MATIN : 11 la démarche «recherche documentaire» 22 l’offre documentaire accessible 3 le portail documentaire de l’Inra 3 44 les droits et devoirs des ayant-droits Inra 55 les modalités d’accès aux portail Inra 66 les plateformes éditoriales Recherche documentaire sur les plateformes Inra D. Fournier – 21 mars 2006 APRES-MIDI : 77 recherche dans les différentes bases de données : Plateforme Web of Knowledge (CAB, CC, WOS, FSTA) création de requêtes, historique, profils, alertes 8 particularités du WOS (Impact factor) 8 99 autres sources d’information

La démarche en « recherche documentaire » - identification du sujet domaine d’application / limites temporelle et/ou géographique -formulation du sujet concepts, synonymes, traduction en anglais - identification des sources d'information disponibles ouvrages, revues papier, revues électroniques, bases de données, internet... - construction de la stratégie de recherche opérateurs Booléens (ET, OU, SAUF), opérateurs syntaxiques (troncature, proximité)  équation de recherche - évaluation de la recherche d'information évaluation des sources / performance de l'équation de recherche  bruit / silence Les travaux concernant la viticulture française publiés par l’Inra Montpellier depuis 2000 viticulture / vignoble / vigne / vitis / raisin / France / français(e) vine growing / vineyeard / vine / vitis / grape / France / french Portail INRA / ressources locales (unités, bibliothèques) / ressources du web vine growing / vineyeard / vine / vitis / grape / France / french ( vine * or vitis or grape *) and ( France or french ) Informations / adresses  Inra same Montpellier (dans la même phrase)

Les ressources documentaires accessibles Les ressources de votre unité: Bibliothèque de proximité, abonnements, bases de données (pris au titre de l’unité, à titre personnel) Les ressources institutionnelles via votre UMR: abonnements, bases de données (Inra, CNRS, Cirad, IRD, Cemagref, UM2, …) Les ressources locales accessibles sur le campus : abonnements, bases de données les Bibliothèques d’unités Bibliothèque Centrale, centre de doc P. Bartoli

Les ressources documentaires du campus Bat. n°7 : Bibliothèque BPMP + LEPSE(*) Bat. n°8 : Bibliothèque centrale AGRO INRA + MRI Bat. n°18: Bibliothèque EAZA Bat. n°21: Bibliothèques BEPC, ITAP, ATEN Bat. n°22: Bibliothèque ERCC / DCC (*) (*) accès réservé au personnel de l’UMR Bat. n° 24: Bibliothèque LISAH / R&S (*) Bat. n° 26: Centre de documentation Pierre Bartoli Bat. n°27 : Bibliothèques INNOVATION, LEPSE Bat. n°29 : Bibliothèque LASB Bat n°31 : Bibliothèque IATE (*) Bat n°33 : Bibliothèque DGPC + bibliothèques sur des sites hors campus: LBE (Narbonne), Vassal, CBGP, AMAP, Patho Comparée

Les ressources documentaires du campus 1 site web commun Agro.M Inra

des ressources accessibles uniquement sur le campus... Bases de données : FOODLINE SIGHT MARKET (ex FOMAD) cd-rom accès réseau (147.99)réseau (147.99) FOODLINE SIGHT SCIENCE (ex FROSTI): cd-rom accès réseau (147.99)réseau (147.99) RENADOC (accès via mot de passe) Revues électroniques : JAFC : 250 n°IP déclarés CR Acad. Agric. France : accès (login / password) Cahiers français, Problèmes économiques, Regards sur l ’actualité, Problèmes économiques et sociaux Cd-rom (version réseau)

Ressources documentaires : politique nationale Inra Information Scientifique et Technique (IST)

Depuis 2003, mise en place d’une politique nationale IST Avant Situation à l’Inra: Une forte hétérogénéité des services accessibles aux chercheurs Forte demande de la communauté scientifique Inra (D.U + C.D) Une tentative d ’essai national (Elsevier en 2000) Le rapport de Magri / Grozel (1999) « acquisitions documentaires à l ’Inra » (revues, éditeurs à l ’Inra + coût - répartition des dépenses) Offrir l’égalité d’accès aux principales revues électroniques et aux bases de données internationales « bibliothèque virtuelle »sur le bureau du chercheur

