Réalisation d’un arbre phylogénique à partir d’un fragment de séquence obtenu par PCR. Et utilisation des logiciels Bioedit et MEGA4
Traduire la sequence nucléotidique en sequence protéique http://www.expasy.ch/
Blast disponible sur http://www.uniprot.org/
Resultat du blast: difficile a discerner quel virus ???? Nous sommes dans la famille des arenaviruses
Recuperation des données concernant toutes les NCAP des arenavirus
Introduction a Bioedit Bioedit est un logiciel très utile pour la gestion des alignements de sequences nucleotidiques ou proteiques… Prend en charge le format FASTA FASTA format (a.k.a. Pearson format) is a text-based format for representing either nucleotide sequences or peptide sequences, in which base pairs or amino acids are represented using single-letter codes. The format also allows for sequence names and comments to precede the sequences. The simplicity of FASTA format makes it easy to manipulate and parse sequences using text-processing tool
Interface graphique de Bioedit
Insertion d’une sequence dans Bioedit
Description de la fenêtre d’ajout de séquence
Choix du type de séquence
Choix d’une séquence eloignée
Alignement des séquences
Configuration de ClustalW
Résultat de l’alignement L’alignement a généré des gaps
Bioedit permet d’enlever les gaps
Sauvegarder l’alignement en format FASTA…
La creation d’arbres phylogeniques avec MEGA4 Probleme De Format… Ouvrir l’alignement sous forme FASTA
Le format Mega n’accepte pas les : les ; les = dans les titres de chaque sequence importée…
Une fois sous format meg, fermez l’editeur de texte
Retour sur la page principale du logiciel Ouvrir l’alignement sous forme Mega cette fois…
Clade B Clade C Clade A Old world Review Arenavirus genetic diversity and its biological implications Infect Genet Evol. 2009 Jul;9(4):417-29. Epub 2009 Mar 25.