UTILISER PUBMED http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed Auteur: Dr Clara BRICHANT-PETITJEAN Relecteur: Dr Pierre Alexis GEOFFROY

PUBMED   Fonctionnalités pour consulter la base de données MEDLINE produite par la National Library of Medicine (NLM) aux Etats-Unis. Références de plus de 21 millions d’articles scientifiques indexés par la NLM depuis 1947 et couvrant différents domaines, (particulièrement domaine biomédical et plus largement celui des sciences de la vie). Version électronique créée en 1966. Les références des articles parus entre 1947 et 1965 ont été indexés par la suite. Les articles parus entre 1947 et 1975 n’ont pas de résumé. 5000 périodiques sont analysés (90% en langue anglaise)

Résultats d’une recherche sur la page d’accueil

Fonctionnalités principales du site Recherche avancée (“Advanced”) “Show additional filters” pour filtrer les résultats de la recherche “Display settings” pour afficher les résultats de la recherche dans l’ordre de votre choix “Send to” pour récupérer les données

Recherche avancée (“Advanced”)

BUILDER Bien faire attention au(x) terme(s) utilisé(s) dans la barre de recherche qui peut correspondre à un champ précis renseigné dans la base de données (Author/Book/Date/Publisher/Journal/Full Text/Abstract/Title) Les opérateurs booléens : 1/ L’utilisation de l’opérateur « AND » permet de combiner des termes qui doivent obligatoirement entrer dans la référence des articles recherchés (intersection de plusieurs termes) Ex terme A seul : 20000 ref ; termes A AND B : 2000 ref et termes A AND B AND C : 200 ref 2/ L’utilisation de l’opérateur « OR » pour combiner deux termes permet d’obtenir les résultats que donnent la réunion de deux ou plusieurs termes : cette stratégie sert habituellement à associer des synonymes ou concepts liés entre eux. Ex (A OR B) AND C 3/ La recherche peut être restreinte en utilisant l’opérateur « NOT » qui exclut les résultats liés au terme qu’il introduit Ex « methadone intoxication » NOT « children »

HISTORY (Historique des recherches) Pour chaque recherche : Search n° Add to builder Query Items found (nombre de références) Time L’historique sera perdu après 8 heures d’inactivité Possibilité de sauver/enregistrer sur fichier (« download ») ou d’éliminer (« clear »)

“Show additional filters” pour filtrer les résultats de la recherche

Possibilité de sélectionner et d’afficher tous (ou une partie) des typologies de filtres proposés pour affiner la recherche Ces différentes thématiques de filtres = déjà paramétrées ou paramétrables Pour chacune des typologies affichées, vous choisissez le filtre souhaitez

Text availability (abstract/full text) PubMed Commons (reader comments) Publication dates (5, 10 ans…) Species (humans vs animaux) Language Sex Subjects (AIDS, cancer…) Journal categories (core clinical, dental, nursing journals…) Ages (par tranches d’âges)

“Display settings” pour afficher les résultats de la recherche dans l’ordre de votre choix

Format (Summary/Abstract) « Summary » = auteur +titre + source = intéressant si liste des résultats longue ; format par défaut, il donne les réf de l’article (auteurs, titre, journal source, date, type publi) + related articles + mention gratuité article sur Pubmed Central le cas échéant « Abstract » = « summary » + résumé + lien vers article en ligne Items per page (5-200) Sort by (Recently Added/Pub Date/First Author)

“Send to” pour récupérer les données

Choose destination: cliquer sur le menu déroulant et cocher votre choix : File = création d’un fichier; le nom par défaut est “pubmed-result.txt.” (5000 ref max) Clipboard = permet de réunir et sauvegarder pdt 8 heures les différents résultats Collections = permet d’enregistrer les réf dans le compte utilisateur “my NCBI” “my NCBI” : enregistrer son propre compte utilisateur; le créer avec password, équivalent dossier web qui permet de sauvegarder des recherches et des résultats, de recevoir des alertes par email et de choisir la périodicité d’envoi des nouvelles réf transmises automatiquement E-mail = permet d’envoyer la liste des references à une adresse e-mail Order

Pour s’enregistrer sur pubmed (et par la suite se créer des alertes sur un sujet)

PubMed Single Citation Matcher Dans PubMed Tools : “Single Citation Matcher” = outil qui permet de vérifier la référence complète d’un article recensé dans Pubmed, à partir de qques éléments biblio Ex. journal/date/volume/issue/first page/author name/title words

A droite : articles lies à la thématique de recherche

A droite : historique des recherches

De nombreux autres supports de cours ici: www.asso-aesp.fr