Réalisation d’un arbre phylogénique à partir d’un fragment de séquence

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Transcription de la présentation:

Réalisation d’un arbre phylogénique à partir d’un fragment de séquence obtenu par PCR. Et utilisation des logiciels Bioedit et MEGA4

Traduire la sequence nucléotidique en sequence protéique http://www.expasy.ch/

Blast disponible sur http://www.uniprot.org/

Resultat du blast: difficile a discerner quel virus ???? Nous sommes dans la famille des arenaviruses

Recuperation des données concernant toutes les NCAP des arenavirus

Introduction a Bioedit Bioedit est un logiciel très utile pour la gestion des alignements de sequences nucleotidiques ou proteiques… Prend en charge le format FASTA FASTA format (a.k.a. Pearson format) is a text-based format for representing either nucleotide sequences or peptide sequences, in which base pairs or amino acids are represented using single-letter codes. The format also allows for sequence names and comments to precede the sequences. The simplicity of FASTA format makes it easy to manipulate and parse sequences using text-processing tool

Interface graphique de Bioedit

Insertion d’une sequence dans Bioedit

Description de la fenêtre d’ajout de séquence

Choix du type de séquence

Choix d’une séquence eloignée

Alignement des séquences

Configuration de ClustalW

Résultat de l’alignement L’alignement a généré des gaps

Bioedit permet d’enlever les gaps

Sauvegarder l’alignement en format FASTA…

La creation d’arbres phylogeniques avec MEGA4 Probleme De Format… Ouvrir l’alignement sous forme FASTA

Le format Mega n’accepte pas les : les ; les = dans les titres de chaque sequence importée…

Une fois sous format meg, fermez l’editeur de texte

Retour sur la page principale du logiciel Ouvrir l’alignement sous forme Mega cette fois…

Clade B Clade C Clade A Old world Review Arenavirus genetic diversity and its biological implications Infect Genet Evol. 2009 Jul;9(4):417-29. Epub 2009 Mar 25.