Banques de données en bio-informatique TP3 Banques de données en bio-informatique
Bases de données Ressources importantes en sciences Pourquoi? Grand nombre de données Grand nombre de chercheurs
BD Existantes Catégories DNA / RNA / Protein sequence databases RNA secondary structure databases RNA / Protein 3D structure databases Genomics databases Metabolic and Signaling pathway databases Human Genes and Diseases Immunological databases Microarray data and other gene expression Organelle databases Plant databases. …
BD Existantes Catégories DNA / RNA / Protein sequence databases RNA secondary structure databases RNA / Protein 3D structure databases Genomics databases Metabolic and Signaling pathway databases Human Genes and Diseases Immunological databases Microarray data and other gene expression Organelle databases Plant databases. …
BD des acides nucléiques 3 organisations: NCBI (National Center for Biotechnology Information) www.ncbi.nih.gov EMBL (European Molecular Biology Laboratory) www.ebi.ac.uk/embl DDBJ (DNA Databank of Japan) www.ddbj.nig.ac.jp
Limites Données brutes (séquence, structure, etc.) Annotation Pour avoir une utilité en biologie, les données doivent être présentées dans un contexte biologique plus large.
Base de données intégrées Type de données multiple Ensembles de données inter-reliés Permettre l’analyse des données Exemple: Protein domain database Pathway database
Quelques problèmes Les données peuvent contenir des erreurs et omissions Format de données différents d’une base de données à l’autre
Pymol:Logiciel de visualisation moléculaire
Ouvrir un fichier La fenêtre de contrôle File open
Menu A (Actions) : menu des actions S (Show) : menu pour permet de choisir un style de visualisation à la molécule. H (Hide) : menu pour cacher un styles de visualisation à la molécule. L (Labels) : menu pour ajouter le nom des molécules. C (Color) : menu pour changer la couleur de la molécule.
L’utilisation de la souris gauche: rotation libre milieu : translation axes x,y droite : translation axe z