryngite PIV Influenza, VRS, Adv, Bronchite Rhino, VRS, PIV Influenza, VRS, Adv, hMPV, Corona Bronchiolite VRS, hMPV Influenza, Adv, Rhino, Corona, Entéro Pneumonie Influenza, Adv PIV, VRS, hMPV Syndrome grippal Influenza Tous Etiologie et symptomatologie variables également en fonction de Epidémiologie (saison, région) Population (enfant, adulte) Co-morbidité (maladie respiratoire (asthme, BPCO) – Immunodépression) 44

Symptomatologie grippe Fièvre > 38°C Début brutal Asthénie Myalgies Frissons Céphalées Toux Rhinite Expectoration Pharyngite Otite Troubles digestifs > 80 % 60 - 80 40 - 60 < 20 Syndrome grippal = grippe ou autres virus Grippe sans syndrme grippal possible 45

Surveillance épdidémiologique Réseau Sentinelles http://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/ Surveillance clinique Fièvre brutale > 39°C, myalgies, signes respiratoires 1300 médecins généralistes libéraux volontaires Réseau GROG – Groupes Régionaux d’Observation de la Grippe http://www.grog.org/ Surveillance virologique Prélèvements (écouvillon nasopharyngé) et tests de détection unitaire (immunochromatographie) par des médecins généralistes et pédiatres

Réseau Sentinelles Semaine 01 2013 Syndromes grippaux Nb de cas / 100 000 habitants Semaine 01 2013

GROG – France Métropole Analyse régionale Semaine 01 2013

Indications diagnostiques Infection respiratoire communautaire bégnine = pas de diagnostic virologique Formes graves ou chez les personnes à risque Grippe (recommandations du COREB) Groupement de coordination de la gestion du risque épidémiologique et biologique http://www.infectiologie.com/site/medias/alertes/grippe/COREB-Grippe-urgences-15122010.pdf Bronchiolite à VRS du nourrisson Pneumonies virales de l’immunodéprimé Adapter le traitement anti-infectieux Mise en œuvre de mesures d’isolement

Méthodes de prélèvement Diagnostic virologique des infections virales respiratoires 2010-2011 Méthodes de prélèvement Virus = parasite intra-cellulaire Sécrétions nasales Lieu de réplication initiale des virus respiratoires Aspiration nasopharyngée (+/- lavage ) Plus difficile chez l’adulte (moins de sécrétions – charges virales plus faibles) Ecouvillonnage nasopharyngé + simple à réaliser que l’aspiration mais recueil d’une quantité de cellules plus faible Qualité du prélèvement +++  formation du personnel aux pvts Eventuellement Sécrétions trachéobronchqiues Lavage bronchoalvéolaire Prélèvements non recommandés Expectorations Crachats Ecouvillonage buccal ou pharyngé 50 50

Méthodes de prélèvement Diagnostic virologique des infections virales respiratoires 2010-2011 Méthodes de prélèvement Aspiration nasopharyngée Prélèvement riche en cellules Mise en œuvre +/- difficile Difficultés extraction des acides nucléiques Prétraitement / Protéinase  délai Tractus respiratoire supérieur 51 51

Méthodes de prélèvement Diagnostic virologique des infections virales respiratoires 2010-2011 Méthodes de prélèvement Ecouvillonnage nasopharyngé Qualité du pvt – Virus intracellulaire Mise en œuvre facile et rapide - possible au cabinet médical Extraction des acides nucléiques + facile Tractus respiratoire supérieur Sensibilité / aspiration nasopharyngée ? Qualité du pvt +++ Ecouvillon spécifique ++++ (nylon floqué) 52 52

Jérôme Le Goff

Diagnostic virologique Examens Techniques rapides Biologie moléculaire Cultures cellulaires ? Sérologie

Tests rapides unitaires Immunochromatographie Résultats ~ 15 min Grippe A/B VRS Sensibilité variable en fonction des tests Attention aux nouveaux variants Moins sensible que la biologie moléculaire Autres virus ?

Ac monoclonaux  virus respiratoires « usuels » Tests rapides Immunofluorescence Ac monoclonaux  virus respiratoires « usuels »  Influenza A  Influenza B  Para-influenza 1-3  Adénovirus  VRS  Métapneumovirus  ± Rougeole Résultats < 3H

Biologie moléculaire PCR temps réel ciblée ou duplex - Influenza A/B, VRS, Parainfluenza, Adénovirus, hMPV, Rhinovirus/ Entérovirus, Coronavirus, Bocavirus - HSV, VZV, CMV, EBV, HHV6 (LBA – Idpé) - Rougeole PCR multiplex  20 pathogènes en 1 ou 2 réactions Délai technique 1H30 – 9H Développement de systèmes totalement intégrés (extraction, amplification, détection, interprétation) Coût des techniques multiplex 30  300 euros

Diagnostic intégré Genexpert – Diagnostic de la grippe Echantillon Extraction + Amplification = 1H15 Réactifs

Diagnostic intégré Biofire FilmArray – Diagnostic tous virus respiratoires RT-PCR multiplex unitaire permettant la détection simultanée de 18 virus et de 3 bactéries Résultats en 75 minutes

Evaluez-vous Quels sont les examens virologiques utiles au diagnostic de la grippe humaine saisonnière? Sérologie Western-blot Test rapide par immunofluorescence, sur aspiration naso-pharyngée Test rapide sur bandelette, sur aspiration naso-pharyngée PCR ciblée sur le gène de la neuraminidase, sur aspiration naso-pharyngée

Evaluez-vous Quel prélèvement permet le diagnostic virologique d'une bronchiolite du nourrisson ? Prélèvement nasopharyngé Prélèvement sanguin Prélèvement d'urine Prélèvement de selles Prélèvement de LCR

Quel diagnostic doit-on évoquer ? Grippe (Influenza) Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre d’apparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. L’état du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie. Quel diagnostic doit-on évoquer ? Grippe (Influenza) Comment prouver cette hypothèse  ? Aspi Nasopharyngée – Ecouvillon endonasal – IF - PCR Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? Autres virus respiratoires – infection bactérienne

Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie. Quelle est l’étiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ? VRS Comment prouver cette hypothèse  ? Aspi Nasopharyngée – IF - PCR Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? Autres virus hMPV, Rhino