Expertise : la recherche d’informations et de documents ECOLE NATIONALE VETERINAIRE T O U L O U S E Expertise : la recherche d’informations et de documents PL Toutain UMR 181 Physiopathologie et Toxicologie Expérimentales INRA/ENVT Toulouse, le 28 septembre 2010

Qu’est-ce qu’un expert au sens de la norme AFNOR, « personne dont la compétence, l'indépendance et la probité lui valent d'être formellement reconnue apte à effectuer des travaux d'expertise ». la compétence intègre des savoirs au sens large: savoir (connaissance) savoir-faire (expérience) savoir-être (dimension éthique)

Les 3 valences à réunir pour être un expert Des connaissances validées: Données issues de la recherche et leurs niveaux de preuve Dogmatique Prise en compte de l’intérêt du bénéficiaire (patient, institution, société…) Valeurs, éthique, conflit d’intérêt… De l’expérience du domaine expert cynique Empirique

Objectifs de la présentation Identifier les différents types de sources documentaires et d’informations : sources originales et sources secondaires Connaître les bases, plateformes et portails documentaires Savoir utiliser les outils de recherche documentaire (moteur de recherche pour l’exploration des bases) Dresser une liste de références correctement présentée et indexée Se tenir informé par les flux RSS

Comment se maintenir informé, Comment gérer le flot des informations L’expert clinicien ne peut pas suivre de façon prospective toute la littérature primaire pertinente de son domaine. Il devra, pour l’essentiel, faire appel de façon rétrospective à des outils documentaires adaptés à son budget « temps »

Le vocabulaire normalisé en documentation

Masse de l’information biomédicale Plusieurs centaines de milliers d’articles originaux publiés chaque année, dans plusieurs milliers de revues scientifiques et médicales, publiant de quelques dizaines à quelques milliers de pages

Une première idée : consulter les périodiques scientifiques

Combien de journaux «vétérinaires»?

Articles publiés dans l’ «American Journal of Physiology » en 2008:

Impossibilité de suivre sa bibliographie en feuilletant les revues et nécessité d’avoir recours à des bases de données et des outils (moteurs de recherche) pour les explorer

Base de données (database) définition européenne Une base de données est « un recueil d'œuvres, de données ou d'autres éléments indépendants, disposés de manière systématique ou méthodique, et individuellement accessibles par des moyens électroniques ou par tout autre moyen » (Art. L.112-3 al.2 du code de la propriété intellectuelle)

Pour s’y retrouver dans les bases de données

Les bases de données utiles pour la médecine vétérinaires

Les bases de données médicales

Les bases de données juridiques

Un premier exemple de recherche dans une base de données (Medline) avec PubMed comme outil de recherche

Nombre total de références dans PubMed avec « horse » comme mots clés Beaucoup de ces références ne concernent pas directement le cheval comme animal

Nombre de références dans PubMed de «2008» à aujourd’hui avec «horse» comme mots clés

Nombre de références dans PubMed de «2008» à aujourd’hui avec «horse» comme mots clés et publiées dans l’ «American Journal of Veterinary Research»

Nombre de références dans PubMed de « 2008 » à aujourd’hui avec « horse » comme mot-clé et publiées dans l’ « American Journal of Veterinary Research » avec le mot « dexamethasone » dans le texte

Recherche dans les bases Nécessité de poser les questions de façon appropriée pour ne pas être noyé par le nombre de références et savoir utiliser les filtres

Comment utiliser PubMed

Types de sources documentaires

Types de sources documentaires Sources primaires (originales) Produites par les auteurs d’un travail de recherche Sources  secondaires  Type  Vulgarisation  d’informations originales Souvent synthèse et simplification, en fonction du lectorat visé (public large, étudiants, découverte du sujet…) Type Méta-analyses et revues systématiques Visant les professionnels , focalisées, informations opérationnelles

Sources secondaires de vulgarisation

Sources secondaires (vulgarisation) Articles de formation continue professionnelle Périodiques spécialisés en formation continue Compendium on Continuing Education for the Practicing Veterinarian https://secure.vetlearn.com/pvsearch.cfm Veterinary Clinics of North America http://www.us.elsevierhealth.com/product.jsp?isbn=01955616 Encyclopédie médico-chirurgicale (EMC) vétérinaire http://www.elsevier.fr/html/dettraiteF.cfm?code=FVET

Sources secondaires: Wikipedia Informations différentes selon les langues; non validées

