SEQUENCAGE DES GENOMES DE Cenibacterium arsenoxidans (IA) ET Thiomonas spp. (KB) Vecteur Site de clonage Taille de l’insert IA0AAA KB0AAA/D pNAV (dérivé du pcdna2.1) BstXI 3kb IA0AAB KB0AAB pCNS (dérivé du pSU18) 10kb IA0AAC KB0AAC pBBc pBeloBac11 BamH1 HindIII 25kb SEQUENCAGE DES DEUX EXTREMITES DE CHAQUE CLONE TRANSFERT DES DONNEES DANS LE PROJET

TRAITEMENTS DES SEQUENCES Comparaison des séquences contre une banque d’ADN ribosomique (RI>80 & RL>100) Comparaison des séquences contre une banque d’IS (RI>80 & RL>100) LISTES DE SEQUENCES A ELIMINER DE L’ASSEMBLAGE ASSEMBLAGE SANS CES SEQUENCES RECHERCHE DE SEQUENCES REPETEES PAR NOSFERATU Constitution d’une banque de séquences répétées de plus de 500pb Comparaison des séquences contre cette banque de répétés (RI>80 & RL>100) LISTE DE SEQUENCES A ELIMINER DE L’ASSEMBLAGE

ASSEMBLAGE SANS LES SEQUENCES RIBO/IS/REPEATS CONSTRUCTION DE LA MOLECULE SANS LES SEQUENCES RIBO/IS/REPEATS RAPATRIEMENT DES SEQUENCES DE MANIERE CIBLEE

1 5 3 2 4 ASSEMBLAGES INDIVIDUELS DES SEQUENCES RECUPEREES A B 1 5 3 2 4 CONCATENATION DES ASSEMBLAGES 1 6 7

Cenibacterium arsenoxidans RESULTATS projet banque valides total % taille utile Cenibacterium arsenoxidans AA 50404 53355 94,5 965,4 761,5 AB 14740 16704 88,2 1002,4 785,4 AC 7393 7680 96,3 840,2 737,5 projet banque valides total % taille utile Thiomonas spp. AA 582 768 75,8 821,8 457,9 AB 14766 16128 91,6 1378,6 777,4 AC 6718 7680 87,5 1342,7 770,1 AD 44577 51846 86,0 1353,0 817,7

Résultats Assemblages Premier Assemblage (sans Ribo/IS/Repeats) Après récupération des séquences Cenibacterium arsenoxidans 6 SC /40 contigs 5SC/38 contigs Thiomonas spp. 14 SC/234 contigs 14 SC/73 contigs Template mean min S.D. miN mean max S.D. max IL IL% TL IA0AAA 3015.275 125.059 3180.148 187.033 50305 99.736 50438 IA0AAB 11473.256 1088.756 11604.289 1101.347 15371 99.844 15395 IA0AAC 21181.005 5256.342 21268.05 5258.612 6522 97.957 6658 Template mean min S.D. min mean max S.D. max IL IL% TL KB0AAA 2834.088 400.333 3231.907 471.299 364 92.386 394 KB0AAB 10142.707 899.045 10635.421 941.943 8496 82.710 10272 KB0AAC 22267.266 4514.820 22688.174 4509.661 218 52.278 417 KB0AAD 3392.329 242.237 3741.231 269.607 32418 97.539 33236

Nb réactions seq finishing Cenibacterium arsenoxidans (IA) BILAN DE FIN DE PROJET Nom projet Nb de seq production Taille estimée (Mb) Date 1er ass Résultats 1er ass Nb Oligos commandes Nb PCRs Nb TN Nb réactions seq finishing Taille réelle (Mb) Couverture Date sortie Cenibacterium arsenoxidans (IA) 72537 5 1er avril 04 40 contigs 290 79 8 732 3,4 15X 13 dec 04