Le PORTAIL des ressources électroniques Inra

Les contrats avec les éditeurs et fournisseurs de bases de données ont été signés pour l’ensemble des utilisateurs Inra et assimilés « l ’Inra s’est associé à divers organismes en créant des UMR. Par conséquent, les agents Inra et non Inra travaillant au sein de ces UMR, quels que soient leur(s) employeur(s), sont assimilés à des agents Inra, s ’ils ne sont pas Inra. A ce titre, pour ces agents, stricto sensu, les mêmes droits leurs sont ouverts » Rappel de la définition des ayant-droits extrait du cahier des Clauses Techniques Particulières Inra - Kluwer Academic Press - Marchés Publics (25/06/2002)

MEDLINEAGRICOLA L’offre Inra accessible à partir du Portail national Plateformes éditoriales Kluwer Elsevier Revue Kluwer on Line Revue Science Direct Plateformes hébergeant BDD ECONLIT internet PUBMED Web of knowledge WOK CAB abstracts Current Contents FSTA Web of science WOS JCR + ESI Lien vers le texte intégral

L’offre pour 2006 …. Science, Nature, Springer, ISI, FSTA, Econlit : reconduction Elsevier (ScienceDirect) : marché Plateforme ISI Web of Knolwledge CAB / WOS / Current Contents FSTA + JCR BiomedCentral : adhésion à poursuivre ? le modèle économique  budget de + en + important... Enquête annuelle auprès des unités et départements pour de nouvelles acquisitions Journal of citation report OUI American chemical society Embo journal et Embo report OUI Scopus TEST

GRoupe d’Administration des Plateformes GRAP ( UCDIST Jouy et Versailles) La DISI IST a mis en place le GRAP (Groupement d'Administration des Plateformes) dont la mission est d'assurer la mise en place des plateformes pour janvier 2003, et d'apporter l'assistance aux utilisateurs (pb d'accès notamment).

Mise en place d’un nouveau dispositif d’accès aux ressources documentaires INRA octobre 2005 Le contrôle des accès se fait à partir d’un annuaire LDAP, (extraction des données Inra Compact)  nécessité de configurer son navigateur internet  nécessité que les D.U actualisent régulièrement les données : mouvement de personnel, thésard, … stagiaires longue durée ? (+ de 6 mois)

2 - Le serveur d’authentification interroge l’annuaire institutionnel (que l’on nomme LDAP d’après le nom du protocole qu’il utilise) qui contient les login/password de chaque agent enregistré. De plus, la base annuaire contient un attribut qui permet de savoir si un agent a (ou non) accès aux revues électroniques. 3 - Si l’authentification login / password réussit et si la valeur de l’attribut l’y autorise, le serveur relaie la demande de l’utilisateur vers les sites des éditeurs via un routeur qui met chaque site en relation avec les réseaux extérieurs, et livre les pages demandées à l’utilisateur. 1 - L’utilisateur s’adresse à un serveur d’authentification paramétré dans son navigateur (Netscape, Mozilla,… ) et lui fournit son nom de login et son password (envoyé par Adresse canonique revelec.inra.fr Port 3128 navigateur Le principe du nouveau dispositif

Avant de commencer le TP, activation du dispositif Revelec - lancer Firefox Mozilla - sélectionner le profil Revelec et démarrer Firefox - saisir vos codes personnels LDAP

Accès au portail Inra en tant qu’ayant-droit

Supports de formation pour les ressources documentaires INRA national Sur l’INTRANET IST Sur le Portail, pour chacun des produits

Les plateformes éditoriales = catalogues des éditeurs Accès au texte intégral de plus de 3000 titres

Panorama des Plateformes éditoriales  des interfaces personnalisables (" my profil " sur SD)  des dispositifs d'alerte (sur sommaires, profils, citations)dispositifs d'alerte  des outils de recherche (attention à la syntaxe !)syntaxe  des liens inter-plateformes (autres bdd, autres plateformes via " CrossRef ")  différents formats d'affichage des articles (résumé, texte intégral)formats  des articles " in press "  la fonction " cited by " (peu performante)  l' des auteurs  la possibilité d'exporter des notices dans son logiciel bibliographique 9 plateformes éditoriales

Un exemple de Plateforme éditoriale intégrée : Science-DirectScience-Direct Un catalogue de journaux (1800 titres, 5,5 millions d ’articles) Des ressources associées (MEDLINE, ECONLIT) Un moteur de recherche intra-plateforme + SCIRUS Une interface personnalisable Des possibilités de veille scientifique profils / alertes

Un exemple de Plateforme éditoriale intégrée : Science-Direct (2)Science-Direct - possibilité de rechercher dans différents champs de la base de données (titre, auteur, adresse, …) - troncature : ! - opérateurs booléens : AND, OR, AND NOT + proximité entre mots : W/n rechercher les publications réalisées par l’Inra de Montpellier sur « vigne, vin, vitis » depuis 2000.

