Coronavirus Rhinovirus ATELIER 4 Infections virales respiratoires - fréquence des agents étiologiques Autres + Rhinovirus Coronavirus Coronavirus Rhinovirus Parapneumovirus Rougeole CMV HSV VZV Influenza A - B ++++ + Para- Influenza + ++ VRS + ++++ (nourrisson) ++ Adenovirus + +++ ++ syndrome grippal rhino-pharyngite laryngite bronchite bronchiolite pneumopathie

Les pneumopathies virales graves virus VRS Adenovirus type 7 Influenza virus CMV VZV HSV Rougeole terrains favorisants nourrisson jeune enfant insuffisant cardiaque insuffisant respiratoire sujet âgé grossesse immunodéprimé adulte nouveau-né réanimation explorations respiratoires invasives sujet dénutri

INFECTIONS VIRALES RESPIRATOIRES Prélèvements : Aspiration nasopharyngée +++ Ecouvillonnage pharyngé LBA (sujets en réanimation) Diagnostic rapide : EIA : Grippe A ou VRS IF sur lame : Grippe A, Grippe B Parainfluenza 1, 2, 3 VRS, Adenovirus Diagnostic direct : Cultures sur MDCK (grippes) sur Hela (VRS) Identifications – Ac Mc - IF PCR grippe A, B, A(H1N1)v, rhino … PCR multiplex : grippe, parainfluenza, VRS, adenovirus, metapneumovirus, rhinovirus Diagnostic indirect

HEMAGGLUTININE NEURAMINIDASE fixation à l’acide sialique (récepteur de surface des cellules) pénétration du virus dans le cytoplasme de la cellule hôte (fusion de la vésicule d’endocytose avec la membrane de l’endosome) induit la synthèse d’anticorps neutralisants NEURAMINIDASE lors de la libération du virion après sa réplication, clive la liaison -cétosique entre l’acide sialique et le D-galactose ou D-galactosamine déterminant antigénique majeur

Les Variations Antigéniques des Virus Influenza Humains Glissements Cassures Types Types A et B Type A Mécanismes Mutations ponctuelles Dérives antigéniques progressives (0.5-1%/an) Réassortiment de gènes (virus animaux) Changements majeurs des gènes de NA et HA Modifications antigéniques Mineures Majeures Conséquences Taxonomiques Apparition de nouveaux variants Apparition de nouveaux sous-types A Immunitaires Immunité croisée entre deux variants consécutifs Pas ou peu d’immunité croisée entre deux sous-types A Épidémiologiques Épidémies annuelles Pandémies L’hémagglutinine et la neuraminidase subissent des modifications antigéniques de deux sortes : mineures (ou glissements) et majeures (appelées « cassures » ou « sauts antigéniques ») résultant de modifications génétiques. Les capacités de mutation de ces virus expliquent leur évolution permanente. Seuls les virus de type A sont susceptibles d’entraîner des pandémies. Le virus A(H1N1) v est un virus réassorti contenant des gènes de plusieurs virus connus d’origine porcine, aviaire et humaine 6/10/09 6 6

Les Quatre Grandes Pandémies Grippales du XXème Siècle Date Décès (millions) Virus impliqué Index de sévérité Grippe espagnole 1918-1920 30 à 100 A(H1N1) 5 Grippe asiatique 1957-1958 1 à 1,5 A(H2N2) 2 Grippe de Hong Kong 1968-1969 0,75 à 1 A(H3N2) Grippe A(H1N1)v 2009 ? En dehors des épidémies saisonnières annuelles, la grippe peut se manifester sous forme de pandémie. Une pandémie grippale correspond à une forte augmentation au niveau mondial, dans l’espace et le temps, du nombre de cas et de leur gravité du fait de l’apparition d’un nouveau de virus grippal de type A doté de caractères phénotypiques inédits (antigéniques par exemple), résultant d’une modification génétique majeure et contre lequel la population mondiale n’est pas protégée. Les trois pandémies du XXème siècle ont permis de commencer à appréhender les mystères de la grippe et notamment la compréhension des mécanismes de variations des virus influenza. La pandémie la plus meurtrière connue à ce jour est celle de la « grippe espagnole ». Une autre particularité de cette pandémie est qu'elle tua principalement de jeunes adultes, 99 % des décès étant survenus avant soixante-cinq ans et plus de la moitié entre vingt et quarante ans. Cette forte létalité s'explique par un taux d'attaque très élevé (près de 50 % des personnes exposées) et par la sévérité extrême des symptômes 6/10/09 7 7

