L’exemple du « run Auto SEQ-15 18 » correspond au séquençage d’un génome bactérien (environ 4Mb) sur une puce 316 (100Mb) et va servir de base à une présentation détaillé des différents composants d’un « Report ».

- Library Summary: Indépendant de l’alignement Nombre de millions de bases filtrées et trimmées et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads ayant une accuracy supérieure ou égale à 98% (Q17) Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads ayant une accuracy supérieure ou égale à 99% (Q20) Nombre de reads filtrées et trimmées indépendant de la longueur et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ Longueur moyenne des reads de la librairie filtrée et trimmée et reporté dans les fichiers SFF et FASTQ Longueur maximum des reads de la librairie filtrée et trimmée Histogramme des longueurs de reads trimmées et présentes dans le fichier SFF Le graphe représente la mesure consensus du signal correspondant à la libération d’un H+ après incorporation d’un nucléotide, pour les trois premières bases de la clé intégrée au moment de la préparation de la librairie.

A noter: Cet exemple met en évidence une capacité de séquençage supérieure aux spécificités attendues de la puce (Puce 316/ 100Mb) Dépendant de l’alignement AQ17 correspond à une précision d’au moins 98%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référence AQ20 correspond à une précision d’au moins 99%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référence (Pour info: AQ30 correspond à une précision d’au moins 99,9%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référence) … Profondeur moyenne de couverture du génome de référence Pourcentage de couverture du génome de référence à partir du séquençage de la librairie

- Test Fragment Report : Les tests fragments sont des spikes-in aux régions homopolymériques variables (2, 3 ou 4 mer). Ils ajoutés à la librairie et en sont dissociés par leur clé 50AQ17 signifie le nombre de séquences ayant une taille de 50pb minimum avec un taux d’erreur de 1/50. Ce contrôle qualité est basé sur l’alignement. TF_A > 30% et TF_D > 60%

50AQ17

50AQ17

- Ion Sphere TM Particle Identification Summary: Les « Ion Sphere Particle », ou ISP, sont couplées aux aux fragments d’ADN au cours de l’emPCR. Dans l’idéal, une ISP sera associée à un seul fragment d’ADN au sein d’un microréacteur d’emPCR.

Nombre total de puits sur la puce 6,337,656 La « heat map » représente la densité de chargement des puits de la chip par les ISP Nombre total de puits sur la puce 6,337,656 Puits avec ISP 2,927,533 Puits vides Puits avec ISP vivant ( ISP + « clé » ) 2,654,830 Signal trop faible Librairie avec ISP 2,644756 Test fragment 10,074 (Différentiation de la clé ) clé: ( TCAG ) ( clé: ATCG )

% enrichissement = ( Puits avec ISP ) - Test fragment avec ISP Librairie avec ISP Séquences dont la taille est inférieure à 8 bases (clé de 4 bases inclue) Séquences pour lesquelles le séquençage de la clé ne « match » pas parfaitement Séquences considérées comme ayant plus d’un fragment par ISP Séquences ayant une homologie très faible par rapport au génome de référence Nombre de séquences ayant franchi l’ensemble des filtres et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ

- Report Information:

- Files Links: Formats de sortie du séquençage: fichiers SFF et FASTQ