4 décembre 2013 Laboratoire d’Excellence ECOFECT Dynamiques éco-évolutives des maladies infectieuses Rencontre du 04/12/13.

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1 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Laboratoire d’Excellence ECOFECT Dynamiques éco-évolutives des maladies infectieuses Rencontre du 04/12/13 avec Merial

2 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 PRESENTATION 1.IDENTITE 2.AXES SCIENTIFIQUES & MISSIONS 3.COLLABORATIONS POSSIBLES

3 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Historique Lauréat de l’appel à projets « Laboratoire d'Excellence 2011 » du programme « Investissements d’Avenir » du gouvernement  parmi les 12 LabEx de l’Université de Lyon Saint-Etienne (4 en santé) Juillet 2012 : démarrage lors du kick-off meeting 3 décembre 2012 : 1 ère réunion du Comité de Pilotage 22 février 2013 : 1 er Appel à Projets

4 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Gouvernance

5 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Comité de Pilotage (COPIL)

6 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 ECOFECT : développer une identité 34 équipes issues de 7 unités de recherche situées sur 2 campus universitaires : Gerland et la Doua 195 permanents dont plus de 150 chercheurs Une diversité de partenaires institutionnels

7 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 PRESENTATION 1.IDENTITE 2.AXES SCIENTIFIQUES & MISSIONS 3.COLLABORATIONS POSSIBLES

8 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Des défis à relever  Etudier les relations hôtes-pathogènes en intégrant aussi bien les mécanismes aux niveaux moléculaire et cellulaire que l’échelle écologique et évolutive. Défi : Adapter les systèmes de santé aux modifications environnementales Comprendre ces nouvelles pressions de sélection Approche intégrée (écologie & évolution) pour décrypter les mécanismes en jeu

9 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 La vision scientifique d’ECOFECT  Développer des projets d’interface entre communautés scientifiques complémentaires

10 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 4 axes scientifiques 3 missions principales

11 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 …. du niveau moléculaire-cellulaire à celui des populations et communautés Identifier les variations qui perturbent les réseaux, modifient les phénotypes… Identifier les facteurs de transmission Intégrer différents niveaux d’organisation Axe 1 : Réseaux biologiques

12 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Non complètement prises en compte dans la gestion des maladies infectieuses Hôpital : − Situation intermédiaire entre conditions expérimentales et complexité des conditions naturelles − Probablement un « hotspot » de maladies émergentes − Situation « modèle » du point de vue écologique et évolutif Identifier les mécanismes moléculaires et cellulaires des interactions entre agents infectieux Analyser la dynamique d’émergence des résistances Décrypter l’acquisition des (multi)résistances dans un contexte multiparasitaire… Axe 2 : Multi-infections

13 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Intégrer l’épidémiologie et l’infectiologie dans l’écologie et l’évolution Intégrer l’écologie et l’évolution dans l’épidémiologie et l’infectiologie Transférer les concepts Triple enjeu : Espèces impliquées : rongeurs, ongulés, carnivores, chauves-souris, primates non-humains, insectes … et homme !  Gestion adaptative des populations et des milieux Axe 3 : Quand l’infectiologie va à la rencontre de l ’écologie

14 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Modèles : des maladies infectieuses partagées par les équipes d’ECOFECT Fièvres hémorragiques Maladies vectorielles (Dengue, maladie de Chagas …) Intégrer les niveaux d’organisation : de la cellule à la communauté d’hôtes Intégrer les disciplines : écologie / évolution / infectiologie Intégrer les enjeux : gestion santé humaine / faune sauvage Axe 4 : Approche intégrative de maladies infectieuses émergentes

15 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Actions incitatives de recherche Appels d’offres : financement de bourses de thèses et de post-docs ‒ Développer des projets d’interface entre infectiologie, épidémiologie, écologie et évolution ‒ Critères : prise de risques, caractère innovant et interdisciplinaire ‒ 2 Appels à Projets en 2013 (février et juillet) ‒ Démarrage du projet LEGCOXINET en septembre 2013  Favoriser l’émergence de projets interdisciplinaires

