Essential Genes in Salmonella enteritidis as Identified by TnAraOut Mutagenesis Jeong Nam Kim et al. UE Concepts et méthodologie en écologie microbienne.

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1 Essential Genes in Salmonella enteritidis as Identified by TnAraOut Mutagenesis Jeong Nam Kim et al. UE Concepts et méthodologie en écologie microbienne 04/11/2011 Florent Yoann Jordan Présenté par M2R Ecologie Microbienne

2 Contexte Salmonella enteridis  Salmonelle Problème : Bactérie multirésistante aux antibiotiques BUT Recherche de gènes essentiels qui pourraient servir de cible pour de nouveaux antibiotiques contre S. enteridis

3 TnAraOut TnAraOut Judson & Mekalanos, 2000 Création d’un transposon particulier le TnAraOut P BAD activé par la présence d’Arabinose

4 TnAraOut TnAraOut Judson & Mekalanos, 2000 Transfert du TnAraOut sous forme plasmidique

5 E. coli + pNJ17 S. enteritidis + pNJ17 CONJUGAISON Insertion aléatoire de TnAraOut dans le génome, préférentielle- ment dans les régions promotrices Obtention de trois types de mutants P BAD sens + P BAD sens - P BAD sens + Gène non essentiel Gène essentiel Gène essentiel Ara - Ara + Ara - Ara + Ara - Ara + CROISSANCE PAS DE CROISSANCE PHĖNOTYPE RECHERCHĖ

6 Vérification du phénotype par des courbes de croissance en absence ou en présence d’arabinose Identification des gènes touchés par séquençage S. Enteritidis mutant Extraction ADNg Digestion BglII Auto-ligation => obtention de plasmides TnAraOut + gène essentiel Transformation de coli +culture sur LB KAN Extraction ADNp + Séquençage + BLASTn

7 Conclusionde l’article Conclusion de l’article 2 sites essentiels trouvés : - atpI et atpB (opéron) codant une ATP synthase - yigP faisant partie d'un opéron agissant dans la voie de biosynthèse d'ubiquinone