H5N1 HA et NA sont des protéines situées à la surface du virus. Différents types existent portant des numéros. Dans la nature 15 sous-types d’HA et 9 sous-types de NA circulent. Cette diapositive nous montre très bien que l’oiseau constitue le réservoir de virus, toutes les HA et les NA pouvant être hébergées chez cet hôte. Chez l’homme seules H1, 2 et 3 et N1 et 2 sont retrouvées. Les différentes associations de H et de N sont possibles Le croisement de l’HA 5 et de la NA 1 correspond au virus aviaire H5N1

Le Virus Grippal A(H1N1)v Réassortant virus porcin, humain et aviaire Pas d’immunité antérieure sauf pour les sujets nés avant 1957 Hancok C, et al, New Engl J Med 2009 sept 6/10/09 9

DIAGNOSTIC Prélèvements Aspiration nasale Ecouvillonnage pharyngé… Diagnostic rapide EIA - Grippe A et B IF - Grippes A et B Identifications Cultures sur MDCK Typage de l ’hémagglutinine PCR (technique validée A(H1N1)v) Sérologies ELISA IgM (FC - IHA)

Vaccin saisonnier Choix des souches revu annuellement (OMS) Trois types ou sous types dans le mélange vaccinal :  1 souche A (H1N1)  1 souche A (H3N2)  1 souche B

Vaccin saisonnier 2009-2010 Vaccin A(H1N1)v 2009 Souche analogue à A/Brisbane/59/2007 (H1N1) (inchangée) - Souche analogue à A/Brisbane/10/2007 (H3N2) (inchangée) Souche analogue à B/Brisbane/60/2008 (nouvelle) Vaccin A(H1N1)v 2009 Souche analogue à A/California/7/2009 Vaccin saisonnier 2010-2011 Souche analogue à A/California/7/2009 (H1N1) (inchangée) - Souche analogue à A/Perth/16/2009 (H3N2) (nouvelle) Souche analogue à B/Brisbane/60/2008 (inchangée)

Cas clinique 1 Mme P. , 43 ans, présente en décembre, une fièvre élevée (39,8 °) d’apparition brutale associée à des myalgies, des courbatures lombaires et des céphalées rétro-orbitaires. La patiente se plaint également d’une douleur pharyngo-laryngée avec dysphagie. Vous retrouvez à l’inspection une injection conjonctivale avec catarrhe des voies aériennes et une toux. L’examen clinique est pauvre : quelques râles sous-crépitants à l’auscultation, et rougeur diffuse du pharynx. 1 - Quel agent viral suspectez-vous ? 2 - Comment confirmez-vous votre diagnostic ?

Cas Clinique 2 Monsieur L., 35 ans, présente un syndrome grippal caractéristique. Monsieur Achille L. n’était pas vacciné contre la grippe et n’a jamais été vacciné. Il est surpris car avait eu l’année précédente grippe typique et pensait être protégé. 1 - S’il s’agit bien d’une grippe, comment pouvez-vous expliquer cette nouvelle pathologie ? 2- S’il ne s’agit pas d’une grippe, quels sont les autres virus à suspecter ? 3 - Quels examens demandez-vous ?

Cas Clinique 3 Femme de 29 ans enceinte du 2e trimestre présente en janvier une fièvre à 39.5°, céphalées, myalgies, rhinorrhée. Malgré la prise d’oseltamivir (Tamiflu), apparaissent le lendemain une toux sèche non productive et des dyspnées. Hospitalisée avec toux, fièvre, difficultés respiratoire et cyanose (SaO2 = 90%) intubation et ventilation mécanique. 1 - Quel agent viral suspectez-vous ? Comment confirmez-vous votre diagnostic ? 2 – Autres sujets à risque pour cette pathologie ?

Cas clinique 4 L’enfant J. , âgé de 3 mois, se présente en février dans votre cabinet médical pour un bronchospasme associé à une dyspnée aiguë et un encombrement pulmonaire modéré. L’examen confirme la présence d’une bronchiolite avec des signes de laryngite associés. 1 - Quel agent viral suspectez-vous ? 2 - Comment confirmez-vous votre diagnostic ?