16 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Patricia Doublet co-porteur Pathogenèse des Légionnelles Guy Perrière co-porteur Bio-informatique et génomique évolutive Mathias Faure Autophagie, Infection, Immunité Elsa Jourdain Epidémiologie animale Lionel Zenner / Fabrice Vavre Génétique et évolution des interactions hôtes- parasites Elodie Rousset Laboratoire national de référence pour la fièvre Q Sophie Jarraud Laboratoire national de référence des légionelles Vincent Navratil PRABI LEGCOXINET Exploration des relations fonctionnelles, écologiques et évolutives entre Legionella pneumophila et Coxiella burnetii et la machinerie autophagique de leur hôte respectif

17 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Projet LEGCOXINET 1 er Appel à Projets ECOFECT Démarrage au 01/09/13 1 bourse de thèse sur 3 ans 5 équipes Ecofect et 3 équipes externes Compétences complémentaires en infectiologie, éco-immunologie et modélisation bio- informatique Sujet : exploration des relations fonctionnelles, écologiques et évolutives entre Legionella pneumophila et Coxiella burnetii et la machinerie autophagique de leur hôte respectif.

18 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Actions incitatives de recherche  Favoriser l’émergence de projets interdisciplinaires Ateliers de travail par axe (avril 2013) ‒ Favoriser les contacts entre les équipes, mieux se connaître ‒ Ouvrir des perspectives d’études interdisciplinaires et fédératrices pour les équipes ‒ Réfléchir à des thèmes pour les prochains appels d’offres Organisation de congrès scientifiques ‒ Co-organisation de SBIP 2013 avec BioSyl et le LabEx MILYON : biologie des systèmes autour des processus infectieux (100 personnes)

19 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Actions de formation au niveau master et doctorat Ecole saisonnière sur la modélisation : rentrée 2014 Invitation de conférenciers dans les UE existantes Nouveaux modules de doctorat en réflexion

20 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Actions de valorisation Promotion et recherche de partenaires socio-économiques –Evénements : Biotuesdays (10/09/13), Rendez-Vous Carnot (9 et 10/10/13), BlueSky meeting Lyonbiopôle (11/10/13)… –Rendez-vous avec des industriels Collaborations de recherche avec le secteur industriel –Co-financement de thèses –Appels à projets nationaux et internationaux –Levées de fonds… Transfert de technologies, savoir-faire, logiciels –Concession de licences de brevet, de logiciel –Création de startups… Recherche translationnelle –Accès à des cohortes de patients Sensibilisation du grand public et des décideurs

21 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 PRESENTATION 1.IDENTITE 2.AXES SCIENTIFIQUES & MISSIONS 3.COLLABORATIONS POSSIBLES

22 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Domaines d’applications potentielles Prévention, prédiction, diagnostic intégré, traitements innovants des maladies infectieuses Recherche clinique et translationnelle Intégration d’approches éco-évolutives dans des études épidémiologiques Développements méthodologiques : modélisation, logiciels, bases de données…

23 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Quelques compétences ECOFECT Méthodologies et technologies de haut niveau disponibles au sein d’Ecofect : –imagerie, biochimie analytique, –vaccination, criblage, –analyses « omiques », –modélisation, bio-informatique, –nouveaux outils high-tech de surveillance des populations d’animaux (biologging), … Sujets d’études collaboratifs possibles : –Hépatites chez les animaux : chien, cheval, chat… –Aspects immuno-écologiques : développement de biomarqueurs de réponse immunitaire à certaines maladies

24 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Projets futurs potentiels Conséquences du changement climatique sur le déplacement des populations (humaines et animales) et impacts sur la propagation des maladies : –Chikungunya –CCHF Etude et analyse du devenir de cellules infectées par des virus susceptibles d’induire un cancer …

25 http://ecofect.universite-lyon.fr 4 décembre 2013 Contacts ecofect@universite-lyon.fr Pr. Dominique Pontier Co-directrice dominique.pontier@univ-lyon1.fr Tél. 04 72 43 13 37 François-Loïc Cosset Co-directeur flcosset@ens-lyon.fr Tél. 04 72 72 87 32 Laurence Naiglin Project Manager laurence.naiglin@univ-lyon1.fr Tél. 04 72 43 18 05