Les ressources « sœurs » de Wikipedia

Le site web d'IVIS propose une large collection d'articles, de comptes rendus, de comptes rendus de conférences (proceedings) et de documents interactifs, ressources particulièrement précieuses pour des étudiants. La newsletter d'IVIS informe nos membres des nouveaux documents publiés sur le site (cliquez ici). Tous les mois nous publions de nouveaux chapitres dans notre bibliothèque qui embrassent une large variété de disciplines et d'espèces (voir " Recent Additions"). Nos publications les plus récentes concernent : - la médecine clinique aviaire - la dermatologie des petits animaux - l'anesthésie et l'analgésie des animaux de compagnie - les maladies des chèvres et - Maladies respiratoires equines Voici nos comptes rendus de conférence les plus récents, disponibles dans la section "Proceedings" : American Association of Equine Practitioners - AAEP American College of Veterinary Pathologists - ACVP American Academy of Veterinary Pharmacology and Therapeutics - AAVPT NAVC - North American Veterinary Conference Italian Association of Equine Veterinarians - SIVE World Buiatrics Congress - WBC Geneva Congress on Equine Surgery and Medicine World Equine Airways Symposium - WEAS European Society of Veterinary Orthopaedics and Traumatology - ESVOT European Association of Veterinary Diagnostic Imaging - EAVDI Canine Cancer Conference: Genes, Dogs, and Cancer Congress of the Italian Association of Companion Animal Veterinarians - SCIVAC WSAVA - World Small Animal Veterinary Association Annual Congress International Congress on Yak et beaucoup d'autres : cliquez ici pour voir la liste complète. Les autres domaines de la bibliothèque d'IVIS recouvrent l'anesthésiologie, la reproduction, la chirurgie, la parasitologie, les maladies infectieuses, l'immunologie, la neurologie, et la la gastroentérologie.

Moodle

Sources secondaires: les cours en ligne de l’ENVT

Sources secondaires: les cours en ligne de l’ENVT

Enseignements et documents relatifs à la documentation et à la communication scientifiques et médicales, depuis l'initiation (A1) jusqu'à l'approfondissement (Internat)

Enseignements et documents relatifs à la documentation et à la communication scientifiques et médicales, depuis l'initiation (A1) jusqu'à l'approfondissement (Internat)

Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

Les archives ouvertes de Toulouse

Les archives ouvertes de Toulouse

Les archives ouvertes Les références de l’Ecole le 22/09/2010 n=941

Flux RSS

Les thèses vétérinaires sont en libre accès (OATAO pour Toulouse)

Sources secondaires: la presse professionnelle Hebdomadaire d’informations professionnelles vivant à plus de 90% des annonceurs Publicités Publicité rédactionnelle Un site internet associé : Planetevet http://www.planete-vet.com/ (accès restreint)

Sources secondaires de méta-analyses

Sélection de ressources pour l’EBM

Revues méthodiques & méta-analyses Essai 1 Essai 2 Méta-analyse Revue systématique Essai 3 Méta-analyses et revues méthodiques sont réalisées par des spécialistes de ce type de travail et selon une méthodologie formalisée La méta-analyse peut faire appel à des outils statistiques capables de créer de la nouvelle information à partir des documents primaires (ex: rendre significatif des résultats qui individuellement ne l’étaient pas) Essai 4

La bibliothèque Cochrane

La bibliothèque Cochrane La Cochrane Library a pour objectif d'assurer la dissémination des résultats des essais cliniques et des méta-analyses par la création d'une base de données évaluant les interventions médicales, préventives et thérapeutiques ainsi que les performances des tests diagnostiques.

La bibliothèque Cochrane

Caractéristiques de la bibliothèque Cochrane Pertinente sur le plan clinique Indépendante Actualisée Systématique Revues systématiques et méta-analyse

La collaboration Cochrane Préparer, tenir à jour, et diffuser les revues systématiques sur l'efficacité des thérapeutiques et des stratégies thérapeutiques

La collaboration Cochrane

L’exploration des bases de données

Les ressources du NCBI

Les outils d’exploration des bases de données accessibles gratuitement PubMed Google scholar Scirus Agricola

Interface utilisée pour interroger la base Medline PubMed Interface utilisée pour interroger la base Medline

PubMed: une vue générale

PubMed: le tutoriel

Limiter la recherche Les filtres permettent de limiter la recherche de documents sur certains critères comme les essais cliniques ne portant que sur l’homme ou au contraire des essais portant sur l’animal; pour l’homme on peut sortir les essais portant spécifiquement sur une tranche d’âge, sur des essais publiés entre deux dates etc. Pour appliquer ces limites, cliquez sur LIMITS