Un exemple de Plateforme éditoriale intégrée : Science-Direct (3)Science-Direct - modification des profils de recherche (fréquence, suppression, …) - sélection des journaux pour permettre une recherche limitée (favorite journals) - création d’alertes (sur titres de journaux)  suivi des sommaires (+ accès au texte intégral)

Un autre exemple de Plateforme éditoriale intégrée : Nature Publishing GroupNature Publishing Group

Un autre exemple de Plateforme éditoriale intégrée : Blackwell SynergyBlackwell Synergy Une interface personnalisable Un moteur de recherche intra-plateforme Un catalogue de journaux 716 titres, articles INRA : accès à 434 revues de la collection "Science, Technology and Medicine« 39 revues de la collection "Social Science and Humanities" antériorité : tous les contenus électroniques des 473 revues, dans la plupart des cas depuis 1997

Comparaison des plateformes éditoriales

Autres plateformes éditoriales accessibles gratuitement

BioMed Central Maison d’édition indépendante, BioMed Central défend activement le principe du libre accès à l’intégralité d’articles originaux en biologie et en médecine d’une centaine de revues, permettant une visibilité maximale grâce à une consultation optimale. En devenant membre de BioMed Central, l’INRA permet à ses chercheurs et étudiants de publier gratuitement dans plusieurs de 100 revues. Une page d'accueil personnalisée INRA donne les accès auxquels vous avez droit, ainsi que les publications des chercheurs INRA, publiées dans l'un des journaux de BioMed Centralpublications des chercheurs INRA,

Revues en Open Access Directory of Open Access Journals (DOAJ) 2009 titres de revues en open access Possibilité de rechercher au niveau des articles pour 501 journaux (dont BMC, PloS)

Highwire Press (Standford University Library) Héberge des revues sociétés savantes 863 titres = appui à la production revue numérique Exemple: Agronomy journal Archive les revues après une période d’embargo (260 free back issues = articles en texte intégral) Ex: Agronomy Journal (18 mois) – Annals of Botany (12 mois) Pubmed Central (a free archive of life sciences journals ) PubMed Central (PMC) is the U.S. National Institutes of Health (NIH) free digital archive of biomedical and life sciences journal literature. Journaux en libre accès (BMC) et/ou archivés après une période d’embargo

Des méta-moteurs pour rechercher dans plusieurs plateformes éditoriales

Le moteur Scirus (développé par Elsevier)

Un projet Pilote Google avec 45 éditeurs CrossRef Search American Physical Society Annual Reviews Ashley Publications Association for Computing Machinery BioMed Central Blackwell Publishing BMJ Publishing Group Cambridge University Press Cold Spring Harbor Laboratory Press FASEB IEEE INFORMS Institute of Physics Publishing International Union of Crystallography Investigative Ophthamology and Visual Science Journal of Clinical Oncology Lawrence Erlbaum Associates Medicine Publishing Group Nature Publishing Group Oldenbourg Wissenschaftsverlag Oxford University Press PNAS Royal College of Psychiatrists Springer-Verlag Taylor & Francis University of California Press University of Chicago Press Vathek Publishing John Wiley & Sons (en orange, accès au texte intégral par l’INRA)

Les bases de données bibliographiques accessibles à l’Inra recherche documentaire veille

Les bases de données bibliographiques: du document primaire au document secondaire

Cabicodes = classification thématique Descriptors : CAB Thésaurus = langage documentaire hiérarchisé Notice correspondante dans CAB Certains mots clés donnés par les auteurs ont disparu : Wine yeast, alcoholic fermentation, transcriptome, microarrays, TOR pathway, [stress]

La même notice dans Current Contents Mots-clés auteurs Keywords Plus : générés à partir d’un algorithme = mots les plus fréquents des références bibliographiques de l’article problème dans le cas d’un transfert méthodologique Disciplines : classement thématique mais la recherche se fait indifféremment dans les mots du titre, disciplines, … Mail de l’auteur mais rapidement obsolète

La même notice dans Web of Science Toutes les adresses des auteurs sont mentionnées = intérêt bibliométrique Le lien vers le texte intégral est précisé mais pas toujours …

