Dr Christopher's : “Natural Healing with Herbs for a Healthier You”

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1 Dr Christopher's : “Natural Healing with Herbs for a Healthier You”
ETUDE IN SILICO SUR LES EFFETS INHIBITEURS DES PRINCIPAUX BIOACTIVES D’Allium cepa & D’ Olea europaea SUR LE PROTEINE VP 24 DE EBOLA VIRUS Yassine KASMI Département De Biologie, Faculté Polydisciplinaire De Safi, Université Cadi Ayyad,Maroc Salut Beinvenu dans cette conference autour de la problemetique Ebola virus qui comme vous savez constituer une sévère maladie virale qui se propage dans les pays West d’Afrique, et Qui menace la plupart des pays dont la recherche des Drug efficaces est une nécessité. En outre Oleuropein, Kaempferol, et Quercetin sont des composants Bioactives de Allium cepa et Olea europaea, et qui sont connus par leur capacité inhibitrice des Activateurs de transcription viraux telle de VIH. Dr Christopher's : “Natural Healing with Herbs for a Healthier You”

2 Plan de Présentation: Information Général Méthodes et Techniques
Résultats Pdt cette presentation en va entamer les parties suivantes:

3 Informations Général Ebola Virus:
La période d'incubation de temps d'infection de symptômes est de 2 à 21 jours. 8376 cas diagnostiqués (jusqu’à 12Oct2014) 4024 mortes Le taux de létalité moyen est d’environ 50% Bioactives Principales de Allium cepa et Olea europaea Oleuropein, Kaempferol, Quercetin Avant de parler de notre etudes bioinformatic sur Ebola nous allons redonner des elements de lhistoire de Ebola Virus

4 VP24 Proteine VP24 est connue comme une Protéine associée à la membrane qui empêche la création d’état​antiviral cellulaire et le transport du facteur de transcription STAT1 de tyrosine phosphorylée dans le noyau.

5 Méthodes et Techniques
Prévision du site de Liaison + MetaPocket 2.0

6 MetaPocket 2.0 est un serveur méta pour identifier les sites de liaison de ligand sur la surface de la protéine! metaPocket est une méthode de consensus, dans lequel les sites de liaison prévus de huit méthodes: LIGSITEcs, PASS, Q-SiteFinder, SURFNET, Fpocket, Ghecom, concavité et POCASA sont combinés ensemble pour améliorer le taux de succès de prédiction. Il ya trois étapes dans la procédure de metaPocket2.0: méthodes d'appel sur la base, les méta-poche génération du site web et des résidus de liaison de cartographie.

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8 Méthodes et Techniques
Outils Ligand Docking: AutoDock : ( via Chimera19) Logiciel précis deux programmes principaux ArgusLab: Facile et très utile Moins précis SwissDock Serveur EADock DSS AutoDock est une suite d'outils ligand d'accueil automatisés. Dans les dernières années AutoDock est le programme d'accueil le plus cité. AutoDock se compose en fait de deux programmes principaux: AutoDock effectue l'accostage du ligand à une grille qui décrivent l'ensemble de la protéine cible; AutoGrid pré-calcule ces grilles. Une modélisation moléculaire, graphiques, et un programme de conception de médicaments. ArgusLab est une modélisation, graphiques, et un programme très utile, très en vedette et facile à utiliser la conception de médicaments moléculaire. Le programme contient deux moteurs d'accueil et d'une fonction de notation simple, basé sur une amélioration de la méthode X-score. Le moteur d'accueil est moins précis comparant aux suites d'accueil spécialisées (telles que AutoDock, Glide, etc), mais encore une signification biologique. Ce programme est recommandé spécialement comme un outil d'enseignement efficace de démontrer accueil moléculaire pour les débutants dans ce domaine. un service accueil de Web libre de ligand de la protéine alimenté par EADock DSS par le groupe de modélisation moléculaire de l'Institut Suisse de Bioinformatique.

