Les bases de données biologiques au LBBE Le système ACNUC Bases de données  généralistes  Bases de données développées au labo Accès aux bases de données Journées du laboratoire 1-2 Juin 2005 Simon Penel

Le système ACNUC Système de requête sur les séquences biologiques Développé au laboratoire (M. Gouy) Génération d’index à partir des annotations de séquences Permet de retrouver les séquences à partir de mot clefs, de la bibliographie, de la taxonomie, de la date, du type de séquence, du type de molécule Séquences « mères » et « filles » Permet d’extraire les séquences sous différents formats, de récupérer les annotations Accès ACNUC local : API en C Accès ACNUC à distance, mode client serveur (sockets) , API en C

Bases de données généralistes structurées sous ACNUC maintenues au laboratoire Mise à jour automatique: GenBank Séquences nucléiques - 2 milions de CDS (NCBI) EMBL Séquence nucléiques - 2 milions de CDS Uniprot (anciennement SwissProt + TrEMBL + PIR) - 2milions de protéines et aussi.... Ensembl Génomes complets métazoaires Genome Reviews Génomes complets bactériens (EBI) Complete Protéomes (EBI) HAMAP Génomes microbiens(SIB)

Bases de données de familles de gènes développées au labo et/ou en collaboration protéines ET/OU séquences nucléiques Familles de gènes/protéines Alignement Arbre phylogénétique (avec évènement de spéciation et duplication) Applications: Evolution moléculaire Prédiction de fonction de gène Phylogénie des espèces Cartographie comparée Génétique des populations Utilisation des ressources du centre de calcul de l’IN2P3 (P. Calvat) parallèlisation des calculs (BLAST, CLUSTALW) : gain 20 x à 50 x

Bases de données de familles de gènes générales Familles de gènes homologues Hobacgen Bactéries & levures (G. Perrière) Hogenom Hovergen Vertébrés 250 000 séquences (L. Duret) HoGenom Génomes complets 650 000 séquences (L. Duret, S. Penel) Projet Européen Temblor/Integr8 (EBI) Homolens Génomes complets de Ensembl 250 000 séquences

Bases de données plus spécialisées Collaborations au sein du LBBE ou avec labos extérieurs Hoppsigen A. Khelifi (LBBE) Familles de retroélements, retropseudogènes RTKdb J. Grassot (LBBE/ Centre de Génétique Moléculaire et Cellulaire) Familles de Récepteurs Tyrosine Kinase Nurebase (LBBE/ENS-Lyon) Familles de Récepteurs Nucléaires Polymorphix E. Bazin ( Laboratoire « Génome Populations Interactions Adaptation ») Familles de séquences polymorphes TaxoBacGen G. Devulder (LBBE) Taxonomie des génomes bactériens EMGLib G.Perrière (LBBE) Génomes bactéries et levures, annotations corrigées GemCore V. Navratil, (LBBE, INRA) SNiPs, cartographie comparée Futur : Familles de gènes homologues de plantes Fusion Hogenom + Homolens Hovergen: Vertébrés  Métazoaires ( x 2) Tout Uniprot ( 2 millions de séquences, x10)

Accès au banques query, query_win en local à partir de pbil, biomserv, pbil2 (M. Gouy) Requêtes sur les banques Visualisation, extraction de données query_win en mode client-serveur sur Mac et PC (S. Delmotte, M. Gouy) seqinR en mode client-serveur (D. Charif, S. Delmotte, J. Lobry) Serveur Web du PBIL (S. Penel, G. Perrière) Recherche avec BLAST FamFetch (banques de familles): application Java (G. Perrière) Recherche et visualisation des familles Recherche de motifs dans les arbres (J.F. Dufayard)

Accès au banques query, query_win à partir de pbil, biomserv, pbil2

Serveur Web du PBIL Accès au banques

Conclusions De nombreuses banques De nombreux outils Grosses capacités de calcul (IN2P3) Compétences en modélisation, conception, mise en place et maintenance des banques Favoriser l’utilisation des banques le développement de nouvelles banques associées à différentes thématiques au sein du laboratoire