Eléments de choix bases documentaires Producteur de la base, gage du sérieux de l'indexation Mode d'accès à la base de données (cd-rom, on-line) Modalité de cet accès, gratuit, payant (forfait ou à l'interrogation), gratuit avec des restrictions… Nombre de références Disciplines couvertes les périodiques analysés ou dépouillés intégralement (cover to cover) Antériorité de la couverture Types des références (références bibliographiques, structures en 3D, etc) Présence de quel type d'éléments bibliographiques (résumé, adresses, réf. citées) Langue des documents (différent de la langue de l'interface et de la langue du résumé du document) Présence d'un thésaurus

Quelle BDD pour quel besoin ? La recherche courante (current awareness) Il s'agit d'être au courant sur ce qui se fait dans le domaine. Current Contents (m.a.j hebdo)

Quelle BDD pour quel besoin ? MEDLINE (1966  ) FSTA (1969  ) ECONLIT (1969  ) CAB (1973  ) WOS (1992  ) La recherche exhaustive A certains moments de sa vie professionnelle, le chercheur doit être sûr de n'avoir oublié aucune publication importante. Les outils exhaustifs et rétrospectifs entrent alors en scène.

Tableau comparatif des BDD ECONLIT Economy, business, management 750

ISI CrossSearch un outil pour rechercher simultanément dans plusieurs bases ISI WOK + bases externes Pas de possibilité de sauvegarder simultanément les références (faire par BDD) Ne permet pas d’utiliser les fonctions avancées de chaque BDD (thésaurus, Cabicodes, affiliations, …) Identification de la BDD la plus pertinente / sujet

choix des champs pour requêtes Topic, Author, Source Title, Address opérateurs booléens, opérateurs syntaxiques Troncature à droite : * Masque (1 car.) : ? Opérateurs booléens : AND OR NOT Opérateurs syntaxiques : SAME Construction de la stratégie de recherche  équation de recherche

Utilisation de l’indexation des notices (thésaurus, classification) CAB : Cabicodes list : agriculture / agricultural economics Descriptors (Cab thesaurus) : alcoholic beverage > wines > quality wine fermentation > related terms: ethanol production / winemaking Construction de stratégies de recherche plus élaborées (2) Current Contents : discipline Index Food Science nutrition / Plant Science FSTA : Descriptors (FSTA thesaurus) cereal* > Breakfast cereals / cereal bars / flours cereal / proteins cereal FSTA sections : cereals* > Cereals and bakery products / Minor cereals and pseudocereals / Other bakery and cereal products

Recherche sur différentes BDD Élaboration d’une requête complexe Publications de l’Inra Montpellier sur la viticulture française depuis 2000 dans le champ « adresse » : Inra SAME Montpellier dans le champ « sujet, mot-clés, … » (French OR France) AND (grape* OR vitis OR wine*) dans les dates : AND adresse sujet année

Recherche sur différentes BDD (2) Plateforme Web of knowledge : registerWeb of knowledge 1 – Cross SearchCross Search + external collections 2 – Current ContentsCurrent Contents search, set combination, save history 3 – CABCAB CABIcodes, combine search save history 4 – WOSWOS general search, cited reference search, 5 – FSTA, Foodline Market / science SightFSTA

Pour chacune des BDD utilisation optimisée Alertes Profils de recherche  veille récupération des références dans Endnote Bibliométrie fonction « Analyze » WOS

Plateforme Web of Knowledge Identification = pour utilisation optimale des BDD

Plateforme Web of Knowledge Bascule vers les différentes bases hébergées

CAB Abstracts spécialisée en agriculture au sens large Pensez à préciser la période sur laquelle vous souhaitez faire la recherche (sinon, retour à la page Welcome)

CAB Abstracts (2)

CAB Abstracts (3) Impression ou import vers Endnote Output Records : - sélectionner les références en vue de l’import vers Endnote ou impression en cochant manuellement / en précisant les n° de références X to Y -choisir le type d’informations à exporter (bibliographic, bibliographic + abstract Full record)

CAB Abstracts (4) problème pour l’importation automatique vers Endnote Save to File : - Field tagged (plain texte) -continuer > enregistrer sur le disque (Bureau par défaut) > savedrecs.txt Dans Endnote - File > Import > - Sélectionner le fichier savedrecs.txt - Import options > Cab WOK sauvegarde des références dans un « panier » pour une sélection de références au niveau de chaque page (1-10), une utilisation ultérieure et/ou une exportation personnalisée (choix des champs)

