Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005 Problèmes liés à lidentification de gènes bactériens exprimant des ARN non traduits en protéines UPRES JE 2311, Inserm Espri Biochimie pharmaceutique

bacteria Que sont les petits ARN bactériens régulateurs? Adaptation to sudden changes Bacterial physiology TDNA Proteins Proteins RNAs Virulence Regulatory RNAs STOP

Comment ces ARN bactériens régulent-ils ?

Stratégie Analyse globale de lexpression dARN bactériens Sélection Fonction Structure Ligands

Modèles Gram negative: Escherichia coli Laboratory and pathogenic strains Gram positive: Staphylococcus aureus Pathogenic strains

La conservation de séquences entre RIG issues de séquences de génomes bactériens apparentés suppose lexistence dun gène. La majorité des gènes exprimant des ARNrég bactériens sont situés dans les RIG. Hypothèses

Extraction des régions inter-géniques ATGStopATGStop ORF 1ORF 2 Pr Tr Pr Tr R.I.G. R.I.G. vrai Gène 1 Gène 2 Extraction des RIG Elimination des RIG < 120 nts Elimination de 40 nts en 5 & 3 des RIG ( Banque de RIG ) K12 : 3517 RIG K12 : 1558 RIG

Recherche de conservations Banque de génomes complets Banque de R.I.G. Fasta Sans Homologies R.E.P. Homologies limitées à E. coli RIG conservées Crible K12 : 100 RIG K12 : 130 RIGK12 : 766 RIG K12 : 562 RIG Alignements multiples

Sélection des candidats Terminateurs rho-indépendents G+C% Recherche de structures dARN RIG conservées Annotations du génome (PBS, IS, RR) Candidats TTTTTTTTT TTGACA -35 TATAAT à 20 nt Promoteurs

Bioinformatics, 2003, 19: Exemple didentification dun ARN bactérien chez E. coli ISI accessible à:

Application au génome d E. coli Génome E. coli K12 Séquence RIG (3517 RIG) RIG > 120 nts (1558 RIG) Extraction des RIG Suppression des RIG <120 nts Recherche de conservations parmi 60 génomes bactériens séquencés RIG conservées (692 RIG) 200 RIG Séquence ORF RIG <120 nts (1959 RIG) RIG non conservées (866 RIG) RIG avec REP (130 RIG) Recherche de signatures de gène Recherche dîlots riches en G+C Élimination des RIG avec REP 2. Selection 1. Analyse globale 3. Function 4. Structure 5. Ligands Microarrays

Pb pour détecter les unités de transcription.

Une conservation de séquence est-elle due à lexistence dun cadre ouvert de lecture ou dun gène exprimant un ARNnc?

Il semble exister des microARN bactériens ( NAR 2005, 33: ). Plus une unité de transcription est courte, plus la prédiction est délicate.

Intégration, dans les outils de prédiction, des appariements non W-C.

Répertorier les mécanismes antisens régulant lexpression dARNm afin détablir les redondances, servant doutils prédictifs