Les Fichiers M me DJEBOURI. D. Faculté de Médecine salle informatique Année universitaire 2015 - 2016 https://coursinfo1med.wordpress.com الجمهورية الجزائرية.

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1 Les Fichiers M me DJEBOURI. D. Faculté de Médecine salle informatique Année universitaire 2015 - 2016 https://coursinfo1med.wordpress.com الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20161M me DJEBOURI. D.

2 Plan du cours  1. Introduction  2. Définition d’un Fichier  3. Déclaration d’un Fichier  4. Data frame sous R  5. Exemples الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20162M me DJEBOURI. D.

3 1. Introduction الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20163M me DJEBOURI. D. Jusqu’à présent, les informations utilisées dans un programme ne pouvaient provenir que de deux sources :  soit elles étaient incluses dans l’algorithme lui-même,  soit elles étaient entrées en cours de route par l’utilisateur. Mais évidemment, cela ne suffit pas à combler les besoins réels de l’informaticien.  gestion d’un carnet d’adresses  Nom, prénom, n° tél, email

4 Solution  Fichier الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20164M me DJEBOURI. D. Les Fichiers servent à stocker des informations de manière permanente, entre deux exécutions d’un programme. Car si les variables, qui sont des adresses de mémoire vive, disparaissent à chaque fin d’exécution, les fichiers, eux sont stockés sur des périphériques à mémoire de masse ( disque dur, CD Rom, clé USB, carte mémoire…).

5 2. Définition d’un Fichier الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20165M me DJEBOURI. D. Un fichier est constitué d’un ensemble d’éléments de même nature et ayant les caractéristiques suivantes :  Les informations contenues dans les fichiers sont sauvegardées dans des mémoires auxiliaires.  La taille d’un fichier peut être quelconque, la seule limitation étant la capacité de la mémoire auxiliaire.  Les informations contenues dans les fichiers sont regroupées en articles ou enregistrements.  Les fichiers stockent indépendamment des programmes.

6 Sous R الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20166M me DJEBOURI. D. PPour connaitre le répertoire de travail actuellement utilisé par R, qui est par défaut le répertoire où le logiciel est installé, il suffit de taper l’instruction suivante : > getwd() PPour changer le répertoire de travail par défaut, pour la durée de la session R, pour, par exemple, le répertoire ”C:\Info”, il suffit de taper : > setwd("C:\\Info") ou > setwd("C:/Info") Quand les données sont plus volumineuses, il est préférable d’utiliser un éditeur de texte ou un tableur pour saisir les données. Cependant il faut indiquer au logiciel R l’endroit où sont stockés les fichiers de données.

7 Exemple 2.1 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20167M me DJEBOURI. D.

8 3. Déclaration d’un Fichier الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20168M me DJEBOURI. D.  T : Fichier de Caractères; T est un fichier qui contient des données textuelles.  T : Fichier de données; T peut contenir des données textuelles et numériques

9 Exemple 3.1 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/20169M me DJEBOURI. D. P Fichier de Caractères; file.show("P.txt") Affiche le fichier au format texte

10 Exemple 3.1 sous R الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201610M me DJEBOURI. D. P Fichier de Caractères;

11 Exemple 3.2 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201611M me DJEBOURI. D. Si T représente le fichier texte :

12 4. Data frame الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201612M me DJEBOURI. D.  Structure spéciale pour les jeux de données de type Individus  Variables;  Ce sont des tableaux dont les colonnes, à l’inverse des matrices, peuvent être de différents types (variables quantitatives et qualitatives).  Analogies avec les matrices pour l’accès aux colonnes (composants) 4.1 Construction > data.frame(nom1=var 1,nom2=var 2,...). Var i = vecteurs de même longueur > as.data.frame(mat).Transforme la matrice « mat » en data.frame > df<-read.table("nomfich",sep=";",header =TRUE) à partir d’un fichier

13 4.2 Accès aux composantes d’un data frame sous R : الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201613M me DJEBOURI. D.  Afin d’extraire une ligne de valeurs d’une structure (data frame), on utilise la commande as.vector > t <- as.vector(nom[ligne i, ], mode=”numeric”)  L’accès à une colonne se fait par : nom$nom_composante.  La commande attach() permet l’utilisation directe des noms de variables sans la syntaxe nom$nom_composante.