PubMed: les filtres

Pubmed: question sur un thème horse AND lameness

Pubmed: question pour un auteur Toutain PL AND antibiotics

Pubmed: question Quelles sont les publications de Cat (un auteur) sur les antibiotiques? Cat [AU] AND antibiotics

Je cherche un auteur dont le nom commence par Tout… et qui publie en pharmacologie: utilisation du Wildcard *

Je cherche un auteur dont le nom commence par Tout… et qui publie à Toulouse

PubMed: S’abonner à un flux RSS pour recevoir sur ma boite mail en temps réel les articles de PL Toutain sur les antibiotiques

PubMed: Abonnement à un flux RSS

Les autres bases de données gérées par PubMed

Les autres bases de données gérées par PubMed: les livres

Les autres bases de données gérées par PubMed: les substances chimiques

PubMed :systematic review

Google: recherche avancée

Google: question horse AND laminitis AND corticosteroids

Comment « préparer » une conférence Powerpoint sur le dopage du cheval en quelques minutes

Comment « préparer » une conférence Powerpoint sur le dopage du cheval en quelques minutes

Google: question & filtre PDF horse AND laminitis AND corticosteroids

Google: question & filtre PDF horse AND laminitis AND corticosteroids

Les outils Google Conseil: Installer la barre d’outil et visiter « à propos de Google » pour découvrir toutes les bases spécialisées dont « Google Scholar »

Google Scholar

Google Scholar: Martineau + Pig

Google Scholar: recherche avancée

Google Scholar: question horse AND laminitis AND corticosteroids & au moins triamcinolone acetonide

Scirus

HighWire

Agricola

Les bases et outils payants

Le Web Of Knowledge

Les bases de données de L’ISI Web Of Knowledge

Web Of Knowledge: question horse AND laminitis AND corticosteroids

Web Of Knowledge: les bases de données

Web Of Knowledge horse AND laminitis AND corticosteroids

Web Of Knowledge horse AND 31076 (code postal ENVT)

Web Of Knowledge horse AND 31076 (code postal ENVT)

Web Of Knowledge que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009 code postal:94700 Exclusion des articles de l’Afssa qui partage le même code postal

Web Of Knowledge que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009 Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009? et dans quels champs disciplinaires?

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009 Quels nombre de citations? Quels nombre d’autocitations? Quel H index?

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009 Les publications les plus citées

Science Direct

Comment se procurer un article original Quelques revues disponibles gratuitement sur Internet; Souvent 6-12 mois après parution Sites de journaux accessibles gratuitement http://www.freemedicaljournals.com/ http://www.gfmer.ch/Medical_journals/Free_medical.php http://www.medical-journals.com/ http://highwire.stanford.edu/lists/freeart.dtl Ecrire à l’auteur et demander un tiré à part (adresse internet donnée) Acheter l’article (INIST)

Inist

Biomedexperts

Network pour PL Toutain

Network pour Horse

Find an expert

Trouver un expert pour la triamcinolone acetonide key words: chemical & drugs

Trouver un expert pour la triamcinolone acetonide

Trouver un expert pour la triamcinolone & triamcinolone acetonide

Biomedexpert possibilité d’y tenir à jour son CV

Préparer une liste de références Doit comprendre : toutes les sources qui ont été utilisées seulement les sources qui ont été utilisées, c’est-à-dire appelées dans le texte Doit utiliser exclusivement des sources validées Doit être vérifiée avec les publications complètes (jamais à partir d’une autre liste de références, ni d’une base de données et/ou de résumés) Doit donner toutes les indications qui permettent de retrouver la source Doit être ordonnée selon les recommandations de la publication à laquelle elle est destinée

Préparer une liste de références On ne saisit plus ses références (ce qui limite considérablement les erreurs) : on les récupère dans les bases et on les formate au style voulu avec un logiciel type EndNote

Votre recherche documentaire La réponse aux questions fera appel à des sources documentaires de nature scientifique, réglementaire, à des sources grises, ... ainsi qu’à des jugements d’expert

Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire

Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire Le contexte: Les corticostéroïdes sont classiquement recommandés par voie intra-articulaire (IA) pour le traitement de l’arthrose ostéo-aticulaire (AOA) chez le cheval L’histoire: Un confrère traite depuis 3 mois un trotteur atteint d’AOA en administrant dans l’articulation fémorotibiale une dose de 100 mg de methylprédnisolone acetate (MPA) (Dépomedrol®) tous les 15 jours soit 6 administrations au total ; Le cheval est mis au repos pendant le premier mois du traitement puis reprend l’entraînement ; A la fin du traitement c’est-à-dire après la dernière administration, le confrère rédige une dernière ordonnance sur laquelle il précise que le temps de détection donné récemment par la Fédération Equestre Internationale (FEI) est de 14 jours pour la dose utilisée de MPA;