9 RÉSULTATS 1, Exemple des résultats obtenus 2, Résultats obtenus

10 SwissDock Site 2 Site 1

11 AutoDock ArgusLab SwissDock Oleuropein -8,0 Kcal/mol -9.81 kcal/mol
-10,07 kcal/mol Kaempferol -7,83 -9.22 kcal/mol -7,29 Quercetin -7,21 -7.89 -8,98 Kcal/mol Nous concluons d’apres les resultats obtenu que Oleuropein, Kaempferol, et Quercetin se lient de manière efficace au niveau du site actif de VP24 avec une énergie -8,89 (Kcal / mol) de liaison moyen. Il n'y a pas d'étude approfondie réalisée dans le ligand. Donc, ce résultat des études in silico révèle que les molécule sont candidat potentiel pour etre des medicaments, qui doit subir des essais de laboratoire. En outre, le composé doit être optimisé pour avoir une meilleure biodisponibilité, la demi-vie métabolique optimal et avec un minimum d'effets secondaires, etc avant de prendre un médicament sûr et efficace

12 References V. A. Arun Kumar and Keshav Mohan, In Silico Analysis of Indoles Against 1KE8 Inhibitors Using Autodock. British Journal of Pharmaceutical Research 3(3): , 2013 Lee-Huang S, Huang PL, Zhang D, Lee JW, Bao J, Sun Y, Chang YT, Zhang J, Huang PL. "Discovery of small-molecule HIV-1 fusion and integrase inhibitors oleuropein and hydroxytyrosol: part II. integrase inhibition." Biochem Biophys Res Commun Mar 23;354(4): Epub 2007 Jan 22. PMID: [PubMed - indexed for MEDLINE] PMCID: PMC Lee-Huang S, Huang PL, Zhang D, Lee JW, Bao J, Sun Y, Chang YT, Zhang J, Huang PL. "Discovery of small-molecule HIV-1 fusion and integrase inhibitors oleuropein and hydroxytyrosol: part I. integrase inhibition." Biochem Biophys Res Commun Mar 23;354(4): Epub 2007 Jan 22. PMID: [PubMed - indexed for MEDLINE] PMCID: PMC Laura MacPherson, Jason Matthews,"Inhibition of aryl hydrocarbon receptor-dependent transcription by resveratrol or kaempferol is independent of estrogen receptor α expression in human breast cancer cells", Sciencederict Volume 299, Issue 2, 28 December 2010, Pages 119–129, Received 10 May 2010, Revised 11 August 2010, Accepted 13 August 2010, Available online 16 September 2010,DOI: /j.canlet

13 Nose, K. (2002, November 20 ). Inhibition by flavonoids of RNA synthesis in permeable WI-38 cells and of transcription by RNA polymerase II. Sciencedirect, Volume 33,( Issue 23,), 3823–3827. AFSHAN NAZ, KHALIDA BANO, FARHAT BANO, NAJAF ABBAS GHAFOOR AND NAHEED AKHTAR. "CONFORMATIONAL ANALYSIS (GEOMETRY OPTIMIZATION) OF NUCLEOSIDIC ANTITUMOR ANTIBIOTIC SHOWDOMYCIN BY ARGUSLAB 4 SOFTWARE". Pak. J. Pharm. Sci., Vol.22, No.1, January 2009, pp Peng C, Ayali PY, Schlegel HB and Frisch MJ (1995). Using redundant internal coordinates to optimize equilibrium geometries and transition states. J. Comp. Chem., 16: Bettina Hartlieb, Jens Modrof, and Elke Mühlberger, Hans-Dieter Klenk and Stephan Becker. “Oligomerization of Ebola Virus VP30 Is Essential for Viral Transcription and Can Be Inhibited by a Synthetic Peptide,” October 24, The Journal of Biological Chemistry AFFINITY SITES, 278, doi: /jbc.M Gfeller D., Michielin O. & Zoete V. Shaping the interaction landscape of bioactive molecules, Bioinformatics (2013) 29: D’autres references sont utilisés non citiés vieullez Contacter le représentant pour les savoir ou bien contacte