CAB – Current Contents – WOS Sauvegarde d’un profil et création d’une alerte Fréquence + grande pour Current Contents et WOS

CAB – Current Contents – WOS les alertes dans messagerie Alert type: Biblio Alert type: Notify only

CAB – Current Contents – WOS appel d’un profil sauvegardé

Current Contents base multidisciplinaire

Current Contents (2)

FSTA (food science and technology abstracts) base spécialisée en agro-alimentaire

Web of Science (1) base multidisciplinaire

Recherche traditionnelle 1995 Recherche de référence citée 1995 Article 1982 Article 1950 Article 1993 Article 1982 Article 1950 Article 1993 Article 2002 Article 1999 Related articlesCited by Article 2002 Article 1996 Originalités du Web of Science (2)

Sauvegarde des historiques de recherche Création d ’alerte résultats correspondant à vos critères de recherche Importation des références (téléchargement) liens direct vers logiciels bibliographiques sauvegarde des alertes Web of Science (3) des fonctionnalités classiques …

Web of Science (4) une vue rapide sur les résultats Fonction Analyze Présentation des résultats sous forme d’histogrammes de fréquence par - pays - institution - journaux - année - pays  collaborations à envisager, post-docs - institution  collaborations, post-docs, - journaux  stratégie de publications

Web of Science (5) une vue rapide sur les résultats

Web of Science (6) une vue rapide sur les résultats

Web of Science (7) une recherche par citations Impact d’un travail, d’un article à partir des références citées en fin des articles publiés dans le WOS Erreur probable de pagination Liens vers la référence du WOS si l’année est supérieure à 1992 (abonnement INRA) et si la référence est citée correctement Le nombre de citations n’est pas limité à la partie accessible du WOS (1992  )

Pour faire de la bibliométrie Impact d’une article (nombre de fois où il a été cité) Suivi d’une idée (données sur 30 ans)  Production d’indicateurs pour les différents établissements LOLF, OST, classement de shanghaï, … Web of Science (8) un outil de référence

Pour le calcul de l’Impact Factor nb de citations ( ) dans articles publiés en 2002 IF 2002 = nb articles publiés en Web of Science (9) un outil de référence

Journal of the Citation Report JCR d’après MH Magri, 2005, rencontres des professionnels de l’IST

Journal of the Citation Report JCR

Représentation en box-plot

Journal of the Citation Report JCR Subject category : Agronomy 29ème / 53 titres

Quelques bases de données bibliographiques gratuites

Autres ressources documentaires Catalogue de bibliothèques du campus 4 bibliothèques (bibagro / Bartoli) DORIS SUDOC (système universitaire de documentation) thèses, périodiques, fonds documentaires BU SUDOC Catalogues de fournisseurs d’articles (INIST – CNRS) Ingenta Connect

Autres ressources documentaires Bases de données gratuites Bases de données bibliographiques Pubmed : catalogue de National Library of Medicine AGRICOLA : catalogue de National Agricultural Library VITIS-VEA : base spécialisée en viticulture oenologie AGRIS : base spécialisée en agriculture / technologie (FAO) ConnectSciences : accès aux 3 derniers mois de données en Sciences, Technologie et Médecine (PASCAL) et aux 12 derniers mois de données en Sciences Humaines et sociales (FRANCIS) : inscription préalable mais gratuite DADI : répertoire des bases gratuites disponibles sur Internet Bases de publications institutionnelles : INRA : base PubINRA IRD : base Plein-texte dont documents en pdf CIRAD : base Agritrop CEMAGREF : Archives de la FAO : documents en texte intégral

Autres ressources documentaires Recherche fédérée Bibliothèque Ouverte interroge 42 catalogues de bibliothèques d’Agropolis OAIster interroge 549 archives ouvertes (6 millions de documents en texte intégral) Google Scholar moteur de recherche spécialisé dans les articles et productions académiques Scirus moteur de recherche spécialisé en information scientifique (journaux, archives ouvertes, brevets, …) Crossref search moteur permettant la recherche en texte intégral dans les journaux publiés par 45 éditeurs scientifiques (6.5 millions de documents) Portail SUDOC interroge plusieurs bases de données: catalogue SUDOC + archives ouvertes + ressources éditeurs (en cours)

Récapitulatif Importation des références dans Endnote Tableau récapitulatif sur le site Documentation INRA AGRO.M