Gérard Carret carret@sante.univ-lyon1.fr Bon usage et qualité des examens complémentaires Les prélèvements microbiologiques et les biomarqueurs Gérard.

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1 Gérard Carret carret@sante.univ-lyon1.fr
Bon usage et qualité des examens complémentaires Les prélèvements microbiologiques et les biomarqueurs Gérard Carret

2 DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Cerner le besoin DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE

3 Cerner le besoin Origine bactérienne, virale, fungique
Maladies souvent cliniquement évocatrices Malgré une sémiologie partagée - entre maladies infectieuses - avec des maladies non infectieuses Diagnostic probabiliste renforcé par - la saisonnalité - les cas groupés

4 Cerner le besoin Infection ou non ?
Diagnostic étiologique - besoins du diagnostic - besoins de la thérapeutique - besoins de santé publique > prévention de la contagion > Signalement (ARS – DO, CLIN, …) Le niveau de précision requis n’est pas forcément le même !

5 Cerner le besoin Des référentiels - Haute Autorité de Santé Société française de microbiologie Rémic - Sociétés savantes dont la SPILF Le diagnostic biologique passe par une prise d’échantillon

6 Remarques préalables ECHANTILLONAGE

7 Remarques préalables Les bonnes pratiques générales s’appliquent - le prescripteur > nom > coordonnées fiables - locaux adaptés - le préleveur > qualité et expérience > tenue > protocoles > convention - l’asepsie > pour le patient > pour l’échantillon prélevé

8 Remarques préalables Les bonnes pratiques générales s’appliquent - l’étiquetage > civilités > date et heure > mode de prélèvement > localisation anatomique - l’étiquetage concerne > l’échantillon > courrier d’accompagnement

9 Remarques préalables Des recommandations spécifiques - la nature des recherches - les signes cliniques pertinents - le traitement anti-infectieux - le contexte épidémique (séjour en zone d’endémie, cas groupés, …) - la chronologie de la maladie (date de la contamination) - l’évolution de la maladie

10 Exemple de la sérologie
Chronologie de la maladie et évolution de la maladie : quantification d’anticorps spécifiques dans le sérum - IgG versus IgM - Choix de la technique - Interprétation : 2 échantillons pour mettre en évidence une séroconversion

11 CARACTERISATION D’UN ETAT INFECTIEUX
Etape non spécifique CARACTERISATION D’UN ETAT INFECTIEUX

12 Biomarqueurs de l’infection
Numération et formule leucocytaire CRP Bandelettes urinaires Double utilisation > diagnostic > évolution

13 Numération et formule leucocytaire
La numération sanguine consiste à compter (grâce à des automates le plus souvent) les différents éléments cellulaires du sang à savoir : globules blancs (ou leucocytes), globules rouges (ou hématies) et plaquettes sanguines. Prélèvement de sang veineux (en général au pli du coude). Le tube de sang contient un anticoagulant.

14 Numération et formule leucocytaire
La formule leucocytaire permet d'apprécier les éléments cellulaires du sang sous leur aspect qualitatif : - morphologie - homogénéité de forme et de taille des globules rouges et des plaquettes d'une part - pourcentage de chaque catégorie de leucocytes (ramené en valeur absolue) : polynucléaires, lymphocytes et monocytes

15 Numération et formule leucocytaire
Hyperleucocytose Leucopénie Polynucléaires neutrophile -Diminution : certaines infections virales et parasitoses - Augmentation : infections bactériennes à germes pyogènes Lymphocytes - Augmentation : Infections aiguës virales ou bactériennes, tuberculose, brucellose

16 C-Réactive Protéine (CRP)
La CRP est une protéine qui reflète l'inflammation aiguë ; elle s'élève très rapidement au cours de processus inflammatoires et permet un diagnostic différentiel entre certaines pathologies. Demi-vie : 12H00 Remplace la VS Prélèvement de sang veineux (en général au pli du coude). Le tube de prélèvement peut contenir un anticoagulant. Il est préférable d'être à jeun.

