Réunion annuelle CNR Echinococcoses – 22 juin 2017

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1 Réunion annuelle CNR Echinococcoses – 22 juin 2017
Surveillance environnementale du parasite E. multilocularis chez les carnivores en milieu rural et urbain (projets CECURE et MoniZoo) Réunion annuelle CNR Echinococcoses – 22 juin 2017

2 Projets CECURE et MoniZoo
Objectif : étude de la distribution du parasite E. multilocularis en milieu rural et urbain chez les différents acteurs carnivores CECURE : Financement INEE – CNRS - 8 sites Ruraux = Doubs (25), Haute-Saône (70)  3 villages Urbains = Seine-Saint-Denis (93) et Essonne (91)  3 parcs urbains et 2 villes MoniZoo 2017 : Financement ZAAJ – CNRS - 1 site suivi bimestriel

3 Prévalence vulpine d’E. multilocularis en France
35 départements (+) pour Em / 42 étudiés (3307 renards) 42 département – 3307 renards Em en région parisienne Les nouvelles zones d’endémie Combes et al., 2012

4 Méthodologie Echinococcus multilocularis Host fecal test :
Copro-échantillons récoltés et géoréférencés Extraction d’ADN total Recherche d’ADN spécifiques : Echinococcus multilocularis Host fecal test : Renard Chien Chat Blaireau Fouine Témoin externe (ADN « Aléa ») Technique : PCR quantitative (temps-réel) Etude spatiale, densité des fèces Knapp et al., 2016

5 Human pop. density (inhab./km²) No of feces geolocalized
Projet CECURE Site Surface (km²) No of inhabitants Human pop. density (inhab./km²) No of feces geolocalized No feces geo. and ident. No of feces analyzed longitude latitude Les Alliés 5.28 132 25 510 476 475 6.45 46.95 Aillevans 5.78 146 364 352 331 6.42 47.59 Fahy-lès-Autrey 6.20 110 18 201 189 178 5.48 47.51 Igny 3.82 10228 2677 660 96 2.22 48.74 Courcouronnes 4.37 13466 3081 353 124 2.41 48.61 Parc Poudrerie 1.40 - 95 32 2.56 48.94 Parc du Sausset 2.00 169 60 2.51 48.96 Parc G. Valbon 4.17 388 386 234 2.40 Total 2741 2680 1530

6 Occurrence parasitaire
Les Alliés Aillevans Fahy-les-Autrey Igny Courcouronnes Parc de la Poudrerie Parc du Sausset Parc G. Valbon year host 2012 2013 2014 2015 Total no. stool fox no. stool 153 83 35 75 41 48 4 8 15 9 2 6 7 14 34 51 585 fox prevalence % 24.2 28.9 22.9 30.7 9.8 52.1 - 95% CI ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) (0-60.4) (0-40.2) (0-25.3) (0-37.1) (0-80.2) (0-48.3) (0-43.9) (0-26.8) (0-12.6) (0-8.7) dog no. stool 86 119 63 50 23 24 29 59 38 10 27 96 748 dog prevalence % 1.2 1.7 4.2 ( ) ( ) (0-7.2) (0-8.9) (0-17.8) ( ) (0-14.6) (0-7.6) (0-11.4) (0-34.4) (0-15.5) (0-4.8) cat no. stool 12 20 53 3 1 171 cat prevalence % 8.3 3.9 30 n.d. 95 % CI ( ) (0-20) ( ) (0-8.4) (0-30.1) ( ) (0-0) badger no. stool 5 badger prevalence % 26.7 ( ) marten no. stool marten prevalence % 252 223 152 179 81 97 57 39 76 16 17 43 132 102 1530

7 morphological identification molecular identification
Matrice de confusion : contrôle de l’identification de l’hôte emetteur terrain vs laboratoire morphological identification fox dog cat badger s. marten Total molecular identification 497 (88%) 41 (7%) 6 (1%) 9 (2%) 11 564 77 (11%) 613 (85%) 29 (4%) (0%) 3 722 82 (49%) 46 (27%) 38 (22%) 169 7 (32%) 15 (68%) 22 (100%) 666 700 73 24 17 1480

8 Statistique de Kulldorff – diag Em chez fèces renards

9 Etude de la densité de fèces
Selon les espèces et les parcours suivis Parcours discrétisés par intervalle de 100 m

10 Distribution des fèces de chiens

11 Distribution des fèces de chiens

12 Distribution des fèces de renards

13 Distribution des fèces de chiens

14 Réunion annuelle CNR Echinococcoses – 22 juin 2017
Bilan du projet EWET-DB (EmsB Website for Echinococcus Typing – database) Réunion annuelle CNR Echinococcoses – 22 juin 2017

15 Objectif Rendre accessible à la communauté scientifique les données relatives au génotypage EmsB réalisé sur Echinococcus multilocularis Alimentation de la base de référence par la communauté Calculs en ligne? Carte de distribution, dendrogramme

16 Schéma organisationnel du site EWET

17 Site du projet EWET Le projet EWET

18 Page principal du site EWET

19 Projet EWET : une collection de référence

20 Page de calcul