La liste des temps de détection de la FEI

Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire Le trotteur participe et gagne 16 jours après la dernière administration de MPA une course en France où il est contrôlé positif; il est condamné, déclassé et doit payer une amende de x € ; de plus il se remet à boiter de façon plus accentuée qu’avant le début du traitement. L’entraîneur se retourne contre son vétérinaire arguant du fait qu’il a bien observé le délai indiqué par le vétérinaire et qu’il a été néanmoins contrôlé positif. De plus il conteste le bien fondé du traitement rendant ce dernier responsable de la dégradation de l’état locomoteur de son cheval. Vous êtes nommé expert dans cette affaire par l’assureur de l’entraîneur.

Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire L’assureur de l’entraîneur veut prouver qu’il y a eu une série d’erreurs professionnelles de la part du vétérinaire traitant; il vous demande de donner votre avis sur les points suivants: Les corticostéroïdes ont-ils prouvé leur efficacité dans le traitement des AOA chez le cheval dans le cadre d’essais cliniques contrôlés de terrain? Parmi les corticoïdes utilisables chez le cheval, la MPA était-elle le bon choix, notamment par rapport à la triamcinolone acétonide qui est réputée mieux tolérée par l’articulation du cheval? Était-il possible d’utiliser la triamcinolone acétonide qui n’a pas d’AMM en France pour le cheval alors que le Dépomédrol en a une? En cas de réponse positive à la question précédente, eût-il plus conforme à la réglementation de prescrire du Canitédarol®, une spécialité vétérinaire contenant de la triamcinolone (sous forme de diacétate) et qui a une AMM IA pour chien et chat plutôt que la spécialité humaine de triamcinolone acétonide (Kénacort®) ?

Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire Y avait-il un risque de déclencher une fourbure en administrant 12 mg de triamcinolone acétonide dans une articulation chez le cheval tous les 15 jours pendant 3 mois? Le délai d’attente de 14 jours indiqué par le prescripteur sur son ordonnance était-il approprié? Si non, quel aurait dû être ce délai? Pour des questions d’efficacité du traitement, devait-on continuer d’entraîner le cheval ou eût-il été plus judicieux de le laisser au repos? Pouvait-on continuer d’entraîner ce cheval au regard du code des courses alors qu’il était traité par des corticoïdes? Qu’aurait pu faire le prescripteur pour s’assurer que le cheval serait négatif à un contrôle antidopage?

II: Les simulations par la méthode de Monte Carlo pour l’aide à la décision

Un exemple d’application de la méthode de Monte Carlo : Evaluation de l’efficacité des corticostéroïde en IA chez le cheval

Evaluation des CS en IA chez le cheval Question posée aux experts: Quelle est votre opinion de professionnel sur l’efficacité des CS administrés par voie IA chez le cheval

Evaluation des CS en IA chez le cheval : la démarche globale Sélection des arguments forgeant l’opinion des experts Définition d’un modèle pour pondérer les arguments Proposition par les experts de paramètres pour résoudre le modèle Simulations de MC du modèle avec les paramètres donnés par les experts. Analyse de sensibilité pour identifier les arguments les plus influents dans la construction de l’opinion.

Expérience personnelle Données de la littérature Evaluation des CS en IA chez le cheval: Sélection des arguments forgeant l’opinion des experts Expérience personnelle Données de la littérature Données des firmes pharmaceutiques Opinion des confrères avec lesquels vous en avez discuté

La construction d’un modèle d’opinion On va dire que ce modèle a été validé par les nombreuses recherches menées par GPM sur la construction d’un jugement d’expert; le fait que F3 soit multiplié par F4 traduit le fait que l’opinion de vos confrères est largement influencée par l’industrie pharmaceutique et qu’il y a un lien entre les 2 notes; pour le reste le modèle est additif. On remarquera que F1 est élevé au carré Preuve: plus la note est élevée, plus haut est le niveau de preuve (maximum:38.45) F1: note de certitude 0 à 5 pour votre expérience professionnelle F2: note de 0 à 4 pour la qualité des données de la littérature F3:note de 0 à 3 pour prendre en compte l’opinion de vos confrères F4: note de 0 à 6 pour la qualité des informations données par les firmes pharmaceutiques

Résolution du modèle pour calculer le niveau de certitude des experts Avec des valeurs ponctuelles (moyennes, médiane,…) En considérant l’étendue des valeurs Typiquement pour obtenir 2 scenarii extrêmes (le pire et le meilleur ) Par la méthode de simulation de Monte Carlo Fondé sur des probabilité de distribution Donne la distribution des probabilités du résultat