17 C-Réactive Protéine (CRP)
Valeurs normales < 6 mg/l Augmentation : - Infections aiguës - Infections subaiguës ou chroniques - Pathologies néoplasiques - Les maladies systémiques rhumatismes inflammatoires connectivites auto-immunes : LED - vascularite : maladie de Horton, … Autres protéines de l’inflammation

18 Bandelettes urinaires
La bandelette urinaire est une méthode d'analyse biologique instantanée des urines qui sont mises en contact avec des réactifs spécifiques Acte infirmier (Code de la santé publique) Résultat semi-quantitatif Une plage par paramètre Changement de couleur dans un temps donné Lecture visuelle ou automate

19 Bandelettes urinaires

20 Bandelettes urinaires
La lecture automatisée élimine la contrainte du chronométrage et garantit l’appréciation des couleurs Les résultats semi quantitatifs de tous les paramètres (leucocytes, nitrites, sang, glucose, corps cétoniques, protéines, densité, pH) s’affichent automatiquement sur un ticket et les valeurs anormales sont signalées Utilisation simple : il suffit de placer la bandelette dans le tiroir après immersion dans l’échantillon d’urine et l’analyse se fait automatiquement en 1 minute avec impression instantanée d’un ticket

21 Bandelettes urinaires
Leucocyturie mais leucocyturie « naturelle » chez le malade sondé Bactériurie (nitrite) mais microbes ne réduisant pas les nitrates Hématurie

22 Bandelettes urinaires
Bonne valeur prédictive négative chez le patient asymptomatique Résultat positif et signes cliniques: confirmation bactériologique selon référentiel Résultat négatif et signes cliniques : confirmation bactériologique Résultat positif et patient asymptomatique : confirmation bactériologique

23 DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE
Etape spécifique DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE

24 Diagnostic étiologique
Prélèvement Examen macroscopique Examen cytochimique Détection d’Ag ou d’acides nucléiques Cultures Identification Etude de la sensibilité à une chimio-thérapie

25 Le prélèvement : remarques générales
Récipient stérile, à usage unique, étanche Un emballage (sac plastique) fermé hermétiquement avec un compartiment externe pour la prescription Réglementation si transport Une quantité suffisante de matériel biologique Tout produit pathologique est potentiellement infectieux

26 Le prélèvement : raisonnement logique
Le microbe doit être dans l’échantillon Le microbe doit être seul dans l’échantillon Le microbe doit être vivant à son arrivée sur la paillasse du biologiste

27 Le microbe doit être dans l’échantillon
Le site anatomique (amygdales, urine pour Legionella !...) Sites variables en fonction de l’histoire de la maladie Au début du processus infectieux Multiplier les échantillons pour augmenter la sensibilité (parasitologie, BK, …) sans tomber dans l’excès ! A des moments privilégiés (ex : urine du matin pour le BK)

28 Le microbe doit être seul dans l’échantillon
Contamination accidentelle de l’échantillon : problème maîtrisable par de bonnes pratiques Contamination par la flore commensale du sujet : problème difficile à résoudre – contraintes pratiques d’accessibilité du site ou de l’échantillon

29 Le microbe doit être seul dans l’échantillon
Détruire la flore commensale par utilisation d’antiseptique s’il existe une barrière cutanéo-muqueuse derrière laquelle se trouve l’agent infectieux Protéger le dispositif de prélèvement par un système de double cathéter Interpréter avec un seuil de significativité Effectuer des recherches spécifiques

30 Le cas de l’ECBU Recueil à mi-jet > miction de 4H > lavage des mains > lavage du méat urinaire > lavage vulvaire d’un seul geste de l’avant vers l’arrière > éliminer le premier jet (20 ml) > recueil à la volée > boucher puis nettoyer le flacon > étiquetage

31 Le cas de l’ECBU Patient sondé à demeure > pas dans le sac ! > ponction de la sonde mais peu représentatif > si changement de sonde, urine à travers la nouvelle sonde > gold standard : ponction sus-pubienne

32 Le cas de l’ECBU Urétérostomie
> Nettoyage soigneux > Nouveau sac stérile > Une heure, pas plus > Transvasement avec précautions

33 Le cas de l’ECBU Patient incontinent
> Nettoyage soigneux > Collecteur pénien > Une heure, pas plus > Transvasement avec précautions

34 Le cas de l’ECBU Patiente incontinente
> Nettoyage soigneux > Collecte à la volée > Sondage aller retour avec sonde de petit calibre

35 Le microbe doit être vivant
Avant antibiothérapie Délai d’acheminement réduit Milieux de transport Température ambiante meilleure que non maîtrisée Biologie moléculaire Immunochromatographie : « Doctor test »

36 Doctor test et tests rapides
Doctor test : recherche de streptocoque du groupe A Tests rapides > nombreux (bactéries, virus, parasites) > domaine de la biologie > interprétation délicate (VPP, VPN, Prévalence)

37 Cas particulier HYGIENE ET PREVENTION

38 Hygiène et prévention Echantillons biologiques Eau Air Surface
Protocole à mettre en place > nature des investigations > fréquence Encadrement réglementaire