MORPHOMETRIE ET QUANTIMETRIE Poitiers 20/05/2005 MORPHOMETRIE ET QUANTIMETRIE Dr Emile BERE Ingénieur au SIMIS Service Interdisciplinaire de Microscopie et d ’Imagerie Scientifique Faculté des Sciences Fondamentales et Appliquées Université de Poitiers Faculté de Médecine et de Pharmacie

Quantimétrie/Mesures Chaîne Préparation / acquisition / Morphométrie / Quantimétrie Microscope électronique avec interface numérique Microscope optique couplé à une caméra numérique ou appareil photo numérique avec sortie sur des plans films ou appareil photo classique (diapositives) Numérisation Scanner ACQUISITION Image niveaux de gris ou couleur Morphométrie/traitement Amélioration de l ’image, segmentation, filtrage, binarisation, …. Quantimétrie/Mesures nombre, longueur, largeur, diamètre, rayon, périmètre, surface, angle, Densité optique, …... Exportation des résultats MORPHOMÉTRIE/QUANTIMÉTRIE Logiciels d ’analyse d ’images P r é p a t i o n c h m q u e Image numérique Choix du format d ’enregistrement (.TIFF) Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

Notion de Profil Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers Acquisition d’une image Notion de Profil Notions d ’Histogramme Segmentation Manuelle Segmentation automatique Notion de Profil Echelle de codage de niveaux de gris : 0 à 255 0 = noir 255 = Blanc Les rayures blanches situées très haut sur l ’échelle de codage Valeur = 250 Les rayures noires situées en bas Valeur = 50 Exemple du zèbre Pour une image en couleur, il existe aussi le profil de couleur basé en général sur l ’échelle de codage RVB (Rouge, Vert, Bleu) Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

Dans le cas du zèbre, nous avons l ’histogramme suivant : Acquisition d’une image Notions de Profil Notions d ’Histogramme Segmentation Manuelle Segmentation automatique Notion d ’Histogramme Histogramme = Courbe de répartition de fréquences de niveaux de gris ou de couleur en fonction de l ’échelle de codage. Dans le cas du zèbre, nous avons l ’histogramme suivant : Dans le cas d ’une image en couleur on obtient 3 profils : 1R, 1V et 1R. Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

La segmentation peut être manuelle ou automatique. Acquisition d’une image Notions de Profil Notions d ’Histogramme Segmentation Manuelle Segmentation automatique Segmentation Segmenter = isoler dans l ’image, les zones d’intérêt = séparer les objets d ’intérêt du fond. La segmentation peut être manuelle ou automatique. Segmentation manuelle automatique Seuillage manuel ou interactif Seuillage automatique Filtre passe haut Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

Segmentation Manuelle Acquisition d’une image Notions de Profil Notions d ’Histogramme Segmentation Manuelle Segmentation automatique Segmentation Manuelle Avant de segmenter, il faut procéder à un seuillage : choisir les limites de niveaux entre lesquels les pixels devront être pris en compte. Codée à 0 ou 1 1 pour les parties de l ’image sélectionnées (colorées en blanc ou en rouge selon les logiciels) 0 pour le reste de l ’image (coloré en noir) Techniques de seuillage : Seuillage simple Seuillage par borne inférieure et supérieure Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers Acquisition d’une image Notions de Profil Notions d ’Histogramme Segmentation Manuelle Segmentation automatique Cas de trois objets : Noir, gris foncé, gris clair. Seuillage simple : le seuil S3 permet de ne garder que l ’image de gauche Seuillage par borne inférieure et supérieure : le seuil compris entre S1 et S2 permet de garder l ’objet de droite. Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

Coupe histologique d ’épithélium Acquisition d’une image Notions de Profil Notions d ’Histogramme Segmentation Manuelle Segmentation automatique Exemple de seuillage manuel Histogramme Coupe histologique d ’épithélium œsophagien Seuillage à 180 Image binaire Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

Segmentation automatique manuelle Seuillage manuel ou interactif Seuillage automatique Filtre passe haut Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

Segmentation automatique Acquisition d’une image Notions de Profil Notions d ’Histogramme Segmentation Manuelle Segmentation automatique Segmentation automatique Seuillage automatique : valeur de seuil obtenue de manière automatique Exemple de grains posés sur un fond noir Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers

Filtres passe haut Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers Acquisition d’une image Notions de Profil Notions d ’Histogramme Segmentation Manuelle Segmentation automatique Filtres passe haut Morphométrie et Quantimétrie Université de Poitiers