Solutions données par le modèle: Approche déterministe avec des valeurs ponctuelles (moyennes, valeurs extrêmes….) 3 3 4 2 x 6 3 16 1.2599 25.779 3.77968

Fondé sur des probabilité de distribution Solutions données par le modèle par la méthode de simulation de Monte Carlo Fondé sur des probabilité de distribution Donne la distribution des probabilités du résultat

Qu’est ce qu’une simulation par la méthode de Monte Carlo (MCs) On appelle méthode de simulation de Monte-Carlo toute méthode visant à calculer une valeur numérique, et utilisant des procédés aléatoires, c'est-à-dire des techniques probabilistes Elle permet d’avoir une approche stochastique (statistique) du risque dans une décision (toxicologique ou autre)

Qu’est ce qu’une simulation par la méthode de Monte Carlo (MCs) Modèle Déterministe Modèle stochastique En ne considérant que des valeurs ponctuelles (moyennes) du volume applicable et de la concentration Donne une valeur possible En prenant en compte les distributions du volume applicable et de la concentration (donc de la variance des paramètres & les covariances entre paramètres) Donne la distribution des valeurs probables

Simulation de Monte Carlo: principe général Modèle: X=F1*F2 PDF de F1 Génération aléatoire de valeurs pour F1 et F2 à partir de leur densité de probabilité (PDF) PDF de F2 Obtention d’un grand nombre de valeurs de X PDF du résultat Représentation graphique de la densité de probabilité (PDF) des résultats

Solutions données par le modèle par la méthode de simulation de Monte Carlo Reprendre le modèle explicitant les différents facteurs-clés impliqués dans la construction de l’opinion Demander aux experts de donner les valeurs numériques (ponctuelles, distributions) correspondant facteur du modèle Simuler de façon répétitive le modèle à chaque simulation un tirage aléatoire des valeurs des paramètres est effectué dans la distribution qui a été sélectionnée obtention d’autant de valeurs possibles qui collectivement donnent la distribution des valeurs probables

Les paramètres du modèle selon les opinions des experts: Expert 1

Opinions des experts n 1 2 Experts distributions F1 normale 4 avec un CV=20% Vous êtes presque sûr de vous 5 vous êtes totalement sûr de vous F2 uniforme 0-4 Vous n’avez pas d’opinion sur la qualité des données de la littérature 1-3 Vous n’avez pas d’opinion précise sur la qualité des données de la littérature mais vous êtes sûr que ce n’est ni nul ni totalement sûr F3 triangulaire 0-3 avec max à 2 Vous ne savez pas de façon précise la valeur de l’opinion de vos confrères mais la valeur la plus probable est de 2 0-2 avec un max à 0.5 Vous ne savez pas de façon précise la valeur de l’opinion de vos confrères mais la valeur la plus probable est de 0.5 avec un max à 2 F4 Uniforme 2-5 Vous ne savez pas ce qu’est la valeur de cette info mais elle n’est ni totale ni nulle 0-0.2 vous êtes quasiment sûr de la non valeur de cette info

An add-in design to help Excel spreadsheet modelers perform Monte Carlo simulations Others features Search optimal solution (e.g. dose) by finding the best combination of decision variables for the best possible results

Distribution des expositions prédites par simulation de Monte Carlo Percentile 95% de la population VRT Facteur de sécurité Distribution des opinions

Comparaison des résultats selon l’approche Niveau de la preuve Experts Estimateur ponctuel Quantile 95% Le pire des cas 1 2 n

Résultats de l’expertise collective En violet, le résultat du groupe

Analyse de sensibilité Analyse la contribution des différentes variables pour leur contribution finale à l’opinion Peut suggérer des priorités en matière de recherche de preuves

Analyse de sensibilité Facteur 1 Facteur 2 Facteur 3 & 4

Méthode de Monte Carlo: avantages Oblige les experts à expliciter leur « expertise » et à combler des lacunes Construction du modèle Valeurs de départ Facilite l’expertise collective Toutes les opinions seront prises en compte (évite les querelles d’ego) Permet d’explorer les scénarios de gestion Que se passe-t-il si ???

Un autre exemple d’analyse de Monte Carlo pour vous entraîner Question: êtes-vous un meilleur conducteur d’automobile que les autres français??? Réponse jaculatoire : oui Réponse résultant d’une expertise collective Formalisation de la question Moi les autres ???

The one thing that unites all human beings, regardless of age, gender, religion, economic status or ethnic background, is that, deep down inside, we ALL believe that we are above average drivers. -Dave Barry