Comparaison et analyse combinatoire de structures biologiques arborescentes P. Ferraro S. Dulucq J. Allali A. Ouangraoua
Comparaison darchitectures de plantes E. Costes Analyse de la plasticité architecturale P. Prusinkiewicz Évaluation des outils de simulation
Comparaison de structures secondaires dARN Approche comparative visant à inférer la fonction des ARN à partir de la comparaison structurelle Hypothèse : lien entre les similarités structurelles et fonctionnelles des molécules dARN
Représentation multi-échelles Éléments structuraux 5 3 Bases Tige-boucles Ouangraoua et al. 2007
Entre-nœuds Axes < + + < < < < UC Représentation multi-échelles Arborescence multi-échelles : plusieurs échelles < < < < Arborescence quotientée : 2 échelles
« Transformation » darborescences à partir de ces trois opérations dédition T1T1 T2T2 Deletion Substitution Insertion (S) min S S (T 1,T 2 ) Séquence dopérations
Espace d é tat des m é rist è mes Observed plant merging graph Isomorphic structures Espace de tout les chemins de diff é rentiations des m é rist è mes de la plante R é duction (DAG) = Hypoth è se d é chelle: Identit é structurelle quantifi é e par une distance entre arborescences: T[x] et T[y] sont isomorphes ssi D(T[x],T[y])=0 Reduction graph (DAG)
Quantification du taux dauto-emboitement Propriété: T est auto-emboitée ssi son DAG est « linéaire »
V1 V2 V3 V4 V5 Application à une plante r é lle Reduction DAG NEST (T)
c. R(T)R(T) NEST
Coefficient dauto-similarité A1A3A2A5A4
Croissance des graphes auto-similaires An edge is transformed in a graph, (Körn, 2002)
Croissance des graphes auto-similaires
Lychnis comme un exemple
Recherches en cours Définition et quantification du taux dauto- similarité dune plante Identification de répétitions dans des structures secondaires dARN Généralisation à dautres modèles arborescents (comparaison de musiques)