Observation et collection de plancton à l’OOV

Présentation au sujet: "Observation et collection de plancton à l’OOV"— Transcription de la présentation:

1 Observation et collection de plancton à l’OOV http://rade.obs-vlfr.fr/RadeZoo/RadZoo/

2 Observation de l’Océanographie Biologie du futur* Besoin d’avoir des données rapidement (imagerie in situ et sur collection) -> fonction et groupes Besoin d’avoir des échantillons (pour détailler les espèces) -> espèces Science Compréhension de la dynamique du vivant, biogéochimie, cycle des éléments Etats de écosystèmes Surveillance (AMP) MFSD contraignante OOV-LOV partit prenant PERSEUS (FP8), de JERICO-Next (FP8, H2020), BRIDGES (H2020), et place à prendre dans FP8 BG12 définition des standards pour l’imagerie ainsi que des indicateurs et des instruments et protocoles. * Hors génomique

3 Fichier(s): Metadata2 Data (fichier dat1) Image raw Vignettes triées Fichier(s): Metadata2 Data (fichier dat1) Image raw Vignettes triées Nouveau serveur (>50M images) Nouveau logiciel, Reconnaissance semi- automatique (ECOTAXA) Flux des échantillons et des données Evolution 2015 Digitalisation, extraction (Zooprocess) Echantillons CCP LogCCP LogTS (JOI) COPEPODA NODC/IOD C Metadata Pt B (150/an) Pt DYFAMED (24/an)

4 LogCCP

5 ECOTAXA un logiciel de communauté (>20 millions d’image) Logiciel réseau - annotation et tri de vignettes - Prédiction (à implémenter, modulaire) - différents nivaux d’utilisateurs - Import/export d’images, data et metadata (vers LogCCP, EMODNET, OBIS, IODC), connecté à base de référence taxo - Outils de recherche (carte, groupes clés) - pour OOV et hors OOV - python+sql Fichier(s): Metadata2 Data (fichier dat1) Image raw Vignettes triées Fichier(s): Metadata2 Data (fichier dat1) Image raw Vignettes triées ? ? Marc, Jean Olivier, Sébastien, Amanda, Corinne, Jean Baptiste -> ergonomie donc gain en productivité -> le tri sera fait par une communauté (possibilité de faire intervenir des experts) -> constitution d’un réseau de scientifiques autours de la plateforme

6 Bilan et perspectives Quels paramètres? Depuis 1966, abondance et biovolume de 44 groupes de zooplancton au point DYFAMED (env. mensuel depuis 2001) et Point B (quotidien depuis 1966) Pour quelles questions scientifiques? - Compréhension de la dynamique planctonique - Réponse aux changements du climat - Surveillance (DCSMM) Quelles évolutions pour le futur (suppression/ajout de paramètres)? - au point B et DYFAMED, collecte (filet 20µm) et analyse (FLOWCAM) du microplancton (nanoplancton ??) - au point B et DYFAMED, collecte et analyse pour la génomique du plancton - accès public (avec politique OOV) aux données en temps réel pour le WP2 (à travers site OOV) - labellisation RESOMAR, SOMLIT en discussion Quels obstacles anticipés et solutions possibles? -Manque de ressources en personnel / abandonner une séries de zooplancton (JB) ou réduire la fréquence du WP2 (une semaine/2 ???)

7 Bilan et perspectives Bilan quantitatif de 2015 (prévu vs. effectué, par paramètre, etc.) 500 collectes  150 échantillons de zooplancton  300 scans Publications 3 articles parus dont un PNAS 2 articles en révision Session de formation (PERSEUS) Budget 2016 (financement OOV + cofinancement) RadeZoo: 2 keuros - Collection: 2 K euros - Cofinancement : 2 Keuros (reliquat de 2014) 6 Keuros (reliquat EMODNET+AMP) 30 K euros (si projet AMP) Demande personnel 2016 Maintien de la situation actuelle (Personnels permanents Collection/Analyse plancton)

8 Propositions Faire le bilan de la recherche et évaluer les avancés de chaque axe par rapport à la ressource apportée par l’OOV Améliorer la collaboration entre acteurs observation pour que PointB et DYFAMED soient considérés ensembles -> Financer par OOV un M2 pour étudier les forçages et réponses PointB/DYAFMED (éventuellement thèse ensuite) -> modifier l’organisation de l’Observation pour la rendre plus productive et réactive aux problèmes de ressources humaines (plateforme, responsabilité) Améliorer la visibilité -> rendre les données publiques avec acceptation d’une charte -> modifier l’organisation de l’Observation pour la rendre plus réactive aux appels d’offre

9 Organisation depuis un an Logistique pêche et collecte Logistique pêche et collecte Analyse des échantillons par imagerie (ZOOScan) Edition des codes barres, archivage, distribution des échantillons RADEZOO VIP3 CCP Objectifs Moyens Personnel Filets (WP2, JB, Rg) Liens ave Service des marins, Service des filets 3 Zooscan, flowcam Zooprocess+PkId+matl ab Serveur JERICO 3 Zooscan, flowcam Zooprocess+PkId+matl ab Serveur JERICO Observation OOV, L’enseignement, le LOV, Aires Marines Protégées La collection Logiciel CCP (uniquement collection) La collection Logiciel CCP (uniquement collection) L’enseignement, le LOV CD, AE, MP + nbreux stagiaires MU, AE, MP + nbreux stagiaires