22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Spm Parallel

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Points traités Rappel de la problématique et du planning des développements Etat des lieux du développement Performances des travaux réalisés Développement avenir Proposition de mise en oeuvre

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Rappel de la problématique et du planning de développement Parallelisation « batch » –Prepocessing –Statistique Parallelisation « temps réel » Preprocessing Statistique Problématique temps réel

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « batch » (1) Preprocessing V1V1 VnVn... V2V2 =V ref Rv n Rv 2... Pr V Te mplate Pn Nrv 2 Nrv 1 Nrv n Nv T emplat e... Ps Snr v 1 Snr v 2... Snr v n Snv Templ ate

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « batch » (2) Preprocessing : Equation Vref = V 1 Pr= Parametres de realignement Pn= Parametres de normalisation Ps= Parametres de lissage

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « batch » (3) Statistiques –En cours d’étude

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « temps reel » (1) Preprocessing (Vi): Model à construire V1V1 ViVi =V ref Rv i P'r V template Nrv i Snr v i P'n P's

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « temps reel » (2) Preprocessing : Equation Vref = V 1 P'r= Parametres précalculer du realignement P'n= Parametres précalculer de la normalisation P's= Parametres précalculer du lissage

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation « temps reel » (3) Statistique –En cours d’étude

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Problematique « temps reel » Le temps Les Algorithmes Réalisation en 2 etapes : –En 2 tuyaux d ’ execution ou pipelines: –Preprocessing –Statistiques –En temps reel

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Le temps Gestion du flux Contrôle et synchronisation de l ’ execution Approcher l'execution de 10 minutes

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Les Algorithmes Les parallélisables –Boucles sans dependances –Boucles avec dependances faibles Les parallélisables, mais sans benefices –Fonctions de convergence avec boucle de calculs Les non parallélisables –Fonction de convergence avec dependances fortes

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Réalisation en 2 étapes (1) Profiter des developpements batch –Creation de 2 flux d ’ execution en pipeline –Preprocessing –Statistique –En cours d’étude Realign Normalization Smooth

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Réalisation en 2 étapes (2) Temps reel –Mécanisme de contrôle de flux –Mécanisme de contrôle des process

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Etat du developpement Conception du modele de parallelisation Integration à spm99 Parallelisation du preprocessing

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Modele de parallelisation Modele de distribution à la demande Réduction I ViVi V i-y Chef Travailleurs... V i-x Chef... Travailleurs

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Integration à SPM Réorganisation de l ’ arborescence Introduction de variables d’environements Log d ’ execution sur les parties paralleles Spm parallel en quelques chiffres

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Réorganisation de l ’ arborescence

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Variables d ’ environement SPM_PATH = Chemin racine de spm SPM_MPIRUN = Mpirun choisi SPM_DEBUG = Sauvegarde ou non des parametres SPM_PARALLEL = Yes ou No SPM_MPIOPTS = Options de SPM_ MPIRUN SPM_NPE = Nombres de Processeurs ( optionnel )

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Log d ’ execution Fichier.log : –Realign_series_loop1.log et / ou realign_series_loop2.log –Spm_loop_sn_a.log ou spm_loop_sn_na.log –Smooth_ui_loop.log Exemples /home/gvetois/Developpement/spm_parallel/shells/spm_loop_sn.bash 2 /scr/Gerald_data/Preproc Begin of non affine transformation sam sep 16 19:49:10 CEST 2000 sam sep 16 21:15:38 CEST 2000 End of non affine transformation

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Quelques chiffres

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation de preprocessing(1) Realignement ( 75 % parallelisé )  Registering Images  Registering Images to Mean –Computing available voxels –Reslicing

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation de preprocessing(2) Normalisation ( 95 % parallelisé )  Resampling ( n-1 ) –Computing available voxels

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Parallelisation de preprocessing(3) Lissage ( 100 % parallelisé )  Smoothing

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Performance des travaux Preprocessing: –Machines de développement –Test sinc: Réalignement, Normalisation(Sinc), Lissage –Test tri: Réalignement, Normalisation(trilineaire),Lissage

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Machines de developpement AMD K6/ Mo 10Go Disk –Linux RedHat Matlab LAM –Réseau 100BaseTx ( Dlink 530Tx ) AMD K6/400 64Mo 255Mo Disk –Linux RedHat LAM –Réseau 100BaseTx ( Dlink 530Tx ) Equivalent 900Mhz=

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Test sinc

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Test tri-lineaire

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Developpement Avenir Réintegration des spm_progress_bar Finalisation du réalignement et de la normalisation Mise en pipeline du Preprocessing Paralellisation des Statisques Finialisation du modules temps reel

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Proposition de site Drive Disques M1. Mn IRM Cluster Switch Batch Tps Rèel M0M0... Switch S0S0 S1S1 SmSm

22/09/2000Spm Parallel ( Gérald Vétois ) Proposition de partenariats Distribution des binaires Distribution des sources Partenariat constructeurs