Cas clinique 5 L’enfant R., 5 ans, présente au mois de mai une conjonctivite bilatérale avec des signes hémorragiques, associée à une pharyngite et à une fièvre modérée. L’examen retrouve des adénopathies cervicales, mais pas d’éruption cutanée ou muqueuse. 1 - Quel agent viral suspectez-vous ? 2 - Comment confirmez-vous votre diagnostic ? 3 – Autre pathologie liée à cette famille de virus ?

Cas Clinique 6 Daniel, 11 mois, est hospitalisé pour bronchiolite sévère. Son état s’améliore rapidement. Trois jours après son admission, 9 cas de bronchiolite apparaissent chez des enfants hospitalisés dans le même secteur d’hospitalisation. Vous pensez à une infection nosocomiale. 1 - Quel agent viral suspectez-vous en priorité ? 2 - Comment confirmez-vous votre diagnostic ? 3 - Quelles mesures préventives adopterez-vous ? 4 - Quelles sont les conditions de transmission du virus suspecté ?

Cas Clinique 7 M. Y. 40 ans revient d’un voyage au Vietnam où il a visité les marchés aux oiseaux. Quelques jours plus tard, il présente une fièvre à 39°C, des douleurs rétro-orbitaires, un important catarrhe oculo-nasal, de la toux. 1 - Quel agent viral suspectez-vous en priorité ? 2 - Comment confirmez-vous votre diagnostic ? 3 - Quelles mesures préventives adopterez-vous ?

Comment se protéger ? Masque FFP2 « Isolement respiratoire » du patient Masque chirurgical Chambre seule Pour examiner le patient et effectuer un prélèvement naso pharyngé : Masque FFP2 Lunettes, gants plastiques jetables, blouse Après l’examen : Solution hydro-alcoolique pour les mains ou alcoolisées pour le matériel Sac poubelle plastique se fermant hermétiquement

Conduite à tenir en cas d’alerte au virus H5N1 A domicile Cas suspect A l’hôpital Allo Centre 15 Identification Isolement Validation par InVS Signalement à la DDASS SMIT ou Réanimation Si hospitalisation : SMIT

Laboratoire de sécurité P3

Laboratoire de sécurité P3

Rotavirus 1er agent viral de gastro Virus à ARN nus Responsable de plus de 1/3 des gastro dans le monde 800 000 décès par an dans le monde Vaccin

Adenoviridae Virus à ADN double brin Nus 51 sérotypes : Sérotype 40 et 41 impliqués dans les gastro-entérites infantiles Responsables d’infections oculaires, des voies aériennes supérieures, et digestives (2-6%)

GASTRO-ENTERITES VIRALES ATELIER 4 GASTRO-ENTERITES VIRALES Virus Rotavirus et Pararotavirus Adenovirus (types 40 -41) Calicivirus (Norovirus type Norwalk …) Astrovirus Coronavirus Enterovirus Diagnostic Prélèvements : selles Diagnostic direct rapide : EIA Rota EIA Adeno EIA Norovirus Diagnostic direct : cultures : Enterovirus PCR : Calicivirus

Agents responsables de gastroentérites dans les pays industrialisés Rotavirus Inconnu Bactérie Adénovirus Calicivirus Astrovirus

Agents responsables de gastroentérites dans les pays en développement Rotavirus Inconnu Bactéries autres Adénovirus Calicivirus Astrovirus Parasites E.Coli entéropathogène

CAS CLINIQUE 8 D. 8 mois, est hospitalisé pour une gastroentérite fébrile sévère avec déshydratation. Plusieurs enfants de sa crèche ont également des troubles digestifs mais moins sévères. Son état clinique s’améliore rapidement. 4 jours après son admission, 9 cas de gastroentérite apparaissent dans le service chez des enfants hospitalisés ainsi qu’un cas parmi le personnel hospitalier.   1/ Quel agent viral suspectez-vous en priorité ? 2/ Quels examens biologiques prescrivez-vous pour faire un diagnostic étiologique ? 3/ Quelles mesures préventives adopter ? 4/ Quelle est l’évolution habituelle de ces gastroentérites virales ?

CAS CLINIQUE 9 L’enfant A. 2 ans vient aux urgences, il présente une diarrhée sans fièvre. 1/ Quels agents viraux suspectez-vous ? 2/ Quels examens biologiques prescrivez-vous pour faire un diagnostic étiologique ?