14 Exemple 4.1 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201614M me DJEBOURI. D. T NomPoidsTaille Sadek401.10 Riad350.90 Yassine200.60 ……… Nom = c(  Sadek ,  Riad ,  Yassine  ) Poids = c(40, 35, 20) Taille = c(1.10, 0.90, 0.60) data.frame(Nom, Poids, Taille) m = matrix(c(Nom, Poids, Taille),nrow=3)

15 Accès aux données dans l’exemple 4.1 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e 13/03/201615M me DJEBOURI. D.

16 5. Liens avec d’autres logiciels الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201616M me DJEBOURI. D. La passerelle liant R à un autre logiciel scientifique (ou tableur) est le format texte (ASCII). R peut importer et exporter du format texte. (cas de la plupart des logiciels permettant de traiter des données). 5.1 Importation de données R peut importer des données grâce à :  entree<-scan("nomfich", what="",sep=";") entree vecteur caractère lu dans un fichier ASCII à séparateur “ ;”  entree<- read.table("nomfich",sep=";",header=TRUE)) ou read.csv("nomfich") dans le cas des fichiers au format.csv (coma separated value) N.B: Les fonctions read.csv et read.csv2 en sont des cas particuliers, c’est-à-dire avec des options spécifiques adaptées aux fichiers lus /écrits par des tableurs en format.csv.

17 Exemple 5.1 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e 13/03/201617M me DJEBOURI. D.

18 Exemple 5.2 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e 13/03/201618M me DJEBOURI. D.

19 5.2 Exportation de données الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201619M me DJEBOURI. D. R peut exporter des données grâce à la fonction:  write()  write.table() (fonction réciproque de read.table()) sortie<-write.table(objet,"nomfich", row.names = TRUE, col.names = TRUE) Il peut même rediriger le résultat des commandes vers un fichier grâce à : sink() : redirection du résultat des commandes vers un fichier (pas d’affichage à l’écran). N.B: Ne pas oublier de fermer le fichier en rappelant sink() sans argument.

20 Exemple 5.1: الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201620M me DJEBOURI. D.

21 Exemple sous R الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201621M me DJEBOURI. D.

22 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201622M me DJEBOURI. D. Algorithme ex2; Var i, j, s, moy : numérique; x :Tableau (100 ) de Caractères; p : Fichier de Caractères; Début lire (x) ; # à partir du fichier p i  3; j  0; s  0; Tant que (i<=long(x)-3) faire s  s+conversion-num(x[i+3]); j  j+1; i  i+3; fin faire moy  s/j Écrire(moy) Fin. Exemple 5.2: Écrire un algorithme qui calcule la moyenne d’âge pour des patients dans un fichier texte P.

23 Sous R: الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201623M me DJEBOURI. D.

24 Exemple 5.3 الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201624M me DJEBOURI. D. Algorithme ex3; Var i, min : numérique; x : Tableau(100) de données; #Analogie avec R t : Tableau(3) de données; #Analogie avec R patient : Fichier de données; Début lire (x) ; # à partir du fichier patient.csv t  x[1, ]; min  t[3]; Pour i  2 à long(vect_age) faire t  x[i, ]; si t[3]<min alors min  t[3]; fin faire Écrire(min) Fin. Écrire un algorithme qui détermine l’âge minimal des patients dans un fichier de données patient.csv.

25 Lecture Sous R : الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201625M me DJEBOURI. D.

26 Sous R : الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201626M me DJEBOURI. D.

27 Références الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية République Algérienne Démocratique et Populaire وزارة التعليم العالي و البحث العلمي Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifiqu e جامعة جيلا لي ليابس بسيدي بلعباس كلية الطب Université Djillali LIABES de Sidi Bel Abbés Faculté de Médecine Département de médecine 13/03/201627M me DJEBOURI. D. [1] Mounira BELMESK, Nacera BENSAOU, Sid Ahmed LARBI,” ALGORITHMES ET STRUCTURES” KHAWARYSM ÉDITIONS,1991. [2] Khaldi KHALED,” PROBABILITÉS”, OFFICE DES PUBLICATIONS UNIVERSITAIRES 3 EDITION,1999. [3] R Development Core Team (2011). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org/.http